# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83.0494 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.114 0.014 0.114 0.044 0.061 0.096 0.015 0.541 2 K 0.028 0.007 0.030 0.026 0.039 0.082 0.005 0.781 3 L 0.036 0.013 0.071 0.033 0.138 0.078 0.003 0.627 4 S 0.042 0.030 0.027 0.054 0.089 0.321 0.009 0.429 5 R 0.288 0.028 0.018 0.023 0.036 0.206 0.031 0.370 6 L 0.407 0.082 0.050 0.033 0.041 0.045 0.028 0.315 7 V 0.091 0.056 0.068 0.116 0.106 0.105 0.013 0.445 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 9 G 0.034 0.014 0.027 0.078 0.239 0.084 0.044 0.480 10 V 0.705 0.001 0.021 0.032 0.024 0.035 0.012 0.170 11 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 12 A 0.014 0.001 0.116 0.238 0.474 0.047 0.001 0.110 13 R 0.072 0.001 0.271 0.270 0.235 0.026 0.003 0.122 14 I 0.007 0.001 0.181 0.219 0.374 0.019 0.001 0.199 15 K 0.002 0.001 0.451 0.291 0.244 0.004 0.001 0.009 16 R 0.001 0.001 0.103 0.191 0.308 0.016 0.001 0.380 17 L 0.002 0.001 0.405 0.115 0.364 0.015 0.001 0.098 18 E 0.004 0.001 0.081 0.137 0.153 0.106 0.001 0.516 19 V 0.015 0.003 0.075 0.049 0.153 0.096 0.003 0.607 20 S 0.011 0.005 0.025 0.012 0.046 0.197 0.003 0.702 21 G 0.066 0.009 0.010 0.006 0.012 0.083 0.010 0.803 22 E 0.091 0.017 0.007 0.004 0.005 0.355 0.007 0.514 23 L 0.130 0.143 0.010 0.007 0.017 0.253 0.010 0.431 24 H 0.053 0.555 0.013 0.008 0.025 0.055 0.006 0.285 25 E 0.016 0.626 0.008 0.005 0.011 0.057 0.005 0.272 26 K 0.047 0.761 0.006 0.005 0.007 0.019 0.008 0.147 27 L 0.030 0.896 0.005 0.004 0.009 0.004 0.006 0.046 28 V 0.018 0.864 0.008 0.007 0.021 0.010 0.010 0.062 29 G 0.038 0.850 0.009 0.006 0.006 0.006 0.013 0.073 30 M 0.164 0.635 0.021 0.016 0.010 0.006 0.071 0.077 31 G 0.777 0.023 0.006 0.008 0.004 0.005 0.104 0.073 32 F 0.030 0.027 0.688 0.031 0.025 0.013 0.028 0.159 33 V 0.031 0.016 0.080 0.157 0.191 0.126 0.011 0.388 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 35 G 0.009 0.004 0.076 0.133 0.203 0.182 0.014 0.379 36 E 0.818 0.001 0.021 0.015 0.016 0.045 0.006 0.078 37 E 0.021 0.001 0.027 0.113 0.088 0.058 0.002 0.691 38 I 0.018 0.001 0.033 0.362 0.513 0.025 0.001 0.048 39 E 0.005 0.001 0.072 0.492 0.373 0.007 0.001 0.049 40 I 0.001 0.001 0.029 0.272 0.545 0.010 0.001 0.142 41 V 0.001 0.001 0.187 0.316 0.477 0.005 0.001 0.013 42 Q 0.001 0.003 0.063 0.432 0.438 0.011 0.001 0.052 43 V 0.004 0.004 0.092 0.096 0.548 0.017 0.004 0.235 44 A 0.021 0.004 0.146 0.208 0.296 0.077 0.005 0.244 45 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 46 L 0.017 0.003 0.022 0.050 0.156 0.119 0.008 0.626 47 G 0.191 0.006 0.018 0.022 