# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 76.5829 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.081 0.393 0.057 0.010 0.339 0.014 0.019 0.025 0.013 0.021 0.028 2 K 0.151 0.307 0.065 0.002 0.403 0.002 0.004 0.017 0.007 0.006 0.034 3 L 0.092 0.040 0.006 0.004 0.077 0.006 0.007 0.194 0.479 0.067 0.028 4 S 0.024 0.082 0.026 0.014 0.069 0.034 0.082 0.310 0.309 0.036 0.012 5 R 0.074 0.027 0.009 0.003 0.106 0.008 0.053 0.127 0.105 0.452 0.035 6 L 0.106 0.258 0.114 0.023 0.258 0.010 0.035 0.040 0.034 0.085 0.037 7 V 0.011 0.191 0.514 0.196 0.039 0.014 0.006 0.010 0.009 0.004 0.005 8 P 0.012 0.106 0.059 0.038 0.031 0.045 0.496 0.129 0.069 0.010 0.005 9 G 0.029 0.008 0.024 0.037 0.011 0.014 0.010 0.012 0.024 0.688 0.143 10 V 0.028 0.498 0.177 0.033 0.140 0.020 0.048 0.015 0.012 0.016 0.013 11 P 0.322 0.076 0.015 0.003 0.442 0.005 0.009 0.009 0.009 0.037 0.073 12 A 0.143 0.187 0.002 0.001 0.655 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 13 R 0.176 0.076 0.010 0.001 0.715 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 14 I 0.575 0.022 0.002 0.001 0.363 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.031 15 K 0.161 0.162 0.020 0.007 0.563 0.024 0.023 0.006 0.004 0.004 0.027 16 R 0.279 0.103 0.031 0.001 0.484 0.002 0.002 0.003 0.002 0.005 0.087 17 L 0.212 0.234 0.015 0.005 0.435 0.006 0.010 0.015 0.010 0.014 0.044 18 E 0.188 0.163 0.143 0.019 0.250 0.023 0.037 0.043 0.022 0.023 0.089 19 V 0.070 0.190 0.103 0.065 0.075 0.075 0.059 0.154 0.058 0.099 0.053 20 S 0.009 0.195 0.135 0.218 0.025 0.079 0.085 0.156 0.041 0.044 0.013 21 G 0.009 0.038 0.061 0.068 0.011 0.029 0.013 0.370 0.117 0.234 0.050 22 E 0.010 0.097 0.021 0.002 0.033 0.004 0.012 0.691 0.101 0.022 0.008 23 L 0.010 0.016 0.004 0.001 0.010 0.002 0.003 0.854 0.079 0.017 0.004 24 H 0.004 0.004 0.002 0.001 0.004 0.002 0.003 0.904 0.068 0.006 0.002 25 E 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.932 0.046 0.003 0.001 26 K 0.005 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 0.932 0.031 0.008 0.001 27 L 0.005 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.010 0.853 0.102 0.016 0.002 28 V 0.004 0.009 0.005 0.002 0.006 0.005 0.027 0.740 0.181 0.016 0.003 29 G 0.010 0.012 0.006 0.006 0.012 0.016 0.101 0.550 0.141 0.135 0.011 30 M 0.014 0.644 0.096 0.010 0.093 0.007 0.032 0.045 0.032 0.020 0.007 31 G 0.098 0.055 0.044 0.038 0.086 0.013 0.024 0.042 0.047 0.381 0.171 32 F 0.138 0.201 0.171 0.046 0.162 0.013 0.042 0.054 0.054 0.070 0.050 33 V 0.013 0.182 0.516 0.194 0.039 0.016 0.007 0.012 0.011 0.006 0.006 34 P 0.002 0.043 0.033 0.037 0.007 0.056 0.706 0.075 0.036 0.004 0.002 35 G 0.027 0.009 0.020 0.020 