# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.5981 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.013 0.006 0.060 0.162 0.137 0.114 0.001 0.001 0.056 0.446 2 K 0.268 0.099 0.005 0.037 0.067 0.117 0.056 0.016 0.002 0.050 0.282 3 L 0.447 0.014 0.002 0.009 0.025 0.039 0.063 0.016 0.003 0.030 0.354 4 S 0.033 0.007 0.002 0.013 0.046 0.071 0.085 0.001 0.001 0.027 0.714 5 R 0.004 0.001 0.003 0.015 0.051 0.198 0.081 0.001 0.001 0.030 0.616 6 L 0.033 0.001 0.001 0.012 0.074 0.077 0.140 0.001 0.001 0.038 0.623 7 V 0.589 0.001 0.001 0.007 0.019 0.014 0.046 0.002 0.001 0.031 0.288 8 P 0.005 0.001 0.001 0.007 0.009 0.015 0.108 0.001 0.001 0.011 0.844 9 G 0.007 0.001 0.001 0.011 0.007 0.012 0.058 0.001 0.001 0.008 0.895 10 V 0.014 0.002 0.001 0.042 0.279 0.138 0.090 0.001 0.001 0.033 0.400 11 P 0.002 0.004 0.001 0.077 0.095 0.180 0.091 0.001 0.001 0.058 0.492 12 A 0.001 0.001 0.001 0.062 0.310 0.454 0.026 0.001 0.001 0.022 0.124 13 R 0.006 0.007 0.001 0.215 0.195 0.367 0.020 0.001 0.001 0.024 0.164 14 I 0.009 0.003 0.001 0.066 0.319 0.328 0.032 0.001 0.001 0.034 0.207 15 K 0.015 0.005 0.001 0.118 0.260 0.365 0.036 0.001 0.001 0.022 0.177 16 R 0.027 0.004 0.001 0.136 0.117 0.211 0.074 0.001 0.001 0.062 0.366 17 L 0.006 0.002 0.001 0.115 0.149 0.152 0.114 0.001 0.001 0.034 0.426 18 E 0.072 0.032 0.001 0.047 0.062 0.067 0.084 0.004 0.001 0.038 0.594 19 V 0.126 0.095 0.002 0.016 0.022 0.018 0.078 0.010 0.001 0.053 0.582 20 S 0.047 0.404 0.003 0.005 0.008 0.009 0.056 0.007 0.001 0.055 0.407 21 G 0.039 0.731 0.002 0.004 0.006 0.008 0.019 0.005 0.001 0.034 0.153 22 E 0.024 0.784 0.002 0.004 0.004 0.008 0.018 0.005 0.001 0.038 0.113 23 L 0.013 0.924 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.005 0.001 0.005 0.040 24 H 0.040 0.811 0.004 0.001 0.004 0.008 0.009 0.006 0.001 0.054 0.063 25 E 0.090 0.560 0.022 0.003 0.011 0.019 0.023 0.006 0.004 0.112 0.150 26 K 0.185 0.376 0.019 0.009 0.013 0.022 0.056 0.013 0.007 0.083 0.217 27 L 0.120 0.060 0.117 0.015 0.013 0.027 0.064 0.054 0.071 0.167 0.291 28 V 0.405 0.033 0.011 0.015 0.018 0.024 0.059 0.007 0.007 0.025 0.396 29 G 0.040 0.012 0.002 0.007 0.011 0.020 0.048 0.002 0.001 0.010 0.848 30 M 0.011 0.003 0.001 0.015 0.026 0.029 0.103 0.001 0.001 0.024 0.786 31 G 0.011 0.002 0.006 0.064 0.108 0.178 0.135 0.001 0.002 0.055 0.439 32 F 0.009 0.001 0.001 0.011 0.027 0.036 0.092 0.001 0.001 0.017 0.806 33 V 0.439 0.001 0.001 0.066 0.029 0.026 0.059 0.003 0.001 0.080 0.295 34 P 0.014 0.001 0.001 0.029 0.007 0.015 0.114 0.001 0.001 0.025 0.792 35 G 0.007 0.001 0.001 0.046 0.009 0.021 0.094 0.001 0.001 0.019 0.802 36 E 0.003 0.003 0.001 0.163 0.201 0.194 0.091 0.001 0.001 0.023 0.322 37 E 0.002 0.012 0.001 0.202 0.096 0.207 0.061 