# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83.0494 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.026 0.050 0.015 0.053 0.055 0.063 0.109 0.005 0.007 0.045 0.571 2 K 0.440 0.093 0.003 0.018 0.034 0.034 0.043 0.020 0.002 0.033 0.280 3 L 0.377 0.047 0.002 0.012 0.014 0.023 0.071 0.026 0.001 0.044 0.384 4 S 0.049 0.006 0.001 0.029 0.028 0.045 0.083 0.002 0.001 0.063 0.693 5 R 0.016 0.003 0.002 0.010 0.014 0.047 0.107 0.001 0.002 0.061 0.737 6 L 0.023 0.001 0.001 0.013 0.032 0.022 0.093 0.002 0.001 0.025 0.788 7 V 0.897 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.014 0.001 0.001 0.014 0.065 8 P 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.008 0.066 0.001 0.001 0.004 0.914 9 G 0.009 0.001 0.001 0.006 0.005 0.017 0.122 0.001 0.001 0.011 0.828 10 V 0.006 0.002 0.001 0.029 0.465 0.207 0.080 0.001 0.001 0.035 0.174 11 P 0.003 0.002 0.001 0.060 0.061 0.233 0.085 0.001 0.001 0.032 0.523 12 A 0.001 0.001 0.001 0.099 0.344 0.405 0.018 0.001 0.001 0.021 0.110 13 R 0.002 0.001 0.001 0.103 0.306 0.488 0.011 0.001 0.001 0.030 0.057 14 I 0.010 0.002 0.001 0.118 0.286 0.266 0.022 0.002 0.001 0.086 0.208 15 K 0.001 0.001 0.001 0.144 0.354 0.416 0.011 0.001 0.001 0.022 0.051 16 R 0.007 0.002 0.001 0.076 0.211 0.353 0.032 0.001 0.001 0.059 0.259 17 L 0.005 0.002 0.001 0.160 0.308 0.226 0.046 0.001 0.001 0.033 0.217 18 E 0.068 0.029 0.002 0.088 0.086 0.106 0.093 0.003 0.001 0.056 0.468 19 V 0.103 0.102 0.002 0.021 0.016 0.018 0.096 0.008 0.001 0.054 0.578 20 S 0.061 0.444 0.001 0.005 0.003 0.005 0.048 0.009 0.001 0.038 0.387 21 G 0.023 0.699 0.001 0.006 0.005 0.009 0.038 0.002 0.001 0.044 0.173 22 E 0.010 0.786 0.003 0.004 0.012 0.006 0.018 0.002 0.001 0.053 0.106 23 L 0.019 0.919 0.001 0.002 0.003 0.003 0.006 0.005 0.001 0.017 0.027 24 H 0.011 0.945 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.019 0.012 25 E 0.020 0.870 0.005 0.002 0.004 0.003 0.007 0.002 0.001 0.029 0.058 26 K 0.069 0.772 0.030 0.004 0.002 0.004 0.016 0.018 0.010 0.026 0.050 27 L 0.227 0.083 0.216 0.010 0.005 0.008 0.039 0.041 0.150 0.109 0.112 28 V 0.741 0.007 0.002 0.003 0.002 0.004 0.023 0.003 0.001 0.010 0.205 29 G 0.013 0.005 0.001 0.012 0.001 0.006 0.060 0.002 0.001 0.007 0.892 30 M 0.033 0.001 0.002 0.026 0.011 0.015 0.148 0.001 0.001 0.028 0.735 31 G 0.012 0.001 0.001 0.016 0.024 0.046 0.123 0.001 0.001 0.051 0.725 32 F 0.005 0.001 0.001 0.011 0.013 0.009 0.072 0.001 0.001 0.009 0.880 33 V 0.662 0.002 0.001 0.040 0.010 0.011 0.057 0.003 0.001 0.046 0.168 34 P 0.017 0.002 0.001 0.009 0.004 0.013 0.103 0.001 0.001 0.018 0.832 35 G 0.009 0.003 0.001 