# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 75.2253 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.012 0.014 0.202 0.116 0.029 0.001 0.012 0.007 0.001 0.001 0.006 0.005 0.016 0.010 0.149 0.020 0.023 0.027 0.126 0.220 0.004 2 K 0.005 0.006 0.018 0.024 0.315 0.001 0.006 0.010 0.002 0.001 0.003 0.004 0.004 0.006 0.011 0.071 0.021 0.029 0.230 0.231 0.003 3 L 0.005 0.003 0.143 0.031 0.034 0.003 0.013 0.016 0.005 0.001 0.003 0.001 0.003 0.006 0.182 0.023 0.406 0.038 0.041 0.041 0.001 4 S 0.009 0.012 0.035 0.108 0.058 0.176 0.336 0.036 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.012 0.019 0.010 0.093 0.009 0.020 0.054 0.001 5 R 0.005 0.005 0.013 0.022 0.078 0.013 0.491 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.016 0.025 0.095 0.113 0.072 0.024 0.002 6 L 0.006 0.006 0.069 0.070 0.060 0.002 0.038 0.010 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.003 0.059 0.016 0.061 0.115 0.192 0.280 0.001 7 V 0.001 0.001 0.030 0.015 0.033 0.001 0.004 0.002 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.024 0.052 0.023 0.167 0.618 0.001 8 P 0.001 0.001 0.004 0.004 0.029 0.001 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.020 0.682 0.008 0.032 0.171 0.001 9 G 0.001 0.001 0.011 0.004 0.028 0.003 0.778 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.120 0.017 0.019 0.001 10 V 0.005 0.009 0.364 0.085 0.036 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.050 0.058 0.051 0.040 0.075 0.201 0.004 11 P 0.013 0.043 0.026 0.038 0.488 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 0.026 0.014 0.127 0.069 0.030 0.015 0.029 0.033 0.020 12 A 0.076 0.155 0.073 0.044 0.173 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.056 0.029 0.046 0.043 0.173 0.079 0.004 0.004 0.009 0.009 0.014 13 R 0.153 0.164 0.080 0.136 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.025 0.154 0.084 0.081 0.008 0.002 0.001 0.004 0.003 0.025 14 I 0.143 0.099 0.011 0.011 0.131 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.128 0.087 0.084 0.113 0.036 0.062 0.002 0.001 0.006 0.001 0.084 15 K 0.224 0.151 0.094 0.057 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.026 0.111 0.065 0.212 0.005 0.002 0.001 0.002 0.002 0.016 16 R 0.173 0.207 0.016 0.080 0.203 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.030 0.024 0.069 0.060 0.026 0.050 0.004 0.005 0.008 0.008 0.029 17 L 0.118 0.164 0.088 0.104 0.080 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.024 0.027 0.058 0.047 0.152 0.036 0.012 0.016 0.025 0.022 0.016 18 E 0.086 0.084 0.086 0.110 0.154 0.002 0.022 0.005 0.001 0.001 0.009 0.012 0.021 0.029 0.070 0.079 0.044 0.033 0.075 0.071 0.006 19 V 0.023 0.014 0.056 0.078 0.124 0.004 0.046 0.006 0.003 0.001 0.003 0.003 0.006 0.011 0.106 0.049 0.148 0.055 0.070 0.192 0.001 20 S 0.002 0.002 0.017 0.015 0.037 0.005 0.079 0.037 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.038 0.027 0.241 0.058 0.100 0.334 0.001 21 G 0.001 0.001 0.011 0.004 0.014 0.005 0.086 0.138 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.011 0.467 0.126 0.030 0.088 0.001 22 E 0.001 0.001 0.009 0.006 0.009 0.009 0.101 0.584 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.191 0.025 0.020 0.030 0.001 23 L 0.002 0.003 0.004 0.005 0.011 0.003 0.067 0.755 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.092 0.012 0.025 0.008 0.001 24 H 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.001 0.008 0.872 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.094 0.002 0.004 0.001 0.001 