# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83.0494 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.057 0.385 0.229 0.012 0.260 0.008 0.007 0.008 0.007 0.016 0.010 2 K 0.183 0.255 0.025 0.002 0.482 0.002 0.003 0.009 0.005 0.005 0.029 3 L 0.296 0.072 0.008 0.009 0.115 0.012 0.011 0.069 0.166 0.033 0.208 4 S 0.009 0.041 0.035 0.048 0.033 0.240 0.339 0.138 0.087 0.024 0.006 5 R 0.102 0.077 0.025 0.008 0.189 0.004 0.017 0.088 0.087 0.365 0.038 6 L 0.124 0.243 0.096 0.010 0.260 0.008 0.013 0.043 0.076 0.089 0.038 7 V 0.050 0.201 0.553 0.016 0.108 0.031 0.016 0.011 0.006 0.003 0.005 8 P 0.015 0.352 0.047 0.023 0.033 0.030 0.258 0.094 0.133 0.009 0.006 9 G 0.017 0.006 0.012 0.036 0.007 0.012 0.009 0.008 0.014 0.710 0.171 10 V 0.024 0.581 0.135 0.006 0.212 0.005 0.009 0.005 0.005 0.010 0.009 11 P 0.412 0.067 0.007 0.005 0.237 0.019 0.033 0.006 0.010 0.033 0.171 12 A 0.129 0.221 0.031 0.007 0.589 0.006 0.004 0.001 0.001 0.003 0.009 13 R 0.186 0.057 0.003 0.001 0.744 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 14 I 0.679 0.022 0.002 0.001 0.185 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 15 K 0.093 0.203 0.062 0.020 0.424 0.098 0.041 0.004 0.005 0.012 0.037 16 R 0.322 0.049 0.006 0.002 0.599 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 17 L 0.224 0.196 0.016 0.010 0.418 0.010 0.005 0.003 0.004 0.017 0.097 18 E 0.187 0.148 0.189 0.058 0.199 0.063 0.068 0.012 0.005 0.018 0.052 19 V 0.070 0.176 0.165 0.104 0.114 0.045 0.041 0.111 0.080 0.050 0.043 20 S 0.020 0.087 0.046 0.186 0.036 0.123 0.048 0.194 0.141 0.106 0.014 21 G 0.011 0.018 0.026 0.037 0.016 0.023 0.027 0.355 0.212 0.248 0.025 22 E 0.014 0.050 0.021 0.003 0.028 0.003 0.014 0.699 0.099 0.057 0.012 23 L 0.018 0.034 0.010 0.002 0.022 0.002 0.006 0.729 0.124 0.044 0.009 24 H 0.003 0.005 0.002 0.001 0.005 0.001 0.002 0.874 0.103 0.003 0.001 25 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.929 0.057 0.002 0.001 26 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.946 0.038 0.003 0.001 27 L 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.011 0.881 0.087 0.007 0.002 28 V 0.003 0.026 0.005 0.002 0.008 0.006 0.038 0.744 0.159 0.009 0.001 29 G 0.019 0.005 0.006 0.003 0.011 0.010 0.105 0.451 0.120 0.192 0.078 30 M 0.007 0.673 0.206 0.004 0.060 0.004 0.019 0.009 0.007 0.009 0.003 31 G 0.092 0.052 0.020 0.014 0.075 0.018 0.023 0.027 0.027 0.379 0.272 32 F 0.119 0.291 0.104 0.030 0.215 0.009 0.015 0.025 0.042 0.092 0.060 33 V 0.037 0.201 0.571 0.035 0.102 0.026 0.007 0.008 0.004 0.003 0.007 34 P 0.018 0.159 0.061 0.046 0.028 0.043 0.251 0.189 0.190 0.007 0.007 35 G 0.028 0.016 0.022 0.032 