# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.5981 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.089 0.034 0.024 0.026 0.027 0.064 0.008 0.728 2 K 0.034 0.022 0.018 0.035 0.047 0.109 0.008 0.728 3 L 0.072 0.051 0.057 0.066 0.193 0.060 0.008 0.494 4 S 0.034 0.072 0.026 0.082 0.074 0.279 0.009 0.425 5 R 0.266 0.053 0.019 0.043 0.052 0.094 0.043 0.429 6 L 0.278 0.258 0.042 0.030 0.065 0.045 0.023 0.258 7 V 0.139 0.061 0.057 0.093 0.091 0.136 0.014 0.408 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 9 G 0.028 0.004 0.046 0.041 0.129 0.079 0.011 0.662 10 V 0.487 0.004 0.034 0.077 0.047 0.042 0.012 0.298 11 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 12 A 0.006 0.001 0.117 0.288 0.423 0.023 0.001 0.141 13 R 0.017 0.001 0.356 0.164 0.274 0.044 0.002 0.142 14 I 0.003 0.001 0.228 0.244 0.273 0.016 0.001 0.234 15 K 0.001 0.001 0.357 0.251 0.365 0.007 0.001 0.020 16 R 0.004 0.002 0.123 0.125 0.120 0.055 0.002 0.569 17 L 0.006 0.002 0.286 0.128 0.349 0.048 0.003 0.178 18 E 0.010 0.005 0.109 0.096 0.163 0.168 0.006 0.444 19 V 0.040 0.007 0.055 0.034 0.082 0.129 0.011 0.641 20 S 0.044 0.009 0.019 0.013 0.042 0.164 0.007 0.702 21 G 0.029 0.007 0.007 0.004 0.012 0.062 0.005 0.874 22 E 0.058 0.023 0.006 0.004 0.007 0.333 0.005 0.564 23 L 0.099 0.083 0.009 0.006 0.011 0.387 0.007 0.400 24 H 0.063 0.480 0.013 0.009 0.036 0.070 0.004 0.325 25 E 0.020 0.691 0.005 0.003 0.013 0.039 0.003 0.227 26 K 0.025 0.811 0.003 0.003 0.006 0.015 0.005 0.132 27 L 0.016 0.952 0.001 0.002 0.003 0.004 0.003 0.019 28 V 0.037 0.885 0.010 0.011 0.008 0.007 0.008 0.032 29 G 0.077 0.732 0.023 0.008 0.013 0.009 0.059 0.079 30 M 0.448 0.271 0.026 0.011 0.011 0.011 0.130 0.092 31 G 0.456 0.046 0.052 0.040 0.020 0.030 0.126 0.229 32 F 0.026 0.014 0.475 0.084 0.048 0.047 0.010 0.296 33 V 0.021 0.005 0.175 0.257 0.187 0.134 0.003 0.218 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 35 G 0.006 0.001 0.061 0.034 0.119 0.112 0.004 0.663 36 E 0.396 0.001 0.053 0.065 0.045 0.059 0.017 0.363 37 E 0.029 0.001 0.020 0.025 0.027 0.057 0.002 0.838 38 I 0.004 0.001 0.044 0.330 0.493 0.011 0.001 0.118 39 E 0.002 0.001 0.107 0.361 0.448 0.018 0.001 0.063 40 I 0.003 0.001 0.065 0.229 0.261 0.029 0.001 0.412 41 V 0.001 0.001 0.121 0.273 0.570 0.004 0.001 0.030 42 Q 0.003 0.001 0.074 0.325 0.313 0.023 0.002 0.259 43 V 0.007 0.001 0.089 0.179 0.427 0.024 0.004 0.268 44 A 0.011 0.002 0.096 0.295 0.378 0.048 0.002 0.168 45 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 46 L 0.019 0.001 0.036 0.061 0.350 0.100 0.004 0.428 47 G 0.088 0.003 0.020 0.018 0.031 0.161 0.021 0.658 48 D 0.554 0.002 0.014 0.042 0.031 0.079 0.017 0.261 49 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 50 I 0.020 0.001 0.082 0.259 0.225 0.251 0.002 0.161 51 V 0.030 0.002 0.172 0.144 0.413 0.051 0.002 0.186 52 C 0.005 0.002 0.107 0.446 0.390 0.005 0.001 0.044 53 K 0.003 0.002 0.251 0.209 0.421 0.016 0.001 0.097 54 I 0.005 0.004 0.153 0.348 0.338 0.033 0.002 0.117 55 G 0.003 0.004 0.084 0.234 0.388 0.076 0.004 0.207 56 N 0.026 0.005 0.057 0.098 0.209 0.127 0.023 0.455 57 R 0.201 0.007 0.067 0.098 0.120 0.174 0.034 0.299 58 N 0.050 0.008 0.073 0.103 0.154 0.222 0.009 0.382 59 I 0.015 0.009 0.079 0.231 0.319 0.100 0.003 0.244 60 T 0.010 0.009 0.082 0.183 0.483 0.060 0.002 0.172 61 L 0.028 0.032 0.082 0.189 0.304 0.067 0.004 0.294 62 R 0.022 0.057 0.055 0.154 0.322 0.086 0.006 0.298 63 K 0.025 0.081 0.041 0.082 0.245 0.050 0.007 0.470 64 R 0.016 0.058 0.014 0.029 0.057 0.198 0.013 0.614 65 E 0.259 0.071 0.014 0.033 0.057 0.232 0.047 0.288 66 A 0.171 0.372 0.029 0.047 0.067 0.056 0.014 0.243 67 D 0.066 0.153 0.053 0.213 0.225 0.077 0.015 0.197 68 L 0.069 0.107 0.088 0.073 0.143 0.063 0.019 0.439 69 I 0.035 0.041 0.121 0.348 0.325 0.011 0.009 0.110 70 E 0.014 0.013 0.169 0.291 0.399 0.018 0.006 0.090 71 V 0.005 0.007 0.183 0.313 0.305 0.010 0.003 0.174 72 E 0.002 0.001 0.183 0.337 0.436 0.008 0.001 0.031 73 V 0.002 0.002 0.010 0.048 0.032 0.016 0.002 0.889 74 V 0.005 0.002 0.136 0.104 0.615 0.019 0.002 0.118 75 G 0.012 0.008 0.039 0.081 0.097 0.101 0.005 0.657