# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 76.5829 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.056 0.009 0.051 0.083 0.075 0.156 0.005 0.002 0.069 0.477 2 K 0.275 0.100 0.011 0.032 0.062 0.106 0.072 0.036 0.003 0.051 0.252 3 L 0.588 0.020 0.001 0.014 0.026 0.032 0.024 0.014 0.001 0.019 0.262 4 S 0.051 0.005 0.001 0.062 0.050 0.073 0.071 0.002 0.001 0.030 0.657 5 R 0.006 0.002 0.003 0.052 0.043 0.113 0.170 0.001 0.001 0.020 0.589 6 L 0.045 0.002 0.002 0.014 0.051 0.061 0.104 0.005 0.001 0.018 0.697 7 V 0.629 0.001 0.001 0.009 0.019 0.030 0.062 0.003 0.001 0.032 0.213 8 P 0.008 0.001 0.001 0.010 0.009 0.010 0.096 0.001 0.001 0.006 0.861 9 G 0.005 0.001 0.001 0.029 0.017 0.044 0.086 0.001 0.001 0.014 0.804 10 V 0.010 0.001 0.001 0.049 0.052 0.137 0.203 0.001 0.001 0.067 0.481 11 P 0.001 0.001 0.001 0.116 0.134 0.186 0.107 0.001 0.001 0.043 0.412 12 A 0.001 0.001 0.001 0.191 0.201 0.381 0.039 0.001 0.001 0.034 0.153 13 R 0.002 0.001 0.001 0.264 0.226 0.375 0.018 0.001 0.001 0.019 0.094 14 I 0.004 0.002 0.001 0.173 0.207 0.324 0.028 0.001 0.001 0.039 0.223 15 K 0.006 0.003 0.001 0.213 0.216 0.322 0.044 0.001 0.001 0.031 0.165 16 R 0.004 0.003 0.001 0.114 0.136 0.294 0.073 0.001 0.001 0.049 0.326 17 L 0.015 0.009 0.001 0.069 0.166 0.204 0.118 0.001 0.001 0.055 0.361 18 E 0.124 0.034 0.002 0.048 0.053 0.089 0.075 0.004 0.001 0.041 0.529 19 V 0.116 0.085 0.001 0.018 0.020 0.022 0.061 0.004 0.001 0.023 0.649 20 S 0.035 0.209 0.001 0.006 0.008 0.012 0.072 0.002 0.001 0.025 0.630 21 G 0.027 0.582 0.001 0.004 0.010 0.012 0.037 0.003 0.001 0.053 0.271 22 E 0.040 0.697 0.005 0.005 0.012 0.017 0.027 0.007 0.001 0.058 0.132 23 L 0.014 0.916 0.002 0.001 0.003 0.003 0.004 0.002 0.001 0.007 0.048 24 H 0.032 0.857 0.004 0.003 0.007 0.007 0.008 0.005 0.002 0.031 0.045 25 E 0.017 0.744 0.007 0.007 0.012 0.027 0.027 0.002 0.003 0.075 0.078 26 K 0.044 0.485 0.036 0.015 0.024 0.022 0.040 0.006 0.007 0.185 0.135 27 L 0.190 0.085 0.150 0.027 0.041 0.065 0.043 0.024 0.036 0.166 0.172 28 V 0.465 0.018 0.012 0.018 0.012 0.030 0.077 0.012 0.007 0.033 0.316 29 G 0.076 0.002 0.001 0.033 0.015 0.031 0.044 0.005 0.001 0.020 0.772 30 M 0.005 0.001 0.001 0.068 0.034 0.022 0.152 0.001 0.001 0.019 0.699 31 G 0.005 0.001 0.002 0.082 0.028 0.101 0.217 0.001 0.001 0.022 0.541 32 F 0.024 0.001 0.001 0.021 0.023 0.018 0.091 0.002 0.001 0.014 0.803 33 V 0.375 0.001 0.001 0.049 0.019 0.031 0.101 0.003 0.001 0.047 0.373 34 P 0.008 0.002 0.001 0.021 0.006 0.009 0.080 0.001 0.001 0.009 0.866 35 G 0.005 0.003 0.001 0.057 0.020 0.051 0.113 0.001 0.001 0.034 