# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 76.5829 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.709 0.160 0.096 0.026 0.007 0.002 0.001 2 K 0.540 0.243 0.168 0.037 0.010 0.002 0.001 3 L 0.127 0.123 0.163 0.340 0.193 0.052 0.001 4 S 0.542 0.258 0.152 0.038 0.008 0.002 0.001 5 R 0.507 0.329 0.121 0.032 0.009 0.002 0.001 6 L 0.137 0.129 0.194 0.333 0.176 0.030 0.001 7 V 0.507 0.298 0.124 0.058 0.010 0.002 0.001 8 P 0.705 0.181 0.085 0.022 0.007 0.001 0.001 9 G 0.555 0.280 0.115 0.038 0.009 0.002 0.001 10 V 0.336 0.301 0.193 0.107 0.050 0.013 0.001 11 P 0.228 0.359 0.240 0.130 0.033 0.009 0.001 12 A 0.046 0.103 0.187 0.278 0.277 0.103 0.006 13 R 0.030 0.111 0.252 0.309 0.225 0.068 0.005 14 I 0.014 0.021 0.056 0.153 0.418 0.303 0.035 15 K 0.060 0.236 0.294 0.228 0.124 0.054 0.005 16 R 0.079 0.296 0.313 0.206 0.080 0.024 0.002 17 L 0.029 0.051 0.088 0.312 0.367 0.146 0.007 18 E 0.271 0.388 0.224 0.087 0.023 0.006 0.001 19 V 0.168 0.241 0.235 0.243 0.095 0.018 0.001 20 S 0.590 0.272 0.110 0.022 0.005 0.001 0.001 21 G 0.609 0.295 0.063 0.027 0.005 0.001 0.001 22 E 0.409 0.350 0.171 0.051 0.015 0.003 0.001 23 L 0.038 0.088 0.175 0.288 0.313 0.094 0.003 24 H 0.044 0.165 0.269 0.339 0.145 0.036 0.002 25 E 0.135 0.381 0.245 0.154 0.067 0.016 0.001 26 K 0.022 0.088 0.216 0.345 0.254 0.071 0.006 27 L 0.011 0.018 0.037 0.102 0.295 0.441 0.096 28 V 0.031 0.116 0.192 0.312 0.214 0.113 0.022 29 G 0.117 0.264 0.297 0.189 0.086 0.038 0.009 30 M 0.047 0.106 0.144 0.212 0.227 0.221 0.044 31 G 0.060 0.115 0.162 0.212 0.231 0.195 0.026 32 F 0.055 0.110 0.161 0.256 0.259 0.149 0.011 33 V 0.133 0.227 0.263 0.242 0.104 0.029 0.002 34 P 0.361 0.378 0.169 0.063 0.024 0.005 0.001 35 G 0.426 0.362 0.107 0.082 0.018 0.004 0.001 36 E 0.460 0.260 0.169 0.074 0.030 0.006 0.001 37 E 0.199 0.365 0.256 0.136 0.033 0.010 0.001 38 I 0.016 0.048 0.132 0.324 0.369 0.107 0.004 39 E 0.061 0.254 0.346 0.234 0.081 0.021 0.002 40 I 0.018 0.035 0.063 0.151 0.339 0.342 0.051 41 V 0.036 0.078 0.140 0.244 0.264 0.200 0.038 42 Q 0.114 0.229 0.249 0.212 0.115 0.066 0.015 43 V 0.130 0.182 0.213 0.222 0.156 0.080 0.018 44 A 0.094 0.125 0.141 0.197 0.205 0.193 0.045 45 P 0.169 0.227 0.189 0.168 0.130 0.093 0.023 46 L 0.154 0.178 0.183 0.217 0.154 0.090 0.024 47 G 0.253 0.276 0.198 0.134 0.073 0.050 0.016 48 D 0.073 0.124 0.148 0.216 0.225 0.166 0.048 49 P 0.061 0.080 0.157 0.187 0.231 0.208 0.076 50 I 0.023 0.051 0.078 0.156 0.263 0.332 0.098 51 V 0.035 0.094 0.196 0.267 0.230 0.133 0.045 52 C 0.011 0.018 0.028 0.068 0.188 0.517 0.170 53 K 0.032 0.136 0.255 0.318 0.171 0.074 0.014 54 I 0.028 0.051 0.087 0.210 0.347 0.238 0.038 55 G 0.098 0.246 0.251 0.240 0.115 0.042 0.008 56 N 0.302 0.345 0.184 0.102 0.037 0.024 0.004 57 R 0.085 0.158 0.189 0.256 0.218 0.084 0.010 58 N 0.100 0.200 0.272 0.241 0.120 0.056 0.012 59 I 0.040 0.070 0.109 0.159 0.238 0.326 0.058 60 T 0.062 0.101 0.187 0.255 0.224 0.150 0.021 61 L 0.038 0.049 0.087 0.173 0.310 0.289 0.055 62 R 0.086 0.184 0.251 0.225 0.173 0.072 0.008 63 K 0.189 0.320 0.224 0.167 0.072 0.025 0.003 64 R 0.365 0.369 0.127 0.099 0.029 0.010 0.001 65 E 0.171 0.201 0.240 0.196 0.150 0.040 0.002 66 A 0.058 0.113 0.203 0.344 0.199 0.079 0.005 67 D 0.310 0.328 0.229 0.091 0.030 0.011 0.001 68 L 0.112 0.270 0.297 0.205 0.088 0.025 0.003 69 I 0.034 0.064 0.089 0.208 0.309 0.270 0.026 70 E 0.063 0.163 0.269 0.276 0.162 0.061 0.007 71 V 0.035 0.044 0.071 0.195 0.328 0.299 