0.032 0.006 0.030 0.129 0.001 0.001 0.013 0.777 36 E 0.003 0.006 0.001 0.058 0.299 0.348 0.060 0.001 0.001 0.032 0.193 37 E 0.003 0.005 0.001 0.048 0.157 0.353 0.054 0.001 0.001 0.039 0.339 38 I 0.003 0.005 0.001 0.076 0.377 0.361 0.018 0.001 0.001 0.023 0.137 39 E 0.005 0.005 0.002 0.050 0.349 0.459 0.012 0.001 0.001 0.035 0.081 40 I 0.020 0.005 0.001 0.051 0.294 0.419 0.019 0.002 0.001 0.054 0.134 41 V 0.012 0.002 0.001 0.058 0.336 0.335 0.028 0.002 0.001 0.059 0.168 42 Q 0.006 0.002 0.001 0.066 0.247 0.366 0.036 0.001 0.001 0.023 0.252 43 V 0.013 0.004 0.007 0.028 0.117 0.165 0.065 0.004 0.009 0.091 0.498 44 A 0.327 0.001 0.002 0.012 0.067 0.037 0.068 0.005 0.002 0.048 0.431 45 P 0.634 0.001 0.001 0.004 0.003 0.005 0.030 0.001 0.001 0.028 0.293 46 L 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.006 0.068 0.001 0.001 0.004 0.913 47 G 0.010 0.001 0.001 0.006 0.006 0.012 0.133 0.001 0.001 0.012 0.821 48 D 0.011 0.004 0.001 0.027 0.282 0.190 0.123 0.003 0.001 0.053 0.307 49 P 0.006 0.004 0.001 0.056 0.049 0.186 0.087 0.001 0.001 0.075 0.535 50 I 0.001 0.001 0.001 0.048 0.261 0.565 0.018 0.001 0.001 0.032 0.073 51 V 0.003 0.001 0.001 0.078 0.276 0.330 0.023 0.001 0.001 0.057 0.232 52 C 0.001 0.001 0.001 0.088 0.471 0.360 0.008 0.001 0.001 0.018 0.054 53 K 0.020 0.001 0.001 0.082 0.258 0.329 0.028 0.001 0.001 0.063 0.217 54 I 0.477 0.001 0.001 0.031 0.065 0.070 0.045 0.004 0.001 0.086 0.219 55 G 0.007 0.001 0.001 0.021 0.027 0.066 0.096 0.001 0.001 0.014 0.765 56 N 0.004 0.002 0.001 0.013 0.020 0.089 0.117 0.001 0.001 0.025 0.730 57 R 0.002 0.002 0.001 0.024 0.530 0.261 0.035 0.001 0.001 0.026 0.119 58 N 0.004 0.007 0.001 0.056 0.210 0.318 0.035 0.001 0.001 0.043 0.325 59 I 0.002 0.008 0.001 0.047 0.437 0.342 0.016 0.001 0.001 0.016 0.131 60 T 0.009 0.033 0.001 0.070 0.284 0.366 0.027 0.001 0.001 0.035 0.173 61 L 0.017 0.073 0.003 0.044 0.327 0.214 0.028 0.003 0.001 0.032 0.257 62 R 0.105 0.337 0.003 0.022 0.148 0.113 0.026 0.018 0.002 0.029 0.197 63 K 0.190 0.197 0.009 0.020 0.095 0.108 0.043 0.012 0.005 0.058 0.264 64 R 0.131 0.105 0.026 0.020 0.121 0.092 0.056 0.008 0.005 0.057 0.379 65 E 0.190 0.050 0.005 0.020 0.068 0.141 0.065 0.011 0.002 0.034 0.416 66 A 0.048 0.013 0.009 0.023 0.055 0.091 0.137 0.004 0.001 0.044 0.575 67 D 0.006 0.007 0.002 0.065 0.136 0.410 0.053 0.002 0.001 0.028 0.292 68 L 0.005 0.004 0.001 0.041 0.100 0.366 0.039 0.001 0.001 0.067 0.374 69 I 0.002 0.002 0.001 0.048 0.437 0.349 0.018 0.001 0.001 0.033 0.111 70 E 0.002 0.002 0.001 0.090 0.301 0.414 0.015 0.001 0.001 0.045 0.131 71 V 0.001 0.001 0.001 0.065 0.468 0.324 