# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83.0494 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.631 0.216 0.092 0.043 0.015 0.002 0.001 2 K 0.484 0.326 0.136 0.043 0.009 0.002 0.001 3 L 0.146 0.115 0.249 0.294 0.164 0.031 0.001 4 S 0.563 0.335 0.075 0.019 0.006 0.001 0.001 5 R 0.466 0.376 0.111 0.037 0.008 0.001 0.001 6 L 0.114 0.098 0.228 0.329 0.193 0.037 0.001 7 V 0.449 0.310 0.164 0.058 0.016 0.002 0.001 8 P 0.683 0.258 0.043 0.012 0.003 0.001 0.001 9 G 0.501 0.314 0.110 0.054 0.017 0.003 0.001 10 V 0.254 0.292 0.230 0.150 0.062 0.011 0.001 11 P 0.200 0.423 0.250 0.089 0.031 0.006 0.001 12 A 0.034 0.068 0.158 0.315 0.325 0.094 0.006 13 R 0.016 0.127 0.288 0.336 0.179 0.053 0.002 14 I 0.014 0.039 0.079 0.171 0.299 0.365 0.032 15 K 0.043 0.194 0.291 0.293 0.151 0.028 0.001 16 R 0.091 0.302 0.278 0.223 0.084 0.021 0.001 17 L 0.016 0.037 0.164 0.347 0.338 0.096 0.003 18 E 0.287 0.435 0.192 0.067 0.017 0.002 0.001 19 V 0.235 0.264 0.245 0.180 0.063 0.011 0.001 20 S 0.598 0.295 0.074 0.026 0.007 0.001 0.001 21 G 0.650 0.271 0.056 0.018 0.004 0.001 0.001 22 E 0.416 0.403 0.131 0.039 0.010 0.001 0.001 23 L 0.061 0.110 0.179 0.295 0.272 0.078 0.006 24 H 0.033 0.149 0.295 0.336 0.144 0.042 0.002 25 E 0.159 0.316 0.245 0.177 0.078 0.023 0.001 26 K 0.022 0.087 0.229 0.337 0.240 0.078 0.007 27 L 0.018 0.028 0.041 0.116 0.287 0.402 0.109 28 V 0.022 0.075 0.189 0.291 0.234 0.155 0.034 29 G 0.096 0.186 0.251 0.253 0.119 0.073 0.022 30 M 0.029 0.038 0.061 0.111 0.235 0.404 0.122 31 G 0.061 0.119 0.131 0.187 0.224 0.217 0.062 32 F 0.049 0.093 0.161 0.243 0.233 0.176 0.044 33 V 0.084 0.156 0.206 0.254 0.207 0.082 0.011 34 P 0.200 0.280 0.238 0.163 0.085 0.031 0.003 35 G 0.356 0.345 0.158 0.092 0.038 0.011 0.001 36 E 0.384 0.379 0.129 0.075 0.027 0.006 0.001 37 E 0.056 0.180 0.276 0.294 0.132 0.055 0.006 38 I 0.022 0.036 0.088 0.226 0.382 0.222 0.024 39 E 0.054 0.249 0.304 0.257 0.106 0.028 0.002 40 I 0.017 0.049 0.084 0.184 0.330 0.294 0.042 41 V 0.017 0.056 0.118 0.228 0.285 0.258 0.037 42 Q 0.072 0.183 0.254 0.269 0.152 0.061 0.008 43 V 0.094 0.198 0.264 0.239 0.138 0.058 0.008 44 A 0.088 0.112 0.161 0.244 0.251 0.131 0.015 45 P 0.153 0.204 0.192 0.195 0.151 0.091 0.015 46 L 0.195 0.202 0.238 0.190 0.109 0.057 0.010 47 G 0.282 0.299 0.212 0.130 0.051 0.022 0.004 48 D 0.133 0.195 0.181 0.185 0.173 0.108 0.025 49 P 0.036 0.060 0.102 0.190 0.264 0.255 0.093 50 I 0.016 0.046 0.078 0.155 0.290 0.331 0.083 51 V 0.022 0.087 0.171 0.259 0.239 0.179 0.043 52 C 0.007 0.022 0.043 0.091 0.246 0.475 0.115 53 K 0.021 0.129 0.249 0.347 0.182 0.066 0.006 54 I 0.017 0.042 0.110 0.261 0.339 0.213 0.018 55 G 0.158 0.312 0.246 0.175 0.086 0.021 0.001 56 N 0.417 0.397 0.109 0.047 0.021 0.007 0.001 57 R 0.088 0.190 0.278 0.290 0.121 0.030 0.003 58 N 0.103 0.277 0.272 0.204 0.103 0.039 0.003 59 I 0.016 0.033 0.070 0.165 0.331 0.341 0.043 60 T 0.031 0.100 0.230 0.270 0.228 0.126 0.015 61 L 0.019 0.044 0.089 0.164 0.262 0.346 0.077 62 R 0.037 0.121 0.218 0.243 0.246 0.122 0.013 63 K 0.099 0.215 0.252 0.272 0.128 0.033 0.002 64 R 0.463 0.404 0.083 0.031 0.016 0.003 0.001 65 E 0.175 0.317 0.240 0.182 0.064 0.020 0.001 66 A 0.050 0.064 0.197 0.309 0.290 0.084 0.006 67 D 0.354 0.443 0.135 0.047 0.017 0.004 0.001 68 L 0.193 0.306 0.248 0.165 0.068 0.019 0.002 69 I 0.037 0.050 0.087 0.189 0.342 0.266 0.029 70 E 0.067 0.195 0.263 0.259 0.154 0.057 0.005 71 V 0.052 0.083 0.152 0.239 0.282 0.174 