0.717 36 E 0.004 0.003 0.001 0.146 0.096 0.246 0.086 0.001 0.001 0.045 0.372 37 E 0.001 0.002 0.001 0.131 0.181 0.349 0.065 0.001 0.001 0.035 0.235 38 I 0.001 0.002 0.001 0.176 0.309 0.379 0.023 0.001 0.001 0.028 0.081 39 E 0.002 0.005 0.001 0.302 0.278 0.325 0.015 0.001 0.001 0.013 0.058 40 I 0.005 0.005 0.001 0.159 0.226 0.472 0.017 0.001 0.001 0.015 0.099 41 V 0.017 0.004 0.001 0.107 0.229 0.381 0.051 0.001 0.001 0.030 0.180 42 Q 0.022 0.006 0.001 0.117 0.153 0.304 0.066 0.001 0.001 0.031 0.298 43 V 0.030 0.004 0.004 0.058 0.106 0.116 0.106 0.002 0.001 0.026 0.548 44 A 0.181 0.006 0.002 0.022 0.058 0.108 0.096 0.007 0.001 0.027 0.493 45 P 0.207 0.001 0.001 0.013 0.020 0.036 0.108 0.002 0.001 0.043 0.569 46 L 0.022 0.001 0.001 0.020 0.024 0.032 0.109 0.001 0.001 0.012 0.779 47 G 0.008 0.002 0.001 0.011 0.018 0.040 0.075 0.001 0.001 0.010 0.835 48 D 0.009 0.002 0.001 0.021 0.117 0.187 0.155 0.001 0.001 0.049 0.460 49 P 0.002 0.002 0.001 0.058 0.164 0.248 0.110 0.001 0.001 0.058 0.358 50 I 0.002 0.001 0.001 0.137 0.234 0.456 0.031 0.001 0.001 0.044 0.095 51 V 0.001 0.001 0.001 0.226 0.251 0.315 0.035 0.001 0.001 0.038 0.133 52 C 0.001 0.004 0.001 0.236 0.274 0.368 0.023 0.001 0.001 0.030 0.064 53 K 0.011 0.006 0.001 0.131 0.180 0.370 0.045 0.001 0.001 0.112 0.143 54 I 0.052 0.016 0.002 0.093 0.152 0.150 0.042 0.002 0.001 0.155 0.336 55 G 0.031 0.024 0.001 0.077 0.080 0.100 0.089 0.001 0.001 0.046 0.551 56 N 0.014 0.014 0.001 0.043 0.047 0.146 0.080 0.001 0.001 0.142 0.512 57 R 0.006 0.036 0.001 0.052 0.153 0.150 0.136 0.001 0.001 0.089 0.376 58 N 0.008 0.139 0.003 0.080 0.166 0.224 0.074 0.002 0.001 0.057 0.247 59 I 0.017 0.171 0.004 0.050 0.183 0.202 0.043 0.004 0.001 0.048 0.277 60 T 0.050 0.216 0.005 0.052 0.110 0.203 0.055 0.006 0.002 0.082 0.219 61 L 0.054 0.195 0.010 0.041 0.065 0.081 0.062 0.008 0.004 0.116 0.363 62 R 0.096 0.438 0.012 0.023 0.037 0.038 0.055 0.011 0.007 0.055 0.228 63 K 0.164 0.239 0.011 0.012 0.016 0.025 0.057 0.014 0.006 0.129 0.328 64 R 0.083 0.207 0.034 0.016 0.026 0.025 0.083 0.011 0.009 0.133 0.373 65 E 0.190 0.172 0.025 0.018 0.018 0.036 0.101 0.011 0.008 0.119 0.303 66 A 0.097 0.034 0.015 0.027 0.033 0.043 0.089 0.008 0.003 0.110 0.542 67 D 0.027 0.024 0.004 0.058 0.063 0.103 0.165 0.003 0.001 0.059 0.493 68 L 0.009 0.010 0.001 0.077 0.091 0.213 0.080 0.001 0.001 0.048 0.470 69 I 0.003 0.006 0.001 0.139 0.265 0.210 0.073 0.001 0.001 0.035 0.266 70 E 0.003 0.003 0.001 0.185 0.168 0.404 0.038 0.001 0.001 0.035 0.162 71 V 0.004 0.006 0.001 0.197 0.227 0.161 0.073 0.001 0.001 0.035 0.296 72 E 0.011 