# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 58.3675 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.652 0.208 0.082 0.041 0.014 0.002 0.001 2 K 0.444 0.332 0.151 0.057 0.013 0.003 0.001 3 L 0.152 0.125 0.258 0.293 0.144 0.027 0.001 4 S 0.599 0.315 0.064 0.017 0.005 0.001 0.001 5 R 0.469 0.385 0.105 0.034 0.006 0.001 0.001 6 L 0.100 0.090 0.235 0.351 0.192 0.031 0.001 7 V 0.492 0.319 0.136 0.042 0.010 0.001 0.001 8 P 0.711 0.243 0.035 0.009 0.002 0.001 0.001 9 G 0.533 0.319 0.092 0.041 0.013 0.002 0.001 10 V 0.248 0.306 0.230 0.152 0.054 0.009 0.001 11 P 0.167 0.388 0.289 0.112 0.037 0.007 0.001 12 A 0.029 0.056 0.135 0.268 0.363 0.138 0.010 13 R 0.012 0.103 0.264 0.356 0.199 0.063 0.002 14 I 0.014 0.036 0.066 0.138 0.279 0.424 0.042 15 K 0.032 0.161 0.285 0.321 0.166 0.033 0.001 16 R 0.089 0.304 0.265 0.220 0.095 0.027 0.001 17 L 0.016 0.038 0.168 0.352 0.331 0.094 0.002 18 E 0.278 0.421 0.199 0.079 0.021 0.003 0.001 19 V 0.242 0.268 0.249 0.174 0.057 0.010 0.001 20 S 0.630 0.280 0.064 0.021 0.006 0.001 0.001 21 G 0.652 0.269 0.056 0.019 0.004 0.001 0.001 22 E 0.412 0.407 0.129 0.040 0.011 0.001 0.001 23 L 0.062 0.110 0.185 0.295 0.260 0.082 0.006 24 H 0.035 0.151 0.293 0.327 0.148 0.043 0.002 25 E 0.133 0.295 0.255 0.199 0.090 0.027 0.002 26 K 0.020 0.077 0.199 0.322 0.280 0.094 0.008 27 L 0.017 0.029 0.039 0.106 0.273 0.424 0.112 28 V 0.018 0.062 0.160 0.280 0.250 0.186 0.044 29 G 0.078 0.170 0.261 0.275 0.121 0.074 0.021 30 M 0.028 0.035 0.057 0.101 0.239 0.416 0.123 31 G 0.068 0.117 0.124 0.175 0.212 0.231 0.074 32 F 0.046 0.082 0.147 0.245 0.229 0.195 0.057 33 V 0.073 0.138 0.194 0.250 0.227 0.103 0.015 34 P 0.162 0.254 0.255 0.180 0.104 0.041 0.004 35 G 0.313 0.344 0.171 0.107 0.048 0.014 0.001 36 E 0.355 0.386 0.136 0.082 0.031 0.008 0.001 37 E 0.044 0.160 0.277 0.312 0.139 0.062 0.006 38 I 0.020 0.034 0.079 0.191 0.376 0.268 0.032 39 E 0.042 0.226 0.302 0.284 0.114 0.031 0.002 40 I 0.016 0.047 0.082 0.187 0.334 0.297 0.037 41 V 0.014 0.049 0.110 0.217 0.295 0.282 0.033 42 Q 0.055 0.167 0.250 0.288 0.166 0.067 0.007 43 V 0.080 0.178 0.266 0.253 0.152 0.063 0.007 44 A 0.091 0.128 0.180 0.252 0.231 0.108 0.010 45 P 0.139 0.195 0.193 0.201 0.165 0.094 0.013 46 L 0.187 0.192 0.221 0.200 0.129 0.062 0.010 47 G 0.322 0.332 0.187 0.101 0.039 0.016 0.002 48 D 0.144 0.206 0.193 0.185 0.157 0.094 0.021 49 P 0.041 0.059 0.099 0.181 0.265 0.256 0.100 50 I 0.017 0.052 0.084 0.152 0.282 0.329 0.085 51 V 0.024 0.087 0.182 0.273 0.233 0.163 0.039 52 C 0.007 0.019 0.037 0.071 0.230 0.512 0.125 53 K 0.018 0.113 0.244 0.360 0.188 0.069 0.007 54 I 0.013 0.030 0.073 0.204 0.348 0.302 0.030 55 G 0.131 0.286 0.255 0.194 0.107 0.027 0.001 56 N 0.351 0.395 0.140 0.071 0.031 0.011 0.001 57 R 0.082 0.181 0.294 0.291 0.118 0.032 0.003 58 N 0.106 0.249 0.256 0.221 0.116 0.049 0.003 59 I 0.019 0.036 0.074 0.154 0.332 0.342 0.043 60 T 0.039 0.101 0.224 0.263 0.225 0.130 0.018 61 L 0.024 0.050 0.091 0.161 0.256 0.338 0.080 62 R 0.036 0.119 0.220 0.244 0.247 0.123 0.012 63 K 0.099 0.212 0.257 0.279 0.120 0.030 0.001 64 R 0.466 0.408 0.079 0.030 0.014 0.003 0.001 65 E 0.170 0.327 0.240 0.184 0.060 0.018 0.001 66 A 0.039 0.056 0.193 0.315 0.309 0.084 0.005 67 D 0.342 0.467 0.132 0.043 0.013 0.003 0.001 68 L 0.164 0.283 0.261 0.191 0.078 0.022 0.002 69 I 0.030 0.038 0.063 0.150 0.342 0.337 0.040 70 E 0.051 0.168 0.257 0.285 0.166 0.067 0.005 71 V 0.042 0.075 0.132 0.209 0.291 0.224 