# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83.0494 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.233 0.096 0.102 0.125 0.125 0.112 0.076 0.052 0.034 0.025 0.012 0.005 0.002 0.001 2 K 0.142 0.118 0.114 0.172 0.169 0.107 0.074 0.047 0.029 0.013 0.008 0.004 0.001 0.001 3 L 0.048 0.030 0.041 0.078 0.115 0.144 0.143 0.152 0.124 0.070 0.033 0.014 0.007 0.002 4 S 0.224 0.170 0.143 0.164 0.107 0.083 0.053 0.026 0.014 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 5 R 0.407 0.219 0.157 0.086 0.063 0.029 0.018 0.009 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 6 L 0.064 0.046 0.075 0.151 0.193 0.186 0.143 0.079 0.033 0.020 0.007 0.002 0.001 0.001 7 V 0.160 0.139 0.187 0.161 0.148 0.088 0.058 0.032 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 8 P 0.311 0.145 0.130 0.149 0.124 0.061 0.033 0.023 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 9 G 0.255 0.215 0.150 0.139 0.104 0.060 0.036 0.020 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 10 V 0.085 0.074 0.115 0.155 0.199 0.148 0.090 0.060 0.033 0.026 0.011 0.003 0.002 0.001 11 P 0.053 0.068 0.097 0.160 0.236 0.153 0.097 0.049 0.039 0.029 0.011 0.005 0.002 0.002 12 A 0.030 0.011 0.019 0.042 0.061 0.117 0.128 0.106 0.131 0.137 0.104 0.065 0.035 0.013 13 R 0.015 0.026 0.040 0.126 0.134 0.110 0.140 0.144 0.108 0.063 0.047 0.027 0.011 0.009 14 I 0.004 0.003 0.005 0.008 0.016 0.036 0.062 0.163 0.154 0.163 0.169 0.137 0.067 0.013 15 K 0.020 0.021 0.031 0.063 0.076 0.110 0.129 0.193 0.116 0.101 0.072 0.034 0.023 0.009 16 R 0.031 0.037 0.060 0.092 0.166 0.124 0.117 0.079 0.094 0.075 0.057 0.039 0.012 0.017 17 L 0.026 0.014 0.025 0.047 0.085 0.152 0.136 0.141 0.124 0.133 0.060 0.032 0.018 0.005 18 E 0.138 0.154 0.160 0.200 0.145 0.078 0.059 0.032 0.022 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 19 V 0.059 0.053 0.073 0.169 0.169 0.198 0.114 0.060 0.055 0.032 0.014 0.003 0.001 0.001 20 S 0.271 0.227 0.162 0.130 0.107 0.054 0.023 0.011 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 21 G 0.563 0.259 0.095 0.050 0.019 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 E 0.446 0.284 0.169 0.051 0.027 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 L 0.063 0.047 0.101 0.117 0.219 0.209 0.128 0.073 0.030 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 24 H 0.122 0.136 0.164 0.200 0.202 0.090 0.049 0.022 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.614 0.238 0.087 0.032 0.017 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 K 0.099 0.129 0.146 0.242 0.181 0.101 0.055 0.029 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 27 L 0.034 0.023 0.044 0.085 0.151 0.188 0.191 0.158 0.089 0.024 0.007 0.004 0.001 0.001 28 V 0.156 0.136 0.126 0.178 0.128 0.105 0.077 0.048 0.022 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 29 G 0.549 0.220 0.123 0.042 0.024 0.018 0.011 0.004 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 30 M 0.060 0.052 0.094 0.139 0.217 0.164 0.098 0.054 0.050 0.036 0.022 0.009 0.004 0.002 31 G 0.102 0.085 0.085 0.128 0.151 0.148 0.135 0.084 0.045 0.016 0.012 0.005 0.002 0.001 32 F 0.081 0.065 0.063 0.110 0.151 0.159 0.115 0.089 0.074 0.049 0.026 0.011 0.005 0.002 33 V 0.104 0.080 0.100 0.142 0.138 0.128 0.110 0.079 0.056 0.028 0.019 0.009 0.004 0.001 34 P 0.164 0.111 0.142 0.140 0.153 0.115 0.066 0.033 0.033 0.021 0.013 0.006 0.002 0.002 35 G 0.140 0.104 0.123 0.148 0.171 0.105 0.074 0.052 0.040 