25 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 26 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 27 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 0.935 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.034 0.003 0.001 0.001 0.001 28 V 0.002 0.001 0.010 0.005 0.002 0.013 0.048 0.771 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.114 0.002 0.002 0.002 0.001 29 G 0.002 0.002 0.002 0.012 0.003 0.011 0.336 0.059 0.260 0.183 0.001 0.001 0.002 0.007 0.002 0.003 0.091 0.015 0.006 0.005 0.001 30 M 0.001 0.001 0.002 0.004 0.020 0.004 0.700 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.054 0.019 0.032 0.123 0.001 31 G 0.001 0.001 0.028 0.008 0.011 0.002 0.041 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.033 0.738 0.090 0.026 0.002 32 F 0.006 0.006 0.025 0.015 0.300 0.002 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.019 0.151 0.047 0.058 0.204 0.137 0.002 33 V 0.004 0.004 0.222 0.105 0.023 0.001 0.004 0.002 0.006 0.004 0.003 0.003 0.005 0.005 0.184 0.006 0.033 0.013 0.170 0.200 0.003 34 P 0.001 0.001 0.002 0.005 0.277 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.055 0.526 0.003 0.016 0.094 0.001 35 G 0.002 0.005 0.019 0.012 0.136 0.001 0.610 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.028 0.016 0.009 0.101 0.019 0.032 0.001 36 E 0.022 0.025 0.446 0.189 0.039 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.007 0.007 0.072 0.031 0.030 0.037 0.018 0.053 0.003 37 E 0.052 0.082 0.030 0.055 0.552 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.014 0.011 0.030 0.008 0.030 0.027 0.012 0.006 0.032 0.014 0.036 38 I 0.140 0.276 0.051 0.045 0.253 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.024 0.022 0.051 0.011 0.074 0.022 0.002 0.003 0.006 0.005 0.008 39 E 0.181 0.235 0.093 0.257 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.014 0.072 0.013 0.034 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.021 40 I 0.164 0.184 0.008 0.017 0.369 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.041 0.045 0.015 0.012 0.042 0.002 0.002 0.007 0.001 0.043 41 V 0.273 0.253 0.126 0.077 0.021 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.013 0.071 0.012 0.125 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.007 42 Q 0.235 0.206 0.042 0.154 0.244 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.009 0.021 0.008 0.014 0.011 0.004 0.003 0.005 0.011 0.015 43 V 0.102 0.126 0.062 0.078 0.331 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.009 0.012 0.033 0.012 0.076 0.038 0.024 0.020 0.030 0.022 0.008 44 A 0.051 0.062 0.185 0.273 0.075 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.010 0.005 0.078 0.010 0.021 0.019 0.056 0.131 0.002 45 P 0.012 0.010 0.047 0.063 0.318 0.003 0.012 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.038 0.072 0.048 0.089 0.256 0.001 46 L 0.004 0.005 0.062 0.091 0.053 0.010 0.089 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 0.012 0.271 0.032 0.123 0.208 0.001 47 G 0.005 0.008 0.033 0.031 0.141 0.007 0.282 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.014 0.087 0.199 0.045 0.126 0.001 48 D 0.006 0.011 0.153 0.122 0.039 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.023 0.012 0.044 0.021 0.147 0.396 0.002 49 P 0.016 0.042 0.013 0.023 0.640 0.001 0.019 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.005 0.002 0.013 0.034 0.071 0.033 0.027 0.051 0.003 50 I 0.107 0.208 0.239 0.178 0.056 0.003 0.035 0.009 0.001 0.001 0.007 0.009 0.025 0.006 0.052 0.011 0.009 0.010 