# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 76.5829 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.012 0.008 0.029 0.125 0.157 0.131 0.043 0.495 2 K 0.134 0.023 0.025 0.075 0.116 0.099 0.066 0.462 3 L 0.198 0.016 0.016 0.078 0.047 0.071 0.061 0.513 4 S 0.122 0.007 0.022 0.057 0.125 0.091 0.033 0.543 5 R 0.004 0.001 0.027 0.035 0.068 0.124 0.020 0.720 6 L 0.027 0.002 0.030 0.062 0.070 0.104 0.027 0.678 7 V 0.726 0.007 0.006 0.019 0.023 0.027 0.058 0.135 8 P 0.011 0.001 0.016 0.012 0.016 0.135 0.015 0.793 9 G 0.005 0.001 0.017 0.014 0.051 0.125 0.019 0.768 10 V 0.006 0.005 0.143 0.245 0.243 0.081 0.082 0.196 11 P 0.005 0.002 0.152 0.121 0.216 0.075 0.025 0.405 12 A 0.001 0.002 0.219 0.246 0.274 0.041 0.043 0.175 13 R 0.003 0.002 0.354 0.213 0.271 0.029 0.030 0.099 14 I 0.012 0.002 0.179 0.259 0.224 0.044 0.037 0.242 15 K 0.013 0.006 0.266 0.188 0.226 0.041 0.046 0.213 16 R 0.021 0.010 0.211 0.107 0.198 0.068 0.052 0.332 17 L 0.011 0.008 0.133 0.101 0.102 0.099 0.037 0.508 18 E 0.094 0.045 0.064 0.052 0.059 0.110 0.051 0.525 19 V 0.244 0.193 0.014 0.008 0.010 0.061 0.057 0.414 20 S 0.087 0.572 0.004 0.003 0.003 0.036 0.052 0.243 21 G 0.054 0.657 0.005 0.004 0.004 0.027 0.104 0.144 22 E 0.018 0.679 0.009 0.007 0.009 0.022 0.124 0.132 23 L 0.023 0.902 0.003 0.002 0.005 0.005 0.023 0.037 24 H 0.007 0.926 0.002 0.006 0.003 0.004 0.037 0.016 25 E 0.016 0.886 0.004 0.007 0.006 0.005 0.037 0.039 26 K 0.054 0.718 0.012 0.008 0.017 0.009 0.107 0.076 27 L 0.133 0.167 0.132 0.061 0.027 0.049 0.295 0.135 28 V 0.591 0.035 0.014 0.008 0.014 0.027 0.124 0.187 29 G 0.027 0.006 0.015 0.005 0.007 0.076 0.020 0.846 30 M 0.021 0.004 0.050 0.014 0.032 0.125 0.026 0.728 31 G 0.010 0.002 0.066 0.027 0.035 0.193 0.056 0.612 32 F 0.023 0.001 0.016 0.011 0.009 0.101 0.012 0.827 33 V 0.413 0.005 0.036 0.024 0.042 0.067 0.090 0.324 34 P 0.026 0.001 0.035 0.008 0.012 0.111 0.014 0.792 35 G 0.006 0.001 0.013 0.013 0.036 0.100 0.014 0.818 36 E 0.003 0.002 0.160 0.173 0.390 0.062 0.066 0.145 37 E 0.003 0.002 0.146 0.241 0.283 0.053 0.029 0.244 38 I 0.001 0.001 0.063 0.348 0.238 0.044 0.021 0.282 39 E 0.002 0.002 0.246 0.339 0.320 0.016 0.025 0.050 40 I 0.019 0.003 0.068 0.251 0.281 0.035 0.031 0.312 41 V 0.026 0.003 0.152 0.199 0.213 0.055 0.049 0.303 42 Q 0.045 0.005 0.085 0.162 0.324 0.067 0.028 0.283 43 V 0.018 0.002 0.053 0.063 0.085 0.087 0.028 0.664 44 A 0.241 0.005 0.028 0.054 0.048 0.069 0.063 0.491 45 P 0.397 0.002 0.009 0.007 0.016 0.064 0.046 0.458 46 L 0.006 0.001 0.020 0.009 0.017 0.140 0.013 0.793 47 G 0.009 0.001 0.004 0.011 0.027 