# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 76.5829 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.025 0.671 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.022 0.131 0.003 0.108 0.028 2 K 0.001 0.006 0.843 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.014 0.013 0.001 0.011 0.104 3 L 0.001 0.017 0.301 0.020 0.425 0.051 0.002 0.001 0.016 0.022 0.057 0.015 0.071 4 S 0.001 0.003 0.070 0.028 0.607 0.046 0.001 0.001 0.008 0.027 0.171 0.024 0.012 5 R 0.005 0.027 0.121 0.004 0.385 0.039 0.001 0.001 0.012 0.121 0.157 0.023 0.105 6 L 0.003 0.119 0.574 0.001 0.011 0.006 0.001 0.001 0.010 0.181 0.019 0.035 0.039 7 V 0.001 0.011 0.826 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.073 0.023 0.037 0.018 8 P 0.001 0.003 0.022 0.002 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.032 0.914 0.002 0.004 9 G 0.001 0.006 0.105 0.009 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.227 0.626 0.006 0.006 10 V 0.005 0.006 0.542 0.015 0.009 0.001 0.001 0.001 0.010 0.166 0.008 0.205 0.032 11 P 0.012 0.010 0.124 0.013 0.001 0.001 0.012 0.001 0.033 0.015 0.006 0.011 0.762 12 A 0.115 0.005 0.043 0.073 0.001 0.001 0.029 0.011 0.068 0.005 0.001 0.585 0.063 13 R 0.439 0.001 0.013 0.013 0.001 0.001 0.112 0.053 0.120 0.002 0.001 0.118 0.127 14 I 0.431 0.001 0.012 0.014 0.001 0.001 0.182 0.078 0.070 0.001 0.001 0.025 0.185 15 K 0.204 0.001 0.031 0.102 0.001 0.001 0.211 0.056 0.140 0.005 0.002 0.207 0.038 16 R 0.314 0.002 0.033 0.010 0.001 0.001 0.105 0.057 0.234 0.009 0.003 0.044 0.186 17 L 0.197 0.008 0.119 0.013 0.003 0.004 0.079 0.039 0.211 0.033 0.009 0.127 0.158 18 E 0.052 0.018 0.345 0.021 0.007 0.013 0.025 0.017 0.134 0.081 0.034 0.126 0.129 19 V 0.012 0.018 0.380 0.008 0.023 0.054 0.004 0.002 0.029 0.229 0.122 0.026 0.093 20 S 0.001 0.004 0.298 0.008 0.022 0.166 0.001 0.001 0.006 0.215 0.262 0.007 0.011 21 G 0.001 0.002 0.068 0.001 0.045 0.537 0.001 0.001 0.001 0.164 0.175 0.002 0.003 22 E 0.001 0.002 0.045 0.001 0.033 0.867 0.001 0.001 0.001 0.027 0.019 0.001 0.004 23 L 0.001 0.003 0.015 0.001 0.015 0.943 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.001 0.006 24 H 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 25 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 26 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.002 27 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.001 0.002 28 V 0.001 0.001 0.004 0.002 0.045 0.899 0.001 0.001 0.001 0.003 0.041 0.002 0.001 29 G 0.002 0.002 0.013 0.001 0.025 0.796 0.001 0.001 0.002 0.017 0.132 0.003 0.006 30 M 0.004 0.006 0.092 0.007 0.033 0.385 0.001 0.001 0.004 0.091 0.359 0.005 0.012 31 G 0.004 0.017 0.192 0.002 0.025 0.104 0.001 0.001 0.006 0.173 0.409 0.058 0.009 32 F 0.005 0.046 0.647 0.001 0.013 0.019 0.001 0.001 0.010 0.087 0.096 0.004 0.070 33 V 0.002 0.029 0.570 0.007 0.011 0.009 0.001 0.001 0.007 0.209 0.044 0.103 0.008 34 P 0.001 0.005 0.076 0.009 0.027 0.011 0.001 0.001 0.009 0.091 0.741 0.002 0.029 35 G 0.001 0.002 0.071 0.008 0.010 0.004 0.001 0.001 0.003 0.095 0.798 0.003 0.006 36 E 