# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 75.2253 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.034 0.689 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.046 0.043 0.001 0.169 0.011 2 K 0.001 0.012 0.860 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.021 0.002 0.003 0.075 3 L 0.001 0.017 0.296 0.011 0.468 0.067 0.001 0.001 0.024 0.048 0.041 0.012 0.013 4 S 0.001 0.003 0.061 0.011 0.647 0.059 0.001 0.001 0.012 0.024 0.163 0.008 0.009 5 R 0.002 0.016 0.088 0.002 0.608 0.040 0.001 0.001 0.011 0.036 0.166 0.011 0.019 6 L 0.002 0.146 0.547 0.002 0.050 0.014 0.001 0.003 0.051 0.104 0.021 0.012 0.048 7 V 0.001 0.007 0.906 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.054 0.004 0.011 0.007 8 P 0.001 0.002 0.039 0.002 0.176 0.003 0.001 0.001 0.002 0.022 0.748 0.001 0.007 9 G 0.001 0.001 0.014 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.925 0.001 0.001 10 V 0.001 0.011 0.621 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.022 0.265 0.003 0.056 0.007 11 P 0.007 0.023 0.302 0.004 0.001 0.001 0.008 0.004 0.162 0.021 0.007 0.005 0.456 12 A 0.065 0.013 0.050 0.043 0.001 0.001 0.064 0.057 0.283 0.009 0.001 0.375 0.039 13 R 0.098 0.004 0.011 0.026 0.001 0.001 0.108 0.091 0.320 0.002 0.001 0.067 0.270 14 I 0.226 0.002 0.011 0.041 0.003 0.002 0.145 0.096 0.185 0.001 0.001 0.123 0.166 15 K 0.089 0.001 0.018 0.274 0.003 0.004 0.087 0.062 0.259 0.004 0.004 0.153 0.043 16 R 0.185 0.004 0.058 0.011 0.006 0.004 0.041 0.015 0.087 0.017 0.013 0.073 0.485 17 L 0.091 0.012 0.146 0.018 0.007 0.007 0.022 0.007 0.120 0.035 0.012 0.327 0.195 18 E 0.039 0.028 0.283 0.009 0.010 0.010 0.009 0.004 0.067 0.069 0.024 0.173 0.274 19 V 0.008 0.030 0.445 0.011 0.027 0.051 0.003 0.002 0.018 0.133 0.076 0.044 0.154 20 S 0.002 0.008 0.223 0.018 0.030 0.181 0.001 0.001 0.002 0.170 0.333 0.015 0.018 21 G 0.001 0.004 0.096 0.003 0.030 0.458 0.001 0.001 0.001 0.151 0.246 0.005 0.006 22 E 0.001 0.004 0.086 0.001 0.029 0.819 0.001 0.001 0.001 0.023 0.023 0.004 0.008 23 L 0.001 0.001 0.020 0.001 0.016 0.943 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.001 0.006 24 H 0.001 0.001 0.006 0.001 0.018 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 25 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 26 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 27 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.001 0.002 28 V 0.003 0.001 0.017 0.003 0.034 0.881 0.001 0.001 0.001 0.007 0.047 0.004 0.003 29 G 0.006 0.002 0.028 0.003 0.074 0.591 0.001 0.001 0.002 0.026 0.252 0.007 0.011 30 M 0.009 0.003 0.096 0.006 0.062 0.153 0.001 0.001 0.005 0.083 0.546 0.009 0.028 31 G 0.010 0.009 0.222 0.003 0.023 0.050 0.002 0.001 0.020 0.141 0.404 0.091 0.024 32 F 0.013 0.127 0.479 0.002 0.011 0.011 0.003 0.003 0.026 0.099 0.043 0.016 0.169 33 V 0.001 0.007 0.807 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.015 0.075 0.006 0.071 0.009 34 P 0.001 0.002 0.070 0.007 0.033 0.004 0.001 0.001 0.004 0.073 0.767 0.002 0.039 35 G 0.001 0.001 0.033 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.158 0.794 0.004 0.001 36 E 0.014 0.014 0.443 0.025 0.008 0.001 0.001 0.001 0.012 0.234 0.010 0.200 0.038 37 E 0.050 0.019 0.089 0.002 0.002 0.002 0.018 0.003 0.057 0.011 