# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 76.5829 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.105 0.006 0.638 0.230 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 2 K 0.003 0.001 0.013 0.021 0.009 0.924 0.001 0.001 0.002 0.020 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 3 L 0.003 0.007 0.001 0.015 0.012 0.029 0.001 0.003 0.001 0.001 0.926 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 4 S 0.001 0.418 0.001 0.037 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 0.001 0.002 0.513 0.001 0.001 0.006 0.001 5 R 0.004 0.006 0.373 0.135 0.007 0.006 0.011 0.001 0.027 0.001 0.002 0.003 0.021 0.001 0.003 0.400 6 L 0.055 0.005 0.866 0.034 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.015 7 V 0.001 0.001 0.011 0.002 0.779 0.022 0.090 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.001 0.001 8 P 0.001 0.007 0.001 0.018 0.001 0.011 0.001 0.885 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.052 0.001 9 G 0.001 0.043 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.889 0.024 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.024 10 V 0.966 0.001 0.014 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 P 0.001 0.015 0.945 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 A 0.001 0.004 0.009 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 R 0.001 0.003 0.027 0.967 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 I 0.001 0.001 0.004 0.125 0.016 0.853 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 K 0.001 0.707 0.001 0.285 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 R 0.001 0.004 0.001 0.970 0.008 0.008 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.018 0.006 0.660 0.251 0.016 0.031 0.001 0.009 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.001 0.027 0.020 0.545 0.041 0.330 0.001 0.011 0.003 0.010 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 19 V 0.003 0.082 0.002 0.189 0.327 0.194 0.011 0.022 0.002 0.007 0.128 0.021 0.006 0.006 0.001 0.001 20 S 0.002 0.033 0.003 0.022 0.003 0.338 0.001 0.262 0.004 0.005 0.158 0.137 0.015 0.001 0.019 0.001 21 G 0.002 0.004 0.002 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 0.013 0.018 0.652 0.163 0.115 0.001 0.001 0.006 22 E 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.643 0.278 0.001 0.001 0.001 23 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.109 0.862 0.001 0.001 0.001 24 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.987 0.001 0.001 0.001 25 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 26 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 27 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 28 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.006 0.011 0.001 29 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.974 0.001 0.008 30 M 0.006 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.958 0.002 31 G 0.001 0.001 0.053 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.927 32 F 0.864 0.009 0.030 0.030 0.015 0.015 0.008 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 0.011 33 V 0.001 0.016 0.028 0.008 0.827 0.018 0.054 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 34 P 0.001 0.011 0.006 0.058 0.005 0.044 0.001 0.802 0.002 0.001 0.019 0.002 0.001 0.001 0.045 0.001 35 G 0.001 0.044 0.011 0.035 0.001 0.003 0.001 0.001 0.827 0.033 0.006 0.012 0.001 0.001 0.001 0.026 36 E 0.897 0.008 0.017 0.072 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 37 E 0.002 0.005 0.913 0.077 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 I 