0.015 0.008 0.542 0.020 0.016 0.007 0.003 0.001 0.022 0.160 0.012 0.135 0.058 37 E 0.074 0.014 0.078 0.011 0.004 0.008 0.033 0.008 0.135 0.021 0.004 0.073 0.536 38 I 0.216 0.006 0.029 0.050 0.001 0.003 0.086 0.032 0.089 0.004 0.002 0.202 0.281 39 E 0.315 0.002 0.010 0.065 0.001 0.002 0.111 0.051 0.069 0.003 0.001 0.312 0.058 40 I 0.592 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.112 0.033 0.031 0.001 0.001 0.034 0.188 41 V 0.617 0.002 0.012 0.055 0.001 0.002 0.084 0.035 0.046 0.002 0.002 0.069 0.075 42 Q 0.270 0.003 0.020 0.027 0.004 0.003 0.078 0.012 0.027 0.008 0.007 0.479 0.060 43 V 0.260 0.016 0.052 0.017 0.007 0.005 0.031 0.010 0.040 0.020 0.017 0.024 0.503 44 A 0.016 0.016 0.324 0.029 0.008 0.005 0.003 0.002 0.015 0.106 0.019 0.438 0.019 45 P 0.003 0.011 0.494 0.004 0.023 0.004 0.001 0.001 0.006 0.118 0.130 0.009 0.197 46 L 0.001 0.005 0.143 0.005 0.040 0.004 0.001 0.001 0.002 0.169 0.605 0.017 0.009 47 G 0.001 0.004 0.064 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.354 0.550 0.008 0.004 48 D 0.004 0.010 0.304 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.544 0.068 0.024 0.029 49 P 0.019 0.010 0.481 0.027 0.006 0.001 0.003 0.001 0.012 0.056 0.041 0.023 0.321 50 I 0.322 0.007 0.052 0.060 0.004 0.002 0.054 0.010 0.067 0.009 0.006 0.290 0.117 51 V 0.744 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.077 0.009 0.008 0.001 0.001 0.049 0.102 52 C 0.713 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.108 0.009 0.003 0.001 0.001 0.061 0.098 53 K 0.727 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.026 0.011 0.009 0.001 0.001 0.166 0.055 54 I 0.451 0.002 0.013 0.015 0.001 0.001 0.021 0.006 0.008 0.006 0.007 0.070 0.399 55 G 0.057 0.001 0.037 0.262 0.003 0.001 0.002 0.001 0.006 0.044 0.412 0.132 0.041 56 N 0.027 0.001 0.044 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.183 0.649 0.012 0.055 57 R 0.087 0.009 0.220 0.010 0.007 0.007 0.008 0.001 0.011 0.129 0.042 0.362 0.108 58 N 0.263 0.018 0.044 0.006 0.004 0.019 0.071 0.002 0.013 0.014 0.007 0.108 0.431 59 I 0.422 0.009 0.015 0.027 0.003 0.025 0.066 0.005 0.011 0.005 0.003 0.279 0.130 60 T 0.485 0.006 0.023 0.019 0.005 0.032 0.037 0.007 0.017 0.011 0.007 0.157 0.193 61 L 0.260 0.016 0.058 0.008 0.008 0.026 0.026 0.006 0.019 0.023 0.018 0.110 0.423 62 R 0.066 0.009 0.391 0.017 0.015 0.086 0.004 0.001 0.017 0.092 0.032 0.135 0.136 63 K 0.007 0.004 0.085 0.011 0.221 0.444 0.001 0.001 0.003 0.078 0.107 0.012 0.027 64 R 0.003 0.002 0.044 0.005 0.328 0.436 0.001 0.001 0.001 0.041 0.129 0.005 0.006 65 E 0.009 0.005 0.044 0.004 0.422 0.400 0.001 0.001 0.001 0.027 0.070 0.004 0.013 66 A 0.023 0.011 0.235 0.026 0.188 0.192 0.001 0.001 0.008 0.046 0.176 0.014 0.081 67 D 0.013 0.004 0.105 0.061 0.073 0.144 0.002 0.001 0.022 0.088 0.418 0.050 0.020 68 L 0.085 0.008 0.184 0.020 0.033 0.053 0.012 0.011 0.058 0.059 0.196 0.027 0.255 69 I 0.229 0.006 0.216 0.027 0.003 0.019 0.051 0.044 0.109 0.050 0.014 0.116 0.116 70 E 0.235 0.005 0.046 0.009 0.002 0.009 0.128 0.116 0.214 0.011 0.006 0.155 0.063 71 V 0.131 