0.027 72 E 0.127 0.277 0.306 0.192 0.075 0.022 0.002 73 V 0.173 0.272 0.236 0.182 0.096 0.037 0.003 74 V 0.169 0.179 0.229 0.254 0.133 0.034 0.002 75 G 0.588 0.251 0.105 0.045 0.009 0.002 0.001 76 G 0.724 0.187 0.067 0.017 0.005 0.001 0.001 77 E 0.608 0.244 0.107 0.031 0.009 0.002 0.001 78 L 0.236 0.219 0.206 0.222 0.095 0.021 0.001 79 P 0.455 0.298 0.165 0.061 0.016 0.005 0.001 80 L 0.175 0.200 0.203 0.225 0.149 0.045 0.002 81 I 0.174 0.229 0.239 0.202 0.114 0.040 0.002 82 L 0.130 0.178 0.221 0.244 0.170 0.055 0.003 83 A 0.230 0.225 0.235 0.205 0.082 0.021 0.001 84 D 0.466 0.282 0.155 0.068 0.023 0.006 0.001 85 D 0.648 0.226 0.087 0.030 0.007 0.002 0.001 86 G 0.558 0.272 0.110 0.043 0.013 0.004 0.001 87 T 0.239 0.299 0.234 0.142 0.063 0.021 0.002 88 Y 0.062 0.101 0.181 0.321 0.241 0.086 0.007 89 E 0.142 0.254 0.258 0.188 0.107 0.045 0.005 90 I 0.066 0.107 0.176 0.255 0.246 0.134 0.016 91 T 0.083 0.111 0.133 0.195 0.249 0.193 0.037 92 K 0.161 0.248 0.244 0.199 0.096 0.042 0.009 93 L 0.192 0.147 0.157 0.222 0.189 0.080 0.013 94 N 0.462 0.253 0.151 0.086 0.031 0.014 0.003 95 G 0.598 0.227 0.105 0.042 0.018 0.008 0.002 96 G 0.374 0.225 0.168 0.119 0.076 0.031 0.005 97 R 0.316 0.260 0.168 0.145 0.075 0.032 0.004 98 R 0.253 0.215 0.205 0.167 0.107 0.047 0.005 99 F 0.168 0.139 0.196 0.202 0.185 0.102 0.008 100 L 0.165 0.192 0.223 0.204 0.147 0.063 0.006 101 F 0.258 0.307 0.185 0.160 0.068 0.021 0.002 102 R 0.341 0.310 0.182 0.110 0.043 0.013 0.001 103 M 0.179 0.147 0.191 0.270 0.166 0.044 0.003 104 K 0.522 0.288 0.125 0.052 0.010 0.002 0.001 105 N 0.445 0.306 0.162 0.062 0.020 0.004 0.001 106 L 0.193 0.206 0.237 0.227 0.106 0.030 0.001 107 G 0.191 0.316 0.281 0.140 0.056 0.016 0.001 108 I 0.146 0.208 0.274 0.267 0.092 0.013 0.001 109 E 0.490 0.350 0.113 0.039 0.006 0.001 0.001 110 S 0.652 0.260 0.070 0.014 0.004 0.001 0.001 111 G 0.446 0.374 0.117 0.054 0.008 0.001 0.001 112 K 0.259 0.340 0.240 0.116 0.040 0.005 0.001 113 K 0.050 0.259 0.309 0.283 0.081 0.017 0.001 114 I 0.001 0.006 0.025 0.106 0.424 0.425 0.013 115 Q 0.010 0.084 0.226 0.390 0.215 0.067 0.008 116 V 0.003 0.009 0.018 0.036 0.124 0.543 0.266 117 S 0.007 0.019 0.035 0.113 0.206 0.392 0.228 118 G 0.019 0.050 0.092 0.222 0.243 0.242 0.132 119 R 0.063 0.151 0.212 0.204 0.177 0.132 0.061 120 R 0.047 0.130 0.216 0.222 0.178 0.162 0.045 121 Y 0.020 0.050 0.089 0.179 0.299 0.311 0.052 122 Y 0.043 0.093 0.171 0.244 0.263 0.161 0.025 123 I 0.057 0.111 0.151 0.224 0.256 0.171 0.031 124 E 0.095 0.221 0.259 0.213 0.121 0.069 0.021 125 G 0.061 0.117 0.161 0.238 0.219 0.158 0.047 126 R 0.084 0.198 0.192 0.237 0.162 0.099 0.027 127 E 0.053 0.110 0.157 0.240 0.231 0.151 0.058 128 I 0.024 0.025 0.038 0.077 0.176 0.427 0.233 129 D 0.042 0.094 0.121 0.225 0.230 0.205 0.083 130 L 0.072 0.095 0.117 0.166 0.198 0.232 0.119 131 G 0.063 0.075 0.094 0.159 0.226 0.280 0.103 132 Y 0.107 0.170 0.206 0.227 0.156 0.109 0.025 133 G 0.114 0.160 0.183 0.218 0.198 0.111 0.015 134 E 0.305 0.275 0.190 0.121 0.064 0.035 0.009 135 A 0.294 0.283 0.168 0.148 0.068 0.031 0.007 136 T 0.189 0.233 0.197 0.208 0.118 0.048 0.006 137 K 0.084 0.140 0.232 0.276 0.184 0.075 0.008 138 I 0.050 0.054 0.087 0.153 0.248 0.344 0.064 139 W 0.072 0.134 0.214 0.265 0.195 0.106 0.015 140 V 0.136 0.150 0.160 0.214 0.200 0.119 0.020 141 R 0.256 0.235 0.218 0.178 0.080 0.030 0.005 142 R 0.626 0.248 0.088 0.026 0.008 0.004 0.001 143 V 0.231 0.180 0.185 0.218 0.138 0.045 0.003