# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 58.3675 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.288 0.098 0.096 0.115 0.132 0.105 0.066 0.043 0.030 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 2 K 0.184 0.141 0.154 0.172 0.139 0.090 0.061 0.029 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 3 L 0.083 0.042 0.063 0.097 0.153 0.153 0.125 0.117 0.080 0.047 0.021 0.011 0.004 0.002 4 S 0.275 0.174 0.151 0.147 0.098 0.071 0.042 0.020 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 5 R 0.399 0.244 0.138 0.086 0.054 0.032 0.022 0.011 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 6 L 0.075 0.051 0.084 0.139 0.210 0.178 0.113 0.078 0.039 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 7 V 0.142 0.132 0.161 0.189 0.157 0.105 0.056 0.029 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 8 P 0.375 0.168 0.124 0.110 0.080 0.057 0.038 0.021 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 9 G 0.178 0.175 0.135 0.163 0.130 0.086 0.066 0.030 0.020 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 10 V 0.049 0.059 0.097 0.134 0.164 0.167 0.131 0.090 0.056 0.028 0.014 0.007 0.003 0.001 11 P 0.047 0.054 0.066 0.111 0.169 0.156 0.133 0.112 0.070 0.037 0.024 0.010 0.007 0.003 12 A 0.009 0.006 0.008 0.015 0.033 0.056 0.084 0.130 0.180 0.162 0.154 0.108 0.041 0.012 13 R 0.013 0.014 0.024 0.064 0.106 0.099 0.121 0.146 0.128 0.103 0.083 0.061 0.023 0.014 14 I 0.003 0.003 0.004 0.004 0.007 0.013 0.023 0.044 0.108 0.217 0.251 0.173 0.109 0.043 15 K 0.022 0.030 0.039 0.062 0.085 0.106 0.139 0.152 0.131 0.087 0.069 0.043 0.026 0.009 16 R 0.028 0.038 0.050 0.094 0.128 0.112 0.108 0.121 0.134 0.087 0.055 0.023 0.015 0.009 17 L 0.018 0.019 0.031 0.051 0.110 0.120 0.165 0.167 0.117 0.090 0.063 0.030 0.012 0.006 18 E 0.112 0.164 0.153 0.173 0.135 0.097 0.063 0.042 0.033 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 19 V 0.058 0.051 0.090 0.125 0.181 0.164 0.133 0.089 0.063 0.028 0.010 0.005 0.002 0.001 20 S 0.227 0.224 0.152 0.155 0.103 0.060 0.044 0.017 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 21 G 0.564 0.188 0.110 0.058 0.038 0.020 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 E 0.339 0.240 0.153 0.114 0.082 0.037 0.021 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 L 0.057 0.043 0.084 0.141 0.206 0.186 0.130 0.087 0.040 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 24 H 0.085 0.115 0.150 0.216 0.182 0.141 0.060 0.029 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 25 E 0.572 0.271 0.092 0.033 0.014 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 K 0.094 0.144 0.169 0.199 0.191 0.108 0.049 0.027 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 27 L 0.036 0.021 0.038 0.066 0.149 0.201 0.189 0.177 0.078 0.028 0.009 0.005 0.002 0.001 28 V 0.130 0.115 0.129 0.160 0.164 0.125 0.084 0.054 0.022 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 29 G 0.505 0.248 0.117 0.066 0.027 0.014 0.011 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 30 M 0.085 0.044 0.075 0.155 0.233 0.167 0.105 0.065 0.040 0.016 0.008 0.006 0.002 0.001 31 G 0.126 0.091 0.122 0.151 0.155 0.136 0.108 0.058 0.028 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 32 F 0.186 0.078 0.083 0.117 0.152 0.129 0.087 0.082 0.043 0.022 0.011 0.006 0.003 0.001 33 V 0.143 0.086 0.108 0.141 0.150 0.143 0.093 0.059 0.038 0.019 0.012 0.006 0.002 0.001 34 P 0.175 0.112 0.129 0.144 0.127 0.116 0.086 0.047 0.030 0.017 0.010 0.005 0.002 0.001 35 G 0.165 