# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.5981 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.008 0.020 0.269 0.007 0.003 0.005 0.002 0.001 0.009 0.103 0.005 0.543 0.025 2 K 0.007 0.011 0.564 0.004 0.013 0.012 0.003 0.001 0.015 0.026 0.011 0.016 0.317 3 L 0.015 0.009 0.099 0.025 0.518 0.082 0.002 0.001 0.004 0.018 0.032 0.110 0.086 4 S 0.015 0.004 0.049 0.032 0.626 0.060 0.001 0.001 0.010 0.020 0.087 0.037 0.057 5 R 0.044 0.016 0.125 0.005 0.205 0.043 0.007 0.002 0.022 0.074 0.113 0.168 0.176 6 L 0.018 0.131 0.385 0.005 0.057 0.022 0.003 0.004 0.025 0.122 0.042 0.056 0.131 7 V 0.002 0.014 0.757 0.002 0.007 0.003 0.001 0.001 0.004 0.105 0.016 0.065 0.025 8 P 0.001 0.002 0.032 0.015 0.037 0.006 0.001 0.001 0.001 0.079 0.811 0.005 0.010 9 G 0.001 0.001 0.031 0.006 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.879 0.001 0.002 10 V 0.002 0.007 0.544 0.006 0.014 0.001 0.001 0.001 0.015 0.268 0.015 0.112 0.016 11 P 0.015 0.036 0.238 0.004 0.006 0.001 0.009 0.004 0.156 0.048 0.010 0.012 0.462 12 A 0.085 0.021 0.141 0.064 0.001 0.001 0.061 0.024 0.088 0.030 0.002 0.436 0.046 13 R 0.223 0.003 0.042 0.047 0.002 0.001 0.192 0.038 0.069 0.006 0.001 0.138 0.238 14 I 0.322 0.001 0.013 0.016 0.002 0.001 0.159 0.114 0.079 0.002 0.001 0.033 0.256 15 K 0.410 0.001 0.008 0.115 0.001 0.001 0.059 0.030 0.027 0.003 0.001 0.314 0.029 16 R 0.343 0.001 0.028 0.006 0.003 0.002 0.059 0.024 0.072 0.007 0.003 0.051 0.401 17 L 0.229 0.017 0.118 0.022 0.005 0.008 0.073 0.033 0.100 0.040 0.024 0.169 0.161 18 E 0.112 0.033 0.260 0.036 0.010 0.015 0.017 0.006 0.052 0.098 0.056 0.166 0.137 19 V 0.012 0.013 0.451 0.004 0.024 0.045 0.003 0.001 0.012 0.160 0.155 0.038 0.083 20 S 0.002 0.005 0.343 0.005 0.021 0.113 0.001 0.001 0.005 0.129 0.360 0.005 0.009 21 G 0.001 0.004 0.103 0.003 0.044 0.519 0.001 0.001 0.002 0.153 0.158 0.006 0.007 22 E 0.001 0.004 0.061 0.001 0.029 0.803 0.001 0.001 0.001 0.049 0.041 0.005 0.007 23 L 0.001 0.003 0.032 0.001 0.036 0.892 0.001 0.001 0.001 0.009 0.015 0.003 0.008 24 H 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 25 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 26 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 27 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 28 V 0.001 0.001 0.004 0.001 0.017 0.894 0.001 0.001 0.001 0.002 0.079 0.001 0.001 29 G 0.007 0.002 0.028 0.004 0.078 0.611 0.001 0.001 0.001 0.022 0.227 0.012 0.006 30 M 0.007 0.003 0.075 0.008 0.035 0.249 0.001 0.001 0.003 0.085 0.517 0.007 0.011 31 G 0.012 0.010 0.180 0.004 0.011 0.028 0.001 0.001 0.006 0.160 0.498 0.071 0.018 32 F 0.009 0.086 0.547 0.002 0.018 0.015 0.001 0.002 0.018 0.110 0.091 0.008 0.094 33 V 0.002 0.020 0.668 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.010 0.142 0.012 0.110 0.025 34 P 0.001 0.004 0.044 0.098 0.024 0.004 0.001 0.001 0.010 0.088 0.678 0.008 0.037 35 G 0.001 0.001 0.025 0.026 0.007 0.001 0.001 0.001 0.005 0.060 0.871 0.002 0.002 36 E 0.017 0.007 0.436 0.027 0.014 0.001 0.013 0.003 0.070 0.184 0.019 0.168 0.042 37 E 0.089 0.016 0.048 0.004 0.002 0.001 0.031 0.011 0.215 0.021 0.003 0.028 0.531 38 I 0.360 0.008 0.019 0.042 0.001 0.001 0.116 0.053 0.051 0.004 