0.006 0.002 0.232 0.172 0.266 0.060 0.001 0.001 0.045 0.204 73 V 0.078 0.010 0.003 0.075 0.070 0.110 0.067 0.005 0.001 0.055 0.526 74 V 0.279 0.020 0.002 0.036 0.037 0.050 0.046 0.007 0.001 0.022 0.499 75 G 0.069 0.006 0.001 0.019 0.018 0.034 0.091 0.002 0.001 0.024 0.736 76 G 0.016 0.008 0.001 0.020 0.022 0.060 0.123 0.002 0.001 0.019 0.728 77 E 0.028 0.031 0.001 0.013 0.039 0.049 0.102 0.003 0.001 0.016 0.718 78 L 0.098 0.063 0.002 0.023 0.116 0.094 0.113 0.008 0.001 0.037 0.445 79 P 0.075 0.058 0.001 0.028 0.069 0.160 0.122 0.005 0.001 0.038 0.446 80 L 0.059 0.049 0.001 0.054 0.100 0.184 0.080 0.003 0.001 0.048 0.420 81 I 0.036 0.027 0.004 0.074 0.165 0.193 0.084 0.003 0.001 0.052 0.360 82 L 0.077 0.015 0.006 0.045 0.084 0.184 0.096 0.005 0.002 0.077 0.408 83 A 0.189 0.005 0.002 0.020 0.042 0.046 0.090 0.005 0.001 0.065 0.535 84 D 0.127 0.006 0.001 0.018 0.025 0.028 0.111 0.002 0.001 0.039 0.643 85 D 0.021 0.004 0.001 0.011 0.017 0.025 0.097 0.001 0.001 0.019 0.806 86 G 0.015 0.010 0.001 0.019 0.049 0.096 0.094 0.001 0.001 0.022 0.694 87 T 0.017 0.008 0.001 0.027 0.113 0.259 0.082 0.001 0.001 0.039 0.453 88 Y 0.008 0.009 0.001 0.038 0.229 0.267 0.066 0.001 0.001 0.033 0.350 89 E 0.012 0.019 0.001 0.056 0.242 0.313 0.053 0.001 0.001 0.032 0.271 90 I 0.019 0.019 0.001 0.051 0.212 0.286 0.062 0.001 0.001 0.061 0.288 91 T 0.029 0.023 0.003 0.052 0.182 0.268 0.073 0.001 0.001 0.067 0.302 92 K 0.081 0.037 0.004 0.027 0.083 0.168 0.101 0.004 0.001 0.059 0.435 93 L 0.226 0.038 0.003 0.018 0.037 0.058 0.083 0.006 0.001 0.054 0.475 94 N 0.141 0.051 0.001 0.017 0.025 0.036 0.098 0.004 0.001 0.040 0.588 95 G 0.027 0.096 0.001 0.014 0.022 0.039 0.090 0.003 0.001 0.026 0.682 96 G 0.025 0.242 0.001 0.014 0.055 0.066 0.083 0.005 0.001 0.034 0.475 97 R 0.048 0.424 0.002 0.016 0.071 0.103 0.050 0.008 0.001 0.057 0.220 98 R 0.029 0.526 0.003 0.011 0.067 0.065 0.037 0.005 0.001 0.059 0.199 99 F 0.020 0.784 0.002 0.007 0.031 0.033 0.012 0.003 0.001 0.022 0.084 100 L 0.036 0.742 0.005 0.008 0.028 0.038 0.013 0.004 0.002 0.046 0.078 101 F 0.055 0.226 0.016 0.013 0.060 0.098 0.051 0.009 0.006 0.249 0.217 102 R 0.135 0.269 0.031 0.011 0.034 0.044 0.064 0.012 0.011 0.151 0.238 103 M 0.384 0.095 0.021 0.016 0.026 0.033 0.044 0.015 0.010 0.073 0.283 104 K 0.163 0.037 0.005 0.019 0.024 0.045 0.099 0.009 0.003 0.032 0.565 105 N 0.034 0.014 0.001 0.023 0.021 0.062 0.078 0.003 0.001 0.022 0.742 106 L 0.011 0.004 0.001 0.054 0.093 0.080 0.151 0.001 0.001 0.043 0.561 107 G 0.027 0.004 0.006 0.046 0.061 0.159 0.226 0.003 0.001 0.065 0.403 108 I 0.211 0.001 