0.118 0.107 0.131 0.139 0.117 0.087 0.055 0.038 0.020 0.013 0.006 0.003 0.001 36 E 0.110 0.137 0.140 0.164 0.130 0.112 0.088 0.052 0.033 0.016 0.010 0.006 0.003 0.001 37 E 0.051 0.056 0.084 0.138 0.199 0.158 0.118 0.092 0.058 0.023 0.013 0.005 0.004 0.002 38 I 0.015 0.013 0.019 0.032 0.065 0.103 0.176 0.175 0.145 0.103 0.080 0.047 0.020 0.006 39 E 0.043 0.042 0.064 0.120 0.153 0.125 0.111 0.118 0.097 0.058 0.037 0.019 0.008 0.004 40 I 0.016 0.010 0.016 0.027 0.045 0.061 0.083 0.116 0.147 0.164 0.151 0.105 0.039 0.019 41 V 0.027 0.039 0.047 0.052 0.074 0.098 0.107 0.122 0.123 0.122 0.090 0.050 0.035 0.013 42 Q 0.065 0.081 0.096 0.130 0.135 0.121 0.116 0.099 0.073 0.041 0.023 0.011 0.007 0.003 43 V 0.057 0.059 0.071 0.103 0.146 0.126 0.106 0.109 0.096 0.064 0.035 0.015 0.008 0.005 44 A 0.109 0.138 0.136 0.168 0.145 0.109 0.072 0.051 0.034 0.019 0.011 0.005 0.003 0.001 45 P 0.072 0.078 0.120 0.143 0.155 0.151 0.114 0.077 0.047 0.024 0.011 0.005 0.003 0.001 46 L 0.074 0.080 0.100 0.122 0.165 0.152 0.118 0.086 0.053 0.028 0.013 0.005 0.003 0.001 47 G 0.236 0.210 0.146 0.144 0.091 0.063 0.046 0.026 0.019 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 48 D 0.118 0.082 0.108 0.127 0.143 0.136 0.095 0.072 0.055 0.029 0.016 0.010 0.006 0.003 49 P 0.040 0.034 0.050 0.079 0.129 0.154 0.154 0.130 0.088 0.056 0.045 0.024 0.012 0.005 50 I 0.016 0.015 0.022 0.040 0.071 0.092 0.132 0.167 0.152 0.125 0.090 0.047 0.023 0.008 51 V 0.025 0.022 0.029 0.077 0.131 0.120 0.113 0.147 0.130 0.083 0.065 0.034 0.014 0.011 52 C 0.011 0.008 0.010 0.010 0.017 0.033 0.061 0.079 0.127 0.172 0.206 0.161 0.077 0.028 53 K 0.033 0.031 0.050 0.107 0.153 0.136 0.123 0.136 0.100 0.056 0.040 0.020 0.010 0.004 54 I 0.009 0.008 0.012 0.024 0.051 0.075 0.103 0.139 0.173 0.174 0.121 0.071 0.025 0.015 55 G 0.039 0.058 0.078 0.127 0.143 0.162 0.125 0.116 0.063 0.041 0.026 0.013 0.005 0.004 56 N 0.061 0.090 0.095 0.125 0.132 0.119 0.120 0.089 0.071 0.045 0.029 0.013 0.007 0.003 57 R 0.018 0.026 0.043 0.082 0.143 0.163 0.159 0.152 0.110 0.052 0.028 0.015 0.006 0.002 58 N 0.049 0.061 0.077 0.135 0.204 0.147 0.116 0.093 0.060 0.029 0.016 0.007 0.004 0.002 59 I 0.023 0.016 0.023 0.036 0.067 0.097 0.150 0.168 0.145 0.121 0.085 0.046 0.017 0.005 60 T 0.079 0.058 0.081 0.121 0.166 0.133 0.103 0.110 0.074 0.039 0.021 0.009 0.004 0.002 61 L 0.050 0.036 0.045 0.079 0.121 0.120 0.121 0.130 0.127 0.078 0.051 0.025 0.011 0.004 62 R 0.054 0.054 0.074 0.152 0.164 0.180 0.156 0.085 0.044 0.021 0.008 0.004 0.001 0.001 63 K 0.058 0.104 0.154 0.180 0.167 0.134 0.100 0.046 0.030 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 64 R 0.293 0.271 0.178 0.129 0.065 0.033 0.016 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 65 E 0.077 0.177 0.231 0.185 0.152 0.091 0.047 0.019 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 66 A 0.019 0.021 0.041 0.085 0.179 0.220 0.180 0.140 0.077 0.024 0.008 0.004 0.002 0.001 67 D 0.166 0.308 0.185 0.110 0.074 0.053 0.051 0.022 0.015 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 68 L 0.081 0.093 0.093 0.125 0.151 0.122 0.100 0.095 0.064 0.029 0.019 0.012 0.013 0.003 69 I 0.008 0.009 0.011 0.014 0.039 0.056 0.094 0.115 0.159 0.160 0.133 0.123 0.067 0.012 70 E 0.030 0.029 0.048 0.122 0.165 0.127 0.140 0.153 0.086 0.048 0.026 0.014 0.007 0.003 71 V 0.020 0.014 0.015 0.024 0.039 0.051 0.069 0.114 0.168 0.203 0.143 0.080 0.038 0.022 72 E 0.045 0.046 0.074 0.148 0.171 0.146 0.109 0.110 0.072 0.038 0.023 0.011 0.004 0.003 73 