0.001 0.003 0.043 0.950 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 E 0.001 0.002 0.008 0.985 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 I 0.001 0.002 0.002 0.704 0.009 0.281 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 V 0.001 0.121 0.006 0.827 0.005 0.029 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 42 Q 0.001 0.025 0.003 0.915 0.018 0.026 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 43 V 0.005 0.073 0.137 0.733 0.008 0.020 0.001 0.008 0.002 0.001 0.004 0.003 0.004 0.001 0.001 0.003 44 A 0.006 0.012 0.041 0.290 0.073 0.515 0.006 0.006 0.004 0.018 0.010 0.007 0.010 0.001 0.001 0.001 45 P 0.004 0.062 0.008 0.036 0.587 0.053 0.034 0.020 0.001 0.001 0.143 0.005 0.005 0.039 0.001 0.001 46 L 0.002 0.086 0.004 0.085 0.004 0.016 0.002 0.526 0.008 0.002 0.019 0.040 0.003 0.001 0.200 0.002 47 G 0.007 0.064 0.094 0.041 0.001 0.004 0.007 0.003 0.330 0.082 0.004 0.010 0.007 0.001 0.004 0.343 48 D 0.841 0.015 0.040 0.030 0.001 0.044 0.001 0.002 0.003 0.001 0.003 0.003 0.010 0.001 0.002 0.004 49 P 0.035 0.099 0.560 0.165 0.001 0.063 0.001 0.001 0.003 0.001 0.055 0.005 0.006 0.001 0.001 0.006 50 I 0.011 0.135 0.094 0.737 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 51 V 0.001 0.006 0.152 0.830 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 52 C 0.001 0.005 0.068 0.915 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 K 0.001 0.001 0.003 0.142 0.822 0.028 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 I 0.001 0.010 0.002 0.070 0.338 0.160 0.004 0.385 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 55 G 0.001 0.061 0.001 0.040 0.008 0.069 0.001 0.347 0.116 0.203 0.099 0.037 0.002 0.001 0.012 0.002 56 N 0.116 0.148 0.009 0.045 0.004 0.022 0.004 0.009 0.297 0.051 0.142 0.109 0.012 0.002 0.004 0.026 57 R 0.407 0.058 0.275 0.089 0.001 0.013 0.002 0.008 0.007 0.002 0.017 0.078 0.025 0.001 0.010 0.007 58 N 0.020 0.020 0.713 0.141 0.001 0.038 0.003 0.001 0.002 0.002 0.006 0.014 0.024 0.001 0.001 0.015 59 I 0.027 0.015 0.109 0.644 0.004 0.078 0.003 0.001 0.001 0.001 0.033 0.014 0.067 0.001 0.001 0.003 60 T 0.001 0.067 0.055 0.694 0.006 0.053 0.005 0.003 0.001 0.001 0.008 0.028 0.074 0.001 0.001 0.003 61 L 0.001 0.021 0.043 0.747 0.018 0.033 0.007 0.006 0.001 0.001 0.017 0.009 0.088 0.002 0.001 0.003 62 R 0.003 0.021 0.034 0.161 0.040 0.485 0.012 0.018 0.003 0.003 0.028 0.030 0.148 0.005 0.003 0.004 63 K 0.008 0.034 0.024 0.114 0.010 0.069 0.009 0.025 0.006 0.003 0.513 0.032 0.132 0.006 0.011 0.006 64 R 0.009 0.081 0.021 0.059 0.005 0.049 0.012 0.009 0.009 0.005 0.106 0.453 0.146 0.007 0.016 0.012 65 E 0.024 0.094 0.095 0.098 0.003 0.019 0.012 0.004 0.017 0.001 0.030 0.056 0.319 0.007 0.023 0.197 66 A 0.034 0.028 0.165 0.052 0.002 0.093 0.034 0.004 0.006 0.003 0.017 0.059 0.424 0.023 0.014 0.043 67 D 0.006 0.563 0.210 0.106 0.001 0.003 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.050 0.001 0.013 0.037 68 L 0.016 0.011 0.189 0.695 0.001 0.008 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.069 69 I 0.013 0.004 0.877 0.105 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 E 0.001 0.002 0.036 0.957 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 V 0.001 0.003 0.006 0.969 0.004 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 E 0.001 0.015 0.004 0.907 0.036 0.033 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 V 0.001 0.010 0.002 0.314 0.533 0.117 0.002 0.008 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 V 0.001 0.090 0.007 0.149 0.308 0.094 0.011 0.247 0.006 