# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 76.5829 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.199 0.022 0.013 0.072 0.121 0.118 0.068 0.002 0.001 0.006 0.377 2 K 0.004 0.002 0.001 0.025 0.018 0.035 0.034 0.001 0.001 0.001 0.881 3 L 0.021 0.004 0.002 0.065 0.096 0.347 0.027 0.001 0.001 0.001 0.437 4 S 0.015 0.011 0.001 0.088 0.045 0.126 0.156 0.001 0.001 0.007 0.551 5 R 0.240 0.010 0.005 0.030 0.036 0.083 0.133 0.002 0.001 0.021 0.441 6 L 0.540 0.026 0.034 0.107 0.028 0.096 0.035 0.004 0.001 0.007 0.124 7 V 0.031 0.024 0.009 0.081 0.151 0.090 0.207 0.003 0.001 0.002 0.403 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 9 G 0.037 0.001 0.006 0.057 0.051 0.291 0.111 0.001 0.001 0.014 0.431 10 V 0.921 0.001 0.001 0.002 0.006 0.003 0.018 0.001 0.001 0.003 0.045 11 P 0.002 0.001 0.001 0.016 0.002 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.966 12 A 0.007 0.001 0.001 0.061 0.266 0.541 0.017 0.001 0.001 0.001 0.107 13 R 0.005 0.001 0.001 0.294 0.167 0.214 0.078 0.001 0.001 0.001 0.241 14 I 0.001 0.001 0.001 0.120 0.192 0.511 0.012 0.001 0.001 0.001 0.163 15 K 0.002 0.001 0.001 0.297 0.281 0.358 0.013 0.001 0.001 0.001 0.047 16 R 0.001 0.001 0.001 0.132 0.145 0.285 0.037 0.001 0.001 0.001 0.398 17 L 0.004 0.001 0.001 0.172 0.268 0.362 0.045 0.001 0.001 0.002 0.144 18 E 0.004 0.001 0.001 0.096 0.089 0.174 0.164 0.001 0.001 0.003 0.467 19 V 0.010 0.001 0.001 0.032 0.024 0.037 0.167 0.001 0.001 0.004 0.724 20 S 0.015 0.003 0.001 0.012 0.007 0.018 0.265 0.001 0.001 0.006 0.672 21 G 0.080 0.004 0.001 0.004 0.003 0.007 0.136 0.001 0.001 0.015 0.750 22 E 0.087 0.014 0.002 0.002 0.001 0.002 0.406 0.001 0.001 0.006 0.479 23 L 0.088 0.093 0.002 0.003 0.003 0.006 0.331 0.001 0.001 0.002 0.471 24 H 0.028 0.451 0.003 0.004 0.008 0.016 0.124 0.001 0.001 0.001 0.363 25 E 0.010 0.673 0.001 0.003 0.004 0.007 0.042 0.001 0.001 0.001 0.258 26 K 0.019 0.830 0.001 0.003 0.002 0.004 0.028 0.003 0.001 0.001 0.110 27 L 0.017 0.941 0.002 0.002 0.002 0.003 0.003 0.009 0.001 0.001 0.021 28 V 0.003 0.982 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 29 G 0.027 0.905 0.003 0.003 0.003 0.005 0.001 0.027 0.001 0.001 0.026 30 M 0.209 0.562 0.017 0.012 0.010 0.012 0.003 0.116 0.001 0.001 0.058 31 G 0.405 0.090 0.053 0.010 0.032 0.040 0.011 0.179 0.001 0.003 0.177 32 F 0.028 0.006 0.792 0.030 0.006 0.015 0.012 0.005 0.001 0.001 0.104 33 V 0.010 0.003 0.011 0.143 0.176 0.092 0.164 0.002 0.001 0.001 0.397 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 35 G 0.015 0.001 0.003 0.194 0.046 0.260 0.109 0.001 0.001 