# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83.0494 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.034 0.688 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.042 0.047 0.001 0.168 0.011 2 K 0.001 0.012 0.858 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.022 0.022 0.002 0.003 0.076 3 L 0.001 0.017 0.305 0.011 0.461 0.066 0.001 0.001 0.022 0.049 0.042 0.012 0.013 4 S 0.001 0.003 0.057 0.012 0.661 0.061 0.001 0.001 0.011 0.023 0.154 0.007 0.008 5 R 0.002 0.016 0.086 0.002 0.603 0.044 0.001 0.001 0.011 0.036 0.169 0.011 0.019 6 L 0.002 0.135 0.544 0.002 0.054 0.016 0.001 0.003 0.054 0.098 0.021 0.013 0.055 7 V 0.001 0.008 0.890 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.007 0.057 0.004 0.015 0.009 8 P 0.001 0.002 0.052 0.003 0.160 0.003 0.001 0.001 0.002 0.028 0.737 0.002 0.010 9 G 0.001 0.001 0.020 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.903 0.001 0.001 10 V 0.002 0.010 0.573 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.023 0.291 0.005 0.071 0.009 11 P 0.008 0.018 0.294 0.004 0.001 0.001 0.008 0.004 0.137 0.020 0.007 0.006 0.492 12 A 0.075 0.011 0.043 0.039 0.001 0.001 0.069 0.054 0.269 0.008 0.001 0.389 0.041 13 R 0.117 0.004 0.011 0.030 0.001 0.001 0.114 0.087 0.305 0.002 0.001 0.076 0.254 14 I 0.244 0.001 0.010 0.041 0.002 0.001 0.141 0.088 0.178 0.001 0.001 0.121 0.171 15 K 0.103 0.001 0.014 0.242 0.002 0.002 0.106 0.066 0.260 0.003 0.003 0.156 0.043 16 R 0.212 0.004 0.046 0.009 0.004 0.002 0.048 0.018 0.084 0.013 0.009 0.075 0.477 17 L 0.101 0.010 0.110 0.016 0.004 0.005 0.027 0.008 0.131 0.026 0.008 0.363 0.190 18 E 0.039 0.027 0.264 0.009 0.007 0.007 0.010 0.004 0.075 0.066 0.021 0.167 0.304 19 V 0.008 0.029 0.441 0.013 0.024 0.039 0.003 0.002 0.019 0.142 0.085 0.043 0.152 20 S 0.002 0.008 0.216 0.018 0.028 0.148 0.001 0.001 0.002 0.179 0.363 0.015 0.019 21 G 0.001 0.004 0.096 0.003 0.028 0.416 0.001 0.001 0.001 0.175 0.264 0.005 0.007 22 E 0.002 0.006 0.095 0.001 0.033 0.794 0.001 0.001 0.001 0.028 0.026 0.006 0.009 23 L 0.001 0.002 0.024 0.001 0.020 0.929 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.001 0.008 24 H 0.001 0.001 0.007 0.001 0.022 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 25 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 26 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 27 L 0.002 0.001 0.006 0.001 0.012 0.947 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.001 0.004 28 V 0.004 0.001 0.022 0.005 0.040 0.845 0.001 0.001 0.001 0.010 0.061 0.005 0.004 29 G 0.007 0.002 0.031 0.004 0.074 0.552 0.001 0.001 0.003 0.030 0.275 0.009 0.012 30 M 0.011 0.003 0.113 0.008 0.061 0.159 0.001 0.001 0.006 0.102 0.486 0.010 0.039 31 G 0.014 0.010 0.232 0.004 0.023 0.055 0.003 0.001 0.027 0.143 0.335 0.125 0.029 32 F 0.016 0.126 0.448 0.002 0.011 0.012 0.004 0.003 0.031 0.088 0.043 0.017 0.200 33 V 0.002 0.008 0.779 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.018 0.077 0.006 0.090 0.010 34 P 0.001 0.002 0.081 0.007 0.025 0.005 0.001 0.001 0.004 0.085 0.742 0.002 0.045 35 G 0.001 0.001 0.039 