V 0.034 0.034 0.058 0.116 0.128 0.162 0.134 0.104 0.090 0.069 0.041 0.018 0.008 0.003 74 V 0.049 0.063 0.099 0.135 0.171 0.174 0.143 0.087 0.045 0.021 0.009 0.004 0.001 0.001 75 G 0.276 0.205 0.156 0.131 0.093 0.058 0.042 0.017 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 76 G 0.470 0.208 0.119 0.084 0.052 0.029 0.019 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 77 E 0.376 0.189 0.129 0.112 0.083 0.048 0.036 0.013 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 78 L 0.126 0.083 0.123 0.169 0.164 0.138 0.095 0.055 0.025 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 79 P 0.265 0.158 0.132 0.131 0.119 0.075 0.055 0.032 0.020 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 80 L 0.109 0.070 0.101 0.130 0.147 0.139 0.096 0.087 0.056 0.035 0.018 0.007 0.004 0.001 81 I 0.077 0.070 0.104 0.148 0.168 0.156 0.106 0.081 0.044 0.027 0.012 0.005 0.002 0.001 82 L 0.103 0.087 0.127 0.149 0.159 0.140 0.095 0.065 0.036 0.022 0.010 0.004 0.002 0.001 83 A 0.298 0.191 0.133 0.126 0.099 0.064 0.043 0.020 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 84 D 0.454 0.202 0.114 0.082 0.063 0.036 0.026 0.010 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 85 D 0.429 0.213 0.120 0.094 0.063 0.035 0.025 0.010 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 86 G 0.389 0.194 0.136 0.114 0.075 0.041 0.025 0.011 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 87 T 0.271 0.156 0.128 0.135 0.115 0.079 0.062 0.027 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 88 Y 0.134 0.096 0.126 0.144 0.148 0.130 0.092 0.061 0.036 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 89 E 0.182 0.143 0.135 0.152 0.152 0.090 0.061 0.039 0.027 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 90 I 0.052 0.038 0.069 0.100 0.140 0.166 0.135 0.121 0.075 0.051 0.029 0.015 0.007 0.002 91 T 0.111 0.094 0.115 0.131 0.148 0.132 0.098 0.072 0.044 0.027 0.015 0.007 0.003 0.001 92 K 0.376 0.208 0.117 0.090 0.070 0.043 0.036 0.023 0.020 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 93 L 0.132 0.089 0.102 0.137 0.162 0.133 0.089 0.065 0.046 0.022 0.012 0.006 0.003 0.001 94 N 0.159 0.117 0.133 0.148 0.146 0.112 0.087 0.047 0.026 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 95 G 0.274 0.158 0.132 0.129 0.112 0.073 0.054 0.030 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 96 G 0.302 0.155 0.127 0.126 0.111 0.072 0.050 0.026 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 97 R 0.275 0.137 0.127 0.135 0.129 0.083 0.055 0.030 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 98 R 0.293 0.161 0.131 0.135 0.110 0.073 0.043 0.026 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 99 F 0.202 0.101 0.120 0.153 0.155 0.115 0.066 0.043 0.024 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 100 L 0.223 0.137 0.141 0.164 0.132 0.088 0.056 0.028 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 101 F 0.266 0.129 0.135 0.156 0.121 0.089 0.049 0.025 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 102 R 0.401 0.187 0.127 0.102 0.072 0.046 0.039 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 103 M 0.227 0.131 0.148 0.163 0.134 0.090 0.045 0.030 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 104 K 0.395 0.169 0.123 0.120 0.084 0.051 0.029 0.014 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 105 N 0.321 0.156 0.137 0.130 0.095 0.068 0.048 0.022 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 106 L 0.156 0.094 0.138 0.175 0.178 0.121 0.071 0.035 