0.009 0.365 36 E 0.828 0.001 0.002 0.012 0.016 0.016 0.034 0.001 0.001 0.016 0.076 37 E 0.021 0.001 0.001 0.231 0.034 0.037 0.104 0.001 0.001 0.001 0.571 38 I 0.010 0.001 0.001 0.133 0.281 0.464 0.017 0.001 0.001 0.001 0.094 39 E 0.001 0.001 0.001 0.213 0.345 0.333 0.037 0.001 0.001 0.001 0.070 40 I 0.001 0.001 0.001 0.056 0.263 0.569 0.005 0.001 0.001 0.001 0.107 41 V 0.001 0.001 0.001 0.146 0.277 0.540 0.008 0.001 0.001 0.001 0.028 42 Q 0.001 0.001 0.001 0.076 0.241 0.483 0.027 0.001 0.001 0.001 0.169 43 V 0.007 0.003 0.002 0.081 0.148 0.437 0.041 0.001 0.001 0.003 0.279 44 A 0.019 0.002 0.004 0.070 0.236 0.322 0.081 0.001 0.001 0.004 0.261 45 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.983 46 L 0.017 0.001 0.002 0.030 0.027 0.061 0.044 0.001 0.001 0.003 0.814 47 G 0.227 0.001 0.004 0.021 0.027 0.059 0.070 0.001 0.001 0.036 0.553 48 D 0.259 0.002 0.005 0.034 0.120 0.029 0.155 0.001 0.001 0.010 0.385 49 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 50 I 0.001 0.001 0.001 0.036 0.270 0.643 0.024 0.001 0.001 0.001 0.025 51 V 0.021 0.001 0.001 0.048 0.094 0.258 0.033 0.001 0.001 0.005 0.541 52 C 0.007 0.002 0.001 0.121 0.477 0.327 0.007 0.001 0.001 0.001 0.057 53 K 0.001 0.001 0.001 0.040 0.217 0.362 0.014 0.001 0.001 0.001 0.365 54 I 0.001 0.001 0.001 0.048 0.330 0.518 0.016 0.001 0.001 0.001 0.086 55 G 0.005 0.001 0.001 0.044 0.132 0.376 0.063 0.001 0.001 0.002 0.377 56 N 0.009 0.001 0.001 0.036 0.019 0.037 0.125 0.001 0.001 0.005 0.769 57 R 0.454 0.003 0.006 0.016 0.073 0.050 0.113 0.001 0.001 0.018 0.267 58 N 0.056 0.006 0.001 0.033 0.069 0.086 0.244 0.001 0.001 0.005 0.499 59 I 0.028 0.010 0.002 0.030 0.292 0.478 0.058 0.001 0.001 0.002 0.099 60 T 0.009 0.018 0.002 0.040 0.263 0.555 0.040 0.001 0.001 0.001 0.073 61 L 0.005 0.023 0.001 0.036 0.328 0.517 0.023 0.001 0.001 0.001 0.065 62 R 0.014 0.044 0.002 0.035 0.218 0.543 0.029 0.001 0.001 0.001 0.114 63 K 0.035 0.061 0.002 0.047 0.133 0.495 0.030 0.002 0.001 0.002 0.194 64 R 0.055 0.085 0.006 0.025 0.072 0.206 0.102 0.003 0.001 0.004 0.442 65 E 0.234 0.096 0.011 0.028 0.054 0.166 0.098 0.007 0.001 0.006 0.301 66 A 0.252 0.130 0.027 0.038 0.060 0.111 0.034 0.008 0.001 0.005 0.333 67 D 0.100 0.074 0.010 0.061 0.114 0.138 0.055 0.007 0.001 0.003 0.439 68 L 0.123 0.035 0.011 0.070 0.048 0.061 0.042 0.005 0.001 0.002 0.603 69 I 0.090 0.022 0.015 0.284 0.190 0.202 0.022 0.003 0.001 0.001 0.171 70 E 0.003 0.004 0.001 0.304 0.220 0.253 0.029 0.001 0.001 0.001 0.186 71 V 0.002 0.003 0.003 0.357 0.225 0.278 0.011 0.001 0.001 0.001 0.120 72 E 0.002 0.004 