0.011 0.001 0.001 0.020 0.109 72 E 0.003 0.002 0.002 0.115 0.341 0.368 0.019 0.001 0.002 0.041 0.107 73 V 0.135 0.005 0.002 0.047 0.124 0.158 0.057 0.005 0.002 0.073 0.393 74 V 0.267 0.004 0.001 0.022 0.035 0.036 0.066 0.006 0.001 0.045 0.516 75 G 0.032 0.002 0.001 0.007 0.005 0.012 0.088 0.001 0.001 0.016 0.836 76 G 0.008 0.006 0.001 0.009 0.013 0.028 0.103 0.001 0.001 0.016 0.816 77 E 0.023 0.023 0.001 0.011 0.082 0.056 0.077 0.004 0.001 0.016 0.708 78 L 0.109 0.067 0.005 0.017 0.085 0.064 0.082 0.011 0.001 0.049 0.509 79 P 0.126 0.074 0.002 0.021 0.058 0.128 0.081 0.009 0.001 0.056 0.445 80 L 0.055 0.034 0.003 0.034 0.081 0.160 0.087 0.005 0.001 0.055 0.485 81 I 0.023 0.015 0.005 0.080 0.121 0.229 0.075 0.004 0.004 0.056 0.389 82 L 0.129 0.013 0.008 0.035 0.078 0.113 0.073 0.006 0.007 0.111 0.427 83 A 0.241 0.005 0.001 0.026 0.032 0.035 0.069 0.004 0.001 0.066 0.521 84 D 0.087 0.004 0.001 0.012 0.011 0.019 0.078 0.002 0.001 0.027 0.759 85 D 0.011 0.002 0.001 0.006 0.004 0.011 0.111 0.001 0.001 0.013 0.840 86 G 0.015 0.009 0.001 0.022 0.075 0.108 0.142 0.002 0.001 0.039 0.586 87 T 0.010 0.006 0.001 0.033 0.176 0.353 0.070 0.002 0.001 0.048 0.301 88 Y 0.006 0.007 0.001 0.034 0.193 0.235 0.064 0.001 0.001 0.044 0.413 89 E 0.012 0.010 0.001 0.047 0.269 0.356 0.037 0.002 0.001 0.040 0.226 90 I 0.025 0.011 0.001 0.047 0.206 0.256 0.059 0.003 0.001 0.057 0.333 91 T 0.010 0.007 0.003 0.078 0.242 0.321 0.054 0.002 0.003 0.050 0.231 92 K 0.062 0.012 0.004 0.037 0.118 0.230 0.068 0.003 0.003 0.073 0.390 93 L 0.101 0.011 0.001 0.039 0.071 0.071 0.086 0.004 0.001 0.055 0.559 94 N 0.138 0.023 0.001 0.021 0.036 0.038 0.108 0.003 0.001 0.031 0.600 95 G 0.013 0.048 0.001 0.011 0.010 0.020 0.101 0.002 0.001 0.016 0.779 96 G 0.032 0.267 0.001 0.012 0.021 0.033 0.085 0.004 0.001 0.029 0.515 97 R 0.029 0.411 0.002 0.035 0.088 0.097 0.063 0.003 0.001 0.046 0.227 98 R 0.018 0.533 0.003 0.021 0.043 0.043 0.044 0.003 0.001 0.042 0.248 99 F 0.037 0.772 0.002 0.008 0.022 0.028 0.014 0.010 0.001 0.019 0.088 100 L 0.047 0.754 0.003 0.008 0.017 0.023 0.016 0.006 0.001 0.046 0.080 101 F 0.043 0.478 0.018 0.010 0.033 0.032 0.030 0.004 0.003 0.169 0.180 102 R 0.120 0.495 0.016 0.010 0.019 0.031 0.042 0.025 0.004 0.059 0.178 103 M 0.288 0.159 0.044 0.008 0.020 0.020 0.050 0.032 0.017 0.077 0.285 104 K 0.310 0.097 0.005 0.011 0.024 0.037 0.055 0.008 0.001 0.031 0.420 105 N 0.052 0.062 0.001 0.011 0.009 0.028 0.083 0.006 0.001 0.023 0.723 106 L 0.040 0.018 0.005 0.059 0.065 0.093 0.127 0.003 0.002 0.084 0.503 107 G 0.031 0.008 0.020 0.019 0.039 0.073 0.097 0.004 0.018 0.145 0.546 