0.026 0.068 0.045 0.623 48 D 0.303 0.004 0.023 0.033 0.033 0.134 0.013 0.458 49 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 50 I 0.020 0.003 0.061 0.144 0.327 0.237 0.003 0.206 51 V 0.108 0.007 0.139 0.189 0.302 0.065 0.005 0.185 52 C 0.012 0.015 0.123 0.394 0.331 0.017 0.002 0.106 53 K 0.011 0.010 0.123 0.276 0.397 0.028 0.003 0.152 54 I 0.010 0.010 0.118 0.236 0.376 0.034 0.005 0.210 55 G 0.005 0.005 0.037 0.096 0.158 0.061 0.007 0.630 56 N 0.036 0.004 0.029 0.056 0.084 0.121 0.026 0.644 57 R 0.250 0.004 0.053 0.042 0.058 0.206 0.016 0.371 58 N 0.085 0.005 0.083 0.134 0.181 0.185 0.005 0.321 59 I 0.027 0.013 0.099 0.278 0.388 0.051 0.003 0.141 60 T 0.021 0.017 0.133 0.213 0.413 0.049 0.004 0.151 61 L 0.027 0.027 0.075 0.233 0.356 0.068 0.004 0.212 62 R 0.035 0.054 0.043 0.140 0.359 0.146 0.008 0.216 63 K 0.050 0.072 0.045 0.042 0.238 0.117 0.013 0.423 64 R 0.028 0.078 0.008 0.012 0.031 0.184 0.010 0.649 65 E 0.159 0.133 0.003 0.007 0.016 0.230 0.022 0.431 66 A 0.172 0.515 0.009 0.011 0.020 0.048 0.024 0.200 67 D 0.066 0.667 0.013 0.028 0.027 0.029 0.027 0.143 68 L 0.127 0.333 0.056 0.033 0.045 0.044 0.058 0.303 69 I 0.141 0.295 0.101 0.173 0.131 0.032 0.023 0.105 70 E 0.014 0.045 0.160 0.294 0.263 0.023 0.006 0.194 71 V 0.006 0.017 0.130 0.271 0.308 0.016 0.004 0.247 72 E 0.007 0.006 0.400 0.287 0.195 0.012 0.003 0.089 73 V 0.004 0.008 0.058 0.187 0.160 0.026 0.002 0.556 74 V 0.006 0.010 0.205 0.129 0.380 0.031 0.003 0.235 75 G 0.011 0.006 0.031 0.046 0.084 0.085 0.005 0.732 76 G 0.080 0.007 0.017 0.024 0.040 0.081 0.021 0.729 77 E 0.208 0.008 0.016 0.013 0.024 0.123 0.027 0.582 78 L 0.149 0.016 0.037 0.067 0.077 0.101 0.012 0.541 79 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 80 L 0.016 0.007 0.020 0.075 0.197 0.095 0.004 0.586 81 I 0.259 0.029 0.039 0.119 0.146 0.077 0.009 0.322 82 L 0.116 0.042 0.041 0.169 0.239 0.054 0.007 0.332 83 A 0.089 0.040 0.062 0.160 0.258 0.055 0.008 0.328 84 D 0.042 0.025 0.034 0.049 0.086 0.087 0.014 0.664 85 D 0.081 0.019 0.015 0.027 0.034 0.082 0.027 0.716 86 G 0.261 0.019 0.033 0.037 0.028 0.146 0.066 0.410 87 T 0.195 0.007 0.060 0.027 0.048 0.279 0.018 0.368 88 Y 0.034 0.009 0.074 0.089 0.116 0.103 0.004 0.570 89 E 0.024 0.011 0.068 0.131 0.239 0.167 0.005 0.356 90 I 0.027 0.010 0.073 0.077 0.175 0.072 0.003 0.561 91 T 0.013 0.026 0.085 0.226 0.282 0.054 0.003 0.311 92 K 0.025 0.023 0.040 0.111 0.201 0.070 0.008 0.522 93 L 0.091 0.042 0.109 0.111 0.223 0.092 0.014 0.319 94 N 0.061 0.032 0.036 0.053 0.087 0.181 0.017 0.533 95 G 0.092 0.028 0.031 0.022 0.032 0.078 0.020 0.696 96 G 