0.018 0.012 0.014 0.019 0.033 0.681 0.127 36 E 0.025 0.562 0.140 0.010 0.167 0.012 0.016 0.016 0.015 0.022 0.016 37 E 0.349 0.050 0.005 0.002 0.516 0.005 0.016 0.006 0.005 0.011 0.035 38 I 0.292 0.102 0.008 0.006 0.542 0.005 0.005 0.004 0.003 0.003 0.031 39 E 0.178 0.117 0.010 0.002 0.655 0.006 0.011 0.003 0.001 0.002 0.014 40 I 0.425 0.047 0.003 0.001 0.500 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 41 V 0.248 0.142 0.017 0.009 0.429 0.016 0.010 0.007 0.006 0.014 0.102 42 Q 0.219 0.133 0.036 0.008 0.509 0.009 0.015 0.007 0.005 0.012 0.046 43 V 0.190 0.154 0.038 0.025 0.242 0.017 0.021 0.021 0.040 0.158 0.093 44 A 0.060 0.327 0.270 0.037 0.181 0.021 0.026 0.026 0.025 0.014 0.012 45 P 0.125 0.133 0.172 0.054 0.145 0.052 0.070 0.085 0.088 0.036 0.038 46 L 0.037 0.166 0.054 0.068 0.064 0.061 0.211 0.124 0.162 0.038 0.016 47 G 0.026 0.016 0.033 0.105 0.014 0.055 0.030 0.022 0.041 0.553 0.105 48 D 0.044 0.447 0.217 0.010 0.224 0.004 0.009 0.006 0.006 0.020 0.013 49 P 0.332 0.146 0.012 0.004 0.357 0.012 0.023 0.015 0.021 0.018 0.059 50 I 0.156 0.156 0.018 0.010 0.544 0.020 0.046 0.009 0.008 0.010 0.023 51 V 0.296 0.038 0.002 0.001 0.641 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 52 C 0.178 0.123 0.016 0.001 0.668 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 53 K 0.400 0.084 0.009 0.002 0.434 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.063 54 I 0.210 0.118 0.060 0.146 0.146 0.048 0.021 0.009 0.012 0.040 0.189 55 G 0.008 0.028 0.049 0.581 0.011 0.167 0.105 0.017 0.012 0.016 0.006 56 N 0.088 0.044 0.051 0.109 0.076 0.020 0.013 0.020 0.043 0.405 0.130 57 R 0.095 0.283 0.083 0.016 0.245 0.035 0.028 0.049 0.052 0.073 0.041 58 N 0.193 0.162 0.023 0.005 0.468 0.011 0.033 0.028 0.023 0.022 0.034 59 I 0.297 0.099 0.010 0.003 0.532 0.004 0.005 0.011 0.009 0.006 0.024 60 T 0.248 0.141 0.017 0.007 0.405 0.019 0.031 0.045 0.011 0.017 0.059 61 L 0.255 0.142 0.035 0.016 0.330 0.015 0.016 0.041 0.019 0.044 0.086 62 R 0.087 0.355 0.119 0.033 0.205 0.019 0.018 0.056 0.019 0.050 0.040 63 K 0.058 0.049 0.016 0.009 0.094 0.014 0.022 0.330 0.298 0.085 0.026 64 R 0.018 0.054 0.033 0.008 0.039 0.022 0.054 0.518 0.205 0.042 0.008 65 E 0.052 0.028 0.008 0.004 0.049 0.006 0.031 0.455 0.142 0.192 0.032 66 A 0.198 0.060 0.012 0.008 0.153 0.016 0.028 0.261 0.124 0.073 0.066 67 D 0.030 0.058 0.022 0.020 0.078 0.090 0.142 0.366 0.107 0.072 0.015 68 L 0.319 0.050 0.010 0.006 0.315 0.006 0.028 0.095 0.041 0.079 0.051 69 I 0.103 0.204 0.036 0.007 0.542 0.014 0.020 0.032 0.013 0.012 0.015 70 E 0.279 0.083 0.010 0.003 0.551 0.004 0.009 0.009 0.004 0.007 0.041 71 V 0.283 0.173 0.019 0.004 