0.001 0.464 0.197 0.197 0.023 0.001 0.001 0.001 0.111 73 V 0.001 0.001 0.001 0.098 0.114 0.275 0.022 0.001 0.001 0.001 0.488 74 V 0.002 0.001 0.001 0.184 0.142 0.422 0.040 0.001 0.001 0.001 0.206 75 G 0.009 0.001 0.001 0.072 0.025 0.068 0.088 0.001 0.001 0.006 0.731 76 G 0.117 0.003 0.002 0.035 0.016 0.027 0.099 0.001 0.001 0.013 0.688 77 E 0.140 0.002 0.005 0.018 0.008 0.016 0.118 0.001 0.001 0.008 0.683 78 L 0.116 0.004 0.003 0.017 0.050 0.035 0.130 0.001 0.001 0.005 0.640 79 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.988 80 L 0.022 0.005 0.001 0.039 0.090 0.287 0.075 0.001 0.001 0.001 0.478 81 I 0.125 0.021 0.001 0.040 0.081 0.123 0.099 0.001 0.001 0.008 0.500 82 L 0.090 0.046 0.004 0.035 0.111 0.182 0.049 0.002 0.001 0.004 0.477 83 A 0.063 0.029 0.009 0.072 0.126 0.285 0.044 0.003 0.001 0.004 0.365 84 D 0.047 0.023 0.002 0.056 0.100 0.120 0.100 0.003 0.001 0.003 0.545 85 D 0.074 0.025 0.006 0.034 0.056 0.072 0.051 0.003 0.001 0.010 0.670 86 G 0.125 0.012 0.011 0.030 0.051 0.086 0.188 0.002 0.001 0.049 0.447 87 T 0.206 0.006 0.014 0.024 0.021 0.020 0.424 0.001 0.001 0.023 0.260 88 Y 0.080 0.016 0.009 0.044 0.123 0.136 0.116 0.001 0.001 0.007 0.468 89 E 0.010 0.009 0.003 0.056 0.185 0.230 0.131 0.001 0.001 0.003 0.371 90 I 0.019 0.010 0.002 0.056 0.129 0.289 0.047 0.001 0.001 0.003 0.445 91 T 0.016 0.013 0.001 0.081 0.245 0.321 0.062 0.001 0.001 0.003 0.258 92 K 0.026 0.015 0.003 0.044 0.148 0.249 0.063 0.001 0.001 0.005 0.446 93 L 0.046 0.036 0.006 0.092 0.140 0.270 0.110 0.002 0.001 0.007 0.291 94 N 0.062 0.035 0.005 0.041 0.084 0.116 0.210 0.002 0.001 0.012 0.433 95 G 0.134 0.038 0.009 0.022 0.031 0.042 0.145 0.002 0.001 0.023 0.553 96 G 0.161 0.037 0.017 0.024 0.030 0.048 0.226 0.002 0.001 0.022 0.434 97 R 0.099 0.037 0.008 0.017 0.034 0.041 0.266 0.001 0.001 0.006 0.490 98 R 0.027 0.067 0.004 0.014 0.034 0.049 0.167 0.001 0.001 0.002 0.635 99 F 0.028 0.162 0.004 0.016 0.053 0.097 0.177 0.001 0.001 0.003 0.458 100 L 0.047 0.352 0.004 0.014 0.035 0.078 0.111 0.002 0.001 0.003 0.354 101 F 0.038 0.522 0.004 0.014 0.033 0.053 0.073 0.003 0.001 0.002 0.257 102 R 0.052 0.681 0.004 0.007 0.023 0.035 0.040 0.007 0.001 0.002 0.149 103 M 0.059 0.772 0.007 0.004 0.014 0.025 0.011 0.010 0.001 0.001 0.096 104 K 0.049 0.757 0.008 0.006 0.019 0.036 0.016 0.016 0.001 0.001 0.092 105 N 0.197 0.528 0.014 0.007 0.013 0.024 0.017 0.028 0.001 0.002 0.170 106 L 0.263 0.369 0.042 0.017 0.037 0.045 0.020 0.035 0.001 0.003 0.169 107 G 0.081 0.108 0.025 0.011 0.057 0.070 0.052 0.032 0.001 0.004 0.561 108 I 0.083 0.044 0.076 0.037 