0.010 0.010 0.009 0.012 0.018 0.699 0.165 36 E 0.041 0.579 0.024 0.004 0.299 0.007 0.011 0.009 0.006 0.010 0.011 37 E 0.254 0.053 0.005 0.001 0.654 0.001 0.002 0.003 0.001 0.004 0.022 38 I 0.305 0.072 0.002 0.001 0.608 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 39 E 0.137 0.110 0.017 0.001 0.706 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.019 40 I 0.593 0.036 0.004 0.001 0.320 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.037 41 V 0.207 0.140 0.018 0.014 0.475 0.033 0.027 0.016 0.014 0.014 0.044 42 Q 0.188 0.172 0.055 0.004 0.477 0.006 0.011 0.012 0.010 0.009 0.057 43 V 0.219 0.169 0.031 0.015 0.255 0.015 0.031 0.038 0.039 0.098 0.091 44 A 0.046 0.348 0.335 0.027 0.156 0.009 0.015 0.012 0.015 0.010 0.027 45 P 0.092 0.286 0.229 0.067 0.125 0.023 0.024 0.044 0.055 0.027 0.028 46 L 0.018 0.198 0.114 0.050 0.056 0.059 0.370 0.058 0.052 0.016 0.009 47 G 0.041 0.021 0.038 0.116 0.021 0.053 0.046 0.016 0.034 0.470 0.144 48 D 0.070 0.429 0.106 0.025 0.271 0.013 0.017 0.007 0.009 0.027 0.025 49 P 0.319 0.073 0.005 0.002 0.529 0.007 0.005 0.006 0.009 0.016 0.029 50 I 0.175 0.135 0.007 0.003 0.636 0.009 0.010 0.004 0.003 0.003 0.015 51 V 0.262 0.045 0.005 0.001 0.656 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 52 C 0.203 0.107 0.004 0.001 0.664 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 53 K 0.432 0.055 0.017 0.001 0.404 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.080 54 I 0.180 0.086 0.035 0.101 0.156 0.145 0.040 0.036 0.033 0.090 0.097 55 G 0.005 0.030 0.067 0.523 0.010 0.169 0.133 0.024 0.014 0.018 0.006 56 N 0.047 0.018 0.024 0.079 0.022 0.032 0.015 0.037 0.044 0.570 0.112 57 R 0.050 0.450 0.036 0.011 0.278 0.021 0.021 0.050 0.035 0.030 0.018 58 N 0.282 0.083 0.016 0.006 0.479 0.008 0.010 0.043 0.017 0.017 0.040 59 I 0.294 0.108 0.015 0.007 0.429 0.008 0.018 0.054 0.016 0.016 0.035 60 T 0.193 0.168 0.044 0.006 0.413 0.010 0.017 0.066 0.014 0.011 0.058 61 L 0.184 0.172 0.055 0.013 0.204 0.015 0.026 0.149 0.038 0.059 0.084 62 R 0.064 0.294 0.081 0.030 0.133 0.023 0.029 0.166 0.068 0.070 0.043 63 K 0.045 0.069 0.024 0.010 0.084 0.015 0.032 0.454 0.206 0.043 0.019 64 R 0.010 0.054 0.026 0.011 0.018 0.015 0.059 0.578 0.186 0.036 0.006 65 E 0.050 0.015 0.007 0.004 0.037 0.008 0.042 0.358 0.211 0.232 0.035 66 A 0.168 0.150 0.016 0.008 0.275 0.014 0.015 0.213 0.098 0.020 0.022 67 D 0.028 0.043 0.023 0.037 0.071 0.127 0.358 0.207 0.063 0.033 0.011 68 L 0.579 0.017 0.004 0.004 0.192 0.003 0.020 0.025 0.009 0.087 0.061 69 I 0.081 0.177 0.001 0.001 0.731 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 70 E 0.286 0.046 0.013 0.001 0.615 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.034 