# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83.0494 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.088 0.008 0.003 0.036 0.040 0.051 0.078 0.001 0.001 0.006 0.688 2 K 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.089 0.001 0.001 0.001 0.897 3 L 0.076 0.007 0.002 0.053 0.029 0.081 0.070 0.001 0.001 0.003 0.678 4 S 0.034 0.032 0.001 0.071 0.058 0.055 0.243 0.001 0.001 0.010 0.496 5 R 0.181 0.032 0.002 0.042 0.027 0.055 0.133 0.004 0.001 0.013 0.512 6 L 0.294 0.069 0.005 0.218 0.038 0.073 0.071 0.003 0.001 0.016 0.213 7 V 0.046 0.021 0.004 0.047 0.054 0.043 0.262 0.002 0.001 0.004 0.518 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.997 9 G 0.022 0.003 0.003 0.036 0.086 0.306 0.071 0.001 0.001 0.009 0.463 10 V 0.803 0.001 0.002 0.021 0.028 0.028 0.029 0.001 0.001 0.003 0.084 11 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.978 12 A 0.009 0.001 0.001 0.144 0.303 0.425 0.011 0.001 0.001 0.001 0.107 13 R 0.007 0.001 0.001 0.459 0.208 0.158 0.031 0.001 0.001 0.002 0.135 14 I 0.009 0.001 0.001 0.191 0.228 0.368 0.022 0.001 0.001 0.003 0.177 15 K 0.005 0.001 0.001 0.250 0.280 0.451 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 16 R 0.001 0.001 0.001 0.055 0.116 0.197 0.096 0.001 0.001 0.001 0.534 17 L 0.006 0.001 0.001 0.121 0.277 0.487 0.018 0.001 0.001 0.002 0.086 18 E 0.011 0.003 0.001 0.045 0.134 0.172 0.146 0.001 0.001 0.004 0.485 19 V 0.015 0.004 0.001 0.031 0.085 0.151 0.155 0.001 0.001 0.005 0.552 20 S 0.010 0.004 0.001 0.010 0.014 0.055 0.219 0.001 0.001 0.003 0.685 21 G 0.068 0.006 0.001 0.013 0.005 0.013 0.096 0.001 0.001 0.037 0.761 22 E 0.042 0.020 0.005 0.005 0.003 0.004 0.343 0.001 0.001 0.006 0.572 23 L 0.076 0.132 0.004 0.009 0.008 0.020 0.308 0.001 0.001 0.007 0.435 24 H 0.059 0.561 0.003 0.012 0.004 0.020 0.032 0.002 0.001 0.002 0.306 25 E 0.021 0.755 0.001 0.003 0.004 0.007 0.017 0.002 0.001 0.001 0.188 26 K 0.045 0.799 0.001 0.002 0.001 0.002 0.018 0.005 0.001 0.001 0.126 27 L 0.035 0.912 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.037 28 V 0.013 0.949 0.003 0.002 0.006 0.004 0.002 0.006 0.001 0.001 0.014 29 G 0.043 0.870 0.008 0.003 0.007 0.003 0.004 0.022 0.001 0.001 0.040 30 M 0.183 0.664 0.004 0.006 0.005 0.007 0.005 0.070 0.001 0.001 0.054 31 G 0.275 0.195 0.018 0.021 0.009 0.013 0.007 0.152 0.001 0.011 0.299 32 F 0.085 0.021 0.522 0.057 0.010 0.012 0.065 0.008 0.001 0.004 0.217 33 V 0.063 0.010 0.015 0.135 0.073 0.052 0.332 0.002 0.001 0.004 0.313 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.994 35 G 0.010 0.003 0.002 0.101 0.104 0.232 0.066 0.001 0.001 