# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83.0494 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.330 0.080 0.028 0.055 0.068 0.069 0.104 0.085 0.079 0.065 0.037 2 K 0.151 0.379 0.059 0.215 0.133 0.032 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 3 L 0.016 0.011 0.010 0.033 0.023 0.051 0.112 0.116 0.216 0.170 0.241 4 S 0.166 0.177 0.059 0.247 0.199 0.066 0.050 0.017 0.012 0.006 0.003 5 R 0.121 0.293 0.079 0.262 0.146 0.045 0.028 0.012 0.008 0.004 0.002 6 L 0.007 0.006 0.006 0.021 0.022 0.046 0.111 0.129 0.225 0.201 0.225 7 V 0.109 0.281 0.063 0.215 0.137 0.070 0.066 0.026 0.017 0.010 0.005 8 P 0.272 0.329 0.085 0.141 0.082 0.033 0.028 0.015 0.008 0.005 0.003 9 G 0.603 0.164 0.027 0.087 0.051 0.030 0.018 0.009 0.006 0.004 0.002 10 V 0.093 0.125 0.025 0.124 0.118 0.142 0.170 0.083 0.062 0.037 0.022 11 P 0.232 0.251 0.045 0.273 0.132 0.038 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 12 A 0.018 0.013 0.015 0.024 0.036 0.064 0.131 0.143 0.188 0.195 0.173 13 R 0.022 0.117 0.053 0.360 0.280 0.082 0.053 0.017 0.010 0.004 0.002 14 I 0.001 0.001 0.003 0.004 0.004 0.008 0.027 0.052 0.187 0.321 0.392 15 K 0.015 0.036 0.061 0.284 0.303 0.135 0.098 0.031 0.019 0.012 0.005 16 R 0.044 0.193 0.115 0.285 0.151 0.089 0.062 0.022 0.021 0.013 0.006 17 L 0.006 0.004 0.004 0.011 0.018 0.030 0.086 0.174 0.212 0.215 0.242 18 E 0.199 0.256 0.099 0.214 0.135 0.031 0.030 0.016 0.009 0.008 0.002 19 V 0.014 0.049 0.037 0.070 0.049 0.078 0.126 0.105 0.167 0.172 0.132 20 S 0.122 0.357 0.052 0.187 0.150 0.057 0.045 0.015 0.008 0.004 0.002 21 G 0.769 0.110 0.025 0.035 0.021 0.012 0.013 0.008 0.004 0.002 0.001 22 E 0.364 0.217 0.081 0.197 0.082 0.035 0.014 0.006 0.003 0.002 0.001 23 L 0.006 0.011 0.014 0.033 0.030 0.075 0.215 0.161 0.209 0.139 0.107 24 H 0.004 0.013 0.037 0.108 0.172 0.223 0.241 0.106 0.056 0.028 0.012 25 E 0.043 0.050 0.572 0.197 0.074 0.036 0.017 0.005 0.003 0.002 0.001 26 K 0.003 0.008 0.065 0.089 0.124 0.207 0.268 0.118 0.071 0.030 0.016 27 L 0.001 0.002 0.009 0.005 0.006 0.011 0.051 0.097 0.207 0.308 0.303 28 V 0.003 0.011 0.111 0.132 0.201 0.180 0.176 0.081 0.053 0.040 0.012 29 G 0.030 0.060 0.402 0.216 0.130 0.060 0.050 0.022 0.016 0.009 0.004 30 M 0.010 0.008 0.011 0.017 0.024 0.057 0.218 0.172 0.229 0.159 0.095 31 G 0.185 0.127 0.033 0.089 0.083 0.074 0.127 0.089 0.097 0.057 0.040 32 F 0.014 0.014 0.016 0.043 0.039 0.057 0.126 0.110 0.206 0.185 0.192 33 V 0.045 0.104 0.038 0.121 0.117 0.124 0.134 0.092 0.098 0.070 0.055 34 P 0.140 0.586 0.032 0.108 0.078 0.020 0.019 0.008 0.005 0.003 0.002 35 G 0.741 0.129 0.008 0.045 0.034 