0.024 0.011 0.005 0.002 0.001 36 E 0.149 0.107 0.118 0.147 0.131 0.115 0.086 0.060 0.037 0.026 0.014 0.005 0.004 0.002 37 E 0.055 0.063 0.084 0.150 0.225 0.140 0.104 0.057 0.056 0.041 0.014 0.007 0.002 0.002 38 I 0.025 0.016 0.026 0.053 0.082 0.128 0.136 0.125 0.118 0.121 0.093 0.044 0.024 0.008 39 E 0.061 0.054 0.077 0.148 0.133 0.123 0.123 0.081 0.080 0.044 0.036 0.021 0.009 0.009 40 I 0.011 0.006 0.010 0.019 0.033 0.057 0.081 0.174 0.190 0.165 0.125 0.083 0.036 0.011 41 V 0.019 0.015 0.018 0.030 0.048 0.085 0.094 0.238 0.149 0.111 0.082 0.059 0.044 0.008 42 Q 0.064 0.078 0.082 0.127 0.132 0.101 0.111 0.093 0.066 0.056 0.044 0.028 0.010 0.009 43 V 0.049 0.052 0.082 0.105 0.140 0.148 0.133 0.087 0.094 0.058 0.032 0.014 0.004 0.003 44 A 0.066 0.073 0.099 0.132 0.153 0.160 0.118 0.082 0.062 0.029 0.017 0.006 0.003 0.002 45 P 0.071 0.093 0.103 0.149 0.151 0.141 0.121 0.080 0.050 0.023 0.011 0.004 0.002 0.001 46 L 0.079 0.086 0.111 0.133 0.164 0.166 0.107 0.065 0.042 0.026 0.013 0.005 0.002 0.001 47 G 0.187 0.169 0.163 0.133 0.119 0.085 0.062 0.037 0.021 0.010 0.008 0.003 0.001 0.001 48 D 0.126 0.112 0.141 0.146 0.157 0.101 0.076 0.046 0.038 0.026 0.019 0.008 0.003 0.002 49 P 0.049 0.049 0.054 0.088 0.122 0.130 0.135 0.133 0.107 0.063 0.037 0.018 0.009 0.004 50 I 0.021 0.016 0.024 0.047 0.064 0.097 0.128 0.144 0.132 0.130 0.100 0.052 0.030 0.014 51 V 0.018 0.022 0.037 0.062 0.105 0.114 0.135 0.133 0.116 0.093 0.076 0.048 0.021 0.019 52 C 0.022 0.008 0.012 0.019 0.027 0.049 0.060 0.081 0.127 0.160 0.164 0.145 0.093 0.035 53 K 0.020 0.028 0.047 0.118 0.134 0.112 0.154 0.134 0.111 0.065 0.034 0.022 0.010 0.009 54 I 0.010 0.008 0.011 0.022 0.039 0.082 0.098 0.176 0.167 0.154 0.124 0.065 0.035 0.009 55 G 0.045 0.071 0.106 0.152 0.160 0.146 0.121 0.089 0.051 0.029 0.015 0.008 0.004 0.002 56 N 0.065 0.091 0.105 0.132 0.184 0.118 0.100 0.082 0.056 0.037 0.018 0.008 0.003 0.002 57 R 0.018 0.033 0.057 0.109 0.171 0.192 0.150 0.107 0.080 0.048 0.022 0.007 0.004 0.002 58 N 0.039 0.059 0.076 0.133 0.183 0.153 0.131 0.082 0.073 0.039 0.020 0.008 0.003 0.003 59 I 0.022 0.015 0.030 0.053 0.089 0.131 0.132 0.171 0.137 0.106 0.057 0.028 0.020 0.008 60 T 0.043 0.031 0.046 0.098 0.150 0.126 0.125 0.144 0.107 0.060 0.033 0.022 0.011 0.006 61 L 0.033 0.022 0.031 0.061 0.082 0.119 0.119 0.146 0.128 0.115 0.074 0.042 0.024 0.005 62 R 0.097 0.091 0.091 0.173 0.194 0.134 0.090 0.044 0.051 0.017 0.010 0.005 0.001 0.001 63 K 0.146 0.159 0.150 0.206 0.147 0.072 0.049 0.023 0.025 0.011 0.009 0.001 0.001 0.001 64 R 0.327 0.258 0.199 0.097 0.054 0.035 0.016 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 E 0.149 0.180 0.172 0.177 0.182 0.077 0.026 0.015 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 66 A 0.033 0.040 0.059 0.173 0.265 0.175 0.114 0.073 0.038 0.025 0.004 0.001 0.001 0.001 67 D 0.324 0.248 0.150 0.119 0.068 0.040 0.027 0.012 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 68 L 0.070 0.078 0.139 0.161 0.203 0.121 0.100 0.047 0.040 0.020 0.012 0.006 0.002 0.002 69 I 0.022 0.010 0.019 0.036 0.067 0.126 0.130 0.225 0.133 0.111 0.061 0.033 0.023 0.004 70 E 0.034 0.045 0.064 0.145 0.197 0.126 0.113 0.095 0.075 0.052 0.023 0.021 0.006 0.005 71 V 0.017 0.008 0.011 0.027 0.043 0.085 0.101 0.164 0.169 0.203 0.098 0.051 0.018 0.005 72 E 0.067 0.082 0.105 0.166 0.186 0.137 0.088 0.061 0.053 0.026 0.016 0.008 0.003 0.002 73 V 0.097 0.086 0.102 0.156 0.149 