# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83.0494 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.021 0.022 0.035 0.115 0.109 0.122 0.104 0.473 2 K 0.147 0.067 0.029 0.053 0.078 0.087 0.087 0.452 3 L 0.227 0.047 0.022 0.060 0.071 0.070 0.048 0.455 4 S 0.102 0.025 0.019 0.059 0.085 0.083 0.044 0.582 5 R 0.011 0.004 0.039 0.050 0.106 0.103 0.059 0.627 6 L 0.088 0.002 0.022 0.036 0.057 0.115 0.025 0.655 7 V 0.703 0.001 0.008 0.025 0.015 0.032 0.044 0.171 8 P 0.009 0.001 0.006 0.006 0.026 0.105 0.004 0.845 9 G 0.007 0.001 0.016 0.007 0.052 0.060 0.012 0.846 10 V 0.034 0.002 0.026 0.363 0.188 0.079 0.034 0.274 11 P 0.004 0.001 0.091 0.112 0.266 0.065 0.026 0.434 12 A 0.001 0.001 0.091 0.233 0.506 0.018 0.018 0.132 13 R 0.002 0.001 0.153 0.400 0.385 0.008 0.018 0.034 14 I 0.004 0.001 0.142 0.285 0.274 0.022 0.030 0.242 15 K 0.003 0.001 0.148 0.385 0.374 0.014 0.013 0.063 16 R 0.012 0.003 0.152 0.149 0.288 0.052 0.044 0.301 17 L 0.013 0.007 0.134 0.163 0.192 0.078 0.041 0.370 18 E 0.075 0.027 0.077 0.106 0.115 0.092 0.045 0.463 19 V 0.153 0.192 0.021 0.027 0.030 0.083 0.075 0.419 20 S 0.044 0.526 0.009 0.006 0.010 0.043 0.032 0.331 21 G 0.025 0.791 0.007 0.005 0.005 0.021 0.029 0.117 22 E 0.010 0.929 0.002 0.005 0.004 0.008 0.012 0.031 23 L 0.013 0.961 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.010 24 H 0.011 0.911 0.001 0.002 0.002 0.003 0.061 0.009 25 E 0.009 0.686 0.019 0.014 0.010 0.008 0.212 0.043 26 K 0.028 0.690 0.029 0.024 0.026 0.017 0.121 0.065 27 L 0.269 0.073 0.172 0.032 0.044 0.040 0.275 0.096 28 V 0.768 0.006 0.010 0.008 0.006 0.025 0.022 0.155 29 G 0.046 0.001 0.002 0.002 0.003 0.021 0.004 0.921 30 M 0.003 0.001 0.004 0.003 0.010 0.112 0.004 0.863 31 G 0.002 0.001 0.038 0.077 0.194 0.205 0.026 0.457 32 F 0.014 0.001 0.013 0.017 0.018 0.055 0.012 0.871 33 V 0.599 0.001 0.039 0.062 0.021 0.037 0.073 0.168 34 P 0.039 0.001 0.011 0.007 0.021 0.063 0.006 0.852 35 G 0.010 0.001 0.036 0.012 0.072 0.065 0.012 0.792 36 E 0.003 0.002 0.131 0.244 0.330 0.063 0.021 0.206 37 E 0.003 0.003 0.079 0.193 0.273 0.048 0.028 0.374 38 I 0.005 0.005 0.125 0.367 0.232 0.020 0.046 0.200 39 E 0.007 0.005 0.194 0.342 0.333 0.014 0.047 0.058 40 I 0.036 0.010 0.145 0.218 0.339 0.023 0.040 0.189 41 V 0.027 0.005 0.133 0.323 0.281 0.029 0.022 0.180 42 Q 0.013 0.004 0.045 0.198 0.320 0.055 0.040 0.325 43 V 0.013 0.002 0.044 0.078 0.116 0.078 0.034 0.634 44 A 0.363 0.002 0.021 0.114 0.083 0.073 0.036 0.308 45 P 0.419 0.001 0.007 0.012 0.014 0.056 0.031 0.461 46 L 0.008 0.001 0.007 0.006 0.023 0.139 0.008 0.809 47 G 0.007 0.001 0.006 