0.008 0.018 0.722 38 I 0.223 0.010 0.055 0.140 0.003 0.003 0.067 0.025 0.072 0.007 0.002 0.309 0.084 39 E 0.303 0.003 0.011 0.076 0.001 0.002 0.071 0.015 0.054 0.003 0.001 0.224 0.237 40 I 0.439 0.001 0.006 0.012 0.002 0.001 0.055 0.012 0.034 0.001 0.001 0.110 0.326 41 V 0.457 0.001 0.015 0.150 0.007 0.004 0.068 0.009 0.035 0.003 0.002 0.130 0.120 42 Q 0.368 0.002 0.017 0.006 0.005 0.003 0.024 0.003 0.032 0.007 0.007 0.343 0.183 43 V 0.146 0.020 0.087 0.015 0.016 0.007 0.017 0.004 0.013 0.026 0.022 0.034 0.594 44 A 0.014 0.011 0.472 0.008 0.008 0.002 0.002 0.001 0.008 0.112 0.017 0.317 0.027 45 P 0.004 0.010 0.403 0.005 0.085 0.010 0.001 0.001 0.005 0.125 0.169 0.010 0.174 46 L 0.001 0.003 0.070 0.004 0.083 0.004 0.001 0.001 0.001 0.059 0.761 0.009 0.005 47 G 0.001 0.002 0.077 0.006 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.375 0.521 0.005 0.003 48 D 0.003 0.011 0.519 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.370 0.027 0.026 0.031 49 P 0.047 0.018 0.506 0.024 0.004 0.001 0.005 0.002 0.023 0.095 0.034 0.045 0.198 50 I 0.345 0.005 0.033 0.034 0.002 0.001 0.102 0.023 0.075 0.021 0.004 0.249 0.106 51 V 0.556 0.001 0.006 0.012 0.001 0.001 0.142 0.037 0.016 0.001 0.001 0.040 0.188 52 C 0.685 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.151 0.034 0.015 0.001 0.001 0.079 0.033 53 K 0.633 0.001 0.007 0.006 0.001 0.001 0.116 0.046 0.027 0.001 0.001 0.074 0.088 54 I 0.288 0.001 0.062 0.025 0.002 0.001 0.031 0.010 0.051 0.009 0.009 0.201 0.311 55 G 0.034 0.001 0.059 0.156 0.003 0.001 0.006 0.001 0.012 0.175 0.430 0.074 0.049 56 N 0.022 0.003 0.118 0.012 0.004 0.002 0.002 0.001 0.003 0.354 0.390 0.027 0.063 57 R 0.087 0.010 0.225 0.011 0.004 0.007 0.005 0.001 0.009 0.155 0.036 0.320 0.129 58 N 0.265 0.008 0.052 0.003 0.004 0.013 0.030 0.009 0.009 0.012 0.008 0.067 0.521 59 I 0.422 0.011 0.040 0.042 0.014 0.046 0.078 0.015 0.018 0.011 0.007 0.188 0.109 60 T 0.454 0.007 0.036 0.067 0.019 0.046 0.053 0.008 0.014 0.011 0.013 0.092 0.180 61 L 0.321 0.008 0.052 0.027 0.047 0.083 0.035 0.004 0.016 0.027 0.035 0.127 0.218 62 R 0.099 0.010 0.221 0.018 0.050 0.164 0.010 0.002 0.012 0.078 0.072 0.059 0.205 63 K 0.018 0.006 0.083 0.007 0.105 0.601 0.002 0.001 0.002 0.051 0.072 0.023 0.030 64 R 0.005 0.006 0.052 0.004 0.174 0.541 0.001 0.001 0.001 0.035 0.153 0.011 0.017 65 E 0.007 0.005 0.077 0.004 0.280 0.408 0.001 0.001 0.001 0.036 0.143 0.008 0.031 66 A 0.014 0.004 0.081 0.031 0.353 0.313 0.001 0.001 0.003 0.053 0.116 0.011 0.018 67 D 0.034 0.005 0.051 0.065 0.308 0.160 0.003 0.001 0.005 0.080 0.230 0.027 0.031 68 L 0.155 0.007 0.083 0.060 0.112 0.070 0.014 0.008 0.043 0.050 0.141 0.040 0.218 69 I 0.310 0.004 0.059 0.039 0.005 0.018 0.054 0.021 0.122 0.031 0.012 0.157 0.167 70 E 0.229 0.004 0.051 0.036 0.001 0.013 0.057 0.032 0.143 0.009 0.008 0.343 0.073 71 V 0.319 0.003 0.032 0.028 0.002 0.009 0.063 0.059 0.120 0.005 0.003 0.059 0.298 72 E 0.202 0.002 0.028 0.047 0.001 0.010 0.051 0.036 0.154 0.012 0.003 0.415 0.038 73 V 0.090 0.007 0.044 0.003 0.003 0.004 0.025 0.016 0.084 0.012 0.011 0.023 0.678 74 V 0.040 0.013 0.229 0.026 0.003 0.002 0.013 0.007 0.082 0.057 0.017 0.457 0.055 75 G 0.008 0.012 0.530 0.007 0.003 0.002 0.002 0.002 0.031 0.142 0.026 0.046 0.189