0.001 0.001 0.040 0.378 38 I 0.002 0.009 0.001 0.117 0.349 0.256 0.031 0.001 0.001 0.057 0.178 39 E 0.007 0.030 0.001 0.340 0.196 0.294 0.014 0.001 0.001 0.033 0.083 40 I 0.017 0.021 0.001 0.121 0.194 0.338 0.040 0.004 0.001 0.049 0.214 41 V 0.100 0.009 0.002 0.130 0.180 0.231 0.056 0.003 0.001 0.075 0.214 42 Q 0.013 0.010 0.002 0.169 0.158 0.262 0.062 0.001 0.001 0.030 0.293 43 V 0.032 0.009 0.008 0.024 0.034 0.058 0.085 0.003 0.002 0.043 0.702 44 A 0.321 0.005 0.008 0.032 0.134 0.085 0.087 0.008 0.003 0.086 0.230 45 P 0.192 0.002 0.002 0.009 0.009 0.015 0.088 0.002 0.001 0.034 0.647 46 L 0.005 0.001 0.001 0.017 0.020 0.043 0.170 0.001 0.001 0.022 0.720 47 G 0.012 0.004 0.001 0.021 0.007 0.019 0.116 0.001 0.001 0.020 0.800 48 D 0.082 0.009 0.001 0.061 0.108 0.117 0.131 0.003 0.001 0.084 0.402 49 P 0.003 0.006 0.001 0.063 0.043 0.088 0.152 0.001 0.001 0.043 0.602 50 I 0.003 0.004 0.001 0.276 0.162 0.370 0.032 0.001 0.001 0.034 0.118 51 V 0.005 0.005 0.001 0.341 0.113 0.274 0.032 0.001 0.001 0.055 0.174 52 C 0.001 0.001 0.001 0.273 0.287 0.233 0.034 0.001 0.001 0.029 0.140 53 K 0.050 0.005 0.004 0.113 0.242 0.319 0.030 0.002 0.001 0.067 0.168 54 I 0.312 0.007 0.001 0.084 0.053 0.072 0.083 0.003 0.001 0.113 0.272 55 G 0.016 0.010 0.001 0.056 0.037 0.084 0.152 0.002 0.001 0.033 0.609 56 N 0.005 0.005 0.001 0.044 0.054 0.131 0.119 0.001 0.001 0.102 0.538 57 R 0.003 0.015 0.001 0.099 0.363 0.203 0.054 0.001 0.001 0.060 0.202 58 N 0.011 0.168 0.001 0.072 0.198 0.233 0.034 0.005 0.001 0.096 0.182 59 I 0.026 0.211 0.001 0.080 0.164 0.172 0.035 0.007 0.001 0.069 0.235 60 T 0.031 0.126 0.003 0.083 0.135 0.239 0.039 0.002 0.001 0.134 0.208 61 L 0.004 0.068 0.005 0.078 0.158 0.222 0.061 0.001 0.001 0.071 0.331 62 R 0.149 0.466 0.005 0.014 0.035 0.039 0.044 0.015 0.001 0.049 0.182 63 K 0.388 0.356 0.006 0.003 0.011 0.011 0.030 0.009 0.002 0.067 0.116 64 R 0.043 0.383 0.016 0.004 0.007 0.021 0.064 0.007 0.003 0.061 0.390 65 E 0.127 0.332 0.018 0.014 0.017 0.076 0.065 0.010 0.002 0.050 0.288 66 A 0.112 0.078 0.012 0.028 0.029 0.071 0.094 0.012 0.006 0.082 0.476 67 D 0.027 0.035 0.004 0.035 0.169 0.264 0.054 0.002 0.001 0.032 0.378 68 L 0.014 0.022 0.002 0.075 0.093 0.256 0.057 0.001 0.001 0.053 0.427 69 I 0.005 0.007 0.001 0.107 0.333 0.175 0.060 0.001 0.001 0.026 0.285 70 E 0.007 0.008 0.001 0.195 0.277 0.372 0.019 0.001 0.001 0.021 0.098 71 V 0.028 0.004 0.002 0.122 0.140 0.124 0.057 0.001 0.001 0.038 0.483 72 E 0.011 0.001 0.001 0.096 0.358 0.268 0.053 0.001 0.001 0.019 0.192 73 V 0.061 0.003 0.001 0.053 0.033 0.074 0.066 0.001 0.001 0.025 0.683 74 V 0.033 0.001 0.001 0.025 0.043 0.035 0.134 0.001 0.001 0.016 0.711 75 G 0.030 0.005 0.001 0.022 0.024 0.036 0.091 0.002 0.001 0.019 0.770