# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 76.5829 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.221 0.111 0.102 0.121 0.128 0.101 0.075 0.059 0.034 0.022 0.016 0.006 0.003 0.001 2 K 0.138 0.133 0.143 0.176 0.154 0.105 0.062 0.043 0.025 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 3 L 0.031 0.023 0.033 0.064 0.106 0.126 0.166 0.157 0.147 0.062 0.046 0.022 0.015 0.004 4 S 0.138 0.155 0.170 0.160 0.137 0.097 0.057 0.035 0.033 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 5 R 0.359 0.273 0.132 0.080 0.047 0.068 0.019 0.009 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 6 L 0.050 0.059 0.064 0.153 0.206 0.205 0.116 0.078 0.038 0.016 0.007 0.005 0.003 0.001 7 V 0.096 0.122 0.159 0.201 0.177 0.120 0.063 0.034 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 8 P 0.364 0.177 0.156 0.106 0.072 0.060 0.030 0.014 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 9 G 0.223 0.152 0.201 0.136 0.111 0.070 0.050 0.021 0.021 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 10 V 0.103 0.107 0.163 0.168 0.144 0.119 0.077 0.052 0.036 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 11 P 0.060 0.072 0.068 0.130 0.180 0.149 0.119 0.096 0.066 0.035 0.014 0.007 0.003 0.002 12 A 0.021 0.013 0.017 0.023 0.042 0.070 0.110 0.133 0.148 0.145 0.174 0.061 0.036 0.009 13 R 0.027 0.032 0.050 0.093 0.133 0.124 0.130 0.168 0.084 0.064 0.049 0.026 0.009 0.012 14 I 0.007 0.006 0.007 0.013 0.020 0.033 0.050 0.082 0.181 0.175 0.163 0.137 0.098 0.027 15 K 0.026 0.031 0.035 0.070 0.088 0.116 0.137 0.157 0.121 0.099 0.068 0.031 0.013 0.008 16 R 0.044 0.079 0.098 0.117 0.138 0.141 0.125 0.086 0.076 0.038 0.039 0.009 0.003 0.005 17 L 0.031 0.029 0.029 0.065 0.110 0.151 0.122 0.145 0.119 0.086 0.055 0.030 0.024 0.005 18 E 0.148 0.194 0.190 0.171 0.113 0.082 0.047 0.026 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 19 V 0.064 0.060 0.076 0.136 0.194 0.176 0.121 0.083 0.057 0.019 0.008 0.004 0.001 0.001 20 S 0.175 0.162 0.291 0.120 0.103 0.063 0.042 0.015 0.022 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 21 G 0.640 0.178 0.083 0.048 0.023 0.015 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 E 0.316 0.262 0.202 0.111 0.056 0.030 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 L 0.042 0.035 0.048 0.111 0.201 0.185 0.172 0.118 0.063 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 24 H 0.064 0.129 0.159 0.238 0.198 0.119 0.048 0.022 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.625 0.255 0.061 0.025 0.011 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 K 0.066 0.103 0.154 0.234 0.211 0.148 0.049 0.022 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 27 L 0.025 0.023 0.037 0.078 0.143 0.166 0.202 0.184 0.082 0.025 0.022 0.007 0.005 0.001 28 V 0.105 0.116 0.111 0.196 0.187 0.138 0.074 0.041 0.020 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 29 G 0.492 0.179 0.133 0.071 0.044 0.041 0.017 0.008 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 30 M 0.059 0.048 0.073 0.123 0.188 0.180 0.142 0.081 0.047 0.028 0.015 0.010 0.005 0.001 31 G 0.065 0.058 0.092 0.129 0.176 0.174 0.125 0.090 0.049 0.023 0.011 0.005 0.002 0.001 32 F 0.122 0.066 0.054 0.087 0.133 0.124 0.137 0.118 0.066 0.045 0.026 0.012 0.008 0.002 33 V 0.100 0.082 0.080 0.121 0.154 0.136 0.110 0.094 0.055 0.030 0.023 0.009 0.003 0.002 34 P 0.130 0.100 0.121 0.153 0.151 0.124 0.078 0.057 0.037 0.026 0.014 0.006 0.002 0.002 35 G 0.106 0.079 0.103 0.130 0.149 0.128 0.106 