0.003 0.012 0.057 0.008 0.907 48 D 0.146 0.009 0.015 0.105 0.064 0.138 0.082 0.441 49 P 0.006 0.003 0.059 0.050 0.122 0.099 0.030 0.631 50 I 0.002 0.001 0.139 0.200 0.539 0.017 0.019 0.083 51 V 0.001 0.001 0.148 0.302 0.396 0.010 0.043 0.098 52 C 0.001 0.001 0.292 0.440 0.186 0.008 0.019 0.054 53 K 0.077 0.002 0.209 0.219 0.314 0.021 0.045 0.114 54 I 0.234 0.002 0.116 0.048 0.047 0.063 0.050 0.439 55 G 0.025 0.003 0.059 0.025 0.085 0.109 0.008 0.686 56 N 0.004 0.002 0.032 0.017 0.095 0.067 0.042 0.741 57 R 0.003 0.009 0.083 0.266 0.327 0.057 0.063 0.192 58 N 0.004 0.012 0.096 0.348 0.315 0.018 0.085 0.121 59 I 0.010 0.035 0.102 0.372 0.201 0.028 0.034 0.218 60 T 0.008 0.042 0.303 0.173 0.275 0.020 0.065 0.115 61 L 0.016 0.091 0.176 0.211 0.184 0.035 0.144 0.143 62 R 0.110 0.310 0.054 0.074 0.086 0.034 0.167 0.165 63 K 0.146 0.208 0.031 0.044 0.050 0.060 0.156 0.305 64 R 0.046 0.156 0.031 0.037 0.050 0.078 0.106 0.495 65 E 0.239 0.082 0.020 0.024 0.048 0.063 0.103 0.422 66 A 0.108 0.023 0.019 0.023 0.027 0.100 0.095 0.606 67 D 0.027 0.018 0.038 0.046 0.114 0.102 0.033 0.622 68 L 0.010 0.006 0.028 0.026 0.107 0.072 0.031 0.720 69 I 0.005 0.006 0.125 0.268 0.254 0.089 0.026 0.228 70 E 0.009 0.008 0.146 0.168 0.349 0.045 0.050 0.226 71 V 0.012 0.012 0.123 0.251 0.178 0.048 0.073 0.304 72 E 0.037 0.014 0.189 0.205 0.172 0.057 0.061 0.265 73 V 0.187 0.014 0.069 0.072 0.067 0.063 0.083 0.445 74 V 0.165 0.021 0.033 0.034 0.040 0.075 0.045 0.587 75 G 0.067 0.009 0.014 0.012 0.022 0.073 0.020 0.784 76 G 0.018 0.020 0.009 0.025 0.033 0.101 0.020 0.774 77 E 0.044 0.053 0.012 0.021 0.034 0.086 0.018 0.731 78 L 0.138 0.130 0.021 0.082 0.077 0.083 0.064 0.405 79 P 0.069 0.139 0.030 0.062 0.086 0.072 0.043 0.501 80 L 0.079 0.066 0.045 0.102 0.125 0.065 0.073 0.445 81 I 0.038 0.026 0.053 0.152 0.156 0.096 0.096 0.383 82 L 0.092 0.014 0.040 0.045 0.080 0.088 0.108 0.532 83 A 0.348 0.008 0.012 0.019 0.020 0.069 0.056 0.469 84 D 0.123 0.009 0.005 0.007 0.012 0.066 0.030 0.748 85 D 0.013 0.005 0.007 0.005 0.020 0.119 0.010 0.820 86 G 0.027 0.009 0.025 0.038 0.107 0.123 0.034 0.637 87 T 0.026 0.011 0.028 0.110 0.107 0.090 0.091 0.537 88 Y 0.008 0.013 0.069 0.147 0.183 0.081 0.072 0.427 89 E 0.024 0.020 0.058 0.152 0.220 0.063 0.045 0.418 90 I 0.028 0.012 0.091 0.181 0.153 0.063 0.079 0.393 91 T 0.039 0.029 0.085 0.124 0.163 0.086 0.084 0.389 92 K 0.075 0.033 0.056 0.083 0.143 0.107 0.062 0.442 93 L 0.081 0.022 0.027 0.035 0.044 0.122 0.027 0.642 94 N 0.249 0.096 0.017 0.027 0.043 0.088 0.056 0.424 95 G 0.051 0.145 0.010 0.015 0.038 0.100 0.029 0.612 96 G 