# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 76.5829 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.089 0.024 0.088 0.114 0.130 0.066 0.010 0.478 2 K 0.026 0.006 0.025 0.027 0.046 0.103 0.004 0.764 3 L 0.016 0.010 0.051 0.081 0.108 0.053 0.002 0.679 4 S 0.031 0.026 0.066 0.083 0.119 0.258 0.006 0.412 5 R 0.173 0.018 0.025 0.024 0.033 0.221 0.010 0.496 6 L 0.256 0.074 0.090 0.054 0.111 0.065 0.027 0.323 7 V 0.078 0.021 0.034 0.057 0.057 0.130 0.010 0.612 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 9 G 0.036 0.004 0.042 0.028 0.115 0.081 0.011 0.683 10 V 0.470 0.001 0.023 0.078 0.043 0.074 0.005 0.306 11 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 12 A 0.013 0.001 0.069 0.309 0.433 0.039 0.001 0.137 13 R 0.053 0.001 0.187 0.267 0.254 0.020 0.001 0.216 14 I 0.006 0.001 0.207 0.198 0.334 0.010 0.001 0.243 15 K 0.002 0.001 0.279 0.294 0.389 0.011 0.001 0.024 16 R 0.004 0.001 0.196 0.106 0.240 0.020 0.001 0.432 17 L 0.005 0.001 0.286 0.234 0.331 0.036 0.001 0.106 18 E 0.012 0.002 0.172 0.097 0.166 0.105 0.003 0.444 19 V 0.017 0.003 0.094 0.052 0.123 0.122 0.004 0.586 20 S 0.012 0.003 0.020 0.007 0.023 0.175 0.004 0.756 21 G 0.038 0.003 0.003 0.002 0.004 0.088 0.005 0.857 22 E 0.089 0.017 0.004 0.002 0.003 0.371 0.006 0.508 23 L 0.060 0.135 0.004 0.002 0.005 0.482 0.005 0.307 24 H 0.057 0.598 0.006 0.005 0.021 0.058 0.004 0.251 25 E 0.014 0.860 0.008 0.002 0.004 0.023 0.001 0.088 26 K 0.013 0.901 0.002 0.001 0.002 0.011 0.004 0.067 27 L 0.026 0.952 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.014 28 V 0.011 0.967 0.004 0.003 0.003 0.001 0.003 0.008 29 G 0.035 0.901 0.005 0.004 0.003 0.003 0.018 0.032 30 M 0.133 0.657 0.011 0.003 0.003 0.003 0.138 0.051 31 G 0.583 0.107 0.047 0.017 0.008 0.008 0.127 0.103 32 F 0.020 0.035 0.461 0.050 0.029 0.023 0.007 0.375 33 V 0.019 0.012 0.121 0.162 0.138 0.129 0.005 0.415 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 35 G 0.009 0.002 0.032 0.024 0.076 0.098 0.004 0.755 36 E 0.664 0.001 0.013 0.039 0.027 0.082 0.007 0.167 37 E 0.023 0.001 0.017 0.028 0.050 0.019 0.001 0.860 38 I 0.005 0.001 0.024 0.339 0.532 0.012 0.001 0.086 39 E 0.009 0.001 0.077 0.435 0.404 0.015 0.001 0.058 40 I 0.002 0.001 0.044 0.374 0.425 0.005 0.001 0.149 41 V 0.001 0.001 0.067 0.393 0.524 0.003 0.001 0.011 42 Q 0.002 0.001 0.046 0.352 0.508 0.008 0.001 0.082 43 V 0.002 0.002 0.055 0.194 0.601 0.009 0.001 0.135 44 A 0.014 0.002 0.080 0.218 0.486 0.042 0.003 0.155 45 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.997 46 L 0.011 0.001 0.019 0.056 0.190 0.049 0.004 0.669 47 G 0.303 