# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.5981 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.061 0.421 0.154 0.020 0.236 0.015 0.014 0.031 0.011 0.019 0.017 2 K 0.161 0.245 0.046 0.008 0.319 0.008 0.016 0.064 0.024 0.044 0.066 3 L 0.202 0.056 0.015 0.008 0.162 0.013 0.028 0.159 0.203 0.067 0.086 4 S 0.019 0.074 0.039 0.038 0.056 0.111 0.165 0.278 0.158 0.042 0.020 5 R 0.117 0.125 0.057 0.007 0.243 0.007 0.058 0.168 0.064 0.121 0.034 6 L 0.191 0.208 0.115 0.004 0.268 0.007 0.032 0.037 0.033 0.060 0.045 7 V 0.028 0.291 0.457 0.069 0.057 0.039 0.009 0.020 0.008 0.008 0.015 8 P 0.011 0.271 0.071 0.075 0.024 0.083 0.342 0.061 0.049 0.009 0.005 9 G 0.011 0.003 0.008 0.043 0.005 0.008 0.003 0.004 0.009 0.805 0.102 10 V 0.016 0.611 0.195 0.009 0.137 0.005 0.006 0.004 0.005 0.008 0.005 11 P 0.356 0.078 0.010 0.005 0.479 0.005 0.011 0.004 0.005 0.012 0.034 12 A 0.098 0.324 0.034 0.003 0.524 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 13 R 0.237 0.028 0.001 0.001 0.726 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 14 I 0.514 0.022 0.002 0.001 0.416 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.040 15 K 0.184 0.130 0.027 0.029 0.426 0.075 0.040 0.007 0.004 0.008 0.070 16 R 0.353 0.059 0.012 0.003 0.499 0.002 0.002 0.003 0.002 0.018 0.048 17 L 0.158 0.187 0.033 0.006 0.431 0.010 0.017 0.028 0.030 0.034 0.065 18 E 0.174 0.160 0.103 0.028 0.239 0.027 0.043 0.050 0.019 0.061 0.096 19 V 0.074 0.181 0.112 0.102 0.091 0.071 0.046 0.130 0.047 0.090 0.057 20 S 0.021 0.152 0.136 0.193 0.038 0.068 0.083 0.180 0.064 0.047 0.017 21 G 0.012 0.020 0.026 0.053 0.013 0.024 0.020 0.412 0.235 0.154 0.030 22 E 0.024 0.071 0.018 0.003 0.050 0.004 0.014 0.623 0.112 0.068 0.013 23 L 0.023 0.024 0.003 0.001 0.024 0.002 0.011 0.766 0.102 0.033 0.012 24 H 0.010 0.008 0.002 0.002 0.011 0.003 0.010 0.855 0.079 0.013 0.007 25 E 0.006 0.006 0.002 0.001 0.008 0.002 0.007 0.871 0.089 0.007 0.001 26 K 0.004 0.009 0.001 0.001 0.006 0.001 0.007 0.896 0.052 0.022 0.002 27 L 0.013 0.008 0.002 0.001 0.010 0.001 0.019 0.768 0.139 0.034 0.005 28 V 0.005 0.022 0.008 0.004 0.010 0.011 0.070 0.705 0.141 0.019 0.004 29 G 0.048 0.024 0.021 0.012 0.039 0.015 0.115 0.420 0.121 0.161 0.024 30 M 0.021 0.333 0.184 0.021 0.072 0.029 0.053 0.103 0.076 0.083 0.024 31 G 0.052 0.160 0.136 0.045 0.127 0.024 0.050 0.097 0.077 0.135 0.097 32 F 0.260 0.122 0.080 0.006 0.193 0.006 0.029 0.022 0.025 0.181 0.078 33 V 0.003 0.315 0.622 0.033 0.013 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 34 P 0.010 0.102 0.036 0.060 0.017 0.083 0.447 0.112 0.120 0.010 0.005 35 G 0.013 0.006 0.013 0.061 0.009 0.012 0.004 0.011 0.020 0.789 0.062 36 E 0.030 0.479 0.181 0.018 0.196 0.014 0.016 0.015 0.015 0.026 0.011 37 E 0.318 0.062 0.006 0.002 0.566 0.002 0.004 