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.181 0.762 0.004 0.001 36 E 0.014 0.013 0.426 0.025 0.008 0.001 0.001 0.001 0.011 0.237 0.011 0.211 0.040 37 E 0.053 0.016 0.088 0.003 0.002 0.003 0.019 0.003 0.048 0.012 0.008 0.015 0.730 38 I 0.229 0.009 0.056 0.147 0.003 0.004 0.065 0.024 0.065 0.009 0.002 0.316 0.072 39 E 0.347 0.003 0.012 0.068 0.001 0.002 0.067 0.016 0.043 0.003 0.001 0.178 0.258 40 I 0.499 0.001 0.005 0.011 0.001 0.002 0.067 0.015 0.033 0.001 0.001 0.114 0.251 41 V 0.529 0.001 0.011 0.133 0.006 0.005 0.081 0.013 0.028 0.002 0.002 0.079 0.111 42 Q 0.445 0.002 0.014 0.006 0.006 0.005 0.029 0.004 0.029 0.005 0.007 0.328 0.121 43 V 0.178 0.015 0.071 0.015 0.018 0.010 0.020 0.005 0.014 0.024 0.025 0.030 0.574 44 A 0.018 0.010 0.420 0.007 0.007 0.003 0.002 0.001 0.010 0.126 0.018 0.353 0.026 45 P 0.005 0.011 0.446 0.004 0.066 0.009 0.001 0.001 0.006 0.124 0.133 0.010 0.185 46 L 0.001 0.004 0.080 0.005 0.091 0.005 0.001 0.001 0.001 0.062 0.737 0.010 0.006 47 G 0.001 0.002 0.072 0.006 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.338 0.561 0.004 0.003 48 D 0.003 0.011 0.481 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.401 0.033 0.025 0.031 49 P 0.050 0.017 0.488 0.025 0.004 0.001 0.005 0.002 0.021 0.109 0.035 0.052 0.190 50 I 0.381 0.005 0.030 0.028 0.002 0.001 0.101 0.020 0.068 0.018 0.004 0.224 0.120 51 V 0.586 0.001 0.006 0.012 0.001 0.001 0.128 0.032 0.014 0.001 0.001 0.044 0.176 52 C 0.713 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.125 0.024 0.013 0.001 0.001 0.084 0.037 53 K 0.648 0.001 0.008 0.007 0.001 0.001 0.092 0.032 0.024 0.001 0.001 0.082 0.104 54 I 0.294 0.001 0.057 0.032 0.003 0.001 0.030 0.008 0.042 0.009 0.011 0.198 0.315 55 G 0.029 0.001 0.048 0.150 0.003 0.001 0.006 0.001 0.009 0.159 0.468 0.084 0.043 56 N 0.021 0.003 0.119 0.012 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.347 0.397 0.026 0.066 57 R 0.080 0.010 0.231 0.010 0.003 0.004 0.005 0.001 0.010 0.137 0.023 0.382 0.105 58 N 0.218 0.008 0.051 0.002 0.002 0.006 0.030 0.008 0.011 0.011 0.006 0.058 0.588 59 I 0.393 0.012 0.043 0.038 0.008 0.022 0.091 0.017 0.025 0.010 0.005 0.220 0.115 60 T 0.402 0.008 0.048 0.075 0.012 0.028 0.063 0.009 0.020 0.011 0.010 0.102 0.212 61 L 0.275 0.009 0.063 0.025 0.040 0.068 0.037 0.005 0.022 0.030 0.031 0.159 0.235 62 R 0.082 0.010 0.233 0.019 0.054 0.162 0.011 0.002 0.016 0.079 0.078 0.054 0.200 63 K 0.017 0.006 0.082 0.006 0.136 0.561 0.002 0.001 0.003 0.053 0.082 0.022 0.029 64 R 0.005 0.006 0.060 0.004 0.208 0.490 0.001 0.001 0.001 0.039 0.157 0.011 0.018 65 E 0.007 0.005 0.082 0.004 0.326 0.357 0.001 0.001 0.001 0.037 0.144 0.007 0.029 66 A 0.013 0.004 0.079 0.030 0.395 0.271 0.001 0.001 0.003 0.053 0.126 0.010 0.016 67 D 0.032 0.005 0.053 0.056 0.305 0.151 0.002 0.001 0.005 0.083 0.249 0.027 0.031 68 L 0.143 0.007 0.089 0.056 0.099 0.069 0.012 0.007 0.041 0.057 0.162 0.041 0.216 69 I 0.299 0.004 0.075 0.037 0.004 0.018 0.048 0.022 0.129 0.038 0.014 0.155 0.158 70 E 0.283 0.003 0.048 0.034 0.001 0.010 0.051 0.028 0.116 0.009 0.005 0.340 0.071 71 V 0.425 0.003 0.019 0.014 0.001 