# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83.0494 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.130 0.014 0.306 0.497 0.001 0.008 0.003 0.001 0.003 0.004 0.002 0.003 0.009 0.001 0.001 0.018 2 K 0.017 0.007 0.090 0.118 0.017 0.727 0.002 0.002 0.001 0.002 0.004 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 3 L 0.001 0.065 0.007 0.135 0.010 0.196 0.001 0.018 0.001 0.001 0.543 0.006 0.013 0.002 0.001 0.001 4 S 0.002 0.249 0.010 0.169 0.005 0.014 0.003 0.012 0.033 0.002 0.024 0.452 0.015 0.002 0.005 0.002 5 R 0.035 0.034 0.220 0.300 0.011 0.018 0.026 0.010 0.033 0.004 0.015 0.018 0.127 0.006 0.017 0.127 6 L 0.028 0.010 0.788 0.111 0.007 0.006 0.004 0.003 0.002 0.002 0.002 0.002 0.016 0.001 0.003 0.016 7 V 0.002 0.001 0.004 0.004 0.786 0.015 0.121 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.001 0.001 8 P 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.955 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.033 0.001 9 G 0.001 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.894 0.065 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 10 V 0.987 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 P 0.001 0.009 0.929 0.057 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 A 0.002 0.005 0.044 0.945 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 R 0.001 0.003 0.031 0.963 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 I 0.001 0.001 0.008 0.524 0.050 0.413 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 K 0.001 0.679 0.004 0.291 0.001 0.006 0.001 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 R 0.001 0.004 0.002 0.954 0.003 0.016 0.001 0.002 0.009 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.027 0.020 0.524 0.366 0.019 0.014 0.004 0.006 0.001 0.001 0.007 0.003 0.005 0.001 0.001 0.002 18 E 0.004 0.034 0.034 0.572 0.048 0.263 0.002 0.006 0.002 0.009 0.005 0.009 0.007 0.001 0.001 0.003 19 V 0.004 0.023 0.007 0.112 0.519 0.181 0.016 0.014 0.001 0.004 0.090 0.007 0.009 0.011 0.001 0.001 20 S 0.001 0.069 0.003 0.024 0.002 0.302 0.001 0.353 0.005 0.007 0.086 0.090 0.023 0.001 0.032 0.001 21 G 0.002 0.005 0.002 0.006 0.001 0.010 0.001 0.002 0.050 0.063 0.639 0.116 0.088 0.001 0.001 0.018 22 E 0.036 0.002 0.002 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.689 0.216 0.001 0.001 0.001 23 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.047 0.919 0.001 0.001 0.001 24 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.031 0.956 0.001 0.001 0.001 25 E 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.988 0.001 0.001 0.001 26 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.986 0.001 0.001 0.002 27 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.937 0.031 0.001 0.003 28 V 0.001 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.911 0.004 0.055 0.004 29 G 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.019 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.083 0.762 0.004 0.120 30 M 0.022 0.002 0.045 0.004 0.001 0.001 0.021 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.005 0.811 0.011 31 G 0.011 0.006 0.160 0.010 0.001 0.005 0.022 0.001 0.017 0.013 0.004 0.002 0.058 0.004 0.005 0.681 32 F 0.836 0.011 0.052 0.073 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.008 33 V 0.003 0.002 0.020 0.013 0.772 0.027 0.108 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.001 0.001 34 P 0.001 0.004 0.002 0.007 0.001 0.008 0.001 0.942 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 35 G 0.001 0.017 0.001 0.011 0.001 0.003 0.001 0.001 0.839 0.112 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 