0.001 0.013 0.019 0.053 0.062 0.018 0.530 48 D 0.338 0.002 0.030 0.116 0.093 0.095 0.008 0.318 49 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 50 I 0.009 0.001 0.019 0.318 0.505 0.081 0.001 0.066 51 V 0.215 0.004 0.071 0.192 0.269 0.048 0.004 0.197 52 C 0.011 0.003 0.051 0.512 0.379 0.006 0.001 0.038 53 K 0.003 0.002 0.092 0.292 0.466 0.013 0.001 0.131 54 I 0.003 0.002 0.049 0.346 0.491 0.011 0.001 0.097 55 G 0.003 0.003 0.039 0.224 0.554 0.027 0.002 0.149 56 N 0.027 0.005 0.038 0.080 0.186 0.138 0.009 0.518 57 R 0.092 0.008 0.050 0.157 0.237 0.102 0.018 0.336 58 N 0.050 0.011 0.046 0.133 0.235 0.144 0.010 0.372 59 I 0.016 0.008 0.040 0.357 0.349 0.035 0.002 0.193 60 T 0.008 0.025 0.058 0.300 0.479 0.041 0.001 0.087 61 L 0.021 0.042 0.043 0.246 0.432 0.067 0.003 0.146 62 R 0.030 0.093 0.032 0.174 0.437 0.058 0.005 0.171 63 K 0.039 0.119 0.024 0.117 0.242 0.057 0.009 0.393 64 R 0.031 0.103 0.010 0.040 0.072 0.314 0.017 0.414 65 E 0.234 0.175 0.013 0.025 0.062 0.157 0.048 0.287 66 A 0.136 0.339 0.074 0.062 0.111 0.026 0.024 0.227 67 D 0.048 0.243 0.101 0.197 0.135 0.059 0.018 0.200 68 L 0.171 0.105 0.073 0.068 0.106 0.040 0.038 0.399 69 I 0.061 0.056 0.269 0.301 0.237 0.013 0.008 0.056 70 E 0.007 0.017 0.220 0.352 0.284 0.022 0.004 0.095 71 V 0.006 0.006 0.244 0.268 0.318 0.008 0.001 0.148 72 E 0.003 0.004 0.332 0.229 0.316 0.020 0.001 0.096 73 V 0.003 0.002 0.066 0.106 0.223 0.017 0.001 0.582 74 V 0.006 0.004 0.089 0.193 0.469 0.066 0.002 0.172 75 G 0.023 0.003 0.021 0.036 0.077 0.060 0.005 0.775 76 G 0.114 0.006 0.022 0.040 0.067 0.080 0.022 0.650 77 E 0.159 0.008 0.020 0.015 0.037 0.122 0.020 0.620 78 L 0.095 0.010 0.033 0.099 0.139 0.111 0.008 0.505 79 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.994 80 L 0.023 0.005 0.014 0.147 0.268 0.074 0.002 0.467 81 I 0.120 0.029 0.034 0.185 0.253 0.060 0.004 0.316 82 L 0.069 0.050 0.017 0.133 0.253 0.045 0.006 0.427 83 A 0.056 0.065 0.037 0.174 0.362 0.045 0.008 0.252 84 D 0.051 0.032 0.021 0.070 0.106 0.081 0.015 0.624 85 D 0.043 0.014 0.015 0.026 0.033 0.070 0.027 0.771 86 G 0.225 0.012 0.032 0.022 0.027 0.168 0.070 0.442 87 T 0.148 0.009 0.028 0.028 0.023 0.535 0.019 0.209 88 Y 0.061 0.018 0.065 0.146 0.179 0.123 0.007 0.402 89 E 0.027 0.013 0.056 0.138 0.272 0.149 0.003 0.342 90 I 0.020 0.010 0.048 0.138 0.217 0.053 0.002 0.514 91 T 0.014 0.017 0.052 0.169 0.346 0.076 0.002 0.324 92 K 0.034 0.019 0.028 0.106 0.201 0.092 0.005 0.514 93 L 0.073 0.064 0.061 0.114 0.227 0.094 0.012 0.354 94 N 0.066 0.067 0.037 0.065 0.101 0.200 0.019 0.445 95 G 0.080 0.034 0.024 0.018 0.037 0.093 0.023 