0.005 0.064 0.046 0.086 0.003 0.001 0.051 0.281 72 E 0.317 0.003 0.021 0.040 0.001 0.009 0.070 0.050 0.117 0.008 0.002 0.317 0.046 73 V 0.140 0.006 0.041 0.004 0.003 0.006 0.033 0.022 0.079 0.009 0.007 0.030 0.619 74 V 0.042 0.005 0.201 0.050 0.008 0.004 0.011 0.008 0.054 0.061 0.058 0.416 0.081 75 G 0.010 0.005 0.203 0.021 0.014 0.004 0.002 0.002 0.010 0.256 0.297 0.039 0.139 76 G 0.005 0.011 0.202 0.008 0.012 0.004 0.001 0.001 0.004 0.406 0.236 0.082 0.028 77 E 0.018 0.037 0.452 0.010 0.020 0.009 0.002 0.001 0.006 0.115 0.103 0.026 0.202 78 L 0.029 0.031 0.470 0.017 0.015 0.015 0.003 0.001 0.008 0.131 0.028 0.173 0.081 79 P 0.049 0.023 0.359 0.030 0.030 0.035 0.004 0.001 0.008 0.051 0.043 0.077 0.291 80 L 0.164 0.019 0.166 0.029 0.052 0.045 0.009 0.001 0.007 0.025 0.023 0.234 0.226 81 I 0.281 0.013 0.090 0.018 0.024 0.037 0.015 0.002 0.010 0.014 0.013 0.254 0.229 82 L 0.181 0.031 0.135 0.009 0.027 0.047 0.014 0.002 0.012 0.018 0.033 0.113 0.376 83 A 0.054 0.027 0.334 0.022 0.034 0.044 0.005 0.002 0.010 0.053 0.129 0.158 0.126 84 D 0.011 0.007 0.172 0.012 0.040 0.026 0.001 0.001 0.004 0.136 0.433 0.059 0.100 85 D 0.001 0.002 0.059 0.008 0.019 0.007 0.001 0.001 0.001 0.162 0.709 0.010 0.022 86 G 0.003 0.006 0.118 0.008 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.326 0.450 0.063 0.012 87 T 0.027 0.042 0.397 0.008 0.016 0.015 0.003 0.001 0.008 0.093 0.057 0.031 0.304 88 Y 0.066 0.038 0.194 0.028 0.015 0.021 0.010 0.003 0.023 0.055 0.028 0.371 0.148 89 E 0.129 0.027 0.130 0.045 0.011 0.018 0.014 0.002 0.018 0.022 0.018 0.145 0.419 90 I 0.176 0.013 0.102 0.046 0.011 0.017 0.012 0.002 0.016 0.014 0.009 0.329 0.253 91 T 0.196 0.009 0.101 0.062 0.014 0.023 0.017 0.002 0.012 0.017 0.017 0.183 0.348 92 K 0.151 0.015 0.094 0.013 0.018 0.035 0.012 0.003 0.014 0.024 0.033 0.369 0.220 93 L 0.087 0.019 0.127 0.012 0.023 0.040 0.009 0.003 0.011 0.038 0.057 0.083 0.489 94 N 0.017 0.008 0.180 0.026 0.026 0.034 0.002 0.001 0.006 0.148 0.297 0.182 0.072 95 G 0.003 0.005 0.076 0.009 0.015 0.026 0.001 0.001 0.001 0.187 0.623 0.018 0.038 96 G 0.005 0.011 0.193 0.008 0.016 0.045 0.001 0.001 0.001 0.279 0.377 0.027 0.037 97 R 0.016 0.019 0.404 0.007 0.013 0.146 0.002 0.001 0.004 0.147 0.064 0.082 0.095 98 R 0.044 0.021 0.244 0.009 0.016 0.262 0.005 0.001 0.006 0.045 0.031 0.094 0.223 99 F 0.058 0.011 0.114 0.023 0.026 0.525 0.005 0.001 0.004 0.020 0.021 0.086 0.107 100 L 0.061 0.004 0.044 0.034 0.039 0.665 0.004 0.001 0.003 0.010 0.022 0.043 0.071 101 F 0.064 0.003 0.031 0.013 0.039 0.693 0.003 0.001 0.002 0.010 0.037 0.039 0.067 102 R 0.048 0.003 0.040 0.007 0.035 0.703 0.002 0.001 0.001 0.009 0.047 0.030 0.076 103 M 0.038 0.002 0.043 0.005 0.038 0.731 0.001 0.001 0.001 0.010 0.032 0.028 0.068 104 K 0.021 0.002 0.050 0.011 0.066 0.680 0.001 0.001 0.002 0.018 0.079 0.043 0.027 105 N 0.015 0.003 0.058 0.005 0.076 0.635 0.001 0.001 0.002 0.028 0.120 0.013 0.043 106 L 0.034 0.010 0.205 0.010 0.041 0.309 0.002 0.001 0.007 0.104 0.129 0.089 0.060 107 G 0.026 0.020 0.322 0.008 0.051 0.191 0.003 0.001 0.008 0.080 0.102 0.049 0.141 108 I 0.011 