# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 75.2253 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.019 0.037 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.005 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.196 0.069 0.143 0.504 2 K 0.185 0.108 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.086 0.119 0.079 0.402 3 L 0.290 0.038 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.049 0.085 0.078 0.447 4 S 0.044 0.010 0.002 0.001 0.003 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.149 0.044 0.108 0.607 5 R 0.006 0.003 0.005 0.001 0.050 0.020 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.037 0.097 0.678 6 L 0.025 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.029 0.121 0.688 7 V 0.542 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.091 0.047 0.284 8 P 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.010 0.105 0.856 9 G 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.014 0.159 0.759 10 V 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.396 0.082 0.085 0.362 11 P 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.022 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.348 0.057 0.076 0.472 12 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.020 0.016 0.010 0.004 0.731 0.030 0.033 0.143 13 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.029 0.029 0.008 0.821 0.027 0.011 0.065 14 I 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.010 0.638 0.049 0.031 0.246 15 K 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.812 0.017 0.026 0.120 16 R 0.004 0.001 0.001 0.001 0.010 0.030 0.061 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.426 0.035 0.063 0.356 17 L 0.005 0.002 0.001 0.001 0.073 0.030 0.024 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.431 0.045 0.074 0.305 18 E 0.112 0.020 0.001 0.001 0.009 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.206 0.057 0.105 0.477 19 V 0.133 0.200 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.070 0.069 0.491 20 S 0.040 0.613 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.046 0.028 0.258 21 G 0.015 0.905 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.006 0.047 22 E 0.015 0.904 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.006 0.036 23 L 0.013 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 24 H 0.019 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 0.013 25 E 0.016 0.876 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.047 0.008 0.039 26 K 0.063 0.725 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.072 0.023 0.069 27 L 0.077 0.085 0.269 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.477 0.020 0.059 28 V 0.671 0.026 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.036 0.040 0.203 29 G 0.042 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.015 0.082 0.820 30 M 0.014 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.033 0.162 0.726 31 G 0.015 0.004 0.003 0.001 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.035 0.152 0.728 32 F 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.013 0.124 0.815 33 V 0.481 0.008 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.101 0.064 0.287 34 P 0.070 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.042 0.126 0.715 35 G 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.124 0.020 0.142 0.698 36 E 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.664 0.020 0.057 0.240 37 E 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.626 0.043 0.038 0.271 38 I 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.011 0.002 0.012 0.015 0.005 0.004 0.611 0.034 0.033 0.262 39 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.022 0.016 0.009 0.832 0.027 0.011 0.070 40 I 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.014 0.009 0.632 0.063 0.028 0.231 41 V 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.623 0.033 0.036 0.262 42 Q 0.004 0.001 0.001 0.001 0.010 0.013 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.632 0.024 0.054 0.242 43 V 0.005 0.001 0.001 0.001 0.008 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.135 0.022 0.099 0.709 44 A 0.152 0.004 0.002 0.001 0.011 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.206 0.131 0.095 0.391 45 P 0.200 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.056 0.073 0.609 46 L 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.017 0.124 0.824 47 G 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.011 0.181 0.720 48 D 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.318 0.065 0.116 0.463 49 P 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.013 0.048 0.003 0.007 0.003 0.005 0.004 0.292 0.094 0.105 0.404 50 I 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.009 0.014 0.014 0.009 0.780 0.060 0.019 0.082 51 V 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.009 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.016 0.029 0.019 0.676 0.069 0.017 0.119 52 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.167 0.042 0.037 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.005 0.657 0.029 0.007 0.034 53 K 0.008 0.002 0.001 0.001 0.034 0.004 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.736 0.048 0.027 0.130 54 I 0.333 0.015 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.259 0.226 0.045 0.115 55 G 0.028 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.189 0.030 0.164 0.545 56 N 0.018 0.073 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.170 0.104 0.160 0.472 57 R 0.008 0.147 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.324 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.169 0.070 0.072 0.189 58 N 0.039 0.253 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.061 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.226 0.121 0.047 0.189 59 I 0.043 0.271 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.026 0.005 0.182 0.025 0.008 0.003 0.191 0.080 0.023 0.125 60 T 0.064 0.116 0.022 0.001 0.003 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.041 0.135 0.026 0.006 0.220 0.152 0.037 0.167 61 L 0.102 0.182 0.014 0.002 0.004 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.003 0.245 0.128 0.055 0.247 62 R 0.113 0.197 0.015 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.111 0.103 0.349 63 K 0.087 0.150 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.107 0.092 0.473 64 R 0.116 0.095 0.023 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.145 0.097 0.440 65 E 0.175 0.031 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.120 0.089 0.467 66 A 0.030 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.133 0.075 0.138 0.606 67 D 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.521 0.067 0.068 0.322 68 L 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.585 0.064 0.034 0.302 69 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.714 0.025 0.030 0.217 70 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.867 0.024 0.012 0.086 71 V 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.431 0.053 0.046 0.447 72 E 0.007 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.705 0.032 0.035 0.201 73 V 0.012 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.026 0.077 0.755 74 V 0.014 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 0.022 0.105 0.733 75 G 0.052 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.033 0.092 0.720