0.081 0.059 0.029 0.023 0.006 0.003 0.002 36 E 0.132 0.104 0.134 0.141 0.127 0.108 0.086 0.069 0.047 0.026 0.018 0.005 0.002 0.001 37 E 0.056 0.063 0.062 0.134 0.169 0.148 0.123 0.113 0.063 0.040 0.014 0.010 0.004 0.003 38 I 0.015 0.011 0.013 0.022 0.041 0.077 0.116 0.122 0.159 0.152 0.143 0.072 0.045 0.012 39 E 0.046 0.044 0.069 0.087 0.112 0.124 0.129 0.144 0.091 0.063 0.051 0.022 0.008 0.008 40 I 0.019 0.012 0.017 0.023 0.037 0.051 0.082 0.110 0.138 0.143 0.173 0.105 0.062 0.027 41 V 0.024 0.021 0.024 0.048 0.062 0.100 0.097 0.129 0.150 0.125 0.083 0.077 0.044 0.017 42 Q 0.049 0.054 0.070 0.104 0.126 0.124 0.141 0.114 0.085 0.060 0.042 0.018 0.006 0.006 43 V 0.062 0.064 0.068 0.098 0.142 0.132 0.118 0.104 0.085 0.051 0.047 0.015 0.007 0.005 44 A 0.103 0.100 0.116 0.124 0.158 0.130 0.094 0.069 0.048 0.028 0.017 0.006 0.003 0.002 45 P 0.069 0.087 0.098 0.155 0.169 0.137 0.103 0.085 0.051 0.027 0.011 0.006 0.002 0.001 46 L 0.077 0.095 0.095 0.143 0.176 0.144 0.099 0.076 0.050 0.025 0.011 0.006 0.002 0.001 47 G 0.196 0.185 0.164 0.139 0.098 0.087 0.057 0.031 0.023 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 48 D 0.120 0.115 0.132 0.153 0.149 0.124 0.078 0.057 0.034 0.019 0.011 0.005 0.002 0.001 49 P 0.057 0.055 0.065 0.091 0.137 0.140 0.135 0.107 0.096 0.057 0.034 0.014 0.008 0.005 50 I 0.021 0.015 0.024 0.042 0.074 0.106 0.146 0.160 0.133 0.124 0.080 0.044 0.022 0.008 51 V 0.024 0.024 0.031 0.062 0.105 0.108 0.131 0.156 0.122 0.095 0.066 0.039 0.020 0.016 52 C 0.017 0.009 0.011 0.016 0.025 0.045 0.063 0.084 0.148 0.192 0.160 0.139 0.073 0.017 53 K 0.027 0.046 0.055 0.103 0.144 0.147 0.154 0.146 0.073 0.044 0.034 0.015 0.006 0.008 54 I 0.010 0.011 0.015 0.027 0.054 0.079 0.124 0.139 0.172 0.133 0.140 0.051 0.033 0.012 55 G 0.044 0.083 0.085 0.177 0.169 0.155 0.105 0.088 0.049 0.023 0.014 0.004 0.002 0.002 56 N 0.089 0.111 0.138 0.152 0.129 0.124 0.092 0.060 0.056 0.026 0.016 0.005 0.001 0.001 57 R 0.025 0.040 0.051 0.102 0.178 0.181 0.165 0.110 0.078 0.039 0.019 0.007 0.003 0.002 58 N 0.039 0.054 0.084 0.123 0.162 0.165 0.136 0.098 0.073 0.040 0.014 0.007 0.003 0.002 59 I 0.035 0.025 0.029 0.055 0.097 0.112 0.179 0.174 0.103 0.092 0.057 0.024 0.013 0.005 60 T 0.054 0.057 0.059 0.104 0.117 0.139 0.111 0.121 0.097 0.062 0.033 0.027 0.013 0.006 61 L 0.056 0.041 0.039 0.065 0.104 0.114 0.149 0.168 0.095 0.067 0.058 0.024 0.014 0.007 62 R 0.043 0.072 0.083 0.151 0.191 0.162 0.121 0.083 0.056 0.021 0.011 0.003 0.001 0.001 63 K 0.098 0.120 0.145 0.188 0.162 0.136 0.072 0.039 0.026 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 64 R 0.436 0.186 0.167 0.088 0.055 0.034 0.019 0.005 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 65 E 0.134 0.175 0.245 0.150 0.111 0.108 0.036 0.015 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 66 A 0.033 0.058 0.057 0.162 0.241 0.184 0.135 0.079 0.034 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 67 D 0.276 0.269 0.182 0.094 0.056 0.067 0.027 0.011 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 68 L 0.079 0.072 0.087 0.160 0.194 0.160 0.098 0.065 0.044 0.021 0.008 0.007 0.003 0.001 69 I 0.017 0.013 0.018 0.036 0.078 0.126 0.190 0.165 0.123 0.083 0.093 0.036 0.017 0.006 70 E 0.047 0.052 0.084 0.123 0.167 0.153 0.120 0.111 0.060 0.039 0.024 0.010 0.004 0.005 71 V 0.042 0.021 0.018 0.034 0.052 0.072 0.101 0.124 0.153 0.148 0.109 0.074 0.041 0.011 72 E 0.066 0.060 0.066 0.116 0.141 0.146 0.133 0.110 0.069 0.046 0.027 0.012 0.005 0.004 73 V 0.065 