71 V 0.357 0.104 0.007 0.001 0.471 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.049 72 E 0.132 0.223 0.042 0.003 0.524 0.007 0.015 0.010 0.005 0.004 0.033 73 V 0.402 0.136 0.040 0.003 0.288 0.004 0.010 0.012 0.008 0.012 0.084 74 V 0.071 0.108 0.075 0.139 0.094 0.165 0.091 0.060 0.042 0.088 0.067 75 G 0.015 0.096 0.081 0.414 0.030 0.146 0.075 0.037 0.038 0.053 0.014 76 G 0.040 0.091 0.105 0.166 0.057 0.045 0.036 0.061 0.065 0.277 0.057 77 E 0.113 0.231 0.115 0.033 0.187 0.021 0.041 0.050 0.054 0.098 0.056 78 L 0.079 0.383 0.179 0.028 0.198 0.017 0.016 0.028 0.023 0.016 0.033 79 P 0.146 0.225 0.071 0.020 0.246 0.024 0.045 0.090 0.067 0.032 0.035 80 L 0.165 0.154 0.028 0.006 0.296 0.013 0.034 0.116 0.097 0.055 0.036 81 I 0.135 0.222 0.058 0.004 0.397 0.007 0.022 0.055 0.028 0.029 0.044 82 L 0.195 0.179 0.058 0.010 0.318 0.009 0.020 0.060 0.028 0.055 0.068 83 A 0.081 0.226 0.200 0.057 0.130 0.036 0.050 0.097 0.045 0.040 0.038 84 D 0.028 0.100 0.121 0.160 0.048 0.106 0.113 0.188 0.072 0.046 0.019 85 D 0.021 0.189 0.161 0.171 0.040 0.069 0.130 0.091 0.049 0.058 0.021 86 G 0.025 0.038 0.066 0.087 0.022 0.031 0.020 0.033 0.036 0.493 0.148 87 T 0.183 0.205 0.049 0.009 0.326 0.011 0.020 0.035 0.028 0.070 0.065 88 Y 0.164 0.261 0.027 0.006 0.452 0.012 0.010 0.018 0.011 0.013 0.027 89 E 0.272 0.143 0.044 0.010 0.411 0.013 0.016 0.023 0.012 0.016 0.041 90 I 0.258 0.138 0.036 0.008 0.400 0.011 0.012 0.038 0.023 0.025 0.052 91 T 0.133 0.217 0.064 0.012 0.384 0.014 0.022 0.060 0.028 0.022 0.043 92 K 0.245 0.126 0.061 0.012 0.277 0.011 0.024 0.068 0.035 0.051 0.090 93 L 0.116 0.130 0.081 0.045 0.153 0.058 0.066 0.139 0.061 0.081 0.069 94 N 0.027 0.131 0.103 0.178 0.046 0.131 0.108 0.111 0.055 0.081 0.029 95 G 0.020 0.071 0.092 0.229 0.023 0.064 0.051 0.102 0.056 0.239 0.052 96 G 0.033 0.139 0.179 0.098 0.048 0.027 0.018 0.131 0.074 0.200 0.053 97 R 0.053 0.150 0.055 0.010 0.113 0.015 0.024 0.394 0.116 0.042 0.028 98 R 0.054 0.080 0.026 0.006 0.078 0.012 0.022 0.545 0.110 0.043 0.023 99 F 0.033 0.058 0.019 0.005 0.054 0.007 0.011 0.687 0.085 0.028 0.013 100 L 0.021 0.020 0.008 0.003 0.032 0.003 0.006 0.822 0.067 0.011 0.006 101 F 0.008 0.011 0.004 0.002 0.012 0.002 0.012 0.899 0.042 0.005 0.002 102 R 0.016 0.008 0.002 0.002 0.012 0.001 0.020 0.879 0.044 0.013 0.003 103 M 0.012 0.009 0.003 0.002 0.017 0.003 0.012 0.788 0.133 0.016 0.005 104 K 0.004 0.006 0.004 0.003 0.005 0.009 0.040 0.793 0.114 0.019 0.003 105 N 0.022 0.024 0.010 0.006 0.024 0.009 0.080 0.607 0.102 0.103 0.013 106 L 0.038 0.431 0.067 0.013 0.138 0.008 0.036 0.186 0.035 0.033 0.015 107 G 0.098 0.117 0.066 0.036 0.154 0.018 