# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 76.5829 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.432 0.094 0.067 0.082 0.068 0.053 0.073 0.057 0.037 0.025 0.014 2 K 0.101 0.211 0.110 0.261 0.148 0.073 0.055 0.023 0.012 0.005 0.003 3 L 0.008 0.006 0.010 0.016 0.032 0.038 0.107 0.169 0.197 0.193 0.225 4 S 0.147 0.161 0.183 0.237 0.148 0.056 0.035 0.017 0.009 0.004 0.002 5 R 0.127 0.120 0.166 0.282 0.155 0.061 0.049 0.023 0.010 0.005 0.003 6 L 0.012 0.007 0.010 0.014 0.023 0.047 0.117 0.130 0.206 0.242 0.193 7 V 0.088 0.345 0.110 0.206 0.118 0.057 0.040 0.017 0.011 0.006 0.003 8 P 0.333 0.210 0.111 0.162 0.086 0.041 0.029 0.015 0.007 0.003 0.002 9 G 0.685 0.135 0.026 0.053 0.032 0.021 0.021 0.012 0.008 0.006 0.003 10 V 0.138 0.172 0.032 0.129 0.103 0.117 0.145 0.081 0.048 0.025 0.010 11 P 0.201 0.195 0.075 0.227 0.148 0.080 0.040 0.019 0.009 0.004 0.002 12 A 0.049 0.017 0.027 0.028 0.040 0.070 0.156 0.166 0.180 0.146 0.119 13 R 0.029 0.144 0.073 0.353 0.212 0.090 0.062 0.023 0.010 0.003 0.002 14 I 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.006 0.020 0.049 0.154 0.261 0.500 15 K 0.023 0.069 0.111 0.281 0.262 0.125 0.069 0.035 0.014 0.007 0.003 16 R 0.035 0.108 0.136 0.286 0.167 0.105 0.083 0.040 0.022 0.012 0.006 17 L 0.006 0.002 0.004 0.006 0.013 0.030 0.081 0.124 0.200 0.213 0.320 18 E 0.185 0.276 0.086 0.235 0.116 0.042 0.032 0.014 0.008 0.004 0.002 19 V 0.019 0.037 0.032 0.043 0.060 0.082 0.150 0.134 0.157 0.153 0.133 20 S 0.200 0.380 0.060 0.150 0.098 0.053 0.034 0.013 0.007 0.003 0.002 21 G 0.843 0.065 0.018 0.035 0.015 0.009 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 22 E 0.467 0.184 0.052 0.156 0.075 0.032 0.020 0.009 0.003 0.002 0.001 23 L 0.003 0.009 0.007 0.016 0.027 0.041 0.100 0.137 0.239 0.232 0.188 24 H 0.005 0.011 0.021 0.079 0.170 0.237 0.236 0.124 0.062 0.040 0.015 25 E 0.014 0.045 0.620 0.198 0.065 0.030 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 26 K 0.003 0.008 0.031 0.087 0.114 0.266 0.297 0.104 0.054 0.026 0.010 27 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.019 0.053 0.180 0.285 0.450 28 V 0.006 0.013 0.054 0.087 0.158 0.179 0.208 0.126 0.088 0.055 0.026 29 G 0.045 0.079 0.346 0.223 0.122 0.068 0.057 0.026 0.017 0.012 0.005 30 M 0.009 0.007 0.010 0.018 0.030 0.075 0.167 0.169 0.204 0.181 0.131 31 G 0.093 0.077 0.023 0.092 0.095 0.094 0.150 0.134 0.115 0.071 0.056 32 F 0.015 0.014 0.020 0.033 0.048 0.052 0.114 0.150 0.179 0.165 0.211 33 V 0.041 0.070 0.051 0.099 0.138 0.118 0.162 0.116 0.085 0.067 0.053 34 P 0.266 0.399 0.053 0.141 0.063 0.031 0.026 0.011 0.007 0.003 0.002 35 G 0.610 