0.121 0.098 0.071 0.055 0.035 0.019 0.007 0.002 0.001 74 V 0.079 0.073 0.097 0.144 0.186 0.168 0.102 0.064 0.053 0.022 0.008 0.002 0.001 0.001 75 G 0.263 0.198 0.173 0.148 0.096 0.049 0.033 0.019 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 76 G 0.471 0.207 0.140 0.076 0.049 0.027 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 77 E 0.289 0.177 0.163 0.123 0.121 0.059 0.032 0.016 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 78 L 0.117 0.082 0.101 0.146 0.172 0.138 0.100 0.079 0.031 0.021 0.008 0.002 0.001 0.001 79 P 0.242 0.157 0.133 0.135 0.132 0.077 0.048 0.038 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 80 L 0.097 0.066 0.085 0.142 0.160 0.135 0.101 0.100 0.052 0.040 0.014 0.006 0.002 0.001 81 I 0.101 0.081 0.096 0.148 0.168 0.137 0.100 0.082 0.044 0.025 0.010 0.005 0.001 0.001 82 L 0.144 0.103 0.126 0.166 0.152 0.111 0.074 0.057 0.035 0.020 0.010 0.003 0.001 0.001 83 A 0.289 0.157 0.139 0.147 0.108 0.076 0.037 0.019 0.015 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 84 D 0.475 0.192 0.121 0.093 0.063 0.029 0.013 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 85 D 0.383 0.218 0.150 0.122 0.068 0.028 0.015 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 86 G 0.500 0.205 0.134 0.067 0.042 0.028 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 T 0.272 0.157 0.174 0.128 0.131 0.064 0.035 0.018 0.010 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 88 Y 0.141 0.082 0.085 0.132 0.155 0.134 0.103 0.085 0.038 0.028 0.012 0.004 0.002 0.001 89 E 0.141 0.123 0.096 0.138 0.145 0.102 0.076 0.085 0.044 0.026 0.014 0.007 0.002 0.001 90 I 0.040 0.036 0.049 0.081 0.110 0.128 0.134 0.176 0.102 0.074 0.037 0.022 0.008 0.003 91 T 0.086 0.055 0.070 0.103 0.119 0.159 0.117 0.089 0.069 0.061 0.038 0.022 0.009 0.003 92 K 0.188 0.127 0.147 0.143 0.131 0.086 0.066 0.035 0.033 0.017 0.015 0.007 0.002 0.002 93 L 0.076 0.045 0.060 0.105 0.131 0.165 0.134 0.087 0.080 0.062 0.034 0.013 0.006 0.002 94 N 0.225 0.171 0.148 0.137 0.106 0.082 0.060 0.033 0.020 0.008 0.008 0.003 0.001 0.001 95 G 0.314 0.163 0.139 0.118 0.093 0.067 0.046 0.026 0.016 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 96 G 0.267 0.157 0.141 0.129 0.123 0.078 0.048 0.024 0.018 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 97 R 0.315 0.166 0.137 0.119 0.103 0.061 0.043 0.029 0.014 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 98 R 0.292 0.169 0.159 0.120 0.101 0.061 0.044 0.029 0.013 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 99 F 0.141 0.083 0.119 0.136 0.166 0.146 0.094 0.057 0.029 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 100 L 0.178 0.116 0.129 0.157 0.175 0.094 0.057 0.044 0.026 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 101 F 0.393 0.170 0.123 0.126 0.084 0.046 0.024 0.018 0.008 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 102 R 0.374 0.201 0.132 0.125 0.082 0.040 0.019 0.011 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 103 M 0.108 0.073 0.106 0.170 0.175 0.145 0.091 0.066 0.040 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 104 K 0.418 0.220 0.126 0.103 0.059 0.035 0.019 0.010 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 105 N 0.488 0.222 0.146 0.063 0.042 0.019 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 L 0.117 0.087 0.113 0.179 0.204 0.139 0.079 0.046 0.019 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 107 G 0.210 0.142 0.146 