# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.5981 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.086 0.189 0.194 0.055 0.194 0.033 0.116 0.070 0.025 0.039 0.001 2 K 0.051 0.449 0.376 0.022 0.021 0.061 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 3 L 0.349 0.176 0.346 0.041 0.021 0.042 0.004 0.001 0.015 0.001 0.004 4 S 0.545 0.122 0.117 0.126 0.037 0.014 0.019 0.003 0.013 0.002 0.001 5 R 0.187 0.158 0.133 0.318 0.076 0.024 0.061 0.006 0.030 0.005 0.001 6 L 0.111 0.142 0.594 0.057 0.015 0.036 0.025 0.003 0.010 0.003 0.005 7 V 0.012 0.448 0.305 0.004 0.011 0.011 0.003 0.001 0.202 0.003 0.001 8 P 0.119 0.001 0.774 0.010 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.086 9 G 0.005 0.001 0.007 0.014 0.011 0.003 0.012 0.901 0.001 0.045 0.001 10 V 0.014 0.296 0.598 0.007 0.022 0.005 0.002 0.001 0.052 0.002 0.001 11 P 0.043 0.019 0.877 0.011 0.004 0.024 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 12 A 0.039 0.447 0.248 0.042 0.158 0.034 0.006 0.009 0.013 0.003 0.002 13 R 0.015 0.789 0.110 0.008 0.053 0.014 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 14 I 0.026 0.514 0.319 0.010 0.032 0.082 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 15 K 0.117 0.502 0.195 0.036 0.072 0.034 0.005 0.001 0.036 0.001 0.001 16 R 0.075 0.317 0.211 0.059 0.200 0.057 0.031 0.003 0.044 0.003 0.001 17 L 0.097 0.506 0.218 0.062 0.042 0.035 0.009 0.001 0.027 0.001 0.002 18 E 0.120 0.337 0.308 0.073 0.063 0.056 0.013 0.002 0.024 0.003 0.001 19 V 0.153 0.357 0.220 0.085 0.066 0.055 0.011 0.001 0.047 0.003 0.002 20 S 0.314 0.073 0.287 0.167 0.042 0.040 0.053 0.003 0.012 0.007 0.002 21 G 0.219 0.007 0.029 0.025 0.039 0.013 0.060 0.426 0.002 0.181 0.001 22 E 0.873 0.016 0.052 0.041 0.006 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 23 L 0.872 0.038 0.030 0.039 0.005 0.008 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 24 H 0.973 0.008 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.986 0.003 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 K 0.947 0.021 0.003 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 27 L 0.945 0.009 0.017 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 28 V 0.892 0.021 0.016 0.065 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 29 G 0.836 0.007 0.016 0.061 0.020 0.005 0.028 0.012 0.005 0.010 0.001 30 M 0.105 0.016 0.045 0.805 0.004 0.002 0.020 0.001 0.003 0.001 0.001 31 G 0.025 0.012 0.043 0.015 0.025 0.005 0.391 0.347 0.003 0.135 0.001 32 F 0.059 0.239 0.567 0.047 0.020 0.053 0.006 0.001 0.006 0.001 0.002 33 V 0.006 0.448 0.325 0.003 0.020 0.008 0.002 0.001 0.183 0.004 0.001 34 P 0.068 0.002 0.817 0.008 0.003 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.090 35 G 0.017 0.021 0.045 0.037 0.136 0.009 0.031 0.647 0.004 0.052 0.001 36 E 0.047 0.375 0.462 0.023 0.067 0.009 0.003 0.001 0.011 0.002 0.002 37 E 0.021 0.476 0.389 0.018 0.032 0.052 0.002 0.001 0.008 0.001 0.002 38 I 0.008 0.805 0.113 0.005 0.042 0.016 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 39 E 0.006 0.778 0.139 0.002 0.032 0.035 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 40 I 0.016 0.727 0.166 0.005 0.024 0.047 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 41 V 0.043 0.701 0.110 0.013 0.088 0.013 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 42 Q 0.051 0.495 0.198 0.020 0.157 0.031 0.012 0.001 0.033 0.001 0.001 43 V 0.085 0.487 0.259 0.067 0.035 0.037 0.008 0.001 0.015 0.001 0.004 44 A 0.019 0.227 0.391 0.004 0.121 0.007 0.004 0.001 0.197 0.028 0.001 45 P 0.278 0.007 0.543 0.016 0.003 0.014 0.001 0.001 0.004 0.002 0.130 46 L 0.149 0.062 0.393 0.257 0.020 0.016 0.082 0.009 0.009 0.003 0.001 47 G 0.004 0.003 0.012 0.009 0.016 0.002 0.028 0.804 0.001 0.122 0.001 48 D 0.007 0.284 0.563 0.011 0.056 0.008 0.007 0.001 0.062 0.002 0.001 49 P 0.021 0.067 0.816 0.012 0.014 0.029 0.002 0.001 0.006 0.001 0.031 50 I 0.009 0.753 0.130 0.013 0.076 0.010 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 51 V 0.002 0.861 0.082 0.002 0.034 0.012 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 52 C 0.002 0.837 0.081 0.001 0.051 0.018 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 53 K 0.002 0.768 0.146 0.001 0.018 0.054 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 54 I 0.013 0.640 0.233 0.010 0.031 0.050 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 55 G 0.042 0.103 0.125 0.056 0.219 0.029 0.184 0.085 0.017 0.139 0.001 56 N 0.029 0.063 0.073 0.088 0.235 0.023 0.222 0.174 0.014 0.078 0.001 57 R 0.055 0.473 0.300 0.052 0.075 0.012 0.011 0.002 0.017 0.002 0.001 58 N 0.046 0.513 0.288 0.022 0.068 0.040 0.006 0.001 0.012 0.001 0.003 59 I 0.027 0.781 0.128 0.009 0.033 0.014 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 60 T 0.046 0.678 0.161 0.010 0.056 0.028 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 61 L 0.054 0.476 0.253 0.021 0.105 0.053 0.003 0.001 0.034 0.001 0.001 62 R 0.067 0.364 0.389 0.017 0.052 0.054 0.006 0.001 0.047 0.002 0.001 63 K 0.685 0.039 0.187 0.029 0.020 0.017 0.009 0.001 0.007 0.004 0.003 64 R 0.737 0.023 0.057 0.108 0.023 0.015 0.023 0.006 0.004 0.004 0.001 65 E 0.387 0.087 0.061 0.392 0.013 0.022 0.018 0.003 0.018 0.001 0.001 66 A 0.529 0.126 0.158 0.073 0.023 0.011 0.061 0.006 0.009 0.003 0.001 67 D 0.496 0.113 0.067 0.212 0.027 0.014 0.059 0.003 0.007 0.002 0.001 68 L 0.148 0.327 0.104 0.267 0.087 0.016 0.029 0.001 0.020 0.001 0.001 69 I 0.009 0.851 0.098 0.005 0.019 0.007 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 70 E 0.007 0.505 0.324 0.003 0.006 0.149 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 71 V 0.010 0.812 0.106 0.004 0.022 0.016 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 72 E 0.018 0.469 0.348 0.005 0.071 0.031 0.002 0.001 0.053 0.001 0.001 73 V 0.046 0.240 0.558 0.015 0.034 0.072 0.006 0.001 0.023 0.001 0.007 74 V 0.070 0.518 0.273 0.039 0.051 0.016 0.008 0.001 0.020 0.001 0.001 75 G 0.044 0.126 0.160 0.048 0.338 0.036 0.055 0.069 0.024 0.099 0.001