0.006 0.034 0.016 0.002 0.005 0.170 0.172 0.232 0.007 0.003 0.029 0.193 72 E 0.120 0.004 0.071 0.038 0.002 0.005 0.048 0.068 0.268 0.015 0.003 0.309 0.050 73 V 0.074 0.010 0.102 0.011 0.006 0.006 0.030 0.035 0.202 0.025 0.013 0.034 0.452 74 V 0.022 0.011 0.404 0.033 0.017 0.012 0.010 0.006 0.076 0.092 0.101 0.124 0.093 75 G 0.007 0.007 0.321 0.024 0.031 0.011 0.001 0.001 0.015 0.212 0.287 0.036 0.048 76 G 0.004 0.011 0.219 0.005 0.054 0.019 0.001 0.001 0.006 0.314 0.302 0.034 0.031 77 E 0.009 0.034 0.408 0.008 0.039 0.037 0.001 0.001 0.010 0.195 0.136 0.026 0.096 78 L 0.018 0.036 0.458 0.016 0.032 0.037 0.002 0.001 0.015 0.171 0.039 0.114 0.064 79 P 0.021 0.014 0.462 0.019 0.028 0.055 0.003 0.001 0.017 0.066 0.055 0.046 0.213 80 L 0.056 0.026 0.243 0.042 0.085 0.096 0.009 0.002 0.021 0.052 0.061 0.096 0.209 81 I 0.096 0.018 0.162 0.033 0.048 0.089 0.014 0.003 0.022 0.036 0.043 0.236 0.199 82 L 0.085 0.024 0.141 0.014 0.064 0.074 0.012 0.003 0.021 0.031 0.049 0.075 0.407 83 A 0.046 0.028 0.290 0.033 0.031 0.057 0.007 0.003 0.020 0.077 0.098 0.180 0.129 84 D 0.019 0.012 0.257 0.017 0.028 0.033 0.002 0.001 0.012 0.189 0.268 0.080 0.083 85 D 0.004 0.005 0.073 0.010 0.014 0.009 0.001 0.001 0.002 0.148 0.707 0.011 0.018 86 G 0.005 0.009 0.179 0.013 0.014 0.010 0.001 0.001 0.003 0.280 0.432 0.037 0.017 87 T 0.036 0.032 0.416 0.012 0.016 0.017 0.006 0.001 0.019 0.114 0.057 0.079 0.195 88 Y 0.104 0.038 0.238 0.020 0.009 0.020 0.020 0.004 0.044 0.041 0.020 0.142 0.299 89 E 0.118 0.017 0.157 0.053 0.007 0.024 0.028 0.005 0.038 0.028 0.018 0.328 0.179 90 I 0.135 0.016 0.141 0.037 0.012 0.025 0.035 0.007 0.030 0.037 0.019 0.114 0.392 91 T 0.111 0.014 0.193 0.045 0.017 0.042 0.024 0.007 0.037 0.049 0.034 0.223 0.205 92 K 0.083 0.023 0.191 0.022 0.055 0.078 0.015 0.007 0.035 0.063 0.074 0.127 0.227 93 L 0.049 0.025 0.227 0.024 0.081 0.104 0.007 0.004 0.019 0.089 0.162 0.067 0.142 94 N 0.014 0.011 0.179 0.025 0.056 0.100 0.002 0.001 0.009 0.142 0.373 0.056 0.033 95 G 0.006 0.010 0.164 0.008 0.031 0.087 0.001 0.001 0.004 0.224 0.426 0.014 0.027 96 G 0.008 0.018 0.358 0.009 0.020 0.139 0.001 0.001 0.006 0.247 0.134 0.024 0.035 97 R 0.016 0.020 0.319 0.009 0.022 0.281 0.001 0.001 0.010 0.141 0.060 0.055 0.064 98 R 0.023 0.015 0.152 0.010 0.032 0.486 0.003 0.001 0.010 0.035 0.065 0.023 0.145 99 F 0.034 0.008 0.072 0.016 0.030 0.654 0.003 0.001 0.008 0.018 0.036 0.050 0.070 100 L 0.036 0.005 0.036 0.010 0.026 0.686 0.005 0.001 0.005 0.013 0.029 0.036 0.113 101 F 0.035 0.005 0.027 0.012 0.029 0.719 0.003 0.001 0.005 0.012 0.032 0.034 0.087 102 R 0.044 0.003 0.035 0.009 0.029 0.697 0.002 0.001 0.004 0.012 0.036 0.060 0.068 103 M 0.029 0.005 0.047 0.013 0.057 0.647 0.002 0.001 0.004 0.013 0.059 0.016 0.109 104 K 0.016 0.003 0.053 0.018 0.049 0.631 0.002 0.001 0.005 0.021 0.127 0.058 0.020 105 N 0.034 0.007 0.087 0.015 0.064 0.431 0.002 0.001 0.007 0.065 0.179 0.022 0.086 106 L 0.042 0.015 0.227 0.024 0.040 0.184 0.002 0.001 0.008 0.141 0.116 0.133 0.066 107 G 0.042 0.022 0.284 0.010 0.036 0.113 0.003 0.001 0.011 