0.006 0.476 36 E 0.736 0.001 0.001 0.030 0.066 0.058 0.025 0.001 0.001 0.003 0.080 37 E 0.011 0.001 0.001 0.014 0.036 0.038 0.109 0.001 0.001 0.001 0.790 38 I 0.019 0.001 0.001 0.089 0.303 0.421 0.020 0.001 0.001 0.001 0.145 39 E 0.006 0.001 0.001 0.191 0.423 0.319 0.016 0.001 0.001 0.001 0.042 40 I 0.002 0.001 0.001 0.087 0.265 0.279 0.035 0.001 0.001 0.001 0.330 41 V 0.001 0.001 0.001 0.295 0.223 0.463 0.003 0.001 0.001 0.002 0.012 42 Q 0.003 0.001 0.001 0.156 0.335 0.401 0.021 0.001 0.001 0.001 0.082 43 V 0.003 0.003 0.001 0.128 0.154 0.394 0.027 0.001 0.001 0.002 0.288 44 A 0.018 0.002 0.001 0.178 0.218 0.424 0.031 0.001 0.001 0.003 0.126 45 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.976 46 L 0.011 0.001 0.001 0.020 0.060 0.156 0.058 0.001 0.001 0.002 0.692 47 G 0.100 0.004 0.001 0.026 0.038 0.063 0.071 0.001 0.001 0.032 0.665 48 D 0.418 0.001 0.004 0.014 0.034 0.033 0.101 0.001 0.001 0.007 0.388 49 P 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.023 0.001 0.001 0.001 0.963 50 I 0.011 0.001 0.001 0.092 0.273 0.341 0.132 0.001 0.001 0.003 0.146 51 V 0.031 0.002 0.001 0.167 0.156 0.318 0.068 0.001 0.001 0.004 0.252 52 C 0.010 0.004 0.001 0.160 0.317 0.436 0.010 0.001 0.001 0.001 0.061 53 K 0.003 0.006 0.001 0.148 0.409 0.316 0.018 0.001 0.001 0.001 0.099 54 I 0.001 0.004 0.001 0.046 0.366 0.499 0.011 0.001 0.001 0.001 0.073 55 G 0.006 0.005 0.001 0.051 0.174 0.388 0.091 0.001 0.001 0.004 0.280 56 N 0.067 0.002 0.002 0.031 0.043 0.068 0.145 0.001 0.001 0.014 0.626 57 R 0.179 0.007 0.004 0.038 0.137 0.198 0.128 0.001 0.001 0.007 0.301 58 N 0.049 0.007 0.003 0.045 0.104 0.146 0.153 0.001 0.001 0.007 0.486 59 I 0.032 0.009 0.003 0.053 0.249 0.352 0.052 0.001 0.001 0.003 0.246 60 T 0.018 0.027 0.001 0.067 0.240 0.373 0.079 0.001 0.001 0.004 0.192 61 L 0.022 0.048 0.001 0.052 0.257 0.393 0.050 0.001 0.001 0.004 0.172 62 R 0.016 0.101 0.002 0.035 0.136 0.309 0.117 0.002 0.001 0.003 0.280 63 K 0.059 0.098 0.003 0.037 0.083 0.208 0.061 0.002 0.001 0.005 0.445 64 R 0.029 0.086 0.004 0.011 0.041 0.074 0.121 0.003 0.001 0.004 0.625 65 E 0.149 0.154 0.010 0.018 0.046 0.076 0.147 0.004 0.001 0.010 0.388 66 A 0.172 0.364 0.010 0.024 0.055 0.088 0.025 0.006 0.001 0.005 0.251 67 D 0.093 0.313 0.007 0.024 0.156 0.151 0.053 0.008 0.001 0.006 0.189 68 L 0.423 0.123 0.010 0.029 0.050 0.068 0.061 0.012 0.001 0.006 0.217 69 I 0.232 0.126 0.018 0.083 0.198 0.219 0.027 0.010 0.001 0.003 0.085 70 E 0.023 0.020 0.011 0.192 0.294 0.273 0.032 0.003 0.001 0.002 0.149 71 V 0.004 0.010 0.011 0.164 0.242 0.354 0.017 0.001 0.001 0.001 0.196 72 E 