# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 76.5829 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.499 0.200 0.012 0.235 0.016 0.008 0.002 0.015 0.002 0.001 2 K 0.019 0.346 0.425 0.006 0.026 0.135 0.005 0.001 0.035 0.001 0.002 3 L 0.149 0.215 0.461 0.036 0.014 0.093 0.006 0.001 0.021 0.001 0.004 4 S 0.472 0.173 0.096 0.157 0.041 0.022 0.010 0.006 0.018 0.005 0.001 5 R 0.234 0.167 0.113 0.325 0.036 0.036 0.058 0.002 0.026 0.001 0.002 6 L 0.093 0.364 0.331 0.059 0.025 0.033 0.061 0.002 0.029 0.001 0.002 7 V 0.011 0.322 0.402 0.003 0.046 0.017 0.003 0.001 0.186 0.008 0.001 8 P 0.020 0.003 0.870 0.010 0.001 0.019 0.004 0.001 0.002 0.002 0.069 9 G 0.001 0.002 0.007 0.003 0.012 0.003 0.046 0.894 0.001 0.032 0.001 10 V 0.005 0.483 0.453 0.004 0.024 0.008 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 11 P 0.047 0.129 0.685 0.032 0.017 0.039 0.005 0.001 0.007 0.002 0.035 12 A 0.001 0.552 0.095 0.009 0.319 0.007 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 13 R 0.001 0.788 0.126 0.001 0.046 0.027 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 14 I 0.002 0.437 0.427 0.002 0.005 0.121 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 15 K 0.027 0.759 0.100 0.021 0.048 0.029 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 16 R 0.007 0.588 0.130 0.006 0.211 0.026 0.006 0.001 0.024 0.001 0.001 17 L 0.014 0.794 0.110 0.006 0.032 0.030 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 18 E 0.066 0.341 0.381 0.044 0.073 0.052 0.011 0.002 0.025 0.004 0.002 19 V 0.116 0.354 0.233 0.058 0.138 0.031 0.007 0.002 0.052 0.009 0.001 20 S 0.198 0.103 0.407 0.124 0.029 0.058 0.046 0.002 0.022 0.006 0.005 21 G 0.547 0.007 0.053 0.040 0.048 0.004 0.020 0.146 0.002 0.133 0.001 22 E 0.900 0.020 0.045 0.021 0.002 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 23 L 0.965 0.007 0.007 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 H 0.993 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.995 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 K 0.992 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 L 0.987 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 V 0.970 0.004 0.005 0.016 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 29 G 0.858 0.006 0.011 0.084 0.014 0.004 0.008 0.008 0.002 0.004 0.001 30 M 0.243 0.023 0.033 0.673 0.003 0.002 0.013 0.001 0.008 0.001 0.001 31 G 0.102 0.017 0.051 0.033 0.087 0.011 0.216 0.385 0.009 0.086 0.003 32 F 0.102 0.282 0.382 0.131 0.020 0.035 0.030 0.002 0.013 0.001 0.003 33 V 0.006 0.431 0.296 0.002 0.036 0.019 0.002 0.001 0.204 0.002 0.001 34 P 0.021 0.004 0.854 0.011 0.002 0.022 0.004 0.001 0.003 0.003 0.074 35 G 0.003 0.002 0.015 0.004 0.019 0.004 0.054 0.840 0.001 0.057 0.001 36 E 0.024 0.408 0.458 0.024 0.056 0.014 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 37 E 0.018 0.530 0.337 0.025 0.028 0.043 0.006 0.001 0.012 0.001 0.002 38 I 0.003 0.789 0.116 0.005 0.055 0.023 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 39 E 0.006 0.696 0.158 0.002 0.084 0.041 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 40 I 0.005 0.497 0.326 0.003 0.014 0.140 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 41 V 0.061 0.732 0.107 0.018 0.023 0.037 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 42 Q 0.073 0.493 0.185 0.019 0.153 0.025 0.012 0.001 0.033 0.004 0.002 43 V 0.077 0.570 0.185 0.046 0.032 0.042 0.015 0.001 0.029 0.001 0.002 44 A 0.018 0.290 0.413 0.004 0.151 0.013 0.003 0.001 0.098 0.008 0.001 45 P 0.192 0.012 0.661 0.018 0.004 0.044 0.002 0.001 0.007 0.007 0.053 46 L 0.089 0.128 0.240 0.367 0.024 0.023 0.097 0.006 0.020 0.002 0.004 47 G 0.011 0.005 0.029 0.020 0.058 0.005 0.032 0.534 0.003 0.302 0.001 48 D 0.009 