0.039 0.572 0.004 0.051 0.094 0.001 0.001 0.007 0.046 0.077 0.033 0.064 109 E 0.005 0.004 0.394 0.024 0.082 0.081 0.001 0.001 0.008 0.097 0.237 0.040 0.026 110 S 0.001 0.001 0.030 0.003 0.019 0.008 0.001 0.001 0.001 0.040 0.890 0.002 0.005 111 G 0.001 0.001 0.054 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.179 0.754 0.003 0.002 112 K 0.004 0.015 0.698 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.097 0.001 0.125 0.010 113 K 0.014 0.010 0.106 0.002 0.001 0.001 0.025 0.010 0.328 0.008 0.002 0.008 0.487 114 I 0.127 0.009 0.050 0.108 0.001 0.001 0.098 0.149 0.231 0.008 0.001 0.163 0.055 115 Q 0.145 0.001 0.007 0.017 0.001 0.001 0.194 0.188 0.300 0.001 0.001 0.065 0.080 116 V 0.116 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.201 0.331 0.196 0.001 0.001 0.030 0.112 117 S 0.022 0.002 0.057 0.068 0.002 0.001 0.059 0.205 0.364 0.022 0.020 0.138 0.040 118 G 0.010 0.006 0.238 0.016 0.003 0.001 0.008 0.016 0.080 0.369 0.118 0.047 0.089 119 R 0.004 0.012 0.551 0.024 0.006 0.002 0.002 0.002 0.045 0.224 0.064 0.039 0.025 120 R 0.010 0.016 0.368 0.043 0.034 0.005 0.008 0.006 0.043 0.208 0.162 0.014 0.083 121 Y 0.046 0.025 0.284 0.072 0.030 0.009 0.019 0.016 0.055 0.179 0.053 0.160 0.052 122 Y 0.161 0.017 0.085 0.025 0.011 0.007 0.077 0.056 0.088 0.032 0.011 0.058 0.372 123 I 0.225 0.013 0.060 0.064 0.008 0.008 0.144 0.079 0.134 0.019 0.009 0.130 0.106 124 E 0.092 0.013 0.114 0.075 0.006 0.010 0.086 0.071 0.203 0.053 0.044 0.130 0.102 125 G 0.064 0.010 0.241 0.045 0.010 0.013 0.041 0.065 0.123 0.097 0.035 0.032 0.225 126 R 0.032 0.006 0.146 0.062 0.008 0.019 0.013 0.031 0.112 0.154 0.036 0.355 0.026 127 E 0.064 0.014 0.068 0.005 0.022 0.038 0.066 0.061 0.179 0.033 0.033 0.008 0.408 128 I 0.074 0.027 0.168 0.080 0.050 0.057 0.054 0.079 0.099 0.067 0.039 0.180 0.026 129 D 0.050 0.019 0.306 0.014 0.044 0.067 0.013 0.017 0.059 0.108 0.059 0.048 0.197 130 L 0.020 0.023 0.229 0.018 0.145 0.138 0.005 0.004 0.015 0.100 0.234 0.017 0.052 131 G 0.014 0.017 0.223 0.017 0.129 0.101 0.004 0.003 0.019 0.163 0.232 0.052 0.026 132 Y 0.008 0.020 0.199 0.007 0.120 0.091 0.002 0.001 0.008 0.233 0.205 0.013 0.091 133 G 0.005 0.015 0.214 0.010 0.062 0.053 0.001 0.001 0.004 0.223 0.359 0.033 0.021 134 E 0.010 0.017 0.251 0.018 0.112 0.079 0.001 0.001 0.005 0.170 0.275 0.020 0.041 135 A 0.017 0.015 0.208 0.033 0.128 0.061 0.004 0.002 0.011 0.152 0.276 0.023 0.072 136 T 0.061 0.013 0.188 0.082 0.093 0.054 0.008 0.004 0.014 0.193 0.120 0.097 0.074 137 K 0.175 0.013 0.126 0.034 0.023 0.029 0.024 0.009 0.045 0.060 0.040 0.171 0.250 138 I 0.349 0.006 0.042 0.056 0.015 0.015 0.077 0.016 0.037 0.014 0.010 0.092 0.272 139 W 0.211 0.004 0.060 0.075 0.007 0.019 0.060 0.018 0.056 0.024 0.020 0.387 0.058 140 V 0.225 0.006 0.098 0.028 0.010 0.012 0.050 0.012 0.036 0.017 0.025 0.043 0.441 141 R 0.064 0.006 0.194 0.015 0.003 0.004 0.014 0.003 0.061 0.044 0.012 0.542 0.039 142 R 0.022 0.019 0.450 0.004 0.002 0.002 0.007 0.002 0.061 0.039 0.015 0.019 0.359 143 V 0.004 0.014 0.768 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.048 0.002 0.109 0.018