0.057 0.080 0.114 0.162 0.134 0.130 0.096 0.069 0.043 0.031 0.011 0.005 0.004 74 V 0.093 0.089 0.079 0.134 0.194 0.134 0.103 0.080 0.048 0.025 0.013 0.005 0.003 0.002 75 G 0.264 0.189 0.147 0.132 0.098 0.071 0.047 0.023 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 76 G 0.432 0.164 0.124 0.086 0.064 0.049 0.045 0.015 0.010 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 77 E 0.403 0.178 0.127 0.087 0.073 0.052 0.046 0.011 0.012 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 78 L 0.134 0.119 0.111 0.154 0.157 0.147 0.077 0.050 0.025 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 79 P 0.245 0.175 0.139 0.127 0.115 0.085 0.052 0.027 0.019 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 80 L 0.119 0.088 0.097 0.137 0.148 0.133 0.094 0.071 0.052 0.031 0.016 0.009 0.004 0.001 81 I 0.120 0.086 0.097 0.142 0.169 0.126 0.103 0.071 0.041 0.024 0.013 0.006 0.002 0.001 82 L 0.134 0.095 0.109 0.146 0.170 0.114 0.085 0.065 0.038 0.021 0.012 0.005 0.002 0.001 83 A 0.175 0.136 0.114 0.157 0.149 0.101 0.065 0.050 0.027 0.015 0.006 0.004 0.001 0.001 84 D 0.360 0.194 0.116 0.114 0.082 0.054 0.044 0.015 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 85 D 0.462 0.190 0.134 0.070 0.048 0.041 0.031 0.009 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 86 G 0.361 0.178 0.139 0.107 0.077 0.059 0.045 0.014 0.009 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 87 T 0.206 0.153 0.116 0.141 0.133 0.109 0.068 0.030 0.022 0.015 0.003 0.002 0.001 0.001 88 Y 0.086 0.072 0.082 0.116 0.151 0.150 0.117 0.088 0.059 0.040 0.022 0.011 0.004 0.002 89 E 0.149 0.094 0.133 0.120 0.131 0.104 0.079 0.066 0.053 0.034 0.024 0.008 0.002 0.002 90 I 0.060 0.050 0.061 0.102 0.139 0.120 0.109 0.112 0.091 0.064 0.040 0.028 0.016 0.006 91 T 0.074 0.054 0.064 0.094 0.104 0.117 0.100 0.112 0.100 0.078 0.048 0.036 0.014 0.005 92 K 0.155 0.123 0.111 0.142 0.136 0.106 0.091 0.061 0.033 0.022 0.013 0.004 0.002 0.002 93 L 0.093 0.068 0.074 0.101 0.140 0.131 0.111 0.099 0.074 0.048 0.033 0.017 0.007 0.003 94 N 0.249 0.154 0.141 0.131 0.107 0.079 0.059 0.037 0.020 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 95 G 0.315 0.156 0.116 0.123 0.092 0.075 0.061 0.026 0.017 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 96 G 0.227 0.138 0.131 0.127 0.130 0.094 0.073 0.035 0.023 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 97 R 0.286 0.156 0.152 0.129 0.110 0.073 0.043 0.023 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 98 R 0.291 0.156 0.127 0.142 0.118 0.072 0.043 0.024 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 99 F 0.152 0.103 0.097 0.159 0.193 0.114 0.080 0.051 0.027 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 100 L 0.204 0.138 0.137 0.140 0.140 0.094 0.071 0.033 0.028 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 101 F 0.441 0.170 0.118 0.101 0.076 0.046 0.024 0.010 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 102 R 0.502 0.228 0.090 0.063 0.045 0.039 0.020 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 103 M 0.126 0.113 0.126 0.187 0.183 0.142 0.065 0.031 0.016 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 104 K 0.470 0.167 0.128 0.082 0.061 0.040 0.033 0.007 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 105 N 0.506 0.192 0.138 0.058 0.040 0.035 0.017 0.004 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 106 L 0.121 0.098 0.098 0.173 0.199 0.156 0.077 0.044 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 107 G 