# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.5981 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.032 0.060 0.038 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.130 0.111 0.532 2 K 0.250 0.115 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.059 0.090 0.398 3 L 0.466 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.040 0.071 0.371 4 S 0.031 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.031 0.118 0.722 5 R 0.003 0.001 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.008 0.086 0.845 6 L 0.042 0.001 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.033 0.132 0.679 7 V 0.817 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.041 0.023 0.102 8 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.010 0.193 0.774 9 G 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.009 0.099 0.807 10 V 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.609 0.088 0.075 0.160 11 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.005 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.332 0.076 0.064 0.491 12 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 0.010 0.003 0.001 0.893 0.028 0.005 0.036 13 R 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.014 0.016 0.005 0.771 0.081 0.008 0.084 14 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.865 0.038 0.012 0.070 15 K 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.754 0.043 0.021 0.164 16 R 0.009 0.002 0.001 0.001 0.005 0.027 0.017 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.500 0.049 0.060 0.323 17 L 0.007 0.003 0.005 0.001 0.037 0.008 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.427 0.043 0.079 0.379 18 E 0.081 0.024 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.189 0.033 0.078 0.583 19 V 0.408 0.105 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.055 0.042 0.367 20 S 0.076 0.375 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.082 0.048 0.407 21 G 0.035 0.690 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.046 0.026 0.186 22 E 0.031 0.740 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.011 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.069 0.017 0.093 23 L 0.028 0.892 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.008 0.045 24 H 0.022 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.004 0.016 25 E 0.018 0.851 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.059 0.011 0.045 26 K 0.049 0.694 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.103 0.022 0.072 27 L 0.137 0.168 0.221 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.309 0.033 0.097 28 V 0.658 0.021 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.031 0.031 0.237 29 G 0.041 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.017 0.059 0.840 30 M 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.029 0.115 0.775 31 G 0.009 0.004 0.011 0.001 0.016 0.004 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.048 0.114 0.683 32 F 0.008 0.002 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.018 0.103 0.813 33 V 0.752 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.028 0.044 0.022 0.139 34 P 0.041 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.063 0.137 0.708 35 G 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.023 0.083 0.771 36 E 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.021 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.503 0.086 0.062 0.241 37 E 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.014 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.324 0.074 0.073 0.463 38 I 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.028 0.014 0.004 0.002 0.737 0.052 0.024 0.121 39 E 0.009 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.031 0.026 0.008 0.628 0.119 0.015 0.118 40 I 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.805 0.039 0.023 0.108 41 V 0.022 0.002 0.001 0.001 0.002 0.007 0.012 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.497 0.054 0.041 0.350 42 Q 0.004 0.002 0.001 0.001 0.008 0.026 0.042 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.694 0.028 0.043 0.148 43 V 0.013 0.002 0.004 0.001 0.020 0.010 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.157 0.024 0.104 0.655 44 A 0.116 0.001 0.005 0.001 0.091 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.253 0.095 0.073 0.348 45 P 0.195 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.064 0.071 0.643 46 L 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.027 0.124 0.776 47 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.010 0.167 0.766 48 D 0.014 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.065 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.197 0.066 0.121 0.428 49 P 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.175 0.018 0.024 0.002 0.017 0.004 0.002 0.004 0.114 0.073 0.089 0.470 50 I 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.039 0.039 0.017 0.005 0.761 0.049 0.010 0.063 51 V 0.002 0.003 0.001 0.002 0.014 0.049 0.061 0.016 0.001 0.001 0.001 0.002 0.046 0.062 0.110 0.021 0.293 0.084 0.019 0.212 52 C 0.001 0.001 0.004 0.001 0.197 0.040 0.022 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.003 0.629 0.025 0.007 0.051 53 K 0.076 0.004 0.007 0.001 0.115 0.005 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.432 0.124 0.020 0.204 54 I 0.423 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.128 0.036 0.306 55 G 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.028 0.108 0.738 56 N 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.218 0.036 0.064 0.651 57 R 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.446 0.093 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.163 0.039 0.035 0.187 58 N 0.009 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.149 0.125 0.004 0.026 0.005 0.002 0.004 0.258 0.085 0.029 0.178 59 I 0.007 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.018 0.004 0.305 0.093 0.020 0.005 0.257 0.048 0.022 0.188 60 T 0.015 0.072 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.135 0.110 0.018 0.373 0.057 0.024 0.140 61 L 0.027 0.098 0.009 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.017 0.011 0.224 0.156 0.064 0.374 62 R 0.040 0.373 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.204 0.102 0.056 0.217 63 K 0.161 0.406 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.109 0.056 0.216 64 R 0.072 0.328 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.143 0.070 0.292 65 E 0.160 0.402 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.067 0.043 0.239 66 A 0.148 0.098 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.137 0.081 0.425 67 D 0.028 0.067 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.318 0.066 0.084 0.431 68 L 0.007 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.329 0.041 0.078 0.507 69 I 0.005 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.532 0.054 0.065 0.308 70 E 0.009 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.768 0.050 0.020 0.127 71 V 0.010 0.004 0.004 0.001 0.006 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.512 0.060 0.044 0.346 72 E 0.027 0.001 0.003 0.001 0.009 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.694 0.046 0.023 0.187 73 V 0.022 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.182 0.023 0.076 0.690 74 V 0.044 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.133 0.021 0.087 0.705 75 G 0.026 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.020 0.129 0.761