0.097 0.017 0.066 0.055 0.041 0.041 0.026 0.020 0.015 0.012 36 E 0.375 0.219 0.038 0.130 0.078 0.056 0.050 0.027 0.015 0.008 0.003 37 E 0.065 0.174 0.056 0.266 0.173 0.110 0.081 0.038 0.021 0.010 0.005 38 I 0.003 0.002 0.003 0.003 0.007 0.019 0.053 0.083 0.210 0.249 0.369 39 E 0.036 0.161 0.149 0.378 0.185 0.055 0.021 0.008 0.004 0.002 0.001 40 I 0.002 0.002 0.012 0.011 0.020 0.026 0.066 0.122 0.205 0.234 0.299 41 V 0.007 0.013 0.019 0.074 0.121 0.132 0.167 0.160 0.128 0.104 0.074 42 Q 0.056 0.080 0.132 0.201 0.129 0.105 0.119 0.072 0.057 0.034 0.013 43 V 0.034 0.044 0.076 0.152 0.149 0.162 0.156 0.094 0.060 0.043 0.030 44 A 0.030 0.029 0.028 0.050 0.057 0.072 0.148 0.155 0.177 0.142 0.112 45 P 0.172 0.180 0.073 0.142 0.109 0.081 0.094 0.058 0.043 0.029 0.020 46 L 0.079 0.059 0.047 0.101 0.112 0.103 0.142 0.111 0.106 0.073 0.067 47 G 0.506 0.156 0.042 0.097 0.062 0.039 0.040 0.024 0.017 0.011 0.007 48 D 0.035 0.051 0.027 0.095 0.106 0.123 0.185 0.128 0.117 0.078 0.054 49 P 0.042 0.046 0.031 0.093 0.123 0.120 0.136 0.131 0.112 0.093 0.073 50 I 0.017 0.022 0.023 0.057 0.072 0.102 0.188 0.168 0.163 0.121 0.067 51 V 0.023 0.046 0.051 0.190 0.178 0.134 0.145 0.094 0.069 0.043 0.028 52 C 0.002 0.001 0.003 0.003 0.005 0.011 0.038 0.072 0.204 0.288 0.373 53 K 0.023 0.075 0.078 0.289 0.254 0.112 0.083 0.042 0.025 0.012 0.008 54 I 0.006 0.008 0.015 0.013 0.021 0.032 0.085 0.109 0.195 0.250 0.267 55 G 0.063 0.130 0.063 0.233 0.202 0.122 0.092 0.042 0.028 0.015 0.010 56 N 0.338 0.175 0.070 0.131 0.074 0.058 0.063 0.036 0.027 0.019 0.009 57 R 0.050 0.059 0.039 0.127 0.135 0.167 0.181 0.101 0.073 0.045 0.023 58 N 0.057 0.123 0.061 0.172 0.140 0.130 0.142 0.078 0.053 0.030 0.014 59 I 0.005 0.005 0.011 0.016 0.025 0.063 0.131 0.134 0.220 0.204 0.185 60 T 0.021 0.040 0.073 0.141 0.153 0.135 0.169 0.103 0.078 0.047 0.039 61 L 0.001 0.001 0.007 0.006 0.013 0.021 0.062 0.113 0.223 0.261 0.292 62 R 0.006 0.041 0.081 0.133 0.161 0.138 0.181 0.111 0.073 0.050 0.026 63 K 0.030 0.037 0.112 0.167 0.165 0.170 0.172 0.070 0.046 0.021 0.009 64 R 0.419 0.137 0.180 0.139 0.062 0.029 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 65 E 0.030 0.085 0.090 0.195 0.169 0.124 0.177 0.078 0.032 0.015 0.007 66 A 0.019 0.010 0.027 0.027 0.049 0.068 0.150 0.161 0.167 0.187 0.133 67 D 0.026 0.124 0.492 0.209 0.085 0.038 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 68 L 0.014 0.034 0.268 0.212 0.186 0.118 0.091 0.044 0.019 0.009 0.005 69 I 0.010 0.005 0.016 0.010 0.018 0.037 0.109 0.157 0.219 0.218 0.201 70 E 0.026 0.120 0.175 0.338 0.190 0.067 0.046 0.021 0.010 0.004 0.002 71 V 0.003 0.001 