0.150 0.542 0.010 0.053 0.016 0.008 0.001 0.203 0.007 0.001 49 P 0.287 0.004 0.602 0.014 0.006 0.010 0.001 0.001 0.001 0.003 0.072 50 I 0.173 0.530 0.127 0.066 0.067 0.007 0.005 0.001 0.023 0.001 0.001 51 V 0.018 0.746 0.162 0.006 0.024 0.017 0.005 0.001 0.022 0.001 0.001 52 C 0.009 0.743 0.147 0.002 0.069 0.018 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 53 K 0.009 0.480 0.304 0.003 0.015 0.148 0.002 0.001 0.038 0.001 0.001 54 I 0.049 0.440 0.318 0.030 0.008 0.082 0.012 0.001 0.059 0.001 0.002 55 G 0.044 0.024 0.063 0.062 0.139 0.010 0.102 0.212 0.007 0.335 0.003 56 N 0.024 0.059 0.079 0.092 0.110 0.017 0.335 0.239 0.011 0.033 0.001 57 R 0.036 0.447 0.299 0.042 0.141 0.015 0.007 0.002 0.008 0.002 0.001 58 N 0.044 0.416 0.392 0.026 0.038 0.061 0.009 0.001 0.010 0.001 0.002 59 I 0.028 0.781 0.107 0.010 0.038 0.024 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 60 T 0.029 0.666 0.146 0.007 0.114 0.024 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 61 L 0.051 0.649 0.163 0.027 0.029 0.052 0.003 0.001 0.026 0.001 0.001 62 R 0.222 0.317 0.221 0.028 0.069 0.072 0.019 0.002 0.044 0.005 0.001 63 K 0.674 0.089 0.117 0.069 0.014 0.009 0.017 0.002 0.006 0.002 0.001 64 R 0.708 0.079 0.110 0.048 0.013 0.015 0.016 0.003 0.006 0.001 0.001 65 E 0.458 0.056 0.043 0.409 0.008 0.007 0.013 0.001 0.004 0.001 0.001 66 A 0.314 0.234 0.291 0.065 0.038 0.020 0.017 0.004 0.015 0.002 0.001 67 D 0.554 0.103 0.087 0.202 0.017 0.013 0.017 0.001 0.005 0.001 0.001 68 L 0.025 0.541 0.140 0.124 0.107 0.013 0.031 0.001 0.018 0.001 0.001 69 I 0.010 0.729 0.180 0.003 0.037 0.028 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 70 E 0.005 0.498 0.400 0.006 0.017 0.061 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 71 V 0.010 0.698 0.143 0.005 0.014 0.116 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 72 E 0.020 0.692 0.151 0.004 0.068 0.049 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 73 V 0.044 0.314 0.453 0.009 0.031 0.109 0.002 0.001 0.035 0.001 0.002 74 V 0.139 0.396 0.245 0.074 0.029 0.047 0.010 0.001 0.056 0.001 0.003 75 G 0.087 0.055 0.149 0.087 0.132 0.017 0.159 0.117 0.020 0.172 0.005 76 G 0.102 0.043 0.139 0.051 0.171 0.012 0.070 0.235 0.009 0.165 0.003 77 E 0.167 0.205 0.291 0.245 0.023 0.035 0.015 0.003 0.011 0.001 0.004 78 L 0.030 0.437 0.332 0.009 0.064 0.013 0.004 0.001 0.108 0.002 0.001 79 P 0.230 0.016 0.668 0.014 0.007 0.027 0.002 0.001 0.003 0.003 0.031 80 L 0.197 0.336 0.237 0.110 0.062 0.023 0.010 0.003 0.020 0.001 0.001 81 I 0.089 0.527 0.265 0.021 0.046 0.021 0.003 0.001 0.027 0.001 0.001 82 L 0.095 0.346 0.362 0.053 0.017 0.090 0.007 0.001 0.026 0.001 0.002 83 A 0.153 0.345 0.238 0.062 0.126 0.026 0.011 0.003 0.025 0.008 0.002 84 D 0.270 0.173 0.242 0.117 0.044 0.062 0.022 0.008 0.042 0.014 0.005 85 D 0.075 0.053 0.088 0.560 0.027 0.015 0.156 0.008 0.014 0.003 0.002 86 G 0.019 0.005 0.018 0.008 0.060 0.002 0.083 0.626 0.002 0.175 0.001 87 T 0.109 0.284 0.300 0.226 0.019 0.029 0.020 0.001 0.009 0.001 0.001 88 Y 0.056 0.441 0.325 0.063 0.063 0.027 0.007 0.001 0.015 0.001 0.001 89 E 0.123 0.468 0.226 0.049 0.044 0.052 0.016 0.001 0.019 0.001 0.001 90 I 0.043 0.601 0.230 0.016 0.049 0.038 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 91 T 0.149 0.427 0.274 0.041 0.029 0.054 0.003 0.001 0.020 0.001 0.002 92 K 0.164 0.339 0.246 0.052 0.073 0.065 0.012 0.002 0.043 0.003 0.002 93 L 0.305 0.286 0.204 0.099 0.033 0.024 0.012 0.001 0.029 0.003 0.003 94 N 0.141 0.082 0.174 0.228 0.051 0.022 0.205 0.032 0.029 0.031 0.005 95 G 0.025 0.009 0.041 0.036 0.088 0.004 0.124 0.381 0.004 0.287 0.001 96 G 0.096 0.034 0.176 0.065 0.121 0.014 0.047 0.222 0.006 0.215 0.004 97 R 0.357 0.149 0.309 0.087 0.037 0.025 