0.692 96 G 0.135 0.050 0.053 0.027 0.048 0.145 0.030 0.513 97 R 0.096 0.043 0.035 0.067 0.061 0.172 0.013 0.513 98 R 0.036 0.062 0.027 0.045 0.073 0.123 0.005 0.629 99 F 0.040 0.145 0.034 0.084 0.175 0.133 0.004 0.384 100 L 0.039 0.344 0.029 0.075 0.163 0.066 0.005 0.277 101 F 0.036 0.422 0.020 0.066 0.122 0.059 0.005 0.271 102 R 0.039 0.618 0.014 0.031 0.064 0.058 0.008 0.169 103 M 0.051 0.754 0.017 0.022 0.057 0.008 0.010 0.081 104 K 0.043 0.713 0.020 0.025 0.045 0.022 0.017 0.114 105 N 0.165 0.438 0.017 0.025 0.030 0.039 0.068 0.219 106 L 0.325 0.252 0.044 0.051 0.048 0.020 0.084 0.176 107 G 0.153 0.076 0.074 0.077 0.064 0.063 0.037 0.456 108 I 0.031 0.030 0.127 0.152 0.125 0.038 0.006 0.491 109 E 0.024 0.025 0.071 0.107 0.106 0.146 0.005 0.516 110 S 0.026 0.005 0.016 0.014 0.019 0.108 0.004 0.807 111 G 0.186 0.011 0.074 0.022 0.038 0.134 0.060 0.475 112 K 0.500 0.003 0.085 0.049 0.025 0.202 0.023 0.114 113 K 0.021 0.002 0.176 0.060 0.062 0.080 0.003 0.596 114 I 0.005 0.001 0.258 0.209 0.370 0.034 0.001 0.123 115 Q 0.005 0.001 0.525 0.136 0.217 0.029 0.001 0.087 116 V 0.003 0.001 0.509 0.107 0.158 0.021 0.001 0.201 117 S 0.002 0.001 0.591 0.136 0.170 0.037 0.001 0.061 118 G 0.004 0.001 0.217 0.091 0.153 0.077 0.001 0.456 119 R 0.010 0.002 0.180 0.088 0.161 0.193 0.004 0.363 120 R 0.021 0.002 0.049 0.021 0.048 0.094 0.007 0.757 121 Y 0.148 0.005 0.043 0.049 0.086 0.144 0.024 0.501 122 Y 0.211 0.008 0.058 0.048 0.062 0.085 0.014 0.514 123 I 0.044 0.010 0.123 0.176 0.211 0.059 0.004 0.373 124 E 0.016 0.006 0.094 0.123 0.216 0.073 0.002 0.469 125 G 0.007 0.003 0.057 0.035 0.099 0.023 0.001 0.774 126 R 0.034 0.010 0.162 0.126 0.229 0.142 0.005 0.292 127 E 0.049 0.012 0.152 0.083 0.130 0.097 0.006 0.472 128 I 0.041 0.018 0.293 0.159 0.201 0.098 0.005 0.185 129 D 0.021 0.021 0.156 0.178 0.186 0.138 0.005 0.294 130 L 0.027 0.029 0.152 0.075 0.145 0.100 0.006 0.466 131 G 0.038 0.044 0.054 0.055 0.111 0.395 0.012 0.292 132 Y 0.195 0.063 0.031 0.058 0.084 0.157 0.034 0.377 133 G 0.161 0.116 0.061 0.051 0.080 0.072 0.030 0.429 134 E 0.071 0.079 0.063 0.080 0.104 0.116 0.017 0.470 135 A 0.056 0.060 0.049 0.070 0.117 0.068 0.015 0.564 136 T 0.095 0.055 0.053 0.165 0.214 0.076 0.025 0.318 137 K 0.162 0.030 0.093 0.174 0.158 0.078 0.019 0.286 138 I 0.037 0.021 0.201 0.252 0.228 0.032 0.005 0.223 139 W 0.005 0.006 0.159 0.339 0.405 0.011 0.001 0.074 140 V 0.006 0.004 0.174 0.131 0.254 0.017 0.001 0.412 141 R 0.006 0.003 0.169 0.220 0.392 0.027 0.001 0.181 142 R 0.008 0.001 0.111 0.065 0.181 0.030 0.002 0.602 143 V 0.011 0.002 0.131 0.135 0.234 0.048 0.002 0.437