0.072 0.119 0.077 0.210 108 I 0.050 0.054 0.400 0.009 0.033 0.037 0.003 0.002 0.016 0.059 0.086 0.060 0.189 109 E 0.029 0.021 0.301 0.028 0.030 0.026 0.002 0.001 0.008 0.127 0.179 0.188 0.059 110 S 0.002 0.003 0.038 0.013 0.012 0.005 0.001 0.001 0.004 0.064 0.827 0.010 0.022 111 G 0.003 0.003 0.204 0.020 0.008 0.002 0.001 0.001 0.006 0.157 0.569 0.006 0.022 112 K 0.007 0.003 0.478 0.023 0.004 0.001 0.005 0.001 0.037 0.106 0.004 0.304 0.026 113 K 0.052 0.009 0.051 0.009 0.001 0.001 0.097 0.022 0.135 0.011 0.003 0.017 0.592 114 I 0.118 0.006 0.024 0.071 0.001 0.001 0.147 0.173 0.206 0.005 0.001 0.213 0.036 115 Q 0.130 0.002 0.027 0.010 0.001 0.001 0.153 0.305 0.236 0.005 0.001 0.074 0.057 116 V 0.122 0.002 0.038 0.004 0.001 0.001 0.125 0.319 0.250 0.004 0.002 0.019 0.112 117 S 0.033 0.006 0.212 0.080 0.007 0.003 0.064 0.122 0.278 0.043 0.039 0.075 0.038 118 G 0.015 0.010 0.317 0.039 0.011 0.003 0.010 0.018 0.157 0.263 0.086 0.032 0.040 119 R 0.004 0.009 0.574 0.005 0.013 0.004 0.002 0.003 0.058 0.254 0.022 0.023 0.029 120 R 0.004 0.021 0.460 0.016 0.049 0.018 0.003 0.003 0.054 0.166 0.131 0.013 0.063 121 Y 0.009 0.027 0.295 0.023 0.079 0.034 0.005 0.003 0.029 0.174 0.224 0.061 0.038 122 Y 0.021 0.031 0.399 0.011 0.048 0.026 0.008 0.005 0.031 0.148 0.092 0.023 0.155 123 I 0.034 0.022 0.403 0.022 0.022 0.025 0.007 0.005 0.039 0.140 0.070 0.141 0.071 124 E 0.025 0.017 0.301 0.032 0.022 0.033 0.006 0.004 0.040 0.180 0.167 0.072 0.101 125 G 0.024 0.014 0.339 0.047 0.026 0.029 0.006 0.003 0.025 0.168 0.192 0.030 0.099 126 R 0.052 0.013 0.321 0.036 0.023 0.040 0.022 0.009 0.052 0.107 0.056 0.180 0.090 127 E 0.153 0.029 0.092 0.014 0.024 0.053 0.093 0.038 0.077 0.030 0.030 0.083 0.285 128 I 0.223 0.029 0.077 0.034 0.017 0.052 0.081 0.049 0.056 0.021 0.024 0.205 0.131 129 D 0.191 0.015 0.140 0.034 0.022 0.068 0.035 0.018 0.039 0.046 0.039 0.221 0.132 130 L 0.099 0.021 0.188 0.025 0.045 0.105 0.020 0.013 0.029 0.085 0.102 0.045 0.224 131 G 0.056 0.019 0.196 0.033 0.049 0.112 0.008 0.006 0.019 0.157 0.187 0.104 0.055 132 Y 0.026 0.019 0.196 0.013 0.073 0.063 0.002 0.001 0.009 0.214 0.268 0.031 0.086 133 G 0.013 0.013 0.290 0.012 0.091 0.051 0.001 0.001 0.004 0.185 0.259 0.029 0.051 134 E 0.021 0.019 0.217 0.038 0.141 0.059 0.002 0.001 0.012 0.146 0.251 0.041 0.051 135 A 0.055 0.010 0.185 0.037 0.052 0.015 0.003 0.002 0.015 0.144 0.285 0.038 0.158 136 T 0.100 0.008 0.241 0.187 0.023 0.008 0.009 0.005 0.033 0.132 0.092 0.077 0.085 137 K 0.208 0.004 0.092 0.021 0.004 0.003 0.048 0.022 0.076 0.058 0.024 0.336 0.103 138 I 0.321 0.003 0.036 0.012 0.001 0.001 0.110 0.106 0.066 0.004 0.002 0.009 0.332 139 W 0.185 0.001 0.011 0.015 0.001 0.001 0.079 0.093 0.144 0.002 0.001 0.464 0.004 140 V 0.254 0.001 0.020 0.009 0.001 0.001 0.108 0.093 0.138 0.004 0.002 0.004 0.365 141 R 0.057 0.002 0.094 0.069 0.001 0.001 0.076 0.032 0.177 0.021 0.003 0.445 0.022 142 R 0.075 0.004 0.110 0.005 0.001 0.001 0.022 0.019 0.387 0.019 0.002 0.019 0.338 143 V 0.025 0.008 0.530 0.012 0.003 0.002 0.011 0.005 0.112 0.050 0.006 0.127 0.110