0.197 0.139 0.165 0.168 0.154 0.082 0.047 0.021 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 108 I 0.131 0.095 0.100 0.159 0.191 0.127 0.085 0.060 0.033 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 109 E 0.330 0.196 0.154 0.114 0.088 0.054 0.033 0.012 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 110 S 0.394 0.222 0.138 0.085 0.053 0.062 0.026 0.008 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 111 G 0.230 0.143 0.170 0.153 0.129 0.072 0.063 0.016 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 112 K 0.139 0.153 0.179 0.175 0.124 0.099 0.060 0.034 0.021 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 113 K 0.077 0.089 0.078 0.171 0.188 0.153 0.095 0.076 0.035 0.023 0.007 0.005 0.002 0.001 114 I 0.011 0.011 0.013 0.035 0.068 0.109 0.156 0.146 0.147 0.120 0.071 0.071 0.035 0.008 115 Q 0.036 0.031 0.055 0.061 0.098 0.123 0.115 0.131 0.140 0.085 0.076 0.032 0.010 0.008 116 V 0.016 0.009 0.014 0.021 0.039 0.047 0.098 0.128 0.122 0.145 0.187 0.091 0.058 0.025 117 S 0.017 0.016 0.018 0.031 0.043 0.075 0.067 0.100 0.147 0.131 0.116 0.134 0.078 0.028 118 G 0.023 0.027 0.027 0.064 0.087 0.109 0.147 0.155 0.120 0.111 0.059 0.040 0.019 0.012 119 R 0.043 0.051 0.065 0.097 0.124 0.119 0.135 0.132 0.093 0.055 0.060 0.016 0.005 0.005 120 R 0.074 0.081 0.101 0.110 0.139 0.135 0.105 0.081 0.078 0.043 0.034 0.009 0.006 0.004 121 Y 0.034 0.041 0.053 0.098 0.149 0.147 0.141 0.131 0.083 0.066 0.027 0.019 0.007 0.003 122 Y 0.046 0.050 0.052 0.087 0.139 0.140 0.132 0.129 0.095 0.067 0.031 0.018 0.009 0.005 123 I 0.041 0.028 0.036 0.046 0.069 0.099 0.107 0.134 0.143 0.125 0.084 0.054 0.026 0.007 124 E 0.109 0.100 0.101 0.133 0.132 0.117 0.094 0.092 0.049 0.032 0.024 0.010 0.003 0.004 125 G 0.067 0.046 0.058 0.079 0.093 0.106 0.101 0.103 0.117 0.091 0.067 0.042 0.021 0.009 126 R 0.082 0.067 0.076 0.112 0.132 0.126 0.131 0.111 0.065 0.044 0.033 0.011 0.006 0.004 127 E 0.078 0.071 0.086 0.116 0.135 0.131 0.113 0.092 0.076 0.048 0.030 0.015 0.005 0.004 128 I 0.026 0.023 0.025 0.046 0.080 0.115 0.140 0.151 0.131 0.107 0.082 0.039 0.027 0.008 129 D 0.076 0.080 0.098 0.129 0.145 0.129 0.112 0.089 0.059 0.039 0.023 0.012 0.004 0.003 130 L 0.069 0.058 0.071 0.097 0.131 0.119 0.118 0.114 0.085 0.062 0.040 0.020 0.009 0.005 131 G 0.062 0.042 0.045 0.078 0.124 0.142 0.127 0.127 0.095 0.070 0.042 0.025 0.014 0.005 132 Y 0.091 0.086 0.101 0.137 0.162 0.130 0.110 0.078 0.050 0.029 0.014 0.007 0.003 0.002 133 G 0.144 0.112 0.103 0.129 0.146 0.115 0.096 0.065 0.043 0.025 0.016 0.005 0.002 0.001 134 E 0.205 0.166 0.169 0.151 0.105 0.086 0.052 0.028 0.021 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 135 A 0.113 0.101 0.112 0.164 0.153 0.133 0.100 0.056 0.034 0.020 0.008 0.004 0.001 0.001 136 T 0.090 0.106 0.105 0.145 0.155 0.148 0.105 0.067 0.043 0.020 0.009 0.004 0.001 0.001 137 K 0.052 0.041 0.052 0.089 0.144 0.146 0.137 0.115 0.092 0.065 0.031 0.021 0.010 0.004 138 I 0.023 0.013 0.019 0.026 0.048 0.074 0.118 0.142 0.141 0.133 0.138 0.072 0.040 0.013 139 W 0.033 0.021 0.029 0.041 0.062 0.080 0.095 0.125 0.126 0.117 0.109 0.096 0.043 0.024 140 V 0.033 0.023 0.022 0.035 0.047 0.065 0.082 0.109 0.143 0.145 0.113 0.107 0.054 0.024 141 R 0.053 0.036 0.041 0.063 0.090 0.105 0.131 0.134 0.107 0.091 0.081 0.039 0.017 0.012 142 R 0.060 0.057 0.076 0.097 0.137 0.127 0.129 0.106 0.085 0.056 0.042 0.016 0.007 0.006 143 V 0.066 0.051 0.058 0.088 0.140 0.138 0.128 0.118 0.084 0.061 0.038 0.017 0.009 0.004