0.016 0.011 0.007 0.004 0.003 0.003 36 E 0.294 0.379 0.032 0.118 0.102 0.034 0.023 0.008 0.005 0.004 0.002 37 E 0.107 0.233 0.028 0.292 0.199 0.053 0.051 0.022 0.010 0.003 0.002 38 I 0.001 0.002 0.002 0.007 0.013 0.044 0.118 0.174 0.234 0.199 0.207 39 E 0.037 0.115 0.136 0.512 0.156 0.029 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 40 I 0.001 0.003 0.007 0.012 0.012 0.026 0.075 0.136 0.234 0.235 0.259 41 V 0.006 0.011 0.020 0.071 0.086 0.080 0.131 0.124 0.162 0.180 0.128 42 Q 0.026 0.069 0.198 0.224 0.166 0.111 0.097 0.043 0.033 0.024 0.009 43 V 0.034 0.046 0.126 0.195 0.169 0.129 0.131 0.067 0.050 0.034 0.019 44 A 0.047 0.025 0.026 0.052 0.049 0.080 0.195 0.137 0.186 0.130 0.073 45 P 0.192 0.178 0.060 0.152 0.106 0.083 0.095 0.048 0.042 0.026 0.017 46 L 0.087 0.068 0.041 0.088 0.079 0.109 0.154 0.111 0.109 0.082 0.072 47 G 0.393 0.176 0.047 0.119 0.085 0.056 0.048 0.028 0.022 0.015 0.009 48 D 0.066 0.072 0.027 0.104 0.111 0.122 0.161 0.115 0.101 0.071 0.050 49 P 0.069 0.066 0.038 0.115 0.123 0.136 0.126 0.099 0.091 0.078 0.058 50 I 0.010 0.018 0.020 0.058 0.078 0.144 0.195 0.180 0.129 0.102 0.066 51 V 0.010 0.038 0.049 0.171 0.146 0.132 0.141 0.119 0.094 0.065 0.036 52 C 0.001 0.002 0.004 0.005 0.007 0.014 0.050 0.138 0.221 0.285 0.271 53 K 0.021 0.068 0.080 0.259 0.237 0.110 0.099 0.050 0.038 0.027 0.012 54 I 0.003 0.005 0.009 0.014 0.013 0.030 0.069 0.107 0.204 0.258 0.287 55 G 0.091 0.171 0.069 0.278 0.197 0.078 0.061 0.023 0.017 0.011 0.004 56 N 0.276 0.234 0.059 0.137 0.101 0.047 0.052 0.034 0.031 0.020 0.009 57 R 0.074 0.082 0.032 0.136 0.157 0.160 0.146 0.076 0.067 0.047 0.025 58 N 0.061 0.104 0.059 0.202 0.170 0.131 0.136 0.062 0.044 0.022 0.010 59 I 0.005 0.011 0.021 0.034 0.043 0.060 0.154 0.182 0.201 0.181 0.109 60 T 0.017 0.035 0.078 0.137 0.128 0.098 0.172 0.123 0.101 0.071 0.041 61 L 0.002 0.007 0.029 0.028 0.027 0.047 0.116 0.146 0.210 0.238 0.149 62 R 0.012 0.060 0.109 0.152 0.152 0.130 0.173 0.075 0.065 0.050 0.022 63 K 0.026 0.033 0.068 0.148 0.164 0.186 0.200 0.089 0.046 0.027 0.012 64 R 0.547 0.090 0.150 0.107 0.050 0.020 0.017 0.008 0.005 0.004 0.001 65 E 0.061 0.148 0.084 0.212 0.155 0.116 0.126 0.044 0.031 0.015 0.007 66 A 0.005 0.005 0.011 0.018 0.019 0.052 0.104 0.112 0.225 0.222 0.228 67 D 0.087 0.102 0.311 0.294 0.127 0.048 0.021 0.005 0.003 0.001 0.001 68 L 0.009 0.060 0.168 0.270 0.202 0.156 0.082 0.026 0.016 0.007 0.004 69 I 0.004 0.003 0.006 0.006 0.010 0.018 0.077 0.143 0.217 0.253 0.263 70 E 0.022 0.091 0.114 0.285 0.295 0.087 0.066 0.023 0.011 0.005 0.002 71 V 0.001 0.004 0.035 0.017 0.011 0.019 0.047 