# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.5981 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.061 0.069 0.119 0.073 0.179 0.008 0.068 0.041 0.003 0.001 0.009 0.009 0.020 0.013 0.066 0.029 0.033 0.070 0.051 0.069 0.008 2 K 0.052 0.078 0.089 0.094 0.236 0.005 0.026 0.041 0.005 0.001 0.007 0.007 0.018 0.012 0.042 0.039 0.030 0.032 0.070 0.105 0.010 3 L 0.057 0.067 0.075 0.089 0.293 0.003 0.020 0.025 0.007 0.003 0.009 0.008 0.025 0.015 0.069 0.037 0.112 0.014 0.034 0.033 0.006 4 S 0.047 0.040 0.142 0.114 0.104 0.012 0.165 0.035 0.005 0.005 0.007 0.007 0.015 0.013 0.122 0.009 0.061 0.017 0.025 0.052 0.005 5 R 0.021 0.027 0.070 0.071 0.187 0.015 0.246 0.014 0.001 0.002 0.007 0.006 0.009 0.006 0.025 0.025 0.070 0.096 0.055 0.045 0.002 6 L 0.014 0.017 0.076 0.051 0.145 0.002 0.053 0.004 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.003 0.034 0.024 0.055 0.157 0.185 0.165 0.003 7 V 0.006 0.003 0.074 0.045 0.050 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.008 0.061 0.015 0.163 0.549 0.001 8 P 0.001 0.002 0.020 0.069 0.115 0.001 0.096 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.014 0.480 0.021 0.034 0.136 0.001 9 G 0.003 0.008 0.021 0.009 0.049 0.001 0.725 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.020 0.007 0.021 0.068 0.020 0.038 0.001 10 V 0.010 0.005 0.180 0.167 0.037 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.032 0.015 0.014 0.123 0.389 0.005 11 P 0.022 0.061 0.015 0.026 0.728 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.010 0.008 0.011 0.055 0.013 0.012 0.005 0.007 0.011 12 A 0.151 0.235 0.140 0.111 0.039 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.026 0.026 0.072 0.026 0.106 0.014 0.002 0.002 0.006 0.003 0.030 13 R 0.175 0.293 0.042 0.086 0.138 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.025 0.029 0.091 0.036 0.022 0.012 0.001 0.001 0.002 0.002 0.044 14 I 0.305 0.316 0.014 0.034 0.159 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.019 0.036 0.041 0.014 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 15 K 0.160 0.223 0.067 0.131 0.057 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.013 0.016 0.052 0.047 0.201 0.011 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 16 R 0.201 0.244 0.029 0.076 0.211 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.016 0.014 0.032 0.027 0.039 0.058 0.005 0.008 0.008 0.010 0.007 17 L 0.111 0.102 0.100 0.102 0.133 0.003 0.022 0.006 0.001 0.001 0.006 0.006 0.015 0.017 0.189 0.036 0.026 0.052 0.034 0.034 0.004 18 E 0.030 0.040 0.079 0.083 0.179 0.005 0.052 0.015 0.002 0.001 0.005 0.004 0.011 0.008 0.075 0.039 0.082 0.074 0.068 0.146 0.002 19 V 0.013 0.010 0.055 0.051 0.135 0.003 0.045 0.017 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.056 0.027 0.149 0.072 0.123 0.230 0.001 20 S 0.002 0.003 0.020 0.035 0.053 0.003 0.068 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.032 0.011 0.257 0.050 0.093 0.325 0.001 21 G 0.001 0.001 0.009 0.012 0.022 0.005 0.091 0.192 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.462 0.060 0.041 0.086 0.001 22 E 0.001 0.001 0.006 0.006 0.012 0.007 0.068 0.691 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.130 0.026 0.016 0.024 0.001 23 L 0.001 0.001 0.004 0.004 0.006 0.004 0.022 0.834 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.096 0.007 0.009 0.006 0.001 24 H 0.005 0.004 0.004 0.006 0.007 0.002 0.012 0.877 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.069 0.003 0.004 0.002 0.001 25 E 0.005 0.004 0.001 0.002 0.002 0.005 0.010 