# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83.0494 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.036 0.367 0.306 0.028 0.136 0.022 0.033 0.009 0.053 0.010 0.001 2 K 0.071 0.083 0.717 0.015 0.015 0.068 0.003 0.001 0.022 0.001 0.004 3 L 0.511 0.083 0.291 0.048 0.014 0.035 0.002 0.001 0.008 0.002 0.005 4 S 0.623 0.103 0.061 0.131 0.056 0.007 0.007 0.002 0.006 0.003 0.001 5 R 0.266 0.146 0.128 0.216 0.073 0.039 0.090 0.018 0.015 0.006 0.002 6 L 0.134 0.223 0.440 0.112 0.011 0.034 0.016 0.001 0.025 0.001 0.001 7 V 0.013 0.329 0.376 0.002 0.022 0.007 0.001 0.001 0.248 0.001 0.001 8 P 0.065 0.002 0.845 0.011 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.068 9 G 0.008 0.003 0.015 0.009 0.028 0.005 0.025 0.874 0.003 0.030 0.001 10 V 0.007 0.252 0.649 0.003 0.035 0.005 0.001 0.001 0.048 0.001 0.001 11 P 0.055 0.007 0.812 0.011 0.001 0.016 0.002 0.001 0.002 0.001 0.093 12 A 0.010 0.703 0.085 0.012 0.167 0.005 0.003 0.004 0.011 0.001 0.001 13 R 0.005 0.837 0.107 0.003 0.036 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 14 I 0.006 0.388 0.513 0.005 0.006 0.053 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 15 K 0.036 0.720 0.106 0.021 0.084 0.019 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 16 R 0.015 0.538 0.100 0.032 0.201 0.043 0.017 0.003 0.048 0.002 0.001 17 L 0.014 0.780 0.141 0.008 0.034 0.012 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 18 E 0.069 0.349 0.353 0.031 0.053 0.095 0.006 0.001 0.038 0.002 0.001 19 V 0.139 0.432 0.198 0.049 0.102 0.046 0.006 0.001 0.021 0.005 0.001 20 S 0.346 0.048 0.217 0.204 0.037 0.054 0.066 0.002 0.019 0.004 0.003 21 G 0.343 0.008 0.038 0.024 0.075 0.007 0.075 0.279 0.004 0.146 0.001 22 E 0.811 0.022 0.090 0.034 0.009 0.024 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 23 L 0.911 0.017 0.024 0.029 0.003 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 24 H 0.977 0.005 0.006 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.990 0.001 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 K 0.984 0.002 0.002 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 L 0.956 0.005 0.007 0.024 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 28 V 0.949 0.004 0.013 0.025 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 29 G 0.846 0.007 0.010 0.114 0.003 0.005 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 30 M 0.283 0.015 0.045 0.628 0.005 0.003 0.016 0.001 0.004 0.001 0.001 31 G 0.077 0.010 0.052 0.048 0.051 0.004 0.202 0.404 0.002 0.149 0.001 32 F 0.091 0.207 0.484 0.105 0.021 0.043 0.022 0.002 0.022 0.002 0.001 33 V 0.003 0.588 0.283 0.001 0.036 0.005 0.001 0.001 0.082 0.001 0.001 34 P 0.034 0.002 0.887 0.009 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.056 35 G 0.015 0.014 0.053 0.012 0.065 0.007 0.031 0.726 0.009 0.069 0.001 36 E 0.050 0.393 0.424 0.037 0.069 0.011 0.003 0.001 0.009 0.001 0.002 37 E 0.021 0.369 0.477 0.036 0.024 0.037 0.011 0.001 0.016 0.001 0.006 38 I 0.003 0.842 0.111 0.002 0.030 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 39 E 0.010 0.590 0.283 0.004 0.044 0.041 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 40 I 0.013 0.509 0.393 0.007 0.019 0.035 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 41 V 0.039 0.702 0.147 0.011 0.040 0.032 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 42 Q 0.054 0.621 0.136 0.025 0.098 0.042 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 43 V 0.047 0.719 0.085 0.033 0.081 0.021 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 44 A 0.012 0.212 0.363 0.002 0.067 0.021 0.004 0.001 0.314 0.003 0.001 45 P 0.175 0.006 0.744 0.015 0.001 0.019 0.002 0.001 0.004 0.001 0.033 46 L 0.215 0.105 0.286 0.303 0.030 0.011 0.031 0.005 0.009 0.003 0.002 47 G 0.018 0.007 