# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.5981 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.032 0.021 0.011 0.168 0.116 0.125 0.020 0.002 0.001 0.004 0.501 2 K 0.010 0.008 0.004 0.075 0.085 0.197 0.044 0.002 0.001 0.002 0.572 3 L 0.035 0.014 0.008 0.146 0.115 0.336 0.042 0.001 0.001 0.003 0.301 4 S 0.010 0.028 0.001 0.099 0.197 0.216 0.080 0.001 0.001 0.004 0.363 5 R 0.088 0.017 0.003 0.039 0.080 0.159 0.240 0.007 0.001 0.012 0.353 6 L 0.421 0.044 0.002 0.077 0.068 0.141 0.034 0.002 0.001 0.003 0.207 7 V 0.044 0.031 0.004 0.036 0.132 0.118 0.249 0.005 0.001 0.009 0.371 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 9 G 0.022 0.003 0.001 0.033 0.066 0.207 0.092 0.003 0.001 0.018 0.555 10 V 0.782 0.001 0.013 0.012 0.015 0.011 0.064 0.001 0.001 0.010 0.093 11 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 12 A 0.003 0.001 0.001 0.081 0.294 0.575 0.012 0.001 0.001 0.003 0.031 13 R 0.007 0.002 0.001 0.313 0.131 0.246 0.046 0.001 0.001 0.001 0.253 14 I 0.004 0.001 0.001 0.185 0.270 0.433 0.010 0.001 0.001 0.001 0.097 15 K 0.001 0.002 0.001 0.442 0.174 0.317 0.017 0.001 0.001 0.002 0.045 16 R 0.005 0.002 0.001 0.110 0.143 0.207 0.064 0.001 0.001 0.001 0.467 17 L 0.018 0.002 0.001 0.290 0.129 0.293 0.042 0.001 0.001 0.002 0.224 18 E 0.011 0.003 0.001 0.074 0.099 0.171 0.102 0.001 0.001 0.009 0.528 19 V 0.036 0.007 0.006 0.062 0.046 0.098 0.110 0.001 0.001 0.008 0.626 20 S 0.031 0.011 0.002 0.026 0.017 0.047 0.126 0.001 0.001 0.005 0.733 21 G 0.042 0.006 0.002 0.005 0.005 0.010 0.053 0.001 0.001 0.010 0.866 22 E 0.087 0.033 0.007 0.007 0.005 0.006 0.301 0.001 0.001 0.006 0.547 23 L 0.042 0.103 0.006 0.010 0.005 0.016 0.229 0.001 0.001 0.005 0.583 24 H 0.059 0.406 0.003 0.021 0.014 0.039 0.127 0.003 0.001 0.004 0.323 25 E 0.056 0.627 0.003 0.006 0.015 0.017 0.049 0.002 0.001 0.002 0.224 26 K 0.044 0.830 0.003 0.003 0.007 0.006 0.022 0.002 0.001 0.001 0.082 27 L 0.032 0.913 0.003 0.002 0.008 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.027 28 V 0.010 0.948 0.001 0.002 0.002 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 0.027 29 G 0.070 0.735 0.003 0.003 0.003 0.006 0.037 0.067 0.001 0.001 0.075 30 M 0.292 0.561 0.013 0.004 0.003 0.004 0.004 0.074 0.001 0.003 0.042 31 G 0.452 0.145 0.048 0.015 0.018 0.017 0.021 0.113 0.001 0.004 0.165 32 F 0.039 0.028 0.628 0.018 0.010 0.018 0.028 0.008 0.001 0.003 0.219 33 V 0.036 0.028 0.019 0.153 0.135 0.125 0.124 0.003 0.001 0.005 0.373 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 35 G 0.016 0.003 0.001 0.074 0.069 0.134 0.068 0.001 0.001 0.011 0.623 36 E 0.639 0.001 0.010 0.029 0.028 0.021 0.072 0.001 0.001 0.010 0.190 37 E 0.021 0.002 0.001 0.062 0.027 0.039 