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.003 0.003 0.001 0.001 26 K 0.005 0.004 0.001 0.002 0.003 0.011 0.017 0.922 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.003 0.003 0.002 0.001 27 L 0.003 0.006 0.001 0.003 0.008 0.015 0.034 0.840 0.014 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.038 0.010 0.012 0.003 0.001 28 V 0.003 0.004 0.006 0.007 0.007 0.016 0.063 0.676 0.062 0.015 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.004 0.097 0.006 0.014 0.008 0.001 29 G 0.004 0.006 0.025 0.037 0.024 0.012 0.228 0.029 0.346 0.148 0.002 0.001 0.003 0.007 0.011 0.005 0.071 0.017 0.010 0.013 0.001 30 M 0.003 0.004 0.005 0.005 0.031 0.009 0.625 0.007 0.012 0.008 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.010 0.039 0.043 0.046 0.137 0.003 31 G 0.001 0.002 0.033 0.060 0.013 0.002 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.032 0.029 0.394 0.200 0.208 0.002 32 F 0.003 0.007 0.018 0.009 0.325 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.099 0.053 0.094 0.188 0.170 0.003 33 V 0.002 0.001 0.134 0.055 0.008 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.006 0.016 0.004 0.155 0.552 0.001 34 P 0.001 0.002 0.015 0.067 0.311 0.001 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.045 0.366 0.020 0.020 0.082 0.002 35 G 0.011 0.035 0.070 0.035 0.048 0.001 0.589 0.002 0.001 0.001 0.005 0.005 0.007 0.006 0.071 0.019 0.016 0.038 0.016 0.020 0.005 36 E 0.038 0.031 0.300 0.225 0.132 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.004 0.006 0.008 0.005 0.048 0.056 0.015 0.015 0.030 0.063 0.007 37 E 0.074 0.187 0.032 0.061 0.467 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 0.028 0.020 0.018 0.036 0.004 0.005 0.002 0.004 0.023 38 I 0.291 0.335 0.064 0.066 0.073 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.013 0.041 0.019 0.037 0.014 0.001 0.002 0.002 0.001 0.022 39 E 0.258 0.378 0.033 0.067 0.130 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.013 0.037 0.011 0.032 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 40 I 0.295 0.373 0.017 0.054 0.090 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.017 0.046 0.039 0.015 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 41 V 0.280 0.236 0.050 0.068 0.085 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 0.010 0.026 0.027 0.182 0.008 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 42 Q 0.238 0.256 0.052 0.138 0.112 0.002 0.010 0.003 0.001 0.001 0.014 0.010 0.026 0.028 0.044 0.021 0.008 0.010 0.008 0.013 0.008 43 V 0.112 0.104 0.037 0.036 0.333 0.004 0.040 0.004 0.001 0.001 0.011 0.011 0.030 0.022 0.064 0.055 0.066 0.035 0.018 0.011 0.004 44 A 0.052 0.043 0.190 0.152 0.055 0.003 0.026 0.006 0.001 0.002 0.003 0.004 0.007 0.009 0.138 0.014 0.031 0.039 0.091 0.131 0.003 45 P 0.020 0.009 0.020 0.023 0.410 0.003 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.015 0.026 0.136 0.045 0.094 0.173 0.001 46 L 0.007 0.009 0.044 0.082 0.046 0.005 0.158 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.057 0.008 0.252 0.076 0.100 0.139 0.001 47 G 0.006 0.007 0.027 0.019 0.094 0.004 0.273 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.002 0.021 0.015 0.235 0.074 0.078 0.129 0.001 48 D 0.012 0.010 0.117 0.076 0.039 0.001 0.063 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.029 0.020 0.066 0.027 0.121 0.404 0.003 49 P 0.025 0.040 0.023 0.025 0.416 0.002 0.052 0.007 0.001 0.001 0.006 0.009 0.014 0.013 0.029 0.070 0.157 0.036 0.026 0.040 0.011 50 I 0.129 0.223 0.163 0.098 0.040 0.002 0.027 0.013 0.001 0.001 0.018 0.017 0.044 0.032 0.101 