0.014 0.014 0.007 51 V 0.253 0.245 0.025 0.037 0.267 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.023 0.018 0.047 0.007 0.008 0.015 0.004 0.004 0.010 0.003 0.029 52 C 0.313 0.271 0.110 0.050 0.055 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.016 0.020 0.062 0.011 0.049 0.005 0.002 0.001 0.003 0.002 0.025 53 K 0.299 0.339 0.027 0.084 0.108 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.014 0.050 0.009 0.014 0.006 0.002 0.001 0.003 0.002 0.021 54 I 0.307 0.239 0.060 0.131 0.122 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.015 0.034 0.008 0.033 0.006 0.006 0.002 0.006 0.005 0.011 55 G 0.169 0.183 0.050 0.084 0.316 0.001 0.014 0.005 0.001 0.001 0.005 0.005 0.015 0.004 0.035 0.013 0.060 0.006 0.006 0.021 0.004 56 N 0.133 0.198 0.051 0.077 0.240 0.002 0.121 0.009 0.001 0.001 0.004 0.004 0.013 0.005 0.033 0.013 0.023 0.034 0.010 0.024 0.004 57 R 0.165 0.166 0.132 0.125 0.142 0.002 0.027 0.023 0.001 0.001 0.009 0.007 0.022 0.009 0.032 0.013 0.030 0.024 0.032 0.030 0.008 58 N 0.225 0.141 0.109 0.055 0.196 0.003 0.017 0.058 0.002 0.001 0.009 0.012 0.026 0.010 0.021 0.012 0.045 0.015 0.026 0.010 0.009 59 I 0.196 0.218 0.084 0.102 0.104 0.006 0.022 0.093 0.003 0.001 0.007 0.014 0.030 0.013 0.034 0.009 0.028 0.007 0.014 0.010 0.008 60 T 0.122 0.257 0.033 0.101 0.109 0.005 0.029 0.144 0.003 0.001 0.007 0.013 0.036 0.018 0.039 0.014 0.025 0.014 0.011 0.012 0.008 61 L 0.143 0.167 0.090 0.114 0.074 0.005 0.022 0.149 0.005 0.001 0.016 0.013 0.045 0.015 0.032 0.009 0.048 0.011 0.014 0.014 0.012 62 R 0.104 0.119 0.042 0.055 0.230 0.007 0.049 0.184 0.011 0.002 0.007 0.007 0.016 0.009 0.016 0.019 0.032 0.025 0.028 0.028 0.010 63 K 0.059 0.039 0.071 0.060 0.073 0.005 0.054 0.182 0.031 0.004 0.004 0.003 0.009 0.006 0.072 0.007 0.240 0.024 0.026 0.029 0.004 64 R 0.012 0.015 0.025 0.028 0.043 0.057 0.130 0.473 0.015 0.003 0.002 0.001 0.003 0.004 0.011 0.006 0.095 0.018 0.022 0.034 0.002 65 E 0.007 0.006 0.017 0.013 0.048 0.025 0.219 0.261 0.030 0.014 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 0.010 0.183 0.100 0.029 0.019 0.001 66 A 0.016 0.013 0.052 0.049 0.078 0.008 0.144 0.138 0.012 0.007 0.003 0.003 0.007 0.005 0.015 0.017 0.141 0.020 0.177 0.092 0.002 67 D 0.018 0.021 0.128 0.079 0.036 0.031 0.133 0.062 0.011 0.010 0.003 0.006 0.011 0.056 0.089 0.014 0.122 0.064 0.031 0.072 0.004 68 L 0.027 0.050 0.028 0.110 0.107 0.009 0.070 0.012 0.014 0.013 0.006 0.015 0.030 0.144 0.039 0.136 0.047 0.012 0.059 0.057 0.014 69 I 0.060 0.065 0.065 0.038 0.160 0.002 0.038 0.004 0.001 0.001 0.022 0.032 0.065 0.216 0.102 0.040 0.011 0.011 0.026 0.027 0.013 70 E 0.061 0.072 0.146 0.241 0.032 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.020 0.026 0.046 0.111 0.130 0.020 0.009 0.011 0.010 0.015 0.038 71 V 0.032 0.039 0.004 0.007 0.380 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.028 0.022 0.066 0.119 0.046 0.206 0.002 0.003 0.009 0.003 0.030 72 E 0.043 0.034 0.210 0.164 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.023 0.059 0.081 0.311 0.005 0.002 0.001 0.008 0.010 0.012 73 V 0.014 0.014 0.003 0.009 0.683 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.007 0.009 0.007 0.198 0.010 0.008 0.011 0.009 0.004 74 V 0.017 0.019 0.139 0.094 0.021 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.007 0.007 0.017 0.015 0.537 0.010 0.017 0.009 0.026 0.046 0.003 75 G 0.012 0.017 0.036 0.064 0.258 0.002 0.033 0.008 0.001 0.001 0.004 0.003 0.005 0.008 0.041 0.077 0.053 0.070 0.095 0.208 0.003