0.018 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 107 G 0.461 0.202 0.121 0.088 0.060 0.031 0.023 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 108 I 0.301 0.136 0.145 0.152 0.118 0.076 0.038 0.017 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 109 E 0.434 0.184 0.113 0.106 0.074 0.039 0.030 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 110 S 0.317 0.206 0.158 0.118 0.084 0.056 0.030 0.015 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 111 G 0.153 0.128 0.118 0.155 0.142 0.119 0.091 0.044 0.028 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 112 K 0.031 0.046 0.072 0.120 0.152 0.153 0.149 0.119 0.076 0.040 0.023 0.012 0.006 0.002 113 K 0.019 0.026 0.045 0.110 0.207 0.166 0.137 0.132 0.083 0.034 0.022 0.010 0.006 0.003 114 I 0.003 0.003 0.005 0.007 0.015 0.034 0.071 0.107 0.153 0.190 0.197 0.128 0.069 0.018 115 Q 0.013 0.012 0.020 0.055 0.098 0.098 0.119 0.178 0.167 0.100 0.071 0.040 0.020 0.009 116 V 0.003 0.002 0.003 0.005 0.009 0.018 0.032 0.058 0.114 0.204 0.233 0.202 0.077 0.041 117 S 0.009 0.014 0.021 0.028 0.048 0.072 0.102 0.141 0.139 0.149 0.129 0.080 0.046 0.022 118 G 0.019 0.033 0.043 0.077 0.101 0.105 0.126 0.141 0.123 0.096 0.067 0.040 0.019 0.009 119 R 0.044 0.060 0.068 0.107 0.151 0.129 0.119 0.109 0.091 0.056 0.034 0.017 0.008 0.007 120 R 0.096 0.124 0.125 0.149 0.151 0.111 0.085 0.065 0.046 0.023 0.014 0.006 0.003 0.002 121 Y 0.053 0.055 0.092 0.130 0.154 0.154 0.112 0.100 0.076 0.040 0.020 0.008 0.004 0.001 122 Y 0.108 0.088 0.108 0.134 0.149 0.138 0.107 0.073 0.051 0.024 0.012 0.005 0.002 0.001 123 I 0.104 0.082 0.101 0.133 0.152 0.133 0.108 0.077 0.049 0.031 0.019 0.009 0.003 0.001 124 E 0.122 0.131 0.129 0.153 0.144 0.111 0.082 0.055 0.034 0.019 0.011 0.005 0.002 0.001 125 G 0.103 0.084 0.095 0.108 0.133 0.129 0.106 0.090 0.067 0.039 0.025 0.013 0.007 0.003 126 R 0.093 0.080 0.089 0.128 0.138 0.125 0.111 0.092 0.067 0.036 0.023 0.011 0.006 0.002 127 E 0.060 0.044 0.061 0.105 0.132 0.131 0.117 0.114 0.098 0.060 0.041 0.021 0.011 0.006 128 I 0.028 0.023 0.035 0.051 0.082 0.111 0.138 0.143 0.125 0.104 0.082 0.046 0.023 0.010 129 D 0.055 0.052 0.065 0.093 0.116 0.116 0.120 0.124 0.099 0.070 0.047 0.025 0.013 0.006 130 L 0.050 0.041 0.052 0.066 0.086 0.099 0.100 0.126 0.128 0.105 0.074 0.041 0.022 0.011 131 G 0.048 0.041 0.049 0.062 0.100 0.111 0.117 0.128 0.108 0.093 0.069 0.043 0.021 0.010 132 Y 0.076 0.077 0.095 0.130 0.133 0.135 0.109 0.089 0.060 0.044 0.028 0.015 0.007 0.003 133 G 0.052 0.054 0.074 0.113 0.159 0.147 0.134 0.107 0.068 0.044 0.025 0.015 0.005 0.003 134 E 0.116 0.151 0.143 0.153 0.130 0.100 0.077 0.053 0.036 0.020 0.012 0.005 0.002 0.002 135 A 0.045 0.062 0.086 0.163 0.159 0.151 0.107 0.088 0.067 0.034 0.021 0.009 0.005 0.002 136 T 0.015 0.024 0.046 0.087 0.127 0.162 0.170 0.131 0.118 0.062 0.033 0.014 0.007 0.004 137 K 0.011 0.011 0.021 0.040 0.079 0.112 0.146 0.157 0.147 0.107 0.080 0.047 0.025 0.014 138 I 0.002 0.002 0.002 0.003 0.006 0.014 0.032 0.057 0.131 0.208 0.247 0.174 0.089 0.033 139 W 0.004 0.004 0.005 0.008 0.015 0.025 0.051 0.085 0.136 0.184 0.188 0.167 0.080 0.049 140 V 0.002 0.002 0.003 0.003 0.006 0.009 0.018 0.034 0.091 0.183 0.225 0.201 0.142 0.081 141 R 0.015 0.017 0.022 0.034 0.058 0.071 0.106 0.147 0.152 0.131 0.107 0.069 0.046 0.024 142 R 0.015 0.021 0.030 0.068 0.102 0.113 0.119 0.145 0.135 0.106 0.074 0.039 0.020 0.014 143 V 0.017 0.022 0.034 0.059 0.113 0.137 0.151 0.164 0.126 0.092 0.048 0.022 0.008 0.007