0.067 0.001 0.001 0.002 0.779 38 I 0.016 0.001 0.001 0.075 0.332 0.458 0.014 0.001 0.001 0.002 0.101 39 E 0.002 0.002 0.001 0.130 0.322 0.404 0.035 0.001 0.001 0.002 0.102 40 I 0.004 0.001 0.001 0.079 0.239 0.326 0.016 0.001 0.001 0.001 0.335 41 V 0.002 0.002 0.001 0.169 0.252 0.502 0.014 0.001 0.001 0.001 0.059 42 Q 0.006 0.004 0.001 0.117 0.309 0.338 0.038 0.001 0.001 0.003 0.184 43 V 0.026 0.005 0.001 0.079 0.195 0.410 0.029 0.001 0.001 0.002 0.252 44 A 0.023 0.007 0.001 0.078 0.204 0.373 0.069 0.001 0.001 0.003 0.241 45 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 46 L 0.016 0.003 0.001 0.027 0.037 0.179 0.071 0.001 0.001 0.005 0.660 47 G 0.240 0.003 0.003 0.014 0.021 0.039 0.063 0.004 0.001 0.024 0.587 48 D 0.505 0.002 0.027 0.012 0.021 0.021 0.087 0.001 0.001 0.009 0.315 49 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 50 I 0.005 0.001 0.001 0.063 0.270 0.544 0.029 0.001 0.001 0.004 0.084 51 V 0.042 0.004 0.001 0.137 0.148 0.256 0.043 0.001 0.001 0.002 0.367 52 C 0.011 0.002 0.001 0.100 0.399 0.422 0.005 0.001 0.001 0.001 0.061 53 K 0.004 0.004 0.001 0.120 0.301 0.392 0.030 0.001 0.001 0.002 0.146 54 I 0.011 0.004 0.001 0.124 0.312 0.396 0.027 0.001 0.001 0.001 0.125 55 G 0.003 0.003 0.001 0.099 0.131 0.323 0.124 0.001 0.001 0.006 0.311 56 N 0.046 0.001 0.003 0.036 0.046 0.101 0.083 0.001 0.001 0.044 0.639 57 R 0.184 0.003 0.013 0.069 0.058 0.068 0.209 0.001 0.001 0.018 0.377 58 N 0.015 0.004 0.006 0.061 0.120 0.196 0.192 0.001 0.001 0.017 0.389 59 I 0.011 0.008 0.003 0.077 0.270 0.448 0.043 0.001 0.001 0.004 0.138 60 T 0.011 0.020 0.001 0.067 0.220 0.425 0.038 0.001 0.001 0.001 0.217 61 L 0.017 0.033 0.001 0.078 0.280 0.327 0.047 0.001 0.001 0.002 0.215 62 R 0.025 0.050 0.001 0.038 0.105 0.322 0.082 0.002 0.001 0.002 0.373 63 K 0.036 0.100 0.002 0.043 0.133 0.232 0.085 0.002 0.001 0.004 0.361 64 R 0.025 0.180 0.001 0.012 0.063 0.091 0.079 0.004 0.001 0.005 0.540 65 E 0.137 0.119 0.004 0.014 0.028 0.110 0.184 0.014 0.001 0.009 0.381 66 A 0.227 0.346 0.010 0.016 0.047 0.074 0.043 0.014 0.001 0.007 0.216 67 D 0.157 0.162 0.019 0.029 0.204 0.226 0.037 0.011 0.001 0.005 0.151 68 L 0.069 0.159 0.057 0.066 0.053 0.077 0.026 0.014 0.001 0.004 0.473 69 I 0.047 0.022 0.004 0.144 0.375 0.275 0.008 0.001 0.001 0.001 0.124 70 E 0.008 0.021 0.005 0.268 0.136 0.270 0.037 0.005 0.001 0.006 0.244 71 V 0.011 0.008 0.002 0.161 0.254 0.351 0.012 0.001 0.001 0.001 0.200 72 E 0.001 0.005 0.001 0.359 0.188 0.350 0.020 0.001 0.001 0.003 0.074 73 V 0.005 0.003 0.001 0.066 0.053 0.094 0.032 0.001 0.001 0.002 0.745 74 V 0.021 0.004 0.001 0.173 0.148 0.376 0.054 0.001 0.001 0.002 0.222 75 G 0.020 0.007 0.002 0.062 0.087 0.153 0.113 0.001 0.001 0.016 0.539