# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.5981 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.453 0.093 0.075 0.091 0.077 0.052 0.068 0.047 0.024 0.014 0.007 2 K 0.108 0.153 0.096 0.229 0.149 0.092 0.097 0.042 0.021 0.009 0.004 3 L 0.008 0.008 0.010 0.016 0.028 0.041 0.099 0.127 0.219 0.220 0.224 4 S 0.113 0.127 0.148 0.239 0.183 0.073 0.061 0.032 0.014 0.007 0.003 5 R 0.108 0.136 0.223 0.292 0.132 0.045 0.034 0.017 0.007 0.004 0.002 6 L 0.008 0.006 0.007 0.011 0.020 0.051 0.118 0.119 0.213 0.246 0.200 7 V 0.082 0.355 0.092 0.201 0.121 0.058 0.044 0.023 0.013 0.008 0.003 8 P 0.296 0.210 0.107 0.165 0.093 0.050 0.040 0.022 0.010 0.005 0.003 9 G 0.726 0.129 0.025 0.049 0.026 0.015 0.014 0.008 0.004 0.003 0.001 10 V 0.122 0.133 0.030 0.114 0.094 0.120 0.169 0.106 0.065 0.034 0.013 11 P 0.167 0.188 0.069 0.234 0.164 0.088 0.048 0.024 0.010 0.005 0.003 12 A 0.030 0.011 0.018 0.021 0.032 0.060 0.130 0.151 0.198 0.182 0.168 13 R 0.031 0.139 0.085 0.349 0.220 0.082 0.057 0.023 0.009 0.003 0.002 14 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.009 0.024 0.052 0.161 0.268 0.473 15 K 0.034 0.082 0.106 0.277 0.262 0.108 0.068 0.038 0.014 0.008 0.004 16 R 0.055 0.127 0.139 0.269 0.147 0.095 0.083 0.043 0.023 0.013 0.005 17 L 0.014 0.006 0.007 0.016 0.029 0.065 0.127 0.134 0.196 0.188 0.218 18 E 0.218 0.299 0.082 0.203 0.101 0.036 0.032 0.015 0.008 0.004 0.002 19 V 0.022 0.038 0.027 0.046 0.062 0.095 0.154 0.126 0.156 0.148 0.124 20 S 0.228 0.380 0.066 0.138 0.090 0.044 0.032 0.013 0.006 0.003 0.002 21 G 0.761 0.082 0.026 0.055 0.027 0.017 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 22 E 0.457 0.193 0.055 0.151 0.073 0.032 0.022 0.010 0.004 0.002 0.001 23 L 0.004 0.011 0.008 0.020 0.033 0.051 0.110 0.138 0.233 0.221 0.171 24 H 0.009 0.020 0.035 0.108 0.195 0.221 0.204 0.111 0.052 0.033 0.012 25 E 0.019 0.051 0.552 0.217 0.077 0.039 0.023 0.013 0.005 0.003 0.001 26 K 0.004 0.010 0.033 0.085 0.109 0.255 0.296 0.110 0.058 0.029 0.011 27 L 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.008 0.026 0.060 0.189 0.291 0.414 28 V 0.007 0.014 0.053 0.085 0.153 0.179 0.202 0.127 0.093 0.059 0.028 29 G 0.058 0.091 0.326 0.225 0.118 0.062 0.059 0.029 0.017 0.011 0.005 30 M 0.009 0.007 0.010 0.018 0.030 0.078 0.157 0.160 0.208 0.186 0.140 31 G 0.106 0.091 0.028 0.105 0.109 0.096 0.143 0.120 0.099 0.060 0.043 32 F 0.018 0.016 0.021 0.039 0.058 0.061 0.119 0.147 0.175 0.159 0.188 33 V 0.051 0.077 0.053 0.104 0.145 0.121 0.156 0.109 0.080 0.060 0.044 34 P 0.256 0.360 0.057 0.147 0.070 0.037 0.038 0.017 0.010 0.005 0.003 35 G 0.533 0.107 0.020 0.079 0.064 0.051 0.054 0.034 0.025 0.019 0.014 36 E 0.401 0.217 0.042 0.124 0.070 0.048 0.046 0.027 0.014 0.008 0.003 37 E 0.081 0.167 0.057 0.250 0.165 0.111 0.087 