0.022 0.011 0.006 0.014 0.007 0.031 51 V 0.195 0.254 0.036 0.039 0.169 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.034 0.034 0.070 0.055 0.021 0.027 0.002 0.002 0.005 0.002 0.045 52 C 0.286 0.290 0.032 0.038 0.061 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.023 0.035 0.069 0.072 0.024 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 53 K 0.223 0.257 0.022 0.058 0.132 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.021 0.031 0.078 0.072 0.026 0.023 0.001 0.002 0.003 0.002 0.042 54 I 0.237 0.261 0.044 0.094 0.121 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.015 0.026 0.028 0.088 0.030 0.006 0.003 0.008 0.007 0.014 55 G 0.123 0.158 0.118 0.141 0.084 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.011 0.011 0.022 0.028 0.143 0.038 0.024 0.012 0.014 0.038 0.007 56 N 0.097 0.132 0.048 0.043 0.202 0.001 0.141 0.002 0.001 0.001 0.010 0.015 0.024 0.020 0.061 0.049 0.062 0.042 0.016 0.026 0.008 57 R 0.090 0.139 0.187 0.069 0.096 0.002 0.062 0.007 0.001 0.001 0.012 0.014 0.030 0.025 0.112 0.035 0.030 0.039 0.015 0.024 0.011 58 N 0.176 0.176 0.049 0.028 0.328 0.002 0.018 0.010 0.001 0.001 0.014 0.021 0.039 0.028 0.044 0.022 0.010 0.010 0.009 0.007 0.010 59 I 0.202 0.213 0.072 0.070 0.101 0.002 0.007 0.018 0.003 0.001 0.026 0.024 0.076 0.058 0.085 0.012 0.004 0.005 0.006 0.005 0.009 60 T 0.181 0.170 0.031 0.080 0.198 0.004 0.014 0.031 0.005 0.001 0.023 0.031 0.073 0.039 0.059 0.017 0.012 0.007 0.010 0.006 0.010 61 L 0.139 0.178 0.070 0.099 0.079 0.006 0.025 0.053 0.014 0.001 0.031 0.028 0.071 0.047 0.079 0.016 0.017 0.010 0.012 0.020 0.007 62 R 0.116 0.097 0.033 0.050 0.232 0.007 0.042 0.131 0.007 0.002 0.007 0.009 0.015 0.013 0.040 0.025 0.039 0.026 0.041 0.065 0.003 63 K 0.038 0.048 0.038 0.092 0.082 0.008 0.031 0.211 0.007 0.003 0.004 0.004 0.009 0.007 0.050 0.013 0.249 0.023 0.037 0.044 0.002 64 R 0.027 0.024 0.016 0.022 0.048 0.031 0.121 0.524 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 0.005 0.076 0.019 0.025 0.031 0.001 65 E 0.033 0.039 0.030 0.059 0.057 0.026 0.162 0.363 0.004 0.006 0.002 0.002 0.003 0.002 0.016 0.003 0.087 0.039 0.041 0.026 0.001 66 A 0.043 0.053 0.028 0.043 0.117 0.013 0.113 0.327 0.012 0.010 0.004 0.002 0.006 0.005 0.011 0.013 0.089 0.030 0.043 0.035 0.004 67 D 0.058 0.074 0.071 0.106 0.069 0.016 0.114 0.267 0.006 0.007 0.003 0.003 0.006 0.004 0.033 0.006 0.072 0.016 0.032 0.030 0.009 68 L 0.056 0.158 0.040 0.127 0.177 0.008 0.102 0.071 0.022 0.010 0.015 0.010 0.027 0.019 0.014 0.039 0.030 0.019 0.014 0.011 0.033 69 I 0.179 0.205 0.056 0.072 0.115 0.003 0.036 0.032 0.009 0.004 0.013 0.012 0.024 0.050 0.067 0.029 0.008 0.010 0.019 0.015 0.041 70 E 0.116 0.218 0.084 0.202 0.092 0.001 0.005 0.008 0.003 0.001 0.011 0.010 0.027 0.048 0.042 0.051 0.003 0.010 0.010 0.007 0.052 71 V 0.143 0.250 0.017 0.030 0.210 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.017 0.017 0.043 0.064 0.028 0.102 0.002 0.005 0.005 0.002 0.052 72 E 0.111 0.202 0.151 0.090 0.031 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.020 0.019 0.081 0.087 0.153 0.009 0.001 0.002 0.003 0.004 0.026 73 V 0.122 0.123 0.014 0.042 0.480 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.009 0.013 0.024 0.039 0.013 0.081 0.003 0.005 0.007 0.005 0.014 74 V 0.084 0.093 0.096 0.124 0.083 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.005 0.007 0.015 0.033 0.377 0.018 0.010 0.011 0.012 0.018 0.005 75 G 0.064 0.060 0.082 0.156 0.258 0.002 0.032 0.003 0.001 0.002 0.004 0.005 0.010 0.008 0.066 0.050 0.042 0.024 0.038 0.090 0.002