0.002 0.018 0.036 0.054 0.059 0.003 0.001 0.028 0.587 109 E 0.385 0.001 0.001 0.018 0.013 0.017 0.069 0.001 0.001 0.016 0.480 110 S 0.004 0.001 0.001 0.009 0.005 0.015 0.078 0.001 0.001 0.009 0.880 111 G 0.001 0.001 0.001 0.021 0.016 0.032 0.218 0.001 0.001 0.025 0.688 112 K 0.001 0.001 0.001 0.203 0.125 0.319 0.080 0.001 0.001 0.051 0.221 113 K 0.001 0.001 0.001 0.147 0.161 0.321 0.054 0.001 0.001 0.104 0.212 114 I 0.001 0.001 0.001 0.571 0.171 0.167 0.013 0.001 0.001 0.035 0.041 115 Q 0.001 0.001 0.001 0.690 0.077 0.162 0.009 0.001 0.001 0.024 0.037 116 V 0.002 0.002 0.001 0.513 0.136 0.167 0.022 0.001 0.001 0.039 0.119 117 S 0.010 0.005 0.001 0.259 0.115 0.238 0.095 0.001 0.001 0.041 0.235 118 G 0.030 0.031 0.002 0.093 0.061 0.100 0.118 0.002 0.001 0.053 0.512 119 R 0.243 0.032 0.002 0.072 0.050 0.087 0.105 0.009 0.001 0.083 0.317 120 R 0.038 0.031 0.002 0.042 0.032 0.043 0.111 0.002 0.001 0.050 0.649 121 Y 0.031 0.037 0.003 0.060 0.046 0.063 0.138 0.003 0.001 0.076 0.543 122 Y 0.045 0.030 0.005 0.048 0.057 0.094 0.122 0.006 0.001 0.094 0.497 123 I 0.046 0.045 0.004 0.044 0.077 0.065 0.102 0.005 0.001 0.062 0.548 124 E 0.029 0.110 0.003 0.053 0.080 0.091 0.109 0.005 0.001 0.041 0.478 125 G 0.039 0.149 0.004 0.044 0.088 0.123 0.092 0.009 0.001 0.075 0.376 126 R 0.072 0.278 0.005 0.047 0.102 0.137 0.056 0.014 0.002 0.067 0.221 127 E 0.057 0.259 0.006 0.057 0.108 0.137 0.058 0.009 0.002 0.068 0.239 128 I 0.034 0.126 0.010 0.069 0.146 0.150 0.069 0.008 0.003 0.090 0.294 129 D 0.064 0.114 0.015 0.055 0.107 0.207 0.073 0.015 0.006 0.085 0.259 130 L 0.089 0.079 0.009 0.033 0.095 0.085 0.069 0.012 0.004 0.057 0.468 131 G 0.096 0.068 0.008 0.040 0.097 0.096 0.082 0.012 0.004 0.082 0.417 132 Y 0.051 0.019 0.007 0.029 0.043 0.066 0.136 0.005 0.003 0.159 0.482 133 G 0.067 0.023 0.013 0.043 0.057 0.073 0.135 0.007 0.004 0.112 0.467 134 E 0.119 0.019 0.004 0.050 0.068 0.090 0.133 0.005 0.001 0.066 0.445 135 A 0.017 0.005 0.001 0.051 0.094 0.160 0.096 0.001 0.001 0.044 0.531 136 T 0.006 0.003 0.001 0.083 0.160 0.295 0.104 0.001 0.001 0.031 0.315 137 K 0.004 0.001 0.001 0.058 0.169 0.555 0.035 0.001 0.001 0.025 0.150 138 I 0.005 0.001 0.001 0.054 0.301 0.264 0.048 0.001 0.001 0.033 0.293 139 W 0.004 0.001 0.001 0.063 0.293 0.375 0.034 0.001 0.001 0.025 0.205 140 V 0.004 0.001 0.001 0.035 0.173 0.253 0.057 0.001 0.001 0.044 0.434 141 R 0.005 0.001 0.001 0.051 0.212 0.326 0.049 0.001 0.001 0.031 0.323 142 R 0.005 0.001 0.001 0.029 0.121 0.220 0.081 0.001 0.001 0.031 0.510 143 V 0.011 0.005 0.001 0.030 0.128 0.185 0.103 0.001 0.001 0.040 0.498