0.427 0.003 0.003 0.010 0.008 0.012 0.058 72 E 0.129 0.217 0.050 0.007 0.516 0.011 0.021 0.014 0.005 0.006 0.024 73 V 0.437 0.096 0.040 0.010 0.246 0.009 0.017 0.026 0.016 0.018 0.085 74 V 0.061 0.090 0.046 0.197 0.081 0.130 0.147 0.086 0.054 0.057 0.050 75 G 0.010 0.027 0.047 0.682 0.012 0.098 0.042 0.019 0.021 0.034 0.008 76 G 0.026 0.055 0.102 0.316 0.055 0.037 0.022 0.046 0.064 0.225 0.051 77 E 0.148 0.150 0.072 0.023 0.214 0.012 0.020 0.042 0.059 0.174 0.087 78 L 0.078 0.430 0.171 0.010 0.218 0.011 0.011 0.020 0.020 0.013 0.019 79 P 0.135 0.305 0.077 0.013 0.271 0.017 0.037 0.048 0.039 0.019 0.038 80 L 0.271 0.134 0.031 0.008 0.287 0.009 0.019 0.060 0.058 0.044 0.077 81 I 0.114 0.249 0.072 0.015 0.306 0.025 0.033 0.075 0.033 0.034 0.043 82 L 0.175 0.193 0.059 0.014 0.341 0.015 0.023 0.059 0.026 0.045 0.050 83 A 0.075 0.160 0.158 0.043 0.093 0.028 0.056 0.203 0.092 0.053 0.039 84 D 0.029 0.041 0.059 0.068 0.040 0.089 0.153 0.285 0.117 0.083 0.035 85 D 0.023 0.372 0.153 0.147 0.055 0.049 0.059 0.044 0.037 0.049 0.013 86 G 0.024 0.022 0.040 0.104 0.023 0.033 0.016 0.042 0.043 0.492 0.161 87 T 0.089 0.354 0.110 0.015 0.247 0.007 0.018 0.041 0.032 0.047 0.040 88 Y 0.154 0.281 0.073 0.011 0.317 0.023 0.018 0.028 0.022 0.025 0.047 89 E 0.164 0.240 0.073 0.022 0.331 0.016 0.029 0.038 0.020 0.026 0.041 90 I 0.367 0.104 0.023 0.008 0.345 0.007 0.007 0.033 0.024 0.021 0.061 91 T 0.077 0.257 0.107 0.029 0.239 0.073 0.054 0.072 0.035 0.028 0.028 92 K 0.243 0.119 0.061 0.015 0.310 0.011 0.025 0.039 0.022 0.082 0.074 93 L 0.116 0.169 0.133 0.060 0.167 0.034 0.045 0.086 0.048 0.081 0.062 94 N 0.033 0.083 0.126 0.264 0.043 0.139 0.120 0.080 0.036 0.050 0.026 95 G 0.019 0.061 0.081 0.388 0.029 0.070 0.051 0.074 0.062 0.135 0.030 96 G 0.030 0.066 0.083 0.196 0.044 0.037 0.015 0.111 0.077 0.281 0.058 97 R 0.051 0.141 0.074 0.021 0.116 0.016 0.025 0.276 0.131 0.108 0.041 98 R 0.060 0.133 0.050 0.008 0.102 0.015 0.029 0.400 0.116 0.055 0.030 99 F 0.059 0.109 0.033 0.007 0.084 0.008 0.018 0.494 0.105 0.058 0.025 100 L 0.033 0.023 0.006 0.003 0.043 0.004 0.006 0.725 0.130 0.016 0.011 101 F 0.009 0.013 0.005 0.002 0.019 0.006 0.014 0.829 0.092 0.009 0.003 102 R 0.012 0.014 0.006 0.002 0.015 0.003 0.021 0.823 0.076 0.023 0.006 103 M 0.020 0.012 0.004 0.003 0.023 0.007 0.020 0.721 0.147 0.033 0.008 104 K 0.007 0.035 0.010 0.005 0.016 0.013 0.053 0.695 0.146 0.016 0.004 105 N 0.037 0.013 0.011 0.007 0.028 0.012 0.067 0.349 0.121 0.280 0.076 106 L 0.023 0.553 0.210 0.009 0.116 0.007 0.017 0.026 0.013 0.016 0.010 107 G 0.149 0.126 0.041 0.020 0.195 0.022 0.030 0.061 0.028 0.180 0.148 108 I 0.159 0.178 0.083 