0.019 72 E 0.160 0.319 0.265 0.159 0.081 0.016 0.001 73 V 0.214 0.287 0.238 0.175 0.069 0.017 0.001 74 V 0.255 0.236 0.234 0.174 0.084 0.015 0.001 75 G 0.613 0.269 0.080 0.029 0.008 0.001 0.001 76 G 0.630 0.248 0.078 0.033 0.009 0.002 0.001 77 E 0.570 0.279 0.100 0.039 0.010 0.002 0.001 78 L 0.271 0.228 0.237 0.180 0.070 0.014 0.001 79 P 0.406 0.367 0.145 0.057 0.021 0.005 0.001 80 L 0.113 0.144 0.219 0.277 0.187 0.057 0.002 81 I 0.143 0.216 0.271 0.212 0.121 0.036 0.001 82 L 0.195 0.219 0.272 0.204 0.086 0.022 0.001 83 A 0.484 0.275 0.135 0.072 0.028 0.006 0.001 84 D 0.608 0.254 0.084 0.038 0.013 0.003 0.001 85 D 0.656 0.231 0.073 0.029 0.009 0.002 0.001 86 G 0.540 0.270 0.114 0.053 0.018 0.004 0.001 87 T 0.312 0.296 0.201 0.129 0.048 0.014 0.001 88 Y 0.128 0.170 0.250 0.254 0.144 0.051 0.004 89 E 0.136 0.257 0.238 0.203 0.115 0.048 0.004 90 I 0.071 0.104 0.144 0.225 0.253 0.182 0.021 91 T 0.106 0.150 0.206 0.247 0.187 0.094 0.010 92 K 0.237 0.308 0.239 0.136 0.055 0.022 0.003 93 L 0.108 0.101 0.169 0.266 0.232 0.109 0.014 94 N 0.277 0.262 0.198 0.148 0.079 0.033 0.004 95 G 0.398 0.275 0.160 0.100 0.043 0.020 0.003 96 G 0.533 0.258 0.101 0.064 0.030 0.011 0.002 97 R 0.306 0.232 0.184 0.152 0.089 0.034 0.004 98 R 0.250 0.261 0.211 0.150 0.087 0.037 0.005 99 F 0.137 0.163 0.189 0.227 0.187 0.088 0.009 100 L 0.157 0.196 0.219 0.215 0.144 0.064 0.006 101 F 0.281 0.250 0.210 0.152 0.077 0.027 0.002 102 R 0.384 0.298 0.166 0.094 0.042 0.015 0.001 103 M 0.173 0.139 0.206 0.259 0.158 0.059 0.006 104 K 0.460 0.306 0.129 0.065 0.029 0.010 0.001 105 N 0.417 0.309 0.153 0.083 0.028 0.009 0.001 106 L 0.164 0.166 0.211 0.233 0.166 0.057 0.003 107 G 0.182 0.286 0.241 0.162 0.097 0.031 0.001 108 I 0.107 0.153 0.261 0.291 0.150 0.036 0.002 109 E 0.401 0.324 0.156 0.077 0.037 0.005 0.001 110 S 0.583 0.307 0.075 0.026 0.007 0.001 0.001 111 G 0.485 0.308 0.135 0.055 0.015 0.003 0.001 112 K 0.304 0.344 0.201 0.121 0.026 0.005 0.001 113 K 0.060 0.217 0.329 0.265 0.097 0.030 0.002 114 I 0.022 0.031 0.058 0.159 0.368 0.323 0.040 115 Q 0.032 0.144 0.238 0.335 0.166 0.080 0.006 116 V 0.021 0.036 0.063 0.127 0.240 0.385 0.127 117 S 0.014 0.030 0.062 0.116 0.192 0.369 0.218 118 G 0.049 0.093 0.126 0.175 0.222 0.202 0.133 119 R 0.058 0.129 0.177 0.203 0.188 0.161 0.085 120 R 0.139 0.203 0.164 0.173 0.156 0.124 0.041 121 Y 0.059 0.069 0.095 0.166 0.251 0.269 0.091 122 Y 0.120 0.156 0.153 0.189 0.190 0.146 0.045 123 I 0.100 0.113 0.143 0.187 0.220 0.181 0.055 124 E 0.137 0.208 0.209 0.199 0.130 0.087 0.030 125 G 0.166 0.145 0.148 0.187 0.179 0.133 0.043 126 R 0.222 0.224 0.197 0.167 0.108 0.064 0.018 127 E 0.118 0.169 0.199 0.229 0.143 0.105 0.037 128 I 0.065 0.049 0.067 0.136 0.244 0.317 0.122 129 D 0.123 0.207 0.209 0.211 0.140 0.089 0.021 130 L 0.131 0.123 0.136 0.198 0.198 0.163 0.051 131 G 0.133 0.132 0.133 0.182 0.190 0.183 0.047 132 Y 0.199 0.226 0.215 0.179 0.106 0.061 0.014 133 G 0.217 0.183 0.166 0.184 0.142 0.085 0.022 134 E 0.287 0.253 0.181 0.139 0.085 0.045 0.011 135 A 0.215 0.193 0.207 0.185 0.115 0.067 0.018 136 T 0.303 0.266 0.162 0.131 0.086 0.043 0.009 137 K 0.106 0.167 0.192 0.236 0.169 0.110 0.020 138 I 0.060 0.057 0.085 0.164 0.224 0.310 0.100 139 W 0.067 0.105 0.153 0.227 0.216 0.187 0.045 140 V 0.095 0.121 0.161 0.201 0.221 0.164 0.038 141 R 0.174 0.207 0.196 0.193 0.144 0.074 0.011 142 R 0.355 0.292 0.158 0.106 0.055 0.028 0.005 143 V 0.248 0.131 0.157 0.209 0.148 0.090 0.018