# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 75.2253 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.026 0.044 0.017 0.059 0.072 0.067 0.109 0.006 0.008 0.043 0.550 2 K 0.457 0.086 0.004 0.021 0.031 0.039 0.042 0.021 0.002 0.035 0.262 3 L 0.384 0.042 0.001 0.012 0.014 0.024 0.072 0.025 0.001 0.042 0.382 4 S 0.048 0.006 0.002 0.033 0.029 0.046 0.085 0.002 0.001 0.057 0.691 5 R 0.016 0.002 0.002 0.012 0.015 0.050 0.108 0.001 0.002 0.060 0.731 6 L 0.025 0.001 0.001 0.013 0.030 0.021 0.092 0.002 0.001 0.025 0.790 7 V 0.910 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.012 0.001 0.001 0.013 0.057 8 P 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 0.067 0.001 0.001 0.004 0.913 9 G 0.008 0.001 0.001 0.006 0.005 0.017 0.120 0.001 0.001 0.012 0.830 10 V 0.005 0.003 0.001 0.029 0.498 0.212 0.069 0.001 0.001 0.034 0.148 11 P 0.003 0.002 0.001 0.062 0.064 0.231 0.084 0.001 0.001 0.033 0.520 12 A 0.001 0.001 0.001 0.097 0.349 0.409 0.017 0.001 0.001 0.019 0.106 13 R 0.003 0.002 0.001 0.097 0.305 0.490 0.012 0.001 0.001 0.029 0.062 14 I 0.015 0.003 0.001 0.106 0.277 0.264 0.025 0.002 0.001 0.088 0.220 15 K 0.002 0.001 0.001 0.139 0.337 0.411 0.015 0.001 0.001 0.025 0.069 16 R 0.009 0.003 0.001 0.068 0.183 0.337 0.037 0.001 0.001 0.058 0.302 17 L 0.005 0.003 0.001 0.146 0.295 0.212 0.052 0.001 0.001 0.035 0.249 18 E 0.070 0.033 0.002 0.080 0.082 0.102 0.092 0.004 0.001 0.056 0.480 19 V 0.104 0.114 0.002 0.020 0.016 0.018 0.091 0.008 0.001 0.053 0.574 20 S 0.062 0.480 0.001 0.005 0.003 0.005 0.045 0.008 0.001 0.039 0.352 21 G 0.020 0.740 0.001 0.005 0.004 0.008 0.033 0.002 0.001 0.037 0.151 22 E 0.009 0.818 0.003 0.003 0.011 0.005 0.015 0.002 0.001 0.044 0.092 23 L 0.016 0.930 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.004 0.001 0.015 0.023 24 H 0.010 0.948 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.020 0.011 25 E 0.017 0.889 0.005 0.002 0.003 0.003 0.006 0.002 0.001 0.024 0.049 26 K 0.063 0.807 0.025 0.003 0.002 0.003 0.013 0.017 0.008 0.020 0.040 27 L 0.202 0.074 0.259 0.008 0.004 0.006 0.033 0.037 0.180 0.103 0.093 28 V 0.774 0.007 0.002 0.002 0.002 0.003 0.020 0.003 0.001 0.008 0.179 29 G 0.014 0.005 0.001 0.011 0.001 0.006 0.058 0.002 0.001 0.007 0.896 30 M 0.030 0.001 0.002 0.025 0.011 0.014 0.146 0.001 0.001 0.027 0.743 31 G 0.011 0.001 0.001 0.013 0.021 0.042 0.117 0.001 0.001 0.051 0.742 32 F 0.005 0.001 0.001 0.009 0.013 0.008 0.069 0.001 0.001 0.008 0.886 33 V 0.688 0.002 0.001 0.036 0.009 0.010 0.052 0.002 0.001 0.043 0.156 34 P 0.016 0.002 0.001 0.007 0.004 0.012 0.099 0.001 0.001 0.017 0.841 35 G 0.008 0.002 0.001 0.029 0.005 0.026 0.126 0.001 0.001 0.012 0.790 36 E 0.003 0.004 0.001 0.056 0.304 0.361 0.058 0.001 0.001 0.029 0.183 37 E 0.003 0.004 0.001 0.046 