0.006 0.051 0.018 0.001 0.004 0.006 0.001 75 G 0.009 0.102 0.016 0.197 0.008 0.053 0.003 0.224 0.139 0.099 0.054 0.041 0.007 0.001 0.033 0.014 76 G 0.161 0.054 0.060 0.110 0.010 0.062 0.006 0.007 0.171 0.134 0.077 0.062 0.032 0.002 0.003 0.048 77 E 0.224 0.197 0.193 0.228 0.003 0.018 0.003 0.008 0.008 0.002 0.031 0.048 0.021 0.001 0.004 0.012 78 L 0.016 0.040 0.415 0.401 0.003 0.058 0.005 0.003 0.004 0.002 0.006 0.016 0.018 0.001 0.002 0.009 79 P 0.014 0.044 0.210 0.486 0.006 0.168 0.004 0.004 0.002 0.001 0.015 0.007 0.029 0.001 0.001 0.006 80 L 0.008 0.063 0.031 0.760 0.006 0.046 0.003 0.004 0.003 0.001 0.034 0.013 0.023 0.001 0.001 0.003 81 I 0.006 0.064 0.107 0.701 0.009 0.026 0.004 0.005 0.003 0.001 0.009 0.029 0.029 0.001 0.002 0.004 82 L 0.007 0.031 0.140 0.595 0.047 0.094 0.009 0.008 0.003 0.002 0.007 0.006 0.038 0.002 0.001 0.010 83 A 0.010 0.040 0.065 0.228 0.204 0.253 0.026 0.034 0.004 0.005 0.063 0.015 0.037 0.007 0.004 0.005 84 D 0.002 0.034 0.006 0.025 0.499 0.050 0.100 0.042 0.005 0.005 0.060 0.015 0.007 0.142 0.004 0.002 85 D 0.007 0.028 0.010 0.031 0.001 0.010 0.001 0.544 0.010 0.003 0.024 0.017 0.008 0.001 0.301 0.004 86 G 0.019 0.017 0.031 0.021 0.001 0.016 0.005 0.001 0.345 0.258 0.030 0.038 0.027 0.002 0.002 0.187 87 T 0.776 0.035 0.067 0.048 0.001 0.007 0.002 0.002 0.002 0.001 0.010 0.019 0.019 0.001 0.004 0.006 88 Y 0.011 0.042 0.632 0.217 0.001 0.036 0.003 0.002 0.003 0.001 0.005 0.011 0.019 0.001 0.002 0.015 89 E 0.008 0.042 0.220 0.644 0.007 0.043 0.004 0.001 0.002 0.001 0.004 0.003 0.014 0.001 0.001 0.007 90 I 0.007 0.023 0.045 0.723 0.023 0.115 0.007 0.004 0.001 0.001 0.017 0.005 0.023 0.002 0.001 0.002 91 T 0.003 0.083 0.083 0.533 0.015 0.095 0.005 0.038 0.004 0.003 0.037 0.036 0.058 0.001 0.004 0.003 92 K 0.006 0.031 0.026 0.360 0.224 0.152 0.011 0.020 0.016 0.011 0.042 0.029 0.054 0.006 0.002 0.009 93 L 0.008 0.017 0.017 0.026 0.548 0.034 0.089 0.027 0.003 0.003 0.070 0.023 0.023 0.104 0.006 0.003 94 N 0.002 0.028 0.017 0.017 0.128 0.024 0.086 0.378 0.008 0.013 0.029 0.034 0.021 0.057 0.153 0.006 95 G 0.019 0.027 0.028 0.033 0.005 0.016 0.010 0.159 0.173 0.111 0.039 0.026 0.046 0.004 0.135 0.169 96 G 0.384 0.010 0.028 0.017 0.002 0.022 0.007 0.004 0.100 0.127 0.059 0.071 0.098 0.003 0.007 0.062 97 R 0.247 0.047 0.114 0.042 0.002 0.058 0.004 0.006 0.004 0.004 0.095 0.129 0.228 0.002 0.006 0.010 98 R 0.013 0.045 0.116 0.160 0.002 0.083 0.004 0.003 0.003 0.002 0.096 0.163 0.289 0.002 0.003 0.014 99 F 0.007 0.017 0.051 0.106 0.002 0.070 0.010 0.001 0.001 0.001 0.059 0.124 0.540 0.002 0.003 0.005 100 L 0.001 0.014 0.017 0.075 0.001 0.016 0.007 0.001 0.001 0.001 0.044 0.054 0.763 0.002 0.002 0.003 101 F 0.001 0.005 0.009 0.060 0.001 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.019 0.041 0.838 0.003 0.002 0.003 102 R 0.001 0.007 0.010 0.035 0.001 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.010 0.033 0.863 0.005 0.005 0.011 103 M 0.002 0.003 0.007 0.014 0.003 0.025 0.032 0.002 0.001 0.001 0.015 0.015 0.840 0.027 0.005 0.008 104 K 0.004 0.048 0.030 0.045 0.002 0.009 0.007 0.040 0.002 0.001 0.013 0.014 0.653 0.012 0.098 0.023 105 N 0.007 0.016 0.020 0.042 0.018 0.008 0.116 0.001 0.032 0.005 0.011 0.006 0.102 0.461 0.005 0.149 106 L 0.102 0.016 0.364 0.070 0.001 0.001 0.004 0.029 0.001 0.001 0.002 0.004 0.047 0.001 0.347 0.010 107 G 0.009 0.011 0.343 0.216 0.008 0.046 0.009 0.001 0.022 0.033 0.002 0.002 0.029 0.002 0.001 0.266 108 I 0.204 0.028 0.042 0.202 0.137 0.234 0.012 0.010 0.001 0.001 0.056 0.008 0.057 0.003 