108 I 0.146 0.003 0.001 0.014 0.022 0.018 0.084 0.004 0.001 0.026 0.680 109 E 0.754 0.001 0.001 0.008 0.003 0.004 0.027 0.002 0.001 0.021 0.179 110 S 0.004 0.001 0.001 0.011 0.001 0.009 0.099 0.001 0.001 0.006 0.868 111 G 0.002 0.001 0.001 0.026 0.006 0.034 0.101 0.001 0.001 0.020 0.808 112 K 0.002 0.001 0.001 0.050 0.615 0.185 0.029 0.001 0.001 0.033 0.084 113 K 0.002 0.001 0.001 0.216 0.085 0.207 0.041 0.001 0.001 0.086 0.360 114 I 0.001 0.001 0.001 0.171 0.370 0.281 0.016 0.001 0.001 0.036 0.123 115 Q 0.002 0.001 0.001 0.280 0.270 0.317 0.012 0.001 0.001 0.049 0.068 116 V 0.005 0.001 0.001 0.254 0.223 0.245 0.029 0.001 0.001 0.066 0.174 117 S 0.007 0.002 0.001 0.326 0.169 0.237 0.044 0.001 0.001 0.050 0.162 118 G 0.028 0.005 0.002 0.113 0.116 0.176 0.095 0.003 0.001 0.058 0.403 119 R 0.040 0.008 0.001 0.098 0.081 0.152 0.128 0.004 0.001 0.069 0.417 120 R 0.023 0.008 0.001 0.075 0.061 0.111 0.137 0.002 0.001 0.053 0.528 121 Y 0.009 0.007 0.002 0.180 0.102 0.225 0.094 0.002 0.001 0.051 0.327 122 Y 0.031 0.014 0.002 0.136 0.132 0.211 0.081 0.003 0.001 0.074 0.316 123 I 0.060 0.018 0.002 0.114 0.093 0.120 0.094 0.004 0.001 0.086 0.410 124 E 0.033 0.029 0.002 0.098 0.062 0.097 0.115 0.005 0.001 0.039 0.520 125 G 0.038 0.039 0.002 0.065 0.026 0.074 0.116 0.004 0.001 0.058 0.577 126 R 0.053 0.079 0.003 0.078 0.114 0.119 0.106 0.006 0.001 0.065 0.374 127 E 0.069 0.091 0.004 0.068 0.080 0.145 0.088 0.009 0.001 0.057 0.388 128 I 0.081 0.072 0.008 0.061 0.071 0.082 0.104 0.009 0.002 0.053 0.456 129 D 0.128 0.097 0.007 0.072 0.065 0.138 0.098 0.014 0.002 0.082 0.296 130 L 0.111 0.067 0.003 0.033 0.043 0.078 0.114 0.010 0.001 0.067 0.473 131 G 0.045 0.060 0.006 0.064 0.086 0.140 0.110 0.006 0.002 0.091 0.391 132 Y 0.037 0.028 0.004 0.038 0.044 0.091 0.139 0.003 0.002 0.231 0.383 133 G 0.049 0.039 0.008 0.044 0.060 0.087 0.153 0.008 0.004 0.160 0.388 134 E 0.191 0.047 0.004 0.032 0.049 0.060 0.107 0.012 0.002 0.070 0.426 135 A 0.043 0.032 0.002 0.038 0.025 0.090 0.140 0.006 0.001 0.051 0.573 136 T 0.012 0.022 0.002 0.060 0.057 0.167 0.108 0.003 0.001 0.057 0.511 137 K 0.012 0.014 0.002 0.087 0.180 0.339 0.057 0.002 0.001 0.065 0.240 138 I 0.015 0.007 0.003 0.093 0.191 0.181 0.064 0.003 0.001 0.082 0.361 139 W 0.013 0.003 0.002 0.150 0.227 0.285 0.049 0.002 0.001 0.056 0.212 140 V 0.015 0.003 0.001 0.104 0.110 0.218 0.065 0.001 0.001 0.065 0.417 141 R 0.013 0.003 0.001 0.109 0.140 0.202 0.086 0.001 0.001 0.050 0.395 142 R 0.020 0.005 0.001 0.074 0.082 0.121 0.102 0.002 0.001 0.058 0.533 143 V 0.025 0.007 0.001 0.055 0.067 0.077 0.123 0.003 0.001 0.050 0.591