36 E 0.961 0.009 0.007 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 37 E 0.002 0.002 0.928 0.066 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 I 0.003 0.004 0.152 0.836 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 E 0.001 0.002 0.007 0.987 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 I 0.001 0.002 0.003 0.819 0.024 0.146 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 V 0.001 0.147 0.007 0.811 0.007 0.011 0.001 0.009 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 42 Q 0.001 0.009 0.004 0.912 0.008 0.038 0.001 0.007 0.004 0.002 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 43 V 0.010 0.094 0.147 0.681 0.020 0.014 0.004 0.006 0.003 0.002 0.006 0.003 0.005 0.001 0.001 0.004 44 A 0.008 0.016 0.045 0.455 0.075 0.352 0.004 0.009 0.003 0.009 0.004 0.007 0.010 0.001 0.001 0.002 45 P 0.001 0.014 0.005 0.020 0.734 0.061 0.037 0.007 0.001 0.002 0.072 0.001 0.003 0.041 0.001 0.001 46 L 0.002 0.059 0.002 0.027 0.004 0.012 0.001 0.766 0.006 0.001 0.017 0.022 0.002 0.001 0.079 0.001 47 G 0.003 0.025 0.016 0.024 0.001 0.002 0.001 0.004 0.603 0.118 0.006 0.007 0.004 0.001 0.002 0.183 48 D 0.836 0.018 0.054 0.044 0.001 0.014 0.004 0.001 0.003 0.001 0.002 0.010 0.007 0.001 0.001 0.005 49 P 0.023 0.040 0.725 0.166 0.001 0.021 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.003 0.005 0.001 0.001 0.003 50 I 0.006 0.048 0.106 0.821 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 51 V 0.001 0.002 0.055 0.935 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 C 0.001 0.002 0.048 0.934 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 53 K 0.001 0.001 0.003 0.206 0.765 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 54 I 0.001 0.008 0.001 0.067 0.615 0.082 0.004 0.212 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 55 G 0.001 0.100 0.001 0.062 0.006 0.024 0.001 0.478 0.160 0.114 0.035 0.004 0.001 0.001 0.008 0.006 56 N 0.204 0.073 0.012 0.106 0.001 0.013 0.001 0.009 0.461 0.055 0.011 0.025 0.002 0.001 0.003 0.023 57 R 0.366 0.075 0.454 0.067 0.001 0.007 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.010 0.002 0.001 0.001 0.008 58 N 0.020 0.007 0.510 0.412 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 59 I 0.003 0.033 0.172 0.742 0.003 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 60 T 0.001 0.006 0.009 0.969 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 61 L 0.002 0.016 0.032 0.860 0.020 0.055 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 62 R 0.001 0.015 0.004 0.077 0.019 0.824 0.001 0.016 0.001 0.007 0.023 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 63 K 0.004 0.030 0.002 0.025 0.006 0.105 0.001 0.019 0.005 0.003 0.764 0.022 0.012 0.001 0.001 0.001 64 R 0.003 0.140 0.010 0.030 0.001 0.016 0.001 0.011 0.004 0.001 0.057 0.676 0.037 0.001 0.009 0.002 65 E 0.015 0.018 0.032 0.015 0.013 0.030 0.033 0.004 0.013 0.003 0.036 0.067 0.524 0.039 0.012 0.147 66 A 0.018 0.009 0.107 0.012 0.002 0.068 0.067 0.016 0.002 0.001 0.062 0.033 0.520 0.032 0.038 0.013 67 D 0.006 0.485 0.098 0.059 0.001 0.006 0.011 0.009 0.014 0.003 0.003 0.032 0.107 0.002 0.088 0.076 68 L 0.133 0.010 0.129 0.227 0.001 0.003 0.002 0.001 0.028 0.001 0.002 0.001 0.033 0.004 0.003 0.425 69 I 0.017 0.002 0.952 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 E 0.001 0.018 0.185 0.788 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 V 0.001 0.002 0.012 0.980 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 E 0.001 0.005 0.027 0.956 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 V 0.001 0.002 0.002 0.154 0.504 0.333 