0.004 0.003 0.009 0.023 38 I 0.199 0.116 0.012 0.003 0.646 0.004 0.005 0.002 0.002 0.002 0.010 39 E 0.195 0.108 0.007 0.001 0.667 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 40 I 0.551 0.025 0.002 0.001 0.359 0.001 0.002 0.003 0.004 0.004 0.049 41 V 0.183 0.126 0.022 0.019 0.443 0.059 0.046 0.017 0.011 0.014 0.060 42 Q 0.282 0.098 0.022 0.004 0.489 0.006 0.006 0.012 0.006 0.022 0.054 43 V 0.179 0.118 0.037 0.010 0.298 0.015 0.034 0.035 0.043 0.118 0.113 44 A 0.051 0.330 0.330 0.049 0.123 0.021 0.024 0.017 0.014 0.020 0.021 45 P 0.106 0.137 0.129 0.066 0.113 0.046 0.052 0.124 0.091 0.085 0.052 46 L 0.027 0.162 0.104 0.123 0.046 0.091 0.184 0.082 0.100 0.066 0.015 47 G 0.033 0.025 0.043 0.156 0.033 0.055 0.028 0.019 0.030 0.494 0.084 48 D 0.069 0.356 0.177 0.013 0.315 0.004 0.007 0.008 0.011 0.025 0.016 49 P 0.258 0.136 0.031 0.009 0.397 0.016 0.033 0.023 0.034 0.023 0.039 50 I 0.186 0.212 0.036 0.005 0.474 0.011 0.021 0.008 0.010 0.009 0.029 51 V 0.283 0.037 0.002 0.001 0.665 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 52 C 0.149 0.131 0.009 0.001 0.700 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 53 K 0.423 0.042 0.008 0.002 0.424 0.002 0.002 0.002 0.001 0.006 0.090 54 I 0.120 0.088 0.049 0.244 0.108 0.168 0.041 0.028 0.019 0.043 0.091 55 G 0.013 0.041 0.052 0.492 0.020 0.171 0.147 0.014 0.009 0.031 0.010 56 N 0.064 0.062 0.100 0.156 0.070 0.021 0.010 0.021 0.039 0.363 0.094 57 R 0.107 0.278 0.055 0.010 0.366 0.015 0.029 0.043 0.051 0.028 0.019 58 N 0.225 0.145 0.019 0.006 0.456 0.009 0.016 0.032 0.018 0.023 0.050 59 I 0.300 0.098 0.015 0.006 0.441 0.011 0.014 0.037 0.020 0.018 0.041 60 T 0.203 0.151 0.028 0.006 0.471 0.010 0.013 0.053 0.015 0.014 0.035 61 L 0.283 0.114 0.015 0.003 0.318 0.008 0.019 0.114 0.025 0.047 0.056 62 R 0.113 0.265 0.069 0.021 0.231 0.028 0.029 0.105 0.042 0.048 0.050 63 K 0.096 0.095 0.031 0.019 0.111 0.023 0.037 0.324 0.171 0.054 0.040 64 R 0.015 0.059 0.039 0.015 0.029 0.028 0.085 0.405 0.244 0.064 0.015 65 E 0.076 0.038 0.014 0.004 0.065 0.008 0.069 0.236 0.155 0.259 0.075 66 A 0.135 0.153 0.032 0.007 0.185 0.019 0.076 0.142 0.152 0.035 0.065 67 D 0.067 0.080 0.032 0.021 0.117 0.096 0.199 0.193 0.072 0.074 0.049 68 L 0.288 0.106 0.016 0.004 0.399 0.006 0.027 0.047 0.025 0.039 0.043 69 I 0.149 0.129 0.015 0.002 0.658 0.006 0.013 0.010 0.004 0.003 0.010 70 E 0.312 0.046 0.006 0.001 0.547 0.004 0.007 0.010 0.004 0.010 0.053 71 V 0.345 0.089 0.013 0.003 0.399 0.007 0.016 0.009 0.012 0.016 0.089 72 E 0.079 0.332 0.096 0.016 0.390 0.019 0.024 0.012 0.006 0.006 0.019 73 V 0.365 0.071 0.012 0.002 0.387 0.004 0.011 0.026 0.018 0.044 0.061 74 V 0.074 0.285 0.131 0.056 0.192 0.049 0.046 0.036 0.033 0.051 0.047 75 G 0.077 0.131 0.112 0.145 0.133 0.081 0.085 0.077 0.052 0.064 0.043