0.001 0.299 0.048 39 E 0.411 0.001 0.008 0.038 0.001 0.001 0.186 0.025 0.023 0.001 0.001 0.165 0.142 40 I 0.492 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.107 0.039 0.022 0.001 0.001 0.042 0.285 41 V 0.524 0.001 0.004 0.247 0.001 0.001 0.026 0.005 0.008 0.002 0.001 0.137 0.045 42 Q 0.280 0.001 0.022 0.004 0.006 0.002 0.012 0.002 0.028 0.008 0.006 0.407 0.224 43 V 0.120 0.022 0.068 0.006 0.005 0.002 0.012 0.002 0.028 0.025 0.019 0.018 0.673 44 A 0.005 0.007 0.102 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.001 0.814 0.008 45 P 0.007 0.007 0.209 0.001 0.038 0.003 0.001 0.001 0.002 0.047 0.073 0.004 0.607 46 L 0.004 0.010 0.131 0.019 0.080 0.006 0.001 0.001 0.001 0.205 0.445 0.088 0.010 47 G 0.007 0.012 0.235 0.007 0.071 0.002 0.001 0.001 0.003 0.302 0.261 0.012 0.088 48 D 0.003 0.004 0.624 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.230 0.068 0.028 0.025 49 P 0.014 0.013 0.448 0.059 0.008 0.001 0.005 0.001 0.023 0.139 0.163 0.034 0.093 50 I 0.246 0.007 0.195 0.041 0.007 0.001 0.053 0.002 0.040 0.055 0.058 0.144 0.151 51 V 0.570 0.004 0.009 0.012 0.001 0.001 0.061 0.017 0.021 0.004 0.001 0.154 0.145 52 C 0.697 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.075 0.019 0.008 0.001 0.001 0.101 0.094 53 K 0.697 0.003 0.003 0.007 0.001 0.001 0.062 0.027 0.016 0.001 0.001 0.077 0.108 54 I 0.366 0.002 0.046 0.025 0.001 0.001 0.039 0.014 0.030 0.005 0.006 0.175 0.289 55 G 0.093 0.002 0.062 0.247 0.002 0.003 0.011 0.002 0.027 0.076 0.224 0.146 0.106 56 N 0.052 0.004 0.063 0.077 0.008 0.003 0.004 0.001 0.012 0.217 0.428 0.040 0.092 57 R 0.177 0.012 0.126 0.048 0.012 0.006 0.011 0.001 0.012 0.164 0.082 0.253 0.095 58 N 0.411 0.017 0.030 0.009 0.007 0.003 0.018 0.003 0.010 0.015 0.006 0.086 0.384 59 I 0.604 0.005 0.013 0.023 0.002 0.004 0.036 0.004 0.006 0.004 0.002 0.173 0.123 60 T 0.561 0.003 0.011 0.030 0.002 0.004 0.019 0.002 0.003 0.002 0.002 0.179 0.184 61 L 0.451 0.003 0.017 0.006 0.004 0.017 0.009 0.001 0.003 0.003 0.005 0.096 0.384 62 R 0.191 0.005 0.123 0.045 0.016 0.070 0.003 0.001 0.009 0.032 0.026 0.204 0.275 63 K 0.079 0.006 0.095 0.013 0.127 0.249 0.001 0.001 0.004 0.069 0.063 0.076 0.219 64 R 0.024 0.006 0.063 0.028 0.151 0.261 0.002 0.001 0.004 0.091 0.243 0.062 0.064 65 E 0.041 0.011 0.111 0.021 0.105 0.183 0.003 0.001 0.011 0.070 0.251 0.075 0.119 66 A 0.096 0.009 0.257 0.033 0.069 0.097 0.006 0.003 0.021 0.076 0.079 0.060 0.195 67 D 0.150 0.006 0.100 0.069 0.018 0.020 0.019 0.004 0.028 0.085 0.084 0.317 0.100 68 L 0.208 0.003 0.064 0.016 0.006 0.006 0.036 0.014 0.084 0.027 0.023 0.026 0.487 69 I 0.462 0.002 0.027 0.066 0.001 0.001 0.060 0.016 0.028 0.009 0.002 0.294 0.032 70 E 0.408 0.001 0.017 0.009 0.001 0.001 0.111 0.028 0.063 0.003 0.001 0.164 0.193 71 V 0.459 0.001 0.011 0.007 0.001 0.001 0.157 0.074 0.031 0.002 0.001 0.021 0.234 72 E 0.274 0.002 0.010 0.126 0.001 0.001 0.062 0.042 0.042 0.005 0.001 0.416 0.018 73 V 0.096 0.002 0.074 0.001 0.003 0.001 0.046 0.012 0.143 0.009 0.005 0.037 0.570 74 V 0.044 0.048 0.377 0.022 0.004 0.002 0.019 0.009 0.095 0.100 0.032 0.129 0.119 75 G 0.001 0.004 0.832 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.094 0.011 0.025 0.014