0.031 0.021 0.076 0.007 0.042 0.579 0.004 0.214 0.001 48 D 0.003 0.189 0.481 0.006 0.061 0.008 0.010 0.001 0.237 0.004 0.001 49 P 0.072 0.002 0.813 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 50 I 0.064 0.583 0.237 0.047 0.039 0.011 0.003 0.004 0.011 0.001 0.001 51 V 0.012 0.667 0.263 0.012 0.014 0.015 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 52 C 0.004 0.861 0.081 0.002 0.038 0.005 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 53 K 0.008 0.781 0.122 0.002 0.036 0.031 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 54 I 0.037 0.314 0.447 0.034 0.025 0.080 0.003 0.001 0.058 0.001 0.002 55 G 0.080 0.021 0.039 0.056 0.119 0.009 0.095 0.292 0.003 0.285 0.001 56 N 0.009 0.031 0.026 0.323 0.050 0.021 0.479 0.041 0.011 0.008 0.001 57 R 0.019 0.620 0.225 0.055 0.037 0.007 0.023 0.003 0.011 0.001 0.001 58 N 0.042 0.506 0.297 0.022 0.053 0.055 0.007 0.001 0.016 0.001 0.002 59 I 0.016 0.788 0.126 0.009 0.035 0.016 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 60 T 0.038 0.708 0.121 0.008 0.055 0.041 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 61 L 0.099 0.474 0.213 0.025 0.095 0.060 0.003 0.001 0.028 0.001 0.001 62 R 0.173 0.438 0.193 0.030 0.092 0.042 0.006 0.001 0.022 0.003 0.001 63 K 0.616 0.102 0.149 0.047 0.029 0.032 0.009 0.002 0.012 0.002 0.001 64 R 0.585 0.080 0.080 0.112 0.056 0.025 0.037 0.008 0.013 0.004 0.001 65 E 0.323 0.109 0.057 0.344 0.051 0.029 0.067 0.005 0.012 0.003 0.001 66 A 0.313 0.237 0.223 0.066 0.061 0.030 0.021 0.005 0.039 0.004 0.001 67 D 0.505 0.103 0.176 0.144 0.020 0.022 0.018 0.002 0.006 0.001 0.003 68 L 0.081 0.392 0.162 0.236 0.050 0.021 0.033 0.003 0.019 0.001 0.001 69 I 0.006 0.789 0.163 0.006 0.025 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 70 E 0.019 0.372 0.501 0.006 0.017 0.054 0.005 0.001 0.022 0.001 0.002 71 V 0.006 0.789 0.145 0.004 0.024 0.016 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 72 E 0.025 0.567 0.258 0.006 0.047 0.059 0.002 0.001 0.035 0.001 0.001 73 V 0.084 0.313 0.397 0.023 0.036 0.103 0.005 0.001 0.036 0.001 0.002 74 V 0.183 0.283 0.237 0.159 0.043 0.043 0.015 0.001 0.032 0.002 0.002 75 G 0.091 0.021 0.095 0.091 0.144 0.012 0.142 0.159 0.011 0.233 0.001 76 G 0.110 0.034 0.145 0.065 0.155 0.018 0.087 0.169 0.008 0.206 0.001 77 E 0.165 0.201 0.334 0.158 0.038 0.058 0.015 0.001 0.019 0.004 0.005 78 L 0.055 0.285 0.474 0.008 0.049 0.017 0.003 0.001 0.104 0.002 0.002 79 P 0.239 0.008 0.675 0.016 0.003 0.017 0.002 0.001 0.003 0.001 0.036 80 L 0.272 0.245 0.248 0.124 0.041 0.031 0.010 0.006 0.021 0.001 0.002 81 I 0.121 0.508 0.260 0.036 0.035 0.016 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 82 L 0.165 0.255 0.404 0.051 0.031 0.065 0.007 0.001 0.018 0.002 0.002 83 A 0.291 0.242 0.281 0.054 0.060 0.030 0.009 0.003 0.022 0.009 0.001 84 D 0.399 0.107 0.193 0.164 0.030 0.033 0.026 0.007 0.033 0.006 0.002 85 D 0.104 0.033 0.142 0.453 0.020 0.015 0.197 0.016 0.014 0.004 0.001 86 G 0.009 0.002 0.010 0.007 0.021 0.002 0.065 0.774 0.001 0.108 0.001 87 T 0.101 0.301 0.417 0.101 0.034 0.021 0.007 0.001 0.015 0.002 0.001 88 Y 0.063 0.490 0.273 0.034 0.088 0.023 0.007 0.002 0.016 0.002 0.001 89 E 0.075 0.412 0.329 0.033 0.065 0.050 0.010 0.002 0.021 0.001 0.001 90 I 0.062 0.589 0.235 0.023 0.035 0.025 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 91 T 0.196 0.385 0.242 0.049 0.065 0.038 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 92 K 0.184 0.264 0.183 0.089 0.114 0.072 0.036 0.015 0.029 0.013 0.001 93 L 0.280 0.287 0.219 0.113 0.033 0.023 0.013 0.002 0.025 0.004 0.001 94 N 0.148 0.081 0.173 0.330 0.047 0.035 0.133 0.014 0.026 0.013 0.001 95 G 0.076 0.012 0.087 0.095 0.075 0.009 0.196 0.275 0.005 0.170 0.001 96 G 0.092 0.008 0.069 0.037 