0.025 0.176 0.011 0.021 0.133 0.095 0.060 0.059 109 E 0.040 0.066 0.164 0.120 0.054 0.213 0.090 0.147 0.060 0.024 0.023 110 S 0.011 0.138 0.063 0.125 0.025 0.065 0.330 0.151 0.076 0.011 0.005 111 G 0.014 0.004 0.007 0.023 0.005 0.005 0.002 0.005 0.008 0.676 0.250 112 K 0.011 0.696 0.088 0.002 0.185 0.002 0.007 0.001 0.001 0.004 0.003 113 K 0.423 0.034 0.002 0.001 0.512 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.022 114 I 0.221 0.153 0.012 0.006 0.581 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.020 115 Q 0.230 0.078 0.008 0.001 0.654 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.021 116 V 0.507 0.058 0.013 0.006 0.295 0.003 0.003 0.002 0.001 0.006 0.105 117 S 0.102 0.167 0.057 0.176 0.205 0.099 0.077 0.010 0.009 0.039 0.060 118 G 0.054 0.069 0.143 0.484 0.050 0.058 0.017 0.007 0.011 0.071 0.036 119 R 0.112 0.197 0.163 0.077 0.299 0.016 0.009 0.015 0.021 0.051 0.039 120 R 0.166 0.142 0.040 0.023 0.186 0.053 0.064 0.090 0.116 0.054 0.066 121 Y 0.109 0.232 0.093 0.018 0.268 0.029 0.052 0.051 0.047 0.053 0.047 122 Y 0.264 0.145 0.027 0.007 0.377 0.010 0.019 0.040 0.026 0.035 0.049 123 I 0.222 0.153 0.035 0.011 0.382 0.020 0.020 0.043 0.022 0.029 0.062 124 E 0.162 0.166 0.063 0.037 0.228 0.050 0.059 0.067 0.026 0.074 0.067 125 G 0.102 0.209 0.119 0.054 0.178 0.025 0.021 0.095 0.061 0.093 0.044 126 R 0.055 0.175 0.116 0.030 0.163 0.021 0.027 0.265 0.092 0.036 0.019 127 E 0.067 0.038 0.012 0.006 0.081 0.008 0.032 0.429 0.231 0.068 0.027 128 I 0.072 0.183 0.051 0.015 0.139 0.032 0.043 0.271 0.101 0.057 0.037 129 D 0.122 0.109 0.051 0.017 0.197 0.027 0.057 0.209 0.068 0.090 0.054 130 L 0.077 0.077 0.046 0.013 0.091 0.017 0.053 0.308 0.168 0.110 0.041 131 G 0.061 0.093 0.085 0.048 0.096 0.059 0.142 0.213 0.067 0.097 0.037 132 Y 0.050 0.204 0.120 0.171 0.075 0.056 0.086 0.064 0.031 0.111 0.032 133 G 0.037 0.093 0.217 0.332 0.059 0.040 0.012 0.042 0.034 0.091 0.043 134 E 0.030 0.059 0.038 0.040 0.053 0.028 0.054 0.379 0.227 0.066 0.026 135 A 0.089 0.062 0.024 0.013 0.102 0.015 0.032 0.236 0.170 0.197 0.061 136 T 0.078 0.176 0.058 0.013 0.183 0.029 0.039 0.223 0.099 0.067 0.035 137 K 0.201 0.115 0.024 0.005 0.383 0.010 0.031 0.114 0.044 0.037 0.037 138 I 0.290 0.135 0.021 0.008 0.310 0.014 0.019 0.065 0.040 0.029 0.068 139 W 0.155 0.147 0.044 0.030 0.308 0.051 0.064 0.070 0.028 0.043 0.059 140 V 0.221 0.163 0.048 0.020 0.315 0.013 0.023 0.036 0.025 0.054 0.082 141 R 0.109 0.303 0.125 0.022 0.259 0.021 0.024 0.023 0.022 0.045 0.047 142 R 0.165 0.269 0.087 0.009 0.394 0.006 0.011 0.013 0.008 0.009 0.029 143 V 0.213 0.234 0.045 0.017 0.283 0.019 0.022 0.036 0.032 0.025 0.075