0.004 0.002 0.001 0.171 0.259 0.529 0.008 0.001 0.001 0.001 0.026 73 V 0.001 0.002 0.001 0.025 0.045 0.066 0.038 0.001 0.001 0.001 0.821 74 V 0.005 0.003 0.001 0.101 0.167 0.517 0.024 0.001 0.001 0.001 0.182 75 G 0.018 0.003 0.001 0.035 0.034 0.060 0.131 0.001 0.001 0.007 0.710 76 G 0.098 0.006 0.002 0.025 0.037 0.053 0.109 0.001 0.001 0.012 0.655 77 E 0.079 0.005 0.003 0.012 0.016 0.038 0.103 0.001 0.001 0.004 0.740 78 L 0.082 0.007 0.003 0.029 0.111 0.153 0.096 0.001 0.001 0.005 0.514 79 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.981 80 L 0.028 0.009 0.001 0.020 0.110 0.267 0.055 0.001 0.001 0.002 0.508 81 I 0.091 0.070 0.001 0.044 0.208 0.200 0.061 0.001 0.001 0.005 0.319 82 L 0.047 0.071 0.001 0.024 0.208 0.250 0.042 0.003 0.001 0.002 0.352 83 A 0.090 0.056 0.002 0.034 0.218 0.315 0.041 0.002 0.001 0.002 0.241 84 D 0.041 0.029 0.001 0.014 0.069 0.096 0.136 0.004 0.001 0.003 0.607 85 D 0.058 0.017 0.002 0.011 0.031 0.049 0.097 0.004 0.001 0.016 0.716 86 G 0.173 0.012 0.013 0.021 0.027 0.034 0.220 0.003 0.001 0.056 0.440 87 T 0.254 0.007 0.030 0.018 0.017 0.020 0.367 0.001 0.001 0.012 0.275 88 Y 0.083 0.016 0.007 0.055 0.152 0.191 0.110 0.001 0.001 0.012 0.374 89 E 0.027 0.013 0.004 0.064 0.114 0.246 0.107 0.001 0.001 0.003 0.421 90 I 0.038 0.017 0.002 0.067 0.164 0.284 0.064 0.001 0.001 0.003 0.359 91 T 0.019 0.018 0.001 0.039 0.204 0.343 0.065 0.001 0.001 0.002 0.308 92 K 0.025 0.022 0.001 0.035 0.178 0.307 0.069 0.002 0.001 0.003 0.358 93 L 0.055 0.044 0.003 0.057 0.183 0.257 0.100 0.002 0.001 0.005 0.295 94 N 0.066 0.052 0.003 0.025 0.112 0.142 0.233 0.003 0.001 0.014 0.350 95 G 0.075 0.030 0.004 0.014 0.025 0.044 0.099 0.004 0.001 0.025 0.679 96 G 0.126 0.016 0.020 0.013 0.015 0.030 0.235 0.003 0.001 0.016 0.524 97 R 0.337 0.015 0.024 0.017 0.019 0.030 0.181 0.001 0.001 0.009 0.367 98 R 0.033 0.040 0.007 0.020 0.035 0.056 0.204 0.001 0.001 0.005 0.599 99 F 0.028 0.082 0.004 0.026 0.037 0.119 0.165 0.001 0.001 0.003 0.535 100 L 0.052 0.289 0.002 0.031 0.041 0.109 0.090 0.002 0.001 0.003 0.382 101 F 0.022 0.498 0.001 0.006 0.040 0.044 0.074 0.002 0.001 0.002 0.312 102 R 0.031 0.650 0.002 0.005 0.016 0.031 0.037 0.003 0.001 0.001 0.225 103 M 0.033 0.828 0.003 0.004 0.015 0.029 0.006 0.004 0.001 0.001 0.079 104 K 0.024 0.870 0.002 0.003 0.020 0.015 0.007 0.004 0.001 0.001 0.053 105 N 0.124 0.758 0.008 0.002 0.005 0.005 0.011 0.017 0.001 0.001 0.068 106 L 0.225 0.651 0.005 0.005 0.011 0.013 0.005 0.032 0.001 0.001 0.052 107 G 0.105 0.362 0.047 0.015 0.015 0.027 0.021 0.064 0.001 0.002 0.343 108 I 0.142 0.201 0.103 0.104 0.082 