0.116 0.011 0.821 48 D 0.012 0.009 0.049 0.206 0.206 0.127 0.098 0.293 49 P 0.005 0.003 0.096 0.089 0.352 0.073 0.098 0.284 50 I 0.001 0.002 0.097 0.277 0.509 0.015 0.041 0.059 51 V 0.001 0.001 0.146 0.327 0.461 0.011 0.012 0.042 52 C 0.001 0.001 0.141 0.577 0.216 0.008 0.021 0.036 53 K 0.029 0.001 0.095 0.224 0.465 0.024 0.055 0.107 54 I 0.304 0.001 0.077 0.071 0.097 0.089 0.039 0.322 55 G 0.010 0.001 0.005 0.019 0.026 0.136 0.007 0.795 56 N 0.005 0.002 0.002 0.022 0.032 0.136 0.021 0.780 57 R 0.007 0.036 0.028 0.327 0.205 0.073 0.081 0.243 58 N 0.070 0.199 0.034 0.148 0.198 0.047 0.068 0.235 59 I 0.016 0.135 0.023 0.399 0.185 0.037 0.048 0.157 60 T 0.023 0.077 0.042 0.230 0.366 0.039 0.084 0.138 61 L 0.054 0.153 0.032 0.221 0.245 0.037 0.107 0.152 62 R 0.219 0.288 0.012 0.049 0.061 0.038 0.082 0.251 63 K 0.249 0.241 0.007 0.037 0.025 0.052 0.075 0.315 64 R 0.072 0.153 0.013 0.027 0.045 0.071 0.068 0.552 65 E 0.105 0.102 0.034 0.030 0.054 0.103 0.067 0.504 66 A 0.195 0.074 0.018 0.045 0.072 0.081 0.108 0.407 67 D 0.010 0.027 0.069 0.053 0.158 0.135 0.082 0.466 68 L 0.004 0.014 0.117 0.082 0.282 0.109 0.090 0.304 69 I 0.002 0.016 0.159 0.282 0.254 0.056 0.067 0.163 70 E 0.004 0.017 0.303 0.294 0.234 0.027 0.040 0.082 71 V 0.004 0.008 0.140 0.389 0.186 0.032 0.067 0.174 72 E 0.011 0.006 0.191 0.306 0.259 0.030 0.057 0.140 73 V 0.153 0.011 0.128 0.122 0.170 0.062 0.051 0.303 74 V 0.143 0.013 0.032 0.061 0.077 0.074 0.035 0.565 75 G 0.099 0.005 0.011 0.015 0.031 0.090 0.026 0.724 76 G 0.028 0.015 0.011 0.036 0.040 0.089 0.024 0.756 77 E 0.072 0.021 0.010 0.017 0.036 0.083 0.028 0.732 78 L 0.093 0.062 0.017 0.100 0.072 0.086 0.080 0.489 79 P 0.082 0.046 0.015 0.065 0.114 0.078 0.053 0.547 80 L 0.085 0.025 0.027 0.098 0.220 0.065 0.042 0.439 81 I 0.061 0.010 0.045 0.130 0.293 0.070 0.068 0.323 82 L 0.059 0.005 0.029 0.100 0.163 0.082 0.055 0.506 83 A 0.255 0.004 0.020 0.038 0.077 0.068 0.063 0.474 84 D 0.129 0.004 0.012 0.023 0.029 0.092 0.030 0.681 85 D 0.015 0.002 0.005 0.010 0.019 0.120 0.009 0.820 86 G 0.025 0.009 0.015 0.054 0.108 0.131 0.036 0.623 87 T 0.020 0.006 0.024 0.108 0.131 0.114 0.062 0.534 88 Y 0.009 0.010 0.061 0.188 0.189 0.091 0.057 0.395 89 E 0.037 0.031 0.075 0.167 0.242 0.062 0.060 0.326 90 I 0.054 0.012 0.053 0.195 0.175 0.069 0.089 0.353 91 T 0.027 0.007 0.065 0.184 0.201 0.089 0.067 0.361 92 K 0.149 0.015 0.031 0.054 0.102 0.086 0.062 0.500 93 L 0.295 0.020 0.013 0.031 0.029 0.079 0.053 0.480 94 N 0.147 0.047 0.009 0.017 0.026 0.098 0.028 0.627 95 G 0.036 0.048 0.005 0.009 0.020 0.113 0.025 0.744 96 G 0.030 