0.013 0.006 0.014 0.020 0.076 0.145 0.187 0.241 0.294 72 E 0.058 0.121 0.232 0.288 0.169 0.064 0.037 0.015 0.009 0.004 0.002 73 V 0.045 0.057 0.088 0.103 0.111 0.126 0.210 0.123 0.072 0.044 0.021 74 V 0.078 0.095 0.065 0.129 0.118 0.123 0.141 0.095 0.073 0.052 0.031 75 G 0.372 0.280 0.064 0.107 0.053 0.039 0.044 0.019 0.012 0.007 0.003 76 G 0.484 0.156 0.070 0.124 0.069 0.036 0.028 0.015 0.009 0.005 0.003 77 E 0.368 0.284 0.059 0.116 0.060 0.040 0.035 0.018 0.011 0.006 0.003 78 L 0.051 0.050 0.023 0.077 0.097 0.139 0.173 0.135 0.122 0.081 0.051 79 P 0.275 0.234 0.099 0.176 0.096 0.048 0.035 0.020 0.009 0.005 0.002 80 L 0.031 0.026 0.038 0.091 0.101 0.156 0.198 0.131 0.112 0.081 0.036 81 I 0.079 0.070 0.067 0.134 0.125 0.130 0.158 0.100 0.069 0.047 0.021 82 L 0.037 0.071 0.071 0.163 0.136 0.142 0.156 0.093 0.068 0.044 0.019 83 A 0.042 0.046 0.049 0.073 0.087 0.111 0.172 0.137 0.120 0.099 0.064 84 D 0.233 0.280 0.097 0.171 0.089 0.048 0.042 0.020 0.011 0.007 0.003 85 D 0.366 0.193 0.067 0.148 0.087 0.051 0.039 0.023 0.013 0.008 0.004 86 G 0.529 0.149 0.037 0.086 0.059 0.041 0.042 0.027 0.016 0.010 0.005 87 T 0.159 0.175 0.060 0.185 0.126 0.090 0.086 0.055 0.033 0.021 0.010 88 Y 0.025 0.025 0.026 0.049 0.070 0.147 0.181 0.140 0.146 0.125 0.066 89 E 0.109 0.175 0.128 0.236 0.138 0.085 0.064 0.033 0.018 0.010 0.004 90 I 0.024 0.024 0.028 0.066 0.077 0.128 0.193 0.153 0.138 0.114 0.057 91 T 0.083 0.061 0.042 0.100 0.099 0.106 0.145 0.119 0.110 0.087 0.049 92 K 0.124 0.146 0.077 0.216 0.145 0.100 0.089 0.050 0.030 0.016 0.008 93 L 0.038 0.031 0.027 0.047 0.062 0.086 0.147 0.141 0.152 0.139 0.129 94 N 0.222 0.194 0.058 0.154 0.124 0.075 0.077 0.044 0.027 0.016 0.010 95 G 0.332 0.187 0.050 0.144 0.092 0.057 0.059 0.037 0.022 0.013 0.007 96 G 0.188 0.087 0.037 0.090 0.089 0.095 0.131 0.089 0.086 0.066 0.042 97 R 0.141 0.132 0.069 0.189 0.140 0.109 0.105 0.054 0.033 0.018 0.009 98 R 0.081 0.099 0.096 0.177 0.148 0.139 0.116 0.065 0.041 0.026 0.012 99 F 0.017 0.028 0.032 0.053 0.070 0.121 0.218 0.156 0.142 0.107 0.056 100 L 0.043 0.047 0.080 0.180 0.169 0.143 0.159 0.085 0.052 0.031 0.011 101 F 0.085 0.063 0.228 0.170 0.119 0.117 0.113 0.050 0.028 0.019 0.007 102 R 0.021 0.078 0.155 0.261 0.174 0.123 0.098 0.046 0.025 0.014 0.005 103 M 0.006 0.007 0.012 0.017 0.030 0.064 0.147 0.171 0.200 0.222 0.123 104 K 0.045 0.097 0.233 0.236 0.172 0.097 0.064 0.030 0.015 0.008 0.003 105 N 0.067 0.098 0.269 0.218 0.134 0.091 0.069 0.031 0.013 0.009 0.003 106 L 0.020 0.011 0.017 0.024 0.036 0.103 0.192 0.149 0.192 0.162 0.092 107 G 0.201 0.204 0.076 0.159 0.108 0.066 0.085 0.048 0.030 0.015 