0.154 0.363 0.052 0.001 0.001 0.036 0.342 38 I 0.002 0.003 0.001 0.072 0.405 0.358 0.016 0.001 0.001 0.020 0.124 39 E 0.004 0.004 0.001 0.048 0.362 0.461 0.011 0.001 0.001 0.032 0.075 40 I 0.015 0.004 0.001 0.049 0.313 0.421 0.017 0.002 0.001 0.051 0.127 41 V 0.009 0.002 0.001 0.055 0.361 0.343 0.024 0.001 0.001 0.054 0.149 42 Q 0.006 0.002 0.001 0.059 0.263 0.363 0.034 0.001 0.001 0.025 0.247 43 V 0.013 0.004 0.007 0.031 0.137 0.174 0.063 0.004 0.009 0.085 0.474 44 A 0.352 0.002 0.002 0.012 0.071 0.040 0.063 0.005 0.002 0.051 0.400 45 P 0.565 0.001 0.001 0.005 0.003 0.007 0.036 0.002 0.001 0.030 0.352 46 L 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.007 0.071 0.001 0.001 0.004 0.907 47 G 0.011 0.001 0.001 0.006 0.006 0.013 0.142 0.001 0.001 0.012 0.808 48 D 0.009 0.002 0.001 0.030 0.258 0.203 0.125 0.003 0.001 0.050 0.319 49 P 0.004 0.002 0.001 0.061 0.052 0.199 0.081 0.001 0.001 0.075 0.524 50 I 0.001 0.001 0.001 0.059 0.285 0.531 0.018 0.001 0.001 0.033 0.073 51 V 0.002 0.001 0.001 0.100 0.266 0.319 0.021 0.001 0.001 0.065 0.225 52 C 0.001 0.001 0.001 0.106 0.483 0.339 0.007 0.001 0.001 0.015 0.048 53 K 0.011 0.001 0.001 0.113 0.271 0.342 0.024 0.001 0.001 0.065 0.171 54 I 0.311 0.002 0.001 0.054 0.105 0.111 0.053 0.005 0.001 0.112 0.246 55 G 0.012 0.002 0.001 0.030 0.041 0.083 0.099 0.001 0.001 0.022 0.708 56 N 0.006 0.003 0.001 0.016 0.023 0.095 0.129 0.001 0.001 0.029 0.698 57 R 0.002 0.005 0.001 0.033 0.410 0.285 0.051 0.001 0.001 0.038 0.174 58 N 0.006 0.013 0.001 0.050 0.222 0.304 0.040 0.001 0.001 0.049 0.314 59 I 0.004 0.014 0.001 0.051 0.380 0.357 0.020 0.001 0.001 0.022 0.149 60 T 0.010 0.042 0.001 0.064 0.268 0.350 0.031 0.001 0.001 0.041 0.191 61 L 0.017 0.079 0.004 0.045 0.301 0.222 0.031 0.003 0.001 0.034 0.261 62 R 0.108 0.330 0.004 0.023 0.141 0.119 0.028 0.018 0.002 0.031 0.198 63 K 0.179 0.194 0.009 0.019 0.098 0.105 0.045 0.011 0.004 0.059 0.276 64 R 0.122 0.106 0.022 0.020 0.123 0.098 0.058 0.007 0.005 0.053 0.387 65 E 0.161 0.054 0.005 0.020 0.072 0.160 0.067 0.010 0.002 0.035 0.414 66 A 0.047 0.014 0.009 0.022 0.066 0.103 0.131 0.004 0.002 0.043 0.559 67 D 0.006 0.008 0.002 0.062 0.146 0.392 0.052 0.001 0.001 0.027 0.303 68 L 0.005 0.004 0.001 0.043 0.107 0.359 0.040 0.001 0.001 0.061 0.379 69 I 0.002 0.002 0.001 0.049 0.428 0.351 0.018 0.001 0.001 0.033 0.116 70 E 0.002 0.002 0.001 0.095 0.316 0.403 0.014 0.001 0.001 0.045 0.121 71 V 0.002 0.001 0.001 0.073 0.460 0.293 0.012 0.001 0.001 0.028 0.130 72 E 0.004 0.001 0.001 0.141 0.347 0.343 0.017 0.001 0.001 0.035 0.109 73 V 0.046 0.004 0.001 0.074 0.167 0.220 0.055 0.003 0.001 0.069 0.360 74 V 0.042 0.004 0.001 0.052 0.067 0.070 0.090 0.003 0.001 0.044 0.624 75 G 0.050 0.009 0.001 0.018 0.021 0.032 0.107 0.003 0.001 0.030 0.729