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 V 0.001 0.185 0.002 0.088 0.139 0.091 0.003 0.339 0.001 0.001 0.145 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 75 G 0.001 0.282 0.005 0.122 0.003 0.021 0.001 0.136 0.277 0.046 0.017 0.069 0.001 0.001 0.012 0.006 76 G 0.202 0.030 0.129 0.145 0.005 0.075 0.012 0.011 0.126 0.098 0.059 0.037 0.021 0.001 0.005 0.046 77 E 0.126 0.226 0.411 0.159 0.001 0.011 0.002 0.004 0.004 0.001 0.012 0.023 0.007 0.001 0.002 0.012 78 L 0.022 0.016 0.236 0.589 0.003 0.092 0.002 0.002 0.002 0.002 0.008 0.013 0.009 0.001 0.001 0.003 79 P 0.008 0.065 0.223 0.517 0.006 0.124 0.002 0.005 0.001 0.001 0.020 0.007 0.019 0.001 0.001 0.002 80 L 0.003 0.053 0.023 0.812 0.003 0.034 0.001 0.003 0.003 0.001 0.037 0.010 0.014 0.001 0.001 0.003 81 I 0.006 0.034 0.090 0.791 0.006 0.022 0.003 0.002 0.002 0.001 0.006 0.015 0.018 0.001 0.001 0.003 82 L 0.006 0.026 0.102 0.579 0.036 0.160 0.012 0.006 0.002 0.003 0.009 0.007 0.042 0.002 0.001 0.008 83 A 0.007 0.062 0.042 0.176 0.187 0.326 0.013 0.031 0.003 0.005 0.078 0.014 0.043 0.006 0.002 0.005 84 D 0.003 0.040 0.009 0.028 0.299 0.053 0.107 0.032 0.005 0.007 0.161 0.023 0.014 0.210 0.005 0.003 85 D 0.003 0.050 0.011 0.020 0.001 0.008 0.002 0.224 0.009 0.003 0.019 0.031 0.012 0.001 0.602 0.005 86 G 0.015 0.017 0.022 0.014 0.001 0.005 0.003 0.001 0.231 0.050 0.008 0.009 0.015 0.002 0.002 0.605 87 T 0.798 0.025 0.090 0.042 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.010 0.001 0.002 0.004 88 Y 0.009 0.026 0.677 0.141 0.002 0.095 0.004 0.003 0.001 0.001 0.008 0.007 0.019 0.001 0.001 0.006 89 E 0.007 0.115 0.098 0.700 0.003 0.032 0.001 0.003 0.002 0.001 0.013 0.007 0.014 0.001 0.001 0.004 90 I 0.006 0.019 0.069 0.701 0.046 0.094 0.007 0.003 0.003 0.002 0.015 0.010 0.019 0.004 0.001 0.002 91 T 0.004 0.069 0.135 0.569 0.024 0.057 0.005 0.038 0.002 0.001 0.029 0.012 0.043 0.001 0.007 0.003 92 K 0.007 0.037 0.026 0.293 0.193 0.177 0.020 0.011 0.039 0.034 0.033 0.036 0.049 0.015 0.001 0.029 93 L 0.016 0.023 0.021 0.047 0.595 0.043 0.078 0.033 0.002 0.002 0.051 0.019 0.026 0.035 0.006 0.002 94 N 0.002 0.041 0.022 0.022 0.183 0.025 0.065 0.355 0.012 0.013 0.037 0.030 0.021 0.074 0.089 0.011 95 G 0.015 0.023 0.014 0.032 0.005 0.011 0.006 0.303 0.148 0.122 0.033 0.025 0.029 0.004 0.163 0.067 96 G 0.250 0.038 0.049 0.036 0.002 0.027 0.006 0.009 0.171 0.124 0.032 0.059 0.062 0.001 0.012 0.122 97 R 0.472 0.029 0.161 0.052 0.001 0.047 0.003 0.003 0.006 0.005 0.052 0.087 0.064 0.001 0.003 0.013 98 R 0.031 0.045 0.250 0.126 0.004 0.155 0.002 0.005 0.002 0.002 0.071 0.163 0.135 0.001 0.002 0.005 99 F 0.004 0.026 0.031 0.093 0.005 0.258 0.002 0.004 0.001 0.001 0.133 0.108 0.329 0.001 0.001 0.003 100 L 0.002 0.030 0.017 0.067 0.003 0.046 0.005 0.003 0.001 0.001 0.155 0.146 0.517 0.002 0.002 0.003 101 F 0.002 0.018 0.019 0.071 0.001 0.013 0.003 0.005 0.001 0.001 0.021 0.129 0.707 0.001 0.005 0.005 102 R 0.002 0.009 0.014 0.031 0.001 0.049 0.004 0.001 0.002 0.001 0.007 0.027 0.831 0.004 0.002 0.016 103 M 0.003 0.004 0.019 0.021 0.003 0.030 0.019 0.001 0.001 0.001 0.035 0.014 0.835 0.006 0.005 0.004 104 K 0.001 0.036 0.027 0.034 0.002 0.012 0.005 0.006 0.001 0.001 0.025 0.051 0.767 0.004 0.016 0.013 105 N 0.004 0.003 0.007 0.015 0.014 0.004 0.038 0.001 0.003 0.001 0.003 0.003 0.094 0.764 0.002 0.044 106 L 0.007 0.017 0.166 0.023 0.001 0.002 0.013 0.026 0.001 0.001 0.003 0.003 0.084 0.002 0.644 0.009 107 G 0.007 0.009 0.116 0.049 0.003 0.022 0.014 0.003 0.028 0.033 0.006 0.003 0.092 0.004 0.003 0.607 108 I 0.755 0.014 0.037 0.058 0.019 0.032 0.005 0.005 