0.042 0.023 0.011 0.006 38 I 0.006 0.004 0.005 0.006 0.011 0.028 0.063 0.087 0.207 0.247 0.336 39 E 0.049 0.170 0.134 0.346 0.192 0.059 0.028 0.013 0.006 0.002 0.001 40 I 0.005 0.005 0.016 0.019 0.030 0.036 0.078 0.121 0.204 0.229 0.255 41 V 0.012 0.021 0.025 0.090 0.140 0.141 0.165 0.142 0.115 0.090 0.059 42 Q 0.075 0.100 0.127 0.208 0.126 0.094 0.106 0.072 0.050 0.030 0.012 43 V 0.039 0.047 0.062 0.138 0.136 0.159 0.164 0.104 0.069 0.049 0.032 44 A 0.034 0.030 0.025 0.053 0.062 0.076 0.148 0.156 0.174 0.137 0.105 45 P 0.181 0.179 0.075 0.144 0.105 0.076 0.089 0.057 0.044 0.031 0.020 46 L 0.059 0.049 0.038 0.094 0.109 0.111 0.151 0.118 0.118 0.082 0.072 47 G 0.507 0.166 0.043 0.097 0.058 0.036 0.038 0.023 0.016 0.011 0.006 48 D 0.036 0.049 0.026 0.103 0.111 0.134 0.190 0.128 0.109 0.068 0.046 49 P 0.048 0.050 0.032 0.095 0.120 0.113 0.128 0.128 0.112 0.097 0.076 50 I 0.016 0.021 0.021 0.054 0.071 0.105 0.190 0.166 0.166 0.123 0.067 51 V 0.026 0.049 0.049 0.183 0.178 0.141 0.146 0.092 0.067 0.043 0.027 52 C 0.002 0.001 0.003 0.004 0.007 0.013 0.037 0.066 0.200 0.284 0.383 53 K 0.023 0.069 0.061 0.277 0.280 0.109 0.090 0.048 0.025 0.011 0.008 54 I 0.002 0.003 0.006 0.005 0.010 0.014 0.041 0.066 0.178 0.272 0.402 55 G 0.045 0.120 0.068 0.250 0.234 0.115 0.086 0.040 0.022 0.012 0.008 56 N 0.288 0.159 0.081 0.139 0.079 0.069 0.076 0.043 0.032 0.022 0.011 57 R 0.069 0.068 0.042 0.132 0.129 0.157 0.177 0.101 0.066 0.038 0.022 58 N 0.079 0.133 0.062 0.168 0.130 0.119 0.139 0.077 0.051 0.029 0.013 59 I 0.010 0.007 0.014 0.022 0.032 0.071 0.131 0.132 0.207 0.193 0.182 60 T 0.039 0.074 0.105 0.209 0.199 0.130 0.122 0.058 0.035 0.018 0.012 61 L 0.003 0.002 0.008 0.009 0.020 0.026 0.067 0.113 0.208 0.241 0.303 62 R 0.007 0.056 0.087 0.133 0.172 0.130 0.166 0.106 0.070 0.049 0.024 63 K 0.041 0.048 0.124 0.179 0.167 0.153 0.158 0.065 0.039 0.018 0.008 64 R 0.527 0.134 0.157 0.106 0.039 0.016 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 65 E 0.035 0.096 0.098 0.206 0.161 0.109 0.166 0.078 0.033 0.014 0.006 66 A 0.018 0.010 0.021 0.026 0.045 0.073 0.164 0.168 0.171 0.188 0.117 67 D 0.029 0.133 0.550 0.190 0.061 0.022 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 68 L 0.019 0.032 0.251 0.188 0.178 0.117 0.116 0.062 0.021 0.010 0.006 69 I 0.016 0.009 0.022 0.016 0.022 0.041 0.112 0.144 0.214 0.215 0.190 70 E 0.044 0.158 0.187 0.307 0.171 0.054 0.043 0.021 0.009 0.003 0.002 71 V 0.015 0.005 0.031 0.020 0.038 0.037 0.105 0.169 0.170 0.198 0.211 72 E 0.084 0.145 0.236 0.238 0.141 0.067 0.047 0.023 0.012 0.006 0.003 73 V 0.064 0.093 0.089 0.130 0.129 0.111 0.185 0.112 0.050 0.024 0.012 74 V 0.103 0.081 0.060 0.090 0.094 0.088 0.134 0.118 0.101 0.075 0.056 75 G 0.514 0.208 0.061 0.092 0.044 0.025 0.029 0.012 0.008 0.004 0.002