0.025 0.266 0.055 0.081 0.084 108 I 0.103 0.109 0.111 0.012 0.133 0.010 0.036 0.333 0.094 0.025 0.033 109 E 0.050 0.030 0.034 0.052 0.047 0.088 0.098 0.425 0.102 0.047 0.026 110 S 0.005 0.501 0.191 0.064 0.021 0.038 0.139 0.021 0.011 0.006 0.003 111 G 0.026 0.002 0.004 0.015 0.005 0.006 0.002 0.002 0.004 0.509 0.424 112 K 0.024 0.690 0.019 0.004 0.230 0.009 0.009 0.003 0.003 0.004 0.005 113 K 0.400 0.031 0.003 0.001 0.522 0.002 0.002 0.002 0.002 0.006 0.030 114 I 0.209 0.112 0.003 0.001 0.662 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 115 Q 0.165 0.075 0.018 0.001 0.705 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 116 V 0.469 0.063 0.010 0.003 0.319 0.005 0.004 0.004 0.004 0.010 0.110 117 S 0.054 0.079 0.062 0.168 0.109 0.194 0.122 0.024 0.023 0.107 0.058 118 G 0.037 0.057 0.096 0.400 0.043 0.063 0.024 0.017 0.025 0.188 0.051 119 R 0.097 0.254 0.160 0.064 0.251 0.017 0.011 0.033 0.036 0.041 0.036 120 R 0.031 0.053 0.023 0.018 0.058 0.041 0.068 0.224 0.383 0.080 0.021 121 Y 0.079 0.084 0.051 0.031 0.087 0.033 0.072 0.145 0.133 0.218 0.067 122 Y 0.128 0.160 0.052 0.019 0.220 0.016 0.025 0.134 0.067 0.111 0.068 123 I 0.133 0.137 0.056 0.017 0.190 0.025 0.040 0.236 0.072 0.052 0.042 124 E 0.099 0.096 0.045 0.037 0.116 0.034 0.054 0.248 0.097 0.117 0.056 125 G 0.072 0.150 0.087 0.058 0.170 0.023 0.017 0.255 0.077 0.052 0.037 126 R 0.050 0.113 0.026 0.008 0.134 0.011 0.024 0.501 0.102 0.019 0.013 127 E 0.121 0.032 0.010 0.006 0.086 0.006 0.043 0.528 0.091 0.051 0.027 128 I 0.072 0.097 0.030 0.017 0.137 0.014 0.036 0.464 0.077 0.032 0.024 129 D 0.080 0.053 0.028 0.015 0.130 0.016 0.031 0.450 0.119 0.045 0.033 130 L 0.056 0.028 0.014 0.010 0.054 0.010 0.072 0.561 0.124 0.055 0.017 131 G 0.056 0.080 0.051 0.046 0.070 0.037 0.122 0.344 0.077 0.089 0.030 132 Y 0.040 0.139 0.075 0.093 0.059 0.049 0.067 0.213 0.091 0.129 0.046 133 G 0.047 0.064 0.103 0.133 0.054 0.039 0.017 0.152 0.118 0.200 0.072 134 E 0.051 0.116 0.047 0.019 0.110 0.031 0.104 0.305 0.156 0.045 0.017 135 A 0.232 0.049 0.026 0.016 0.145 0.022 0.048 0.128 0.085 0.159 0.090 136 T 0.093 0.285 0.045 0.025 0.290 0.040 0.057 0.070 0.035 0.031 0.030 137 K 0.302 0.082 0.017 0.006 0.468 0.007 0.011 0.021 0.011 0.026 0.048 138 I 0.378 0.080 0.006 0.004 0.464 0.005 0.006 0.010 0.007 0.010 0.030 139 W 0.146 0.169 0.039 0.007 0.559 0.014 0.020 0.010 0.004 0.004 0.028 140 V 0.475 0.052 0.010 0.006 0.286 0.007 0.008 0.010 0.008 0.038 0.100 141 R 0.091 0.342 0.039 0.010 0.447 0.012 0.010 0.007 0.006 0.007 0.029 142 R 0.231 0.183 0.056 0.005 0.424 0.005 0.007 0.012 0.008 0.011 0.059 143 V 0.200 0.226 0.042 0.011 0.331 0.014 0.022 0.038 0.030 0.026 0.059