0.001 0.001 0.018 0.010 0.039 0.002 0.001 0.004 109 E 0.002 0.013 0.017 0.009 0.541 0.034 0.105 0.005 0.001 0.001 0.020 0.006 0.006 0.238 0.001 0.002 110 S 0.001 0.013 0.004 0.012 0.001 0.005 0.001 0.603 0.001 0.001 0.007 0.002 0.002 0.001 0.347 0.001 111 G 0.003 0.011 0.006 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.745 0.071 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.140 112 K 0.958 0.005 0.016 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 K 0.003 0.002 0.806 0.184 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 I 0.002 0.003 0.072 0.916 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 Q 0.001 0.001 0.006 0.974 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 V 0.001 0.001 0.001 0.064 0.917 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 S 0.001 0.021 0.001 0.097 0.035 0.016 0.001 0.817 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 118 G 0.001 0.030 0.002 0.067 0.011 0.017 0.001 0.019 0.450 0.373 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.012 119 R 0.549 0.054 0.041 0.111 0.011 0.067 0.004 0.032 0.022 0.019 0.037 0.038 0.007 0.001 0.004 0.003 120 R 0.042 0.083 0.322 0.159 0.016 0.113 0.006 0.023 0.023 0.019 0.099 0.061 0.018 0.002 0.004 0.011 121 Y 0.038 0.146 0.076 0.317 0.027 0.101 0.013 0.014 0.014 0.007 0.052 0.147 0.030 0.005 0.005 0.007 122 Y 0.018 0.070 0.140 0.536 0.008 0.043 0.005 0.014 0.016 0.004 0.029 0.031 0.067 0.001 0.007 0.012 123 I 0.032 0.037 0.148 0.474 0.020 0.071 0.019 0.004 0.009 0.012 0.024 0.040 0.087 0.002 0.002 0.021 124 E 0.026 0.093 0.101 0.569 0.017 0.053 0.006 0.014 0.004 0.002 0.020 0.025 0.055 0.003 0.003 0.008 125 G 0.007 0.016 0.053 0.388 0.016 0.300 0.004 0.015 0.009 0.009 0.053 0.020 0.103 0.001 0.003 0.004 126 R 0.008 0.258 0.032 0.156 0.007 0.140 0.004 0.006 0.006 0.004 0.102 0.116 0.154 0.001 0.002 0.004 127 E 0.012 0.052 0.028 0.402 0.043 0.039 0.012 0.008 0.005 0.001 0.131 0.087 0.140 0.027 0.003 0.011 128 I 0.008 0.024 0.241 0.206 0.014 0.040 0.008 0.038 0.004 0.002 0.015 0.050 0.273 0.004 0.065 0.007 129 D 0.005 0.036 0.033 0.123 0.092 0.092 0.102 0.004 0.015 0.020 0.024 0.021 0.314 0.047 0.004 0.069 130 L 0.063 0.055 0.033 0.201 0.022 0.051 0.010 0.112 0.006 0.002 0.072 0.038 0.253 0.005 0.064 0.013 131 G 0.007 0.019 0.062 0.034 0.210 0.022 0.139 0.009 0.023 0.035 0.019 0.020 0.053 0.275 0.004 0.069 132 Y 0.057 0.029 0.041 0.061 0.005 0.017 0.005 0.301 0.004 0.002 0.012 0.015 0.046 0.002 0.397 0.006 133 G 0.009 0.017 0.052 0.034 0.018 0.088 0.020 0.010 0.121 0.223 0.078 0.021 0.101 0.010 0.003 0.195 134 E 0.451 0.100 0.028 0.059 0.003 0.041 0.005 0.025 0.006 0.002 0.079 0.120 0.062 0.002 0.014 0.005 135 A 0.018 0.107 0.232 0.133 0.006 0.102 0.020 0.007 0.033 0.008 0.050 0.112 0.109 0.008 0.009 0.046 136 T 0.034 0.293 0.282 0.282 0.001 0.010 0.003 0.004 0.004 0.001 0.004 0.021 0.034 0.001 0.013 0.014 137 K 0.018 0.012 0.305 0.602 0.001 0.019 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.002 0.014 0.001 0.001 0.014 138 I 0.022 0.017 0.382 0.556 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 139 W 0.001 0.004 0.030 0.953 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 V 0.002 0.013 0.022 0.929 0.010 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 141 R 0.001 0.019 0.013 0.948 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 R 0.003 0.019 0.018 0.511 0.105 0.321 0.003 0.003 0.002 0.005 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 143 V 0.006 0.204 0.027 0.366 0.074 0.112 0.005 0.043 0.002 0.003 0.145 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001