0.081 0.010 0.073 0.307 0.003 0.320 0.001 97 R 0.364 0.118 0.280 0.118 0.043 0.035 0.017 0.003 0.013 0.007 0.001 98 R 0.602 0.131 0.128 0.050 0.032 0.037 0.008 0.001 0.008 0.001 0.001 99 F 0.670 0.112 0.085 0.044 0.037 0.038 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 100 L 0.940 0.015 0.022 0.009 0.003 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 101 F 0.962 0.006 0.008 0.011 0.002 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 102 R 0.912 0.010 0.008 0.055 0.003 0.008 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 103 M 0.916 0.014 0.017 0.033 0.003 0.007 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 104 K 0.930 0.005 0.018 0.037 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 105 N 0.682 0.016 0.021 0.209 0.008 0.012 0.037 0.010 0.004 0.001 0.001 106 L 0.359 0.046 0.152 0.398 0.006 0.009 0.018 0.001 0.012 0.001 0.001 107 G 0.199 0.038 0.191 0.075 0.079 0.025 0.144 0.153 0.009 0.086 0.001 108 I 0.132 0.396 0.369 0.036 0.034 0.018 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 109 E 0.193 0.253 0.379 0.061 0.038 0.039 0.005 0.001 0.027 0.003 0.002 110 S 0.120 0.099 0.251 0.373 0.051 0.014 0.069 0.006 0.010 0.005 0.002 111 G 0.002 0.002 0.008 0.003 0.031 0.002 0.059 0.788 0.002 0.103 0.001 112 K 0.019 0.447 0.450 0.027 0.039 0.007 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 113 K 0.009 0.549 0.337 0.015 0.031 0.032 0.005 0.001 0.016 0.001 0.003 114 I 0.001 0.880 0.079 0.001 0.027 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 115 Q 0.006 0.619 0.288 0.003 0.032 0.027 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 116 V 0.010 0.690 0.206 0.005 0.027 0.038 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 117 S 0.030 0.601 0.205 0.026 0.079 0.027 0.003 0.001 0.026 0.001 0.001 118 G 0.038 0.086 0.125 0.021 0.318 0.027 0.040 0.122 0.018 0.204 0.001 119 R 0.047 0.218 0.429 0.069 0.093 0.052 0.029 0.003 0.050 0.008 0.002 120 R 0.287 0.103 0.397 0.079 0.031 0.041 0.023 0.009 0.013 0.009 0.009 121 Y 0.221 0.229 0.207 0.188 0.050 0.039 0.031 0.010 0.020 0.003 0.002 122 Y 0.116 0.338 0.199 0.145 0.073 0.042 0.037 0.006 0.040 0.003 0.001 123 I 0.123 0.352 0.278 0.068 0.081 0.046 0.020 0.004 0.023 0.004 0.001 124 E 0.150 0.308 0.298 0.113 0.057 0.040 0.009 0.001 0.021 0.002 0.001 125 G 0.188 0.110 0.219 0.050 0.229 0.023 0.021 0.027 0.014 0.120 0.001 126 R 0.304 0.212 0.210 0.060 0.146 0.038 0.013 0.002 0.011 0.005 0.001 127 E 0.598 0.100 0.111 0.069 0.035 0.054 0.016 0.003 0.010 0.002 0.002 128 I 0.532 0.262 0.101 0.047 0.024 0.014 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 129 D 0.625 0.062 0.100 0.064 0.015 0.097 0.013 0.002 0.020 0.001 0.001 130 L 0.689 0.065 0.065 0.124 0.010 0.025 0.010 0.001 0.012 0.001 0.001 131 G 0.561 0.028 0.055 0.146 0.072 0.014 0.051 0.029 0.007 0.036 0.001 132 Y 0.266 0.106 0.159 0.257 0.070 0.025 0.084 0.003 0.026 0.003 0.001 133 G 0.155 0.023 0.129 0.051 0.136 0.017 0.072 0.153 0.006 0.258 0.001 134 E 0.432 0.186 0.198 0.092 0.047 0.027 0.005 0.001 0.009 0.002 0.001 135 A 0.417 0.094 0.160 0.167 0.044 0.049 0.043 0.006 0.013 0.005 0.002 136 T 0.187 0.400 0.110 0.113 0.139 0.012 0.021 0.003 0.013 0.001 0.001 137 K 0.111 0.435 0.273 0.048 0.044 0.048 0.016 0.002 0.022 0.001 0.001 138 I 0.038 0.782 0.104 0.019 0.023 0.018 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 139 W 0.059 0.516 0.111 0.039 0.217 0.027 0.012 0.003 0.011 0.004 0.001 140 V 0.047 0.520 0.181 0.058 0.093 0.050 0.015 0.002 0.033 0.001 0.001 141 R 0.023 0.648 0.177 0.011 0.064 0.022 0.011 0.001 0.041 0.001 0.001 142 R 0.062 0.137 0.639 0.028 0.020 0.076 0.010 0.002 0.022 0.001 0.003 143 V 0.059 0.609 0.223 0.032 0.037 0.021 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001