0.083 0.210 0.044 0.010 0.001 0.004 0.409 109 E 0.026 0.021 0.006 0.068 0.080 0.110 0.132 0.004 0.001 0.002 0.551 110 S 0.057 0.014 0.005 0.019 0.036 0.050 0.054 0.002 0.001 0.006 0.758 111 G 0.162 0.004 0.014 0.061 0.029 0.088 0.104 0.001 0.001 0.053 0.484 112 K 0.717 0.001 0.010 0.030 0.030 0.026 0.086 0.001 0.001 0.011 0.089 113 K 0.013 0.001 0.001 0.144 0.027 0.030 0.104 0.001 0.001 0.001 0.680 114 I 0.011 0.001 0.003 0.219 0.280 0.365 0.017 0.001 0.001 0.001 0.103 115 Q 0.001 0.001 0.001 0.522 0.134 0.183 0.037 0.001 0.001 0.001 0.123 116 V 0.001 0.001 0.001 0.343 0.165 0.278 0.020 0.001 0.001 0.001 0.192 117 S 0.002 0.001 0.001 0.479 0.184 0.242 0.026 0.001 0.001 0.001 0.065 118 G 0.002 0.001 0.001 0.192 0.067 0.166 0.079 0.001 0.001 0.004 0.489 119 R 0.012 0.001 0.001 0.189 0.101 0.186 0.172 0.001 0.001 0.004 0.334 120 R 0.005 0.001 0.001 0.043 0.018 0.039 0.108 0.001 0.001 0.002 0.784 121 Y 0.044 0.002 0.002 0.058 0.069 0.087 0.147 0.001 0.001 0.017 0.574 122 Y 0.099 0.006 0.003 0.059 0.039 0.063 0.136 0.001 0.001 0.009 0.585 123 I 0.031 0.012 0.003 0.091 0.088 0.135 0.130 0.001 0.001 0.004 0.506 124 E 0.021 0.010 0.002 0.073 0.065 0.100 0.143 0.001 0.001 0.005 0.581 125 G 0.054 0.011 0.002 0.052 0.053 0.099 0.121 0.001 0.001 0.010 0.597 126 R 0.181 0.016 0.005 0.069 0.079 0.099 0.122 0.002 0.001 0.007 0.421 127 E 0.042 0.032 0.007 0.075 0.048 0.097 0.147 0.001 0.001 0.003 0.548 128 I 0.023 0.047 0.003 0.155 0.137 0.200 0.152 0.002 0.001 0.004 0.278 129 D 0.080 0.074 0.005 0.066 0.134 0.211 0.086 0.005 0.001 0.009 0.330 130 L 0.101 0.162 0.014 0.137 0.075 0.141 0.079 0.006 0.001 0.007 0.278 131 G 0.054 0.079 0.006 0.089 0.064 0.118 0.209 0.006 0.001 0.006 0.367 132 Y 0.172 0.095 0.016 0.068 0.065 0.100 0.129 0.012 0.001 0.018 0.326 133 G 0.118 0.066 0.022 0.056 0.071 0.122 0.114 0.009 0.001 0.022 0.399 134 E 0.098 0.027 0.028 0.040 0.033 0.050 0.243 0.003 0.001 0.006 0.471 135 A 0.032 0.020 0.004 0.044 0.023 0.042 0.142 0.001 0.001 0.005 0.687 136 T 0.195 0.014 0.012 0.048 0.125 0.174 0.101 0.002 0.001 0.015 0.314 137 K 0.132 0.013 0.007 0.104 0.053 0.068 0.097 0.002 0.001 0.003 0.521 138 I 0.036 0.010 0.014 0.185 0.182 0.219 0.040 0.001 0.001 0.001 0.311 139 W 0.005 0.003 0.001 0.202 0.313 0.291 0.034 0.001 0.001 0.001 0.150 140 V 0.006 0.003 0.002 0.141 0.177 0.310 0.031 0.001 0.001 0.002 0.329 141 R 0.006 0.003 0.002 0.254 0.275 0.300 0.034 0.001 0.001 0.002 0.123 142 R 0.002 0.001 0.001 0.051 0.089 0.128 0.038 0.001 0.001 0.001 0.689 143 V 0.004 0.002 0.002 0.106 0.182 0.410 0.030 0.001 0.001 0.002 0.263