0.140 0.148 0.096 0.061 0.033 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 108 I 0.159 0.094 0.095 0.175 0.178 0.124 0.075 0.046 0.027 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 109 E 0.313 0.206 0.157 0.134 0.089 0.047 0.027 0.013 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 110 S 0.254 0.155 0.201 0.141 0.118 0.066 0.030 0.015 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 111 G 0.210 0.148 0.140 0.165 0.152 0.081 0.043 0.027 0.018 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 112 K 0.131 0.092 0.098 0.143 0.143 0.134 0.089 0.082 0.041 0.026 0.013 0.004 0.002 0.001 113 K 0.030 0.049 0.060 0.152 0.228 0.140 0.103 0.091 0.072 0.046 0.015 0.008 0.003 0.002 114 I 0.011 0.009 0.016 0.036 0.055 0.094 0.140 0.155 0.143 0.129 0.101 0.064 0.035 0.012 115 Q 0.027 0.028 0.053 0.089 0.100 0.122 0.152 0.126 0.114 0.070 0.059 0.029 0.016 0.015 116 V 0.010 0.004 0.008 0.014 0.033 0.058 0.062 0.101 0.130 0.163 0.166 0.129 0.084 0.038 117 S 0.021 0.010 0.012 0.026 0.045 0.069 0.090 0.114 0.123 0.139 0.111 0.126 0.088 0.026 118 G 0.033 0.036 0.042 0.106 0.111 0.120 0.152 0.119 0.102 0.072 0.055 0.031 0.013 0.009 119 R 0.047 0.051 0.070 0.117 0.132 0.153 0.140 0.082 0.084 0.053 0.046 0.017 0.005 0.003 120 R 0.089 0.115 0.116 0.123 0.138 0.123 0.103 0.075 0.060 0.029 0.019 0.006 0.003 0.001 121 Y 0.057 0.066 0.087 0.120 0.158 0.155 0.121 0.102 0.061 0.042 0.019 0.006 0.003 0.002 122 Y 0.069 0.064 0.106 0.122 0.180 0.143 0.111 0.083 0.060 0.035 0.014 0.008 0.003 0.002 123 I 0.072 0.036 0.046 0.076 0.111 0.132 0.117 0.135 0.099 0.093 0.041 0.023 0.015 0.004 124 E 0.109 0.104 0.111 0.158 0.145 0.099 0.089 0.071 0.049 0.030 0.018 0.010 0.004 0.003 125 G 0.070 0.044 0.055 0.082 0.104 0.132 0.122 0.111 0.099 0.087 0.051 0.027 0.011 0.005 126 R 0.102 0.080 0.092 0.129 0.130 0.115 0.104 0.089 0.067 0.040 0.030 0.014 0.007 0.003 127 E 0.065 0.067 0.080 0.110 0.127 0.125 0.115 0.103 0.086 0.056 0.038 0.018 0.007 0.005 128 I 0.025 0.019 0.028 0.047 0.083 0.123 0.139 0.160 0.138 0.106 0.065 0.039 0.021 0.007 129 D 0.049 0.056 0.072 0.117 0.127 0.122 0.131 0.116 0.082 0.054 0.041 0.018 0.009 0.007 130 L 0.034 0.025 0.039 0.058 0.092 0.129 0.129 0.120 0.118 0.101 0.074 0.049 0.021 0.013 131 G 0.048 0.028 0.038 0.067 0.102 0.127 0.133 0.143 0.118 0.082 0.052 0.033 0.021 0.007 132 Y 0.051 0.060 0.074 0.155 0.166 0.129 0.123 0.086 0.069 0.042 0.023 0.012 0.006 0.003 133 G 0.074 0.065 0.080 0.128 0.138 0.155 0.118 0.080 0.077 0.046 0.024 0.010 0.004 0.002 134 E 0.148 0.142 0.152 0.158 0.144 0.096 0.063 0.036 0.031 0.015 0.010 0.003 0.001 0.001 135 A 0.135 0.125 0.129 0.148 0.141 0.115 0.077 0.047 0.035 0.026 0.016 0.004 0.002 0.001 136 T 0.117 0.100 0.118 0.137 0.153 0.121 0.089 0.058 0.049 0.028 0.019 0.007 0.003 0.002 137 K 0.044 0.040 0.057 0.099 0.130 0.119 0.117 0.146 0.104 0.075 0.039 0.018 0.008 0.004 138 I 0.021 0.012 0.015 0.027 0.045 0.070 0.087 0.214 0.161 0.142 0.089 0.069 0.038 0.009 139 W 0.024 0.020 0.022 0.046 0.059 0.077 0.098 0.166 0.142 0.133 0.094 0.074 0.033 0.011 140 V 0.031 0.027 0.036 0.060 0.076 0.096 0.111 0.124 0.145 0.124 0.087 0.056 0.017 0.009 141 R 0.062 0.046 0.061 0.076 0.100 0.128 0.114 0.102 0.111 0.084 0.064 0.031 0.013 0.007 142 R 0.100 0.098 0.109 0.121 0.139 0.114 0.097 0.073 0.062 0.041 0.027 0.012 0.005 0.004 143 V 0.082 0.063 0.085 0.101 0.131 0.143 0.124 0.097 0.073 0.055 0.026 0.012 0.005 0.002