0.043 0.268 0.017 0.028 0.063 0.073 0.044 0.465 97 R 0.046 0.493 0.015 0.068 0.064 0.051 0.046 0.216 98 R 0.026 0.480 0.020 0.064 0.076 0.049 0.039 0.246 99 F 0.024 0.773 0.015 0.028 0.041 0.015 0.030 0.074 100 L 0.046 0.759 0.014 0.021 0.027 0.016 0.038 0.079 101 F 0.041 0.323 0.079 0.083 0.052 0.030 0.238 0.153 102 R 0.104 0.526 0.019 0.033 0.033 0.027 0.102 0.156 103 M 0.488 0.112 0.028 0.012 0.018 0.037 0.075 0.229 104 K 0.168 0.066 0.008 0.026 0.025 0.067 0.034 0.606 105 N 0.025 0.010 0.002 0.006 0.011 0.033 0.010 0.903 106 L 0.017 0.007 0.009 0.047 0.053 0.166 0.048 0.654 107 G 0.013 0.002 0.038 0.079 0.086 0.108 0.158 0.515 108 I 0.429 0.001 0.010 0.010 0.013 0.048 0.044 0.445 109 E 0.688 0.001 0.006 0.004 0.003 0.020 0.024 0.255 110 S 0.018 0.001 0.011 0.003 0.018 0.111 0.004 0.835 111 G 0.001 0.001 0.044 0.007 0.075 0.102 0.013 0.758 112 K 0.001 0.001 0.175 0.326 0.292 0.043 0.026 0.138 113 K 0.001 0.001 0.278 0.249 0.202 0.018 0.050 0.203 114 I 0.001 0.001 0.308 0.335 0.182 0.012 0.029 0.133 115 Q 0.001 0.001 0.628 0.162 0.147 0.007 0.015 0.040 116 V 0.011 0.001 0.378 0.204 0.156 0.025 0.052 0.173 117 S 0.011 0.002 0.415 0.100 0.135 0.053 0.045 0.238 118 G 0.046 0.004 0.101 0.059 0.128 0.110 0.054 0.497 119 R 0.039 0.006 0.062 0.069 0.095 0.139 0.068 0.522 120 R 0.013 0.005 0.082 0.052 0.117 0.156 0.055 0.521 121 Y 0.010 0.008 0.151 0.101 0.202 0.098 0.097 0.333 122 Y 0.019 0.010 0.163 0.103 0.132 0.093 0.071 0.409 123 I 0.050 0.020 0.208 0.126 0.132 0.087 0.094 0.283 124 E 0.040 0.032 0.093 0.073 0.152 0.131 0.083 0.398 125 G 0.031 0.035 0.089 0.041 0.103 0.116 0.114 0.471 126 R 0.034 0.101 0.121 0.124 0.173 0.109 0.091 0.248 127 E 0.025 0.072 0.107 0.068 0.159 0.100 0.097 0.373 128 I 0.044 0.055 0.128 0.167 0.176 0.081 0.110 0.239 129 D 0.080 0.080 0.090 0.131 0.197 0.087 0.112 0.222 130 L 0.084 0.068 0.061 0.043 0.085 0.142 0.056 0.461 131 G 0.051 0.057 0.058 0.103 0.152 0.103 0.071 0.405 132 Y 0.022 0.036 0.038 0.040 0.111 0.107 0.183 0.463 133 G 0.057 0.081 0.052 0.058 0.097 0.114 0.270 0.271 134 E 0.175 0.074 0.028 0.090 0.111 0.099 0.103 0.320 135 A 0.018 0.026 0.024 0.033 0.087 0.128 0.090 0.596 136 T 0.004 0.011 0.097 0.080 0.294 0.116 0.102 0.296 137 K 0.011 0.004 0.090 0.250 0.360 0.052 0.112 0.121 138 I 0.011 0.003 0.159 0.241 0.224 0.055 0.063 0.245 139 W 0.007 0.002 0.210 0.157 0.396 0.042 0.042 0.144 140 V 0.008 0.002 0.118 0.188 0.330 0.064 0.047 0.243 141 R 0.012 0.002 0.128 0.153 0.200 0.102 0.048 0.354 142 R 0.039 0.006 0.072 0.094 0.152 0.127 0.082 0.428 143 V 0.050 0.008 0.047 0.050 0.064 0.128 0.070 0.582