0.118 0.034 0.040 0.017 0.021 0.141 0.028 0.601 97 R 0.235 0.020 0.027 0.015 0.020 0.150 0.016 0.516 98 R 0.037 0.033 0.027 0.022 0.033 0.123 0.004 0.722 99 F 0.043 0.089 0.028 0.053 0.129 0.200 0.005 0.452 100 L 0.042 0.199 0.027 0.043 0.103 0.102 0.005 0.480 101 F 0.033 0.353 0.013 0.032 0.067 0.119 0.006 0.377 102 R 0.046 0.712 0.007 0.017 0.027 0.053 0.006 0.130 103 M 0.046 0.840 0.005 0.010 0.025 0.010 0.007 0.056 104 K 0.048 0.808 0.006 0.013 0.023 0.016 0.019 0.067 105 N 0.173 0.589 0.012 0.014 0.014 0.016 0.049 0.132 106 L 0.377 0.357 0.029 0.044 0.030 0.012 0.057 0.094 107 G 0.162 0.110 0.037 0.055 0.052 0.031 0.042 0.511 108 I 0.055 0.054 0.235 0.123 0.190 0.045 0.017 0.282 109 E 0.024 0.039 0.042 0.074 0.101 0.134 0.010 0.575 110 S 0.035 0.023 0.032 0.039 0.044 0.082 0.018 0.727 111 G 0.172 0.034 0.071 0.058 0.038 0.081 0.101 0.445 112 K 0.596 0.002 0.103 0.043 0.042 0.122 0.016 0.076 113 K 0.002 0.001 0.049 0.051 0.044 0.029 0.001 0.823 114 I 0.005 0.001 0.102 0.236 0.557 0.026 0.001 0.072 115 Q 0.004 0.001 0.339 0.271 0.248 0.014 0.001 0.121 116 V 0.003 0.002 0.231 0.186 0.317 0.026 0.001 0.233 117 S 0.003 0.002 0.549 0.150 0.216 0.015 0.002 0.064 118 G 0.008 0.005 0.150 0.138 0.233 0.092 0.006 0.369 119 R 0.021 0.005 0.150 0.040 0.128 0.126 0.008 0.523 120 R 0.019 0.005 0.075 0.042 0.062 0.148 0.009 0.639 121 Y 0.078 0.005 0.019 0.029 0.034 0.128 0.016 0.690 122 Y 0.087 0.009 0.158 0.073 0.088 0.115 0.019 0.451 123 I 0.062 0.019 0.078 0.129 0.146 0.163 0.010 0.394 124 E 0.027 0.018 0.142 0.121 0.170 0.088 0.007 0.426 125 G 0.021 0.025 0.099 0.127 0.183 0.070 0.009 0.466 126 R 0.079 0.012 0.168 0.094 0.150 0.122 0.011 0.365 127 E 0.014 0.016 0.115 0.092 0.102 0.065 0.004 0.593 128 I 0.022 0.031 0.171 0.152 0.362 0.071 0.006 0.186 129 D 0.038 0.062 0.110 0.158 0.262 0.112 0.010 0.247 130 L 0.074 0.103 0.109 0.116 0.299 0.064 0.012 0.223 131 G 0.130 0.106 0.058 0.102 0.156 0.236 0.026 0.186 132 Y 0.292 0.105 0.049 0.088 0.110 0.117 0.042 0.198 133 G 0.234 0.120 0.042 0.089 0.095 0.045 0.054 0.321 134 E 0.150 0.037 0.087 0.045 0.112 0.184 0.030 0.355 135 A 0.062 0.040 0.037 0.058 0.081 0.142 0.030 0.550 136 T 0.206 0.033 0.064 0.079 0.102 0.159 0.031 0.326 137 K 0.162 0.020 0.146 0.087 0.106 0.162 0.020 0.298 138 I 0.024 0.022 0.370 0.159 0.170 0.052 0.006 0.197 139 W 0.006 0.011 0.292 0.260 0.284 0.031 0.004 0.111 140 V 0.007 0.013 0.226 0.128 0.256 0.033 0.004 0.333 141 R 0.006 0.009 0.426 0.193 0.233 0.029 0.004 0.099 142 R 0.004 0.004 0.062 0.052 0.068 0.056 0.003 0.752 143 V 0.012 0.010 0.158 0.108 0.207 0.073 0.005 0.426