0.175 0.007 0.037 0.046 0.111 0.052 0.542 97 R 0.042 0.525 0.012 0.071 0.067 0.042 0.080 0.162 98 R 0.038 0.569 0.011 0.038 0.061 0.032 0.066 0.186 99 F 0.020 0.769 0.011 0.036 0.058 0.013 0.045 0.050 100 L 0.027 0.725 0.015 0.049 0.066 0.011 0.062 0.046 101 F 0.052 0.267 0.042 0.115 0.087 0.026 0.306 0.105 102 R 0.082 0.261 0.034 0.100 0.103 0.042 0.149 0.230 103 M 0.305 0.071 0.070 0.047 0.064 0.057 0.152 0.233 104 K 0.178 0.053 0.013 0.030 0.035 0.067 0.041 0.584 105 N 0.038 0.008 0.008 0.008 0.019 0.087 0.017 0.816 106 L 0.016 0.005 0.027 0.058 0.103 0.117 0.027 0.648 107 G 0.031 0.002 0.045 0.058 0.064 0.112 0.091 0.598 108 I 0.231 0.001 0.014 0.056 0.027 0.063 0.043 0.565 109 E 0.380 0.001 0.029 0.011 0.049 0.048 0.027 0.455 110 S 0.007 0.001 0.034 0.011 0.021 0.125 0.007 0.795 111 G 0.002 0.001 0.005 0.018 0.029 0.115 0.006 0.825 112 K 0.002 0.001 0.155 0.238 0.391 0.049 0.039 0.124 113 K 0.002 0.001 0.175 0.199 0.254 0.049 0.024 0.297 114 I 0.001 0.001 0.284 0.335 0.200 0.031 0.024 0.125 115 Q 0.002 0.001 0.528 0.165 0.212 0.015 0.020 0.057 116 V 0.016 0.001 0.340 0.222 0.201 0.032 0.043 0.145 117 S 0.024 0.002 0.273 0.083 0.121 0.077 0.045 0.374 118 G 0.059 0.004 0.090 0.046 0.072 0.115 0.031 0.583 119 R 0.063 0.015 0.059 0.049 0.066 0.132 0.070 0.547 120 R 0.040 0.015 0.063 0.048 0.074 0.114 0.064 0.583 121 Y 0.063 0.026 0.066 0.067 0.095 0.098 0.095 0.489 122 Y 0.026 0.011 0.074 0.076 0.096 0.111 0.064 0.541 123 I 0.028 0.017 0.117 0.069 0.142 0.090 0.067 0.470 124 E 0.049 0.058 0.069 0.086 0.113 0.104 0.081 0.440 125 G 0.062 0.040 0.043 0.042 0.073 0.101 0.072 0.567 126 R 0.055 0.139 0.085 0.128 0.136 0.070 0.116 0.271 127 E 0.094 0.116 0.063 0.048 0.117 0.075 0.093 0.394 128 I 0.061 0.092 0.100 0.102 0.110 0.085 0.120 0.331 129 D 0.154 0.115 0.043 0.058 0.122 0.072 0.165 0.270 130 L 0.083 0.086 0.035 0.061 0.101 0.102 0.046 0.486 131 G 0.151 0.088 0.029 0.029 0.101 0.099 0.071 0.433 132 Y 0.037 0.025 0.031 0.046 0.077 0.155 0.178 0.451 133 G 0.062 0.067 0.043 0.059 0.102 0.145 0.169 0.353 134 E 0.189 0.064 0.032 0.039 0.069 0.108 0.145 0.353 135 A 0.020 0.027 0.024 0.059 0.070 0.142 0.059 0.599 136 T 0.008 0.025 0.061 0.093 0.262 0.125 0.077 0.348 137 K 0.007 0.015 0.092 0.184 0.301 0.078 0.073 0.249 138 I 0.009 0.008 0.120 0.267 0.271 0.057 0.070 0.197 139 W 0.017 0.007 0.137 0.197 0.324 0.058 0.065 0.196 140 V 0.019 0.003 0.067 0.127 0.176 0.082 0.050 0.475 141 R 0.015 0.004 0.104 0.108 0.197 0.086 0.044 0.442 142 R 0.029 0.007 0.075 0.108 0.160 0.097 0.053 0.470 143 V 0.021 0.004 0.027 0.074 0.080 0.099 0.033 0.662