0.067 0.219 0.303 0.276 72 E 0.043 0.066 0.081 0.290 0.297 0.077 0.090 0.026 0.018 0.009 0.003 73 V 0.072 0.125 0.070 0.121 0.101 0.096 0.140 0.096 0.091 0.058 0.031 74 V 0.071 0.103 0.043 0.151 0.143 0.152 0.139 0.067 0.058 0.044 0.028 75 G 0.392 0.271 0.060 0.103 0.062 0.033 0.038 0.021 0.011 0.006 0.003 76 G 0.453 0.189 0.054 0.113 0.082 0.037 0.032 0.020 0.011 0.007 0.003 77 E 0.356 0.266 0.061 0.120 0.076 0.042 0.038 0.018 0.012 0.007 0.003 78 L 0.049 0.049 0.027 0.091 0.105 0.161 0.219 0.144 0.086 0.045 0.024 79 P 0.392 0.176 0.129 0.153 0.064 0.036 0.025 0.012 0.007 0.004 0.001 80 L 0.038 0.039 0.055 0.123 0.124 0.168 0.190 0.118 0.077 0.044 0.023 81 I 0.057 0.067 0.079 0.123 0.117 0.111 0.155 0.093 0.095 0.068 0.035 82 L 0.028 0.053 0.080 0.123 0.139 0.137 0.192 0.102 0.072 0.050 0.025 83 A 0.066 0.080 0.183 0.169 0.141 0.104 0.106 0.067 0.042 0.029 0.014 84 D 0.274 0.189 0.116 0.149 0.098 0.060 0.060 0.025 0.016 0.010 0.004 85 D 0.315 0.201 0.063 0.133 0.098 0.064 0.062 0.032 0.017 0.010 0.005 86 G 0.600 0.125 0.037 0.072 0.047 0.040 0.037 0.019 0.013 0.007 0.004 87 T 0.178 0.156 0.078 0.182 0.142 0.097 0.081 0.035 0.027 0.017 0.009 88 Y 0.045 0.042 0.035 0.074 0.088 0.132 0.188 0.151 0.119 0.076 0.050 89 E 0.114 0.149 0.109 0.210 0.152 0.103 0.081 0.038 0.024 0.015 0.007 90 I 0.016 0.021 0.032 0.058 0.062 0.074 0.135 0.180 0.169 0.137 0.116 91 T 0.048 0.048 0.051 0.097 0.100 0.117 0.173 0.114 0.112 0.089 0.050 92 K 0.098 0.121 0.110 0.226 0.161 0.100 0.085 0.040 0.030 0.021 0.009 93 L 0.035 0.025 0.028 0.053 0.057 0.087 0.156 0.159 0.165 0.134 0.101 94 N 0.190 0.180 0.065 0.150 0.125 0.074 0.083 0.049 0.040 0.030 0.015 95 G 0.283 0.231 0.063 0.117 0.087 0.056 0.063 0.041 0.028 0.019 0.010 96 G 0.291 0.135 0.057 0.122 0.113 0.084 0.082 0.046 0.035 0.024 0.011 97 R 0.137 0.090 0.054 0.137 0.132 0.124 0.145 0.078 0.054 0.033 0.015 98 R 0.111 0.111 0.105 0.188 0.131 0.110 0.111 0.060 0.038 0.024 0.010 99 F 0.017 0.031 0.047 0.070 0.076 0.119 0.232 0.161 0.125 0.082 0.041 100 L 0.019 0.032 0.079 0.129 0.132 0.158 0.199 0.109 0.076 0.047 0.021 101 F 0.111 0.054 0.298 0.182 0.108 0.090 0.081 0.033 0.022 0.017 0.006 102 R 0.026 0.042 0.165 0.209 0.190 0.144 0.135 0.042 0.026 0.015 0.006 103 M 0.004 0.009 0.026 0.021 0.028 0.053 0.141 0.180 0.198 0.194 0.145 104 K 0.034 0.044 0.239 0.231 0.222 0.101 0.078 0.028 0.012 0.009 0.002 105 N 0.166 0.089 0.384 0.204 0.077 0.039 0.024 0.008 0.004 0.003 0.001 106 L 0.019 0.019 0.028 0.041 0.055 0.116 0.242 0.160 0.165 0.098 0.057 107 G 0.176 0.181 0.067 0.097 0.085 0.079 0.133 0.064 0.062 0.039 0.019 108 I 0.021 