0.074 0.066 0.013 0.001 0.004 0.212 109 E 0.032 0.165 0.005 0.038 0.091 0.057 0.186 0.012 0.001 0.003 0.413 110 S 0.038 0.096 0.003 0.033 0.039 0.062 0.068 0.014 0.001 0.005 0.643 111 G 0.162 0.031 0.012 0.049 0.041 0.087 0.093 0.013 0.001 0.041 0.472 112 K 0.611 0.004 0.071 0.035 0.032 0.019 0.102 0.002 0.001 0.009 0.114 113 K 0.019 0.001 0.003 0.038 0.023 0.023 0.114 0.001 0.001 0.001 0.778 114 I 0.012 0.002 0.003 0.294 0.170 0.383 0.018 0.001 0.001 0.001 0.117 115 Q 0.006 0.001 0.001 0.683 0.111 0.135 0.018 0.001 0.001 0.001 0.045 116 V 0.003 0.002 0.001 0.278 0.085 0.110 0.033 0.001 0.001 0.001 0.488 117 S 0.001 0.002 0.001 0.717 0.077 0.159 0.011 0.001 0.001 0.005 0.028 118 G 0.008 0.004 0.001 0.203 0.073 0.144 0.095 0.001 0.001 0.008 0.463 119 R 0.029 0.007 0.003 0.213 0.053 0.089 0.122 0.001 0.001 0.010 0.473 120 R 0.064 0.005 0.002 0.090 0.046 0.072 0.186 0.001 0.001 0.010 0.524 121 Y 0.049 0.011 0.003 0.067 0.048 0.072 0.210 0.001 0.001 0.009 0.529 122 Y 0.101 0.017 0.003 0.093 0.062 0.118 0.083 0.001 0.001 0.012 0.511 123 I 0.054 0.035 0.005 0.107 0.108 0.137 0.124 0.002 0.001 0.006 0.422 124 E 0.029 0.035 0.002 0.089 0.072 0.112 0.202 0.002 0.001 0.008 0.450 125 G 0.083 0.050 0.004 0.072 0.041 0.090 0.085 0.004 0.001 0.011 0.559 126 R 0.142 0.064 0.014 0.168 0.097 0.110 0.154 0.003 0.001 0.011 0.236 127 E 0.037 0.046 0.012 0.090 0.042 0.059 0.163 0.003 0.001 0.005 0.543 128 I 0.062 0.087 0.006 0.221 0.079 0.255 0.041 0.002 0.001 0.005 0.244 129 D 0.041 0.158 0.005 0.114 0.057 0.080 0.131 0.004 0.001 0.008 0.402 130 L 0.087 0.175 0.010 0.094 0.044 0.063 0.096 0.005 0.001 0.009 0.416 131 G 0.083 0.215 0.012 0.068 0.026 0.080 0.143 0.007 0.001 0.005 0.361 132 Y 0.092 0.172 0.012 0.047 0.020 0.036 0.090 0.005 0.001 0.013 0.512 133 G 0.069 0.162 0.012 0.020 0.014 0.030 0.055 0.008 0.001 0.006 0.625 134 E 0.168 0.271 0.021 0.034 0.026 0.052 0.103 0.010 0.001 0.005 0.309 135 A 0.135 0.275 0.007 0.032 0.036 0.054 0.034 0.010 0.001 0.005 0.411 136 T 0.157 0.225 0.026 0.032 0.049 0.090 0.072 0.011 0.001 0.005 0.333 137 K 0.262 0.130 0.011 0.071 0.107 0.079 0.040 0.013 0.001 0.006 0.282 138 I 0.054 0.046 0.015 0.057 0.096 0.108 0.040 0.008 0.001 0.002 0.576 139 W 0.026 0.011 0.005 0.199 0.267 0.341 0.022 0.001 0.001 0.002 0.127 140 V 0.016 0.007 0.002 0.143 0.096 0.219 0.045 0.001 0.001 0.002 0.469 141 R 0.014 0.005 0.001 0.246 0.267 0.342 0.021 0.001 0.001 0.002 0.101 142 R 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 0.012 0.027 0.001 0.001 0.001 0.939 143 V 0.005 0.001 0.001 0.111 0.115 0.241 0.044 0.001 0.001 0.001 0.481