0.003 0.004 109 E 0.001 0.012 0.002 0.005 0.827 0.010 0.034 0.007 0.001 0.001 0.009 0.003 0.001 0.088 0.001 0.001 110 S 0.001 0.012 0.004 0.018 0.002 0.006 0.001 0.659 0.003 0.001 0.008 0.004 0.002 0.001 0.276 0.001 111 G 0.001 0.013 0.020 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.736 0.022 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.190 112 K 0.970 0.004 0.008 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 K 0.004 0.020 0.897 0.076 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 I 0.005 0.002 0.044 0.947 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 Q 0.001 0.002 0.033 0.950 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 V 0.001 0.001 0.001 0.328 0.650 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 S 0.001 0.039 0.002 0.357 0.088 0.043 0.001 0.459 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 G 0.002 0.022 0.002 0.329 0.075 0.047 0.001 0.046 0.196 0.248 0.024 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 119 R 0.196 0.074 0.027 0.116 0.083 0.228 0.005 0.063 0.055 0.043 0.061 0.041 0.004 0.001 0.002 0.002 120 R 0.032 0.116 0.076 0.223 0.020 0.077 0.005 0.087 0.033 0.040 0.184 0.078 0.016 0.002 0.006 0.004 121 Y 0.050 0.104 0.077 0.271 0.030 0.140 0.012 0.025 0.039 0.035 0.047 0.122 0.026 0.003 0.007 0.011 122 Y 0.051 0.062 0.219 0.381 0.011 0.027 0.008 0.020 0.015 0.004 0.091 0.032 0.048 0.001 0.007 0.023 123 I 0.016 0.018 0.108 0.231 0.232 0.068 0.104 0.009 0.007 0.027 0.028 0.062 0.048 0.033 0.002 0.007 124 E 0.014 0.062 0.076 0.269 0.009 0.119 0.006 0.180 0.003 0.002 0.061 0.035 0.121 0.002 0.034 0.006 125 G 0.007 0.012 0.007 0.104 0.002 0.230 0.004 0.006 0.067 0.088 0.151 0.123 0.184 0.001 0.001 0.011 126 R 0.048 0.043 0.014 0.052 0.002 0.032 0.002 0.003 0.003 0.001 0.251 0.199 0.343 0.002 0.003 0.002 127 E 0.004 0.045 0.030 0.109 0.003 0.027 0.011 0.002 0.004 0.001 0.062 0.251 0.429 0.009 0.002 0.012 128 I 0.004 0.006 0.115 0.066 0.001 0.007 0.012 0.003 0.001 0.001 0.005 0.035 0.717 0.004 0.017 0.006 129 D 0.001 0.004 0.014 0.026 0.003 0.029 0.032 0.001 0.001 0.001 0.018 0.011 0.830 0.013 0.003 0.015 130 L 0.007 0.019 0.018 0.120 0.002 0.008 0.007 0.022 0.002 0.001 0.035 0.019 0.705 0.003 0.021 0.012 131 G 0.002 0.006 0.026 0.048 0.089 0.014 0.189 0.002 0.005 0.010 0.007 0.018 0.125 0.435 0.003 0.020 132 Y 0.023 0.017 0.064 0.050 0.002 0.024 0.009 0.118 0.001 0.001 0.024 0.010 0.259 0.003 0.382 0.012 133 G 0.004 0.012 0.023 0.039 0.032 0.062 0.052 0.004 0.070 0.185 0.077 0.028 0.264 0.046 0.003 0.099 134 E 0.262 0.089 0.026 0.050 0.007 0.031 0.012 0.038 0.003 0.001 0.098 0.071 0.207 0.023 0.068 0.012 135 A 0.007 0.124 0.143 0.082 0.003 0.068 0.027 0.011 0.072 0.011 0.024 0.109 0.161 0.015 0.019 0.123 136 T 0.093 0.109 0.463 0.159 0.001 0.012 0.011 0.006 0.006 0.001 0.008 0.012 0.060 0.002 0.016 0.040 137 K 0.044 0.054 0.497 0.292 0.003 0.026 0.007 0.001 0.007 0.001 0.002 0.003 0.016 0.002 0.001 0.043 138 I 0.028 0.025 0.499 0.412 0.004 0.017 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 139 W 0.002 0.030 0.110 0.827 0.007 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 V 0.004 0.014 0.017 0.910 0.007 0.041 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 R 0.004 0.043 0.039 0.859 0.007 0.034 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 142 R 0.004 0.034 0.022 0.611 0.141 0.156 0.003 0.005 0.002 0.003 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 143 V 0.006 0.078 0.036 0.586 0.038 0.097 0.003 0.074 0.003 0.002 0.056 0.012 0.005 0.001 0.003 0.001