# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.5981 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.270 0.094 0.092 0.112 0.134 0.111 0.072 0.049 0.035 0.016 0.009 0.005 0.002 0.001 2 K 0.167 0.132 0.149 0.172 0.144 0.097 0.066 0.035 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 3 L 0.080 0.041 0.059 0.091 0.144 0.148 0.124 0.123 0.088 0.054 0.026 0.014 0.005 0.002 4 S 0.227 0.159 0.147 0.154 0.113 0.087 0.054 0.028 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 5 R 0.355 0.237 0.146 0.098 0.067 0.039 0.027 0.014 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 6 L 0.067 0.047 0.080 0.134 0.208 0.180 0.119 0.085 0.044 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 7 V 0.135 0.131 0.161 0.191 0.158 0.107 0.058 0.030 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 8 P 0.349 0.163 0.126 0.114 0.087 0.064 0.043 0.024 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 9 G 0.207 0.209 0.137 0.151 0.114 0.071 0.057 0.025 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 10 V 0.054 0.063 0.101 0.134 0.162 0.163 0.128 0.088 0.056 0.026 0.013 0.007 0.003 0.001 11 P 0.047 0.053 0.066 0.115 0.177 0.157 0.134 0.111 0.066 0.034 0.021 0.009 0.006 0.003 12 A 0.013 0.008 0.011 0.019 0.039 0.063 0.090 0.137 0.176 0.156 0.142 0.096 0.039 0.012 13 R 0.018 0.020 0.032 0.079 0.122 0.111 0.126 0.146 0.117 0.088 0.067 0.047 0.017 0.010 14 I 0.004 0.004 0.006 0.007 0.012 0.021 0.032 0.059 0.128 0.223 0.233 0.149 0.087 0.035 15 K 0.033 0.042 0.053 0.085 0.104 0.123 0.141 0.139 0.107 0.068 0.051 0.031 0.017 0.006 16 R 0.042 0.056 0.069 0.114 0.142 0.119 0.108 0.104 0.109 0.066 0.039 0.015 0.010 0.006 17 L 0.025 0.026 0.044 0.069 0.135 0.138 0.162 0.155 0.102 0.068 0.044 0.020 0.008 0.004 18 E 0.146 0.195 0.161 0.167 0.125 0.082 0.051 0.031 0.024 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 19 V 0.071 0.055 0.100 0.135 0.184 0.164 0.127 0.078 0.051 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 20 S 0.277 0.238 0.147 0.138 0.089 0.048 0.038 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 21 G 0.596 0.192 0.101 0.050 0.030 0.015 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 E 0.352 0.237 0.147 0.111 0.082 0.036 0.021 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 L 0.058 0.045 0.088 0.148 0.213 0.186 0.125 0.081 0.035 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 24 H 0.092 0.121 0.157 0.218 0.181 0.131 0.055 0.027 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 25 E 0.573 0.260 0.093 0.037 0.017 0.009 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 K 0.095 0.144 0.166 0.202 0.195 0.107 0.048 0.026 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 27 L 0.037 0.022 0.040 0.068 0.151 0.200 0.185 0.172 0.078 0.030 0.009 0.005 0.002 0.001 28 V 0.141 0.127 0.141 0.170 0.156 0.116 0.070 0.045 0.019 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 29 G 0.513 0.245 0.111 0.064 0.027 0.015 0.012 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 30 M 0.080 0.044 0.074 0.152 0.229 0.170 0.109 0.068 0.041 0.016 0.008 0.007 0.002 0.001 31 G 0.124 0.094 0.124 0.151 0.154 0.133 0.106 0.059 0.028 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 32 F 0.177 0.075 0.079 0.113 0.151 0.131 0.091 0.088 0.047 0.024 0.013 0.007 0.003 0.001 33 V 0.142 0.085 0.107 0.142 0.148 0.141 0.092 0.060 0.039 0.021 0.013 0.007 0.002 0.001 34 P 0.162 0.104 0.123 0.141 0.130 0.120 0.092 0.053 0.033 0.019 0.012 0.006 0.002 0.001 35 G 0.157 0.118 0.106 0.134 0.141 0.117 0.086 0.057 0.040 0.021 0.013 0.006 0.003 0.001 36 E 0.112 0.131 0.136 0.159 0.131 0.114 0.091 0.054 0.035 0.017 