0.013 0.006 0.008 0.005 0.003 98 R 0.556 0.168 0.149 0.058 0.025 0.027 0.006 0.002 0.008 0.001 0.001 99 F 0.662 0.136 0.097 0.047 0.026 0.019 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 100 L 0.880 0.044 0.048 0.013 0.003 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 101 F 0.932 0.026 0.013 0.017 0.004 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 102 R 0.913 0.018 0.022 0.033 0.004 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 103 M 0.830 0.020 0.036 0.095 0.004 0.006 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 104 K 0.874 0.018 0.028 0.056 0.004 0.002 0.013 0.002 0.002 0.001 0.001 105 N 0.438 0.029 0.044 0.376 0.019 0.020 0.047 0.017 0.007 0.002 0.001 106 L 0.231 0.206 0.221 0.238 0.023 0.010 0.041 0.002 0.026 0.001 0.001 107 G 0.127 0.077 0.297 0.039 0.064 0.104 0.126 0.090 0.018 0.052 0.007 108 I 0.084 0.394 0.416 0.037 0.022 0.024 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 109 E 0.134 0.291 0.403 0.040 0.017 0.042 0.007 0.001 0.053 0.004 0.008 110 S 0.098 0.137 0.261 0.256 0.039 0.010 0.161 0.006 0.021 0.004 0.006 111 G 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 0.001 0.068 0.840 0.001 0.062 0.001 112 K 0.005 0.469 0.419 0.016 0.071 0.010 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 113 K 0.002 0.618 0.309 0.010 0.020 0.030 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 114 I 0.001 0.836 0.081 0.002 0.060 0.014 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 115 Q 0.001 0.737 0.171 0.002 0.041 0.034 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 116 V 0.008 0.715 0.150 0.005 0.014 0.087 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 117 S 0.020 0.598 0.200 0.031 0.079 0.028 0.011 0.001 0.029 0.002 0.001 118 G 0.024 0.059 0.165 0.021 0.261 0.046 0.044 0.078 0.014 0.284 0.004 119 R 0.042 0.268 0.401 0.034 0.065 0.059 0.020 0.002 0.100 0.006 0.002 120 R 0.553 0.047 0.272 0.064 0.019 0.011 0.006 0.002 0.006 0.010 0.010 121 Y 0.301 0.102 0.117 0.318 0.059 0.032 0.036 0.016 0.014 0.004 0.001 122 Y 0.153 0.341 0.259 0.113 0.054 0.026 0.026 0.002 0.024 0.001 0.001 123 I 0.200 0.327 0.263 0.050 0.070 0.029 0.019 0.004 0.030 0.007 0.002 124 E 0.180 0.247 0.367 0.072 0.045 0.035 0.023 0.003 0.020 0.004 0.003 125 G 0.201 0.098 0.181 0.114 0.160 0.053 0.054 0.082 0.019 0.034 0.003 126 R 0.291 0.321 0.228 0.043 0.064 0.016 0.012 0.002 0.021 0.002 0.001 127 E 0.443 0.252 0.164 0.046 0.011 0.058 0.015 0.001 0.010 0.001 0.002 128 I 0.218 0.507 0.110 0.045 0.091 0.009 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 129 D 0.110 0.118 0.436 0.024 0.023 0.214 0.016 0.003 0.046 0.006 0.005 130 L 0.601 0.076 0.133 0.133 0.012 0.016 0.012 0.001 0.011 0.001 0.002 131 G 0.518 0.051 0.091 0.076 0.048 0.015 0.045 0.070 0.012 0.073 0.002 132 Y 0.175 0.110 0.153 0.412 0.053 0.014 0.050 0.007 0.020 0.004 0.002 133 G 0.066 0.024 0.112 0.028 0.135 0.015 0.061 0.261 0.013 0.281 0.003 134 E 0.475 0.117 0.214 0.124 0.023 0.012 0.015 0.004 0.010 0.004 0.003 135 A 0.323 0.145 0.221 0.162 0.075 0.022 0.023 0.012 0.008 0.005 0.002 136 T 0.158 0.367 0.109 0.219 0.096 0.009 0.025 0.002 0.015 0.001 0.001 137 K 0.010 0.680 0.162 0.014 0.099 0.009 0.007 0.001 0.019 0.001 0.001 138 I 0.007 0.785 0.152 0.009 0.015 0.018 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 139 W 0.020 0.602 0.223 0.019 0.092 0.023 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 140 V 0.030 0.646 0.157 0.030 0.040 0.060 0.018 0.001 0.018 0.001 0.001 141 R 0.010 0.665 0.154 0.006 0.125 0.018 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 142 R 0.048 0.257 0.480 0.013 0.026 0.139 0.013 0.001 0.018 0.002 0.003 143 V 0.063 0.617 0.186 0.024 0.024 0.054 0.007 0.001 0.024 0.001 0.001