0.029 0.065 0.092 0.095 0.123 0.185 0.113 0.121 0.086 0.070 109 E 0.261 0.262 0.152 0.127 0.073 0.039 0.035 0.020 0.015 0.011 0.006 110 S 0.209 0.441 0.044 0.132 0.084 0.036 0.033 0.010 0.006 0.003 0.002 111 G 0.563 0.122 0.022 0.081 0.068 0.045 0.036 0.026 0.015 0.009 0.012 112 K 0.183 0.184 0.072 0.213 0.152 0.099 0.060 0.018 0.010 0.006 0.003 113 K 0.097 0.163 0.067 0.333 0.191 0.074 0.046 0.017 0.008 0.003 0.001 114 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.037 0.113 0.206 0.289 0.339 115 Q 0.037 0.117 0.074 0.379 0.254 0.077 0.039 0.011 0.007 0.003 0.001 116 V 0.003 0.006 0.011 0.010 0.008 0.014 0.043 0.072 0.191 0.298 0.345 117 S 0.027 0.023 0.020 0.070 0.072 0.083 0.165 0.121 0.145 0.134 0.138 118 G 0.099 0.098 0.049 0.098 0.073 0.082 0.114 0.096 0.111 0.096 0.085 119 R 0.071 0.067 0.038 0.176 0.171 0.146 0.122 0.073 0.061 0.043 0.032 120 R 0.106 0.083 0.043 0.135 0.125 0.132 0.133 0.081 0.076 0.056 0.029 121 Y 0.033 0.046 0.026 0.089 0.094 0.128 0.169 0.135 0.122 0.095 0.063 122 Y 0.025 0.043 0.037 0.105 0.101 0.116 0.151 0.127 0.116 0.099 0.081 123 I 0.017 0.020 0.027 0.039 0.045 0.064 0.118 0.135 0.175 0.201 0.158 124 E 0.065 0.190 0.098 0.270 0.199 0.067 0.051 0.023 0.018 0.012 0.007 125 G 0.023 0.014 0.013 0.033 0.032 0.054 0.103 0.128 0.194 0.174 0.233 126 R 0.117 0.127 0.070 0.230 0.198 0.087 0.074 0.033 0.030 0.023 0.011 127 E 0.080 0.144 0.071 0.243 0.167 0.098 0.089 0.046 0.034 0.017 0.011 128 I 0.007 0.006 0.008 0.019 0.019 0.037 0.080 0.108 0.226 0.241 0.249 129 D 0.055 0.091 0.060 0.230 0.194 0.108 0.123 0.060 0.043 0.024 0.012 130 L 0.027 0.058 0.053 0.103 0.081 0.087 0.133 0.116 0.151 0.115 0.075 131 G 0.025 0.018 0.017 0.032 0.032 0.064 0.136 0.119 0.192 0.183 0.182 132 Y 0.089 0.112 0.048 0.156 0.130 0.113 0.137 0.084 0.061 0.040 0.029 133 G 0.209 0.093 0.042 0.089 0.076 0.074 0.092 0.083 0.088 0.083 0.072 134 E 0.164 0.181 0.058 0.206 0.171 0.082 0.062 0.029 0.022 0.015 0.009 135 A 0.091 0.051 0.027 0.088 0.088 0.092 0.136 0.137 0.125 0.089 0.075 136 T 0.064 0.069 0.058 0.169 0.157 0.159 0.123 0.074 0.060 0.045 0.023 137 K 0.035 0.057 0.063 0.173 0.143 0.151 0.151 0.091 0.069 0.044 0.025 138 I 0.007 0.008 0.012 0.018 0.022 0.034 0.088 0.153 0.222 0.249 0.187 139 W 0.035 0.055 0.059 0.113 0.109 0.109 0.152 0.121 0.109 0.086 0.052 140 V 0.022 0.027 0.049 0.066 0.051 0.067 0.115 0.112 0.160 0.188 0.143 141 R 0.043 0.033 0.033 0.081 0.097 0.123 0.179 0.134 0.124 0.088 0.065 142 R 0.211 0.234 0.080 0.186 0.127 0.054 0.044 0.026 0.019 0.012 0.006 143 V 0.075 0.030 0.023 0.054 0.055 0.083 0.128 0.127 0.158 0.150 0.118