0.009 108 I 0.027 0.019 0.044 0.054 0.073 0.090 0.171 0.145 0.148 0.120 0.109 109 E 0.181 0.328 0.143 0.156 0.093 0.043 0.030 0.012 0.007 0.004 0.002 110 S 0.190 0.235 0.060 0.188 0.122 0.079 0.069 0.033 0.014 0.007 0.003 111 G 0.632 0.097 0.032 0.069 0.052 0.036 0.031 0.022 0.012 0.010 0.007 112 K 0.078 0.097 0.063 0.159 0.133 0.150 0.161 0.081 0.045 0.024 0.008 113 K 0.030 0.117 0.098 0.298 0.195 0.106 0.075 0.040 0.023 0.012 0.005 114 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.044 0.083 0.214 0.298 0.342 115 Q 0.021 0.130 0.184 0.362 0.187 0.072 0.025 0.010 0.006 0.003 0.002 116 V 0.003 0.002 0.011 0.009 0.020 0.024 0.070 0.156 0.172 0.198 0.334 117 S 0.013 0.021 0.022 0.064 0.095 0.084 0.127 0.161 0.152 0.138 0.123 118 G 0.069 0.047 0.029 0.072 0.072 0.083 0.183 0.128 0.154 0.105 0.057 119 R 0.138 0.139 0.110 0.263 0.150 0.084 0.053 0.027 0.018 0.010 0.007 120 R 0.115 0.104 0.058 0.148 0.133 0.118 0.138 0.082 0.053 0.032 0.019 121 Y 0.089 0.074 0.036 0.089 0.091 0.108 0.155 0.124 0.103 0.075 0.054 122 Y 0.053 0.059 0.039 0.123 0.127 0.124 0.157 0.109 0.094 0.064 0.052 123 I 0.043 0.027 0.030 0.038 0.043 0.059 0.110 0.108 0.182 0.204 0.157 124 E 0.048 0.121 0.082 0.245 0.184 0.112 0.094 0.048 0.035 0.020 0.011 125 G 0.036 0.032 0.031 0.062 0.072 0.099 0.147 0.141 0.147 0.140 0.093 126 R 0.097 0.129 0.076 0.200 0.150 0.110 0.093 0.062 0.042 0.026 0.015 127 E 0.075 0.073 0.044 0.138 0.125 0.116 0.160 0.115 0.077 0.050 0.027 128 I 0.015 0.011 0.014 0.027 0.035 0.054 0.098 0.123 0.200 0.230 0.193 129 D 0.053 0.115 0.082 0.190 0.149 0.125 0.124 0.066 0.051 0.030 0.017 130 L 0.024 0.021 0.030 0.066 0.091 0.092 0.147 0.157 0.146 0.118 0.107 131 G 0.044 0.029 0.027 0.043 0.054 0.067 0.123 0.132 0.173 0.156 0.152 132 Y 0.064 0.092 0.050 0.177 0.162 0.121 0.145 0.081 0.057 0.031 0.020 133 G 0.105 0.054 0.040 0.069 0.076 0.073 0.121 0.114 0.129 0.113 0.106 134 E 0.172 0.240 0.068 0.202 0.127 0.068 0.058 0.029 0.019 0.011 0.007 135 A 0.098 0.066 0.038 0.112 0.114 0.108 0.136 0.110 0.099 0.073 0.045 136 T 0.109 0.107 0.069 0.154 0.127 0.120 0.127 0.079 0.056 0.034 0.018 137 K 0.041 0.084 0.073 0.211 0.165 0.137 0.134 0.070 0.045 0.025 0.015 138 I 0.014 0.009 0.014 0.014 0.021 0.034 0.074 0.102 0.199 0.235 0.284 139 W 0.035 0.057 0.051 0.160 0.178 0.118 0.144 0.108 0.076 0.042 0.031 140 V 0.031 0.025 0.048 0.057 0.065 0.061 0.123 0.145 0.167 0.151 0.126 141 R 0.079 0.094 0.094 0.184 0.163 0.120 0.116 0.064 0.045 0.025 0.016 142 R 0.244 0.267 0.098 0.167 0.085 0.050 0.043 0.021 0.013 0.006 0.004 143 V 0.227 0.098 0.046 0.103 0.107 0.072 0.107 0.092 0.066 0.042 0.040