0.011 0.006 0.003 0.001 37 E 0.050 0.054 0.081 0.135 0.195 0.159 0.120 0.096 0.060 0.025 0.014 0.005 0.004 0.002 38 I 0.016 0.013 0.019 0.031 0.064 0.100 0.169 0.173 0.147 0.108 0.083 0.049 0.021 0.006 39 E 0.044 0.043 0.065 0.121 0.153 0.125 0.109 0.117 0.094 0.058 0.038 0.020 0.008 0.004 40 I 0.016 0.010 0.016 0.027 0.045 0.061 0.082 0.115 0.149 0.168 0.150 0.103 0.039 0.019 41 V 0.031 0.044 0.055 0.063 0.086 0.108 0.113 0.123 0.114 0.106 0.076 0.043 0.028 0.011 42 Q 0.072 0.086 0.097 0.128 0.132 0.117 0.112 0.096 0.072 0.042 0.024 0.011 0.007 0.003 43 V 0.058 0.060 0.075 0.108 0.149 0.129 0.106 0.109 0.091 0.058 0.032 0.014 0.007 0.004 44 A 0.109 0.131 0.132 0.167 0.148 0.112 0.073 0.053 0.036 0.019 0.011 0.005 0.003 0.001 45 P 0.076 0.080 0.121 0.143 0.155 0.150 0.114 0.075 0.045 0.023 0.010 0.005 0.003 0.001 46 L 0.085 0.093 0.112 0.130 0.162 0.144 0.107 0.076 0.047 0.024 0.011 0.005 0.002 0.001 47 G 0.230 0.207 0.143 0.146 0.095 0.065 0.048 0.027 0.020 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 48 D 0.112 0.084 0.109 0.128 0.143 0.136 0.096 0.072 0.055 0.029 0.016 0.010 0.006 0.003 49 P 0.036 0.032 0.048 0.080 0.133 0.157 0.155 0.133 0.089 0.054 0.043 0.024 0.012 0.004 50 I 0.012 0.012 0.017 0.032 0.060 0.082 0.126 0.165 0.159 0.139 0.105 0.055 0.027 0.010 51 V 0.019 0.018 0.024 0.069 0.123 0.115 0.111 0.151 0.138 0.089 0.072 0.040 0.017 0.013 52 C 0.006 0.005 0.006 0.006 0.011 0.023 0.047 0.066 0.117 0.177 0.226 0.186 0.091 0.032 53 K 0.024 0.024 0.039 0.087 0.134 0.126 0.126 0.152 0.120 0.070 0.052 0.027 0.014 0.006 54 I 0.007 0.006 0.010 0.019 0.040 0.060 0.088 0.126 0.171 0.190 0.145 0.086 0.032 0.019 55 G 0.030 0.045 0.064 0.105 0.136 0.158 0.132 0.131 0.079 0.053 0.036 0.018 0.007 0.005 56 N 0.039 0.066 0.078 0.113 0.132 0.125 0.127 0.107 0.086 0.057 0.039 0.017 0.010 0.004 57 R 0.015 0.023 0.037 0.069 0.127 0.149 0.156 0.162 0.130 0.067 0.036 0.018 0.008 0.003 58 N 0.040 0.052 0.068 0.122 0.192 0.149 0.123 0.107 0.071 0.037 0.022 0.010 0.005 0.002 59 I 0.022 0.016 0.022 0.033 0.063 0.090 0.139 0.161 0.152 0.132 0.094 0.050 0.020 0.006 60 T 0.076 0.061 0.085 0.134 0.177 0.131 0.099 0.103 0.067 0.035 0.019 0.008 0.004 0.002 61 L 0.048 0.034 0.042 0.072 0.114 0.116 0.117 0.130 0.136 0.087 0.057 0.028 0.013 0.005 62 R 0.049 0.052 0.073 0.154 0.164 0.187 0.155 0.087 0.044 0.021 0.008 0.004 0.001 0.001 63 K 0.069 0.114 0.159 0.175 0.159 0.126 0.098 0.043 0.029 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 64 R 0.299 0.274 0.177 0.127 0.063 0.032 0.014 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 65 E 0.084 0.184 0.233 0.183 0.147 0.087 0.046 0.018 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 66 A 0.023 0.023 0.044 0.087 0.179 0.217 0.181 0.138 0.074 0.023 0.007 0.003 0.001 0.001 67 D 0.196 0.334 0.185 0.104 0.064 0.043 0.039 0.015 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 68 L 0.120 0.123 0.119 0.135 0.148 0.109 0.083 0.071 0.044 0.019 0.011 0.007 0.008 0.002 69 I 0.015 0.017 0.021 0.027 0.070 0.086 0.120 0.131 0.156 0.132 0.093 0.081 0.044 0.008 70 E 0.045 0.042 0.064 0.138 0.166 0.137 0.138 0.130 0.071 0.036 0.018 0.008 0.004 0.002 71 V 0.039 0.024 0.026 0.049 0.083 0.085 0.095 0.125 0.164 0.138 0.090 0.048 0.021 0.014 72 E 0.094 0.075 0.100 0.151 0.156 0.135 0.095 0.079 0.053 0.028 0.018 0.009 0.003 0.002 73 V 0.053 0.050 0.080 0.136 0.144 0.155 0.125 0.092 0.068 0.046 0.029 0.014 0.007 0.002 74 V 0.047 0.044 0.060 0.080 0.144 0.161 0.150 0.135 0.096 0.048 0.020 0.008 0.003 0.002 75 G 0.273 0.210 0.163 0.138 0.091 0.057 0.034 0.016 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001