# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.5981 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.027 0.046 0.049 0.117 0.165 0.101 0.082 0.413 2 K 0.160 0.061 0.033 0.113 0.136 0.080 0.095 0.322 3 L 0.206 0.024 0.018 0.061 0.102 0.069 0.084 0.437 4 S 0.048 0.007 0.018 0.052 0.084 0.102 0.045 0.645 5 R 0.008 0.001 0.022 0.069 0.142 0.094 0.030 0.635 6 L 0.048 0.001 0.012 0.034 0.036 0.089 0.025 0.755 7 V 0.590 0.002 0.003 0.009 0.006 0.037 0.106 0.248 8 P 0.011 0.001 0.004 0.003 0.009 0.091 0.008 0.874 9 G 0.014 0.001 0.014 0.011 0.022 0.090 0.017 0.832 10 V 0.003 0.002 0.068 0.258 0.226 0.075 0.040 0.329 11 P 0.004 0.003 0.152 0.084 0.173 0.053 0.081 0.451 12 A 0.002 0.003 0.097 0.374 0.320 0.024 0.026 0.154 13 R 0.004 0.003 0.287 0.244 0.265 0.021 0.040 0.135 14 I 0.018 0.004 0.138 0.291 0.244 0.040 0.042 0.223 15 K 0.021 0.007 0.168 0.204 0.272 0.052 0.032 0.243 16 R 0.032 0.006 0.082 0.074 0.185 0.092 0.053 0.476 17 L 0.031 0.005 0.059 0.100 0.087 0.114 0.042 0.561 18 E 0.055 0.022 0.049 0.048 0.058 0.117 0.041 0.611 19 V 0.083 0.094 0.013 0.011 0.019 0.096 0.057 0.626 20 S 0.097 0.334 0.005 0.006 0.008 0.067 0.078 0.405 21 G 0.060 0.562 0.005 0.007 0.010 0.045 0.061 0.250 22 E 0.024 0.675 0.010 0.011 0.013 0.035 0.084 0.149 23 L 0.013 0.909 0.004 0.003 0.005 0.009 0.011 0.046 24 H 0.034 0.908 0.003 0.002 0.004 0.006 0.010 0.032 25 E 0.039 0.841 0.008 0.004 0.007 0.012 0.025 0.065 26 K 0.098 0.571 0.028 0.016 0.026 0.038 0.070 0.154 27 L 0.177 0.128 0.096 0.017 0.024 0.063 0.246 0.249 28 V 0.351 0.044 0.028 0.021 0.022 0.104 0.074 0.355 29 G 0.042 0.010 0.010 0.009 0.029 0.083 0.031 0.787 30 M 0.020 0.006 0.023 0.012 0.018 0.162 0.034 0.725 31 G 0.007 0.002 0.090 0.114 0.214 0.113 0.046 0.415 32 F 0.019 0.001 0.023 0.028 0.037 0.086 0.027 0.779 33 V 0.520 0.004 0.022 0.019 0.012 0.064 0.110 0.249 34 P 0.032 0.006 0.021 0.006 0.023 0.117 0.038 0.757 35 G 0.044 0.002 0.020 0.009 0.028 0.125 0.028 0.744 36 E 0.002 0.002 0.077 0.338 0.331 0.044 0.023 0.184 37 E 0.002 0.004 0.106 0.098 0.284 0.049 0.074 0.382 38 I 0.004 0.003 0.070 0.420 0.252 0.037 0.044 0.170 39 E 0.002 0.002 0.164 0.368 0.371 0.011 0.022 0.060 40 I 0.010 0.002 0.075 0.273 0.363 0.031 0.040 0.206 41 V 0.033 0.002 0.121 0.381 0.254 0.038 0.028 0.143 42 Q 0.009 0.003 0.104 0.110 0.380 0.054 0.021 0.319 43 V 0.023 0.003 0.051 0.110 0.109 0.108 0.035 0.560 44 A 0.072 0.004 0.076 0.160 0.141 0.104 0.034 0.409 45 P 0.170 0.003 0.014 0.012 0.024 0.097 0.063 0.616 46 L 0.063 0.003 0.012 0.023 0.037 0.171 0.038 0.653 47 G 0.007 0.003 0.011 0.011 0.028 0.143 0.016 0.781 48 D 0.018 0.008 0.039 0.085 0.137 0.150 0.132 0.432 49 P 0.005 0.005 0.080 0.115 0.345 0.076 0.071 0.303 50 I 0.002 0.003 0.088 0.311 0.411 0.024 0.034 0.127 51 V 0.003 0.002 0.158 0.230 0.367 0.023 0.080 0.138 52 C 0.003 0.001 0.187 0.428 0.256 0.020 0.030 0.076 53 K 0.005 0.001 0.214 0.202 0.378 0.031 0.023 0.147 54 I 0.167 0.004 0.080 0.154 0.115 0.090 0.083 0.307 55 G 0.107 0.022 0.041 0.037 0.067 0.146 0.081 0.499 56 N 0.027 0.015 0.023 0.027 0.118 0.122 0.070 0.597 57 R 0.005 0.027 0.034 0.233 0.414 0.054 0.057 0.176 58 N 0.010 0.105 0.047 0.221 0.311 0.039 0.085 0.183 59 I 0.010 0.104 0.038 0.284 0.262 0.027 0.137 0.137 60 T 0.023 0.180 0.039 0.206 0.288 0.027 0.111 0.127 61 L 0.030 0.202 0.055 0.189 0.226 0.038 0.085 0.174 62 R 0.062 0.402 0.029 0.095 0.140 0.034 0.055 0.183 63 K 0.192 0.208 0.025 0.045 0.059 0.065 0.100 0.306 64 R 0.098 0.168 0.023 0.034 0.039 0.092 0.114 0.432 65 E 0.091 0.130 0.020 0.026 0.065 0.103 0.116 0.449 66 A 0.056 0.045 0.021 0.015 0.031 0.117 0.082 0.633 67 D 0.020 0.044 0.079 0.138 0.184 0.095 0.089 0.351 68 L 0.014 0.023 0.055 0.036 0.115 0.062 0.075 0.620 69 I 0.010 0.019 0.130 0.313 0.158 0.058 0.038 0.275 70 E 0.013 0.017 0.232 0.106 0.240 0.046 0.065 0.280 71 V 0.034 0.007 0.128 0.123 0.096 0.083 0.053 0.477 72 E 0.020 0.003 0.337 0.112 0.192 0.052 0.026 0.258 73 V 0.035 0.002 0.076 0.039 0.077 0.088 0.043 0.640 74 V 0.045 0.002 0.061 0.022 0.024 0.135 0.056 0.654 75 G 0.028 0.005 0.044 0.011 0.022 0.125 0.047 0.718