0.027 72 E 0.109 0.285 0.287 0.190 0.104 0.024 0.001 73 V 0.121 0.224 0.251 0.250 0.121 0.033 0.001 74 V 0.170 0.212 0.257 0.215 0.122 0.023 0.001 75 G 0.599 0.284 0.079 0.029 0.008 0.001 0.001 76 G 0.650 0.259 0.061 0.023 0.006 0.001 0.001 77 E 0.541 0.299 0.104 0.043 0.010 0.002 0.001 78 L 0.260 0.226 0.246 0.189 0.067 0.012 0.001 79 P 0.447 0.368 0.125 0.043 0.014 0.003 0.001 80 L 0.117 0.167 0.247 0.271 0.157 0.039 0.001 81 I 0.115 0.182 0.255 0.236 0.165 0.046 0.001 82 L 0.177 0.237 0.290 0.202 0.076 0.017 0.001 83 A 0.462 0.291 0.142 0.075 0.026 0.005 0.001 84 D 0.605 0.273 0.076 0.033 0.011 0.002 0.001 85 D 0.626 0.251 0.079 0.033 0.009 0.002 0.001 86 G 0.522 0.295 0.114 0.050 0.016 0.003 0.001 87 T 0.314 0.320 0.195 0.118 0.041 0.010 0.001 88 Y 0.128 0.177 0.268 0.255 0.135 0.037 0.002 89 E 0.157 0.294 0.267 0.185 0.073 0.022 0.001 90 I 0.069 0.089 0.134 0.213 0.286 0.192 0.017 91 T 0.104 0.157 0.209 0.260 0.187 0.077 0.006 92 K 0.306 0.322 0.198 0.108 0.047 0.018 0.002 93 L 0.194 0.186 0.221 0.228 0.122 0.045 0.004 94 N 0.325 0.252 0.176 0.132 0.080 0.032 0.003 95 G 0.356 0.258 0.173 0.121 0.061 0.027 0.003 96 G 0.450 0.256 0.143 0.089 0.044 0.017 0.002 97 R 0.316 0.248 0.180 0.140 0.080 0.032 0.003 98 R 0.250 0.257 0.204 0.153 0.092 0.039 0.005 99 F 0.137 0.162 0.193 0.228 0.188 0.085 0.008 100 L 0.173 0.232 0.228 0.191 0.120 0.051 0.004 101 F 0.174 0.169 0.209 0.226 0.156 0.062 0.005 102 R 0.363 0.301 0.164 0.100 0.051 0.019 0.001 103 M 0.269 0.214 0.207 0.182 0.095 0.032 0.002 104 K 0.418 0.303 0.153 0.082 0.034 0.010 0.001 105 N 0.333 0.276 0.192 0.126 0.056 0.016 0.001 106 L 0.204 0.167 0.228 0.232 0.133 0.034 0.001 107 G 0.447 0.328 0.139 0.056 0.024 0.005 0.001 108 I 0.431 0.291 0.150 0.092 0.029 0.006 0.001 109 E 0.501 0.307 0.111 0.051 0.025 0.005 0.001 110 S 0.399 0.309 0.170 0.089 0.026 0.006 0.001 111 G 0.244 0.297 0.267 0.128 0.050 0.013 0.001 112 K 0.103 0.213 0.269 0.287 0.102 0.025 0.002 113 K 0.018 0.103 0.249 0.350 0.196 0.079 0.005 114 I 0.006 0.012 0.017 0.053 0.232 0.578 0.101 115 Q 0.008 0.061 0.170 0.387 0.241 0.124 0.009 116 V 0.008 0.023 0.045 0.109 0.249 0.445 0.121 117 S 0.009 0.027 0.080 0.163 0.267 0.349 0.105 118 G 0.066 0.147 0.187 0.234 0.222 0.119 0.026 119 R 0.100 0.228 0.277 0.218 0.118 0.051 0.007 120 R 0.226 0.305 0.199 0.148 0.083 0.034 0.003 121 Y 0.081 0.120 0.174 0.239 0.246 0.126 0.012 122 Y 0.153 0.182 0.197 0.217 0.176 0.069 0.007 123 I 0.284 0.285 0.198 0.128 0.078 0.026 0.002 124 E 0.318 0.312 0.189 0.117 0.045 0.017 0.002 125 G 0.220 0.178 0.184 0.202 0.143 0.064 0.010 126 R 0.231 0.250 0.211 0.174 0.086 0.042 0.007 127 E 0.097 0.134 0.183 0.241 0.178 0.133 0.033 128 I 0.064 0.049 0.061 0.117 0.218 0.350 0.142 129 D 0.095 0.148 0.167 0.204 0.182 0.152 0.052 130 L 0.117 0.113 0.126 0.184 0.197 0.182 0.081 131 G 0.103 0.118 0.122 0.161 0.192 0.225 0.080 132 Y 0.149 0.190 0.213 0.202 0.135 0.087 0.023 133 G 0.183 0.176 0.166 0.192 0.158 0.099 0.026 134 E 0.260 0.252 0.186 0.142 0.097 0.050 0.012 135 A 0.175 0.200 0.224 0.203 0.116 0.067 0.016 136 T 0.216 0.253 0.190 0.166 0.112 0.054 0.009 137 K 0.072 0.143 0.196 0.260 0.192 0.117 0.020 138 I 0.039 0.043 0.066 0.141 0.230 0.363 0.117 139 W 0.045 0.066 0.115 0.213 0.217 0.260 0.084 140 V 0.066 0.078 0.116 0.182 0.228 0.248 0.083 141 R 0.126 0.165 0.188 0.203 0.180 0.115 0.024 142 R 0.159 0.167 0.177 0.215 0.153 0.108 0.021 143 V 0.357 0.195 0.148 0.142 0.095 0.053 0.009