# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 75.2253 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.287 0.077 0.027 0.056 0.069 0.071 0.109 0.094 0.090 0.076 0.044 2 K 0.161 0.381 0.056 0.216 0.129 0.030 0.016 0.006 0.004 0.002 0.001 3 L 0.015 0.011 0.009 0.032 0.021 0.047 0.105 0.110 0.218 0.179 0.253 4 S 0.143 0.159 0.049 0.234 0.213 0.083 0.068 0.023 0.017 0.008 0.004 5 R 0.121 0.323 0.075 0.255 0.140 0.039 0.024 0.010 0.007 0.004 0.002 6 L 0.006 0.005 0.005 0.019 0.020 0.045 0.107 0.128 0.224 0.196 0.244 7 V 0.126 0.340 0.061 0.210 0.125 0.050 0.046 0.019 0.012 0.008 0.004 8 P 0.274 0.340 0.068 0.139 0.085 0.033 0.029 0.015 0.008 0.005 0.003 9 G 0.650 0.158 0.025 0.076 0.042 0.023 0.013 0.006 0.004 0.003 0.002 10 V 0.079 0.113 0.025 0.129 0.120 0.150 0.180 0.086 0.062 0.036 0.020 11 P 0.191 0.227 0.046 0.287 0.153 0.051 0.026 0.011 0.005 0.002 0.001 12 A 0.016 0.013 0.016 0.026 0.039 0.070 0.141 0.149 0.186 0.187 0.157 13 R 0.019 0.102 0.058 0.343 0.280 0.091 0.064 0.023 0.013 0.006 0.002 14 I 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.008 0.026 0.053 0.186 0.329 0.387 15 K 0.016 0.039 0.067 0.297 0.307 0.124 0.090 0.028 0.017 0.011 0.005 16 R 0.048 0.189 0.117 0.276 0.147 0.090 0.066 0.024 0.023 0.014 0.007 17 L 0.008 0.005 0.005 0.015 0.026 0.043 0.111 0.187 0.210 0.191 0.198 18 E 0.213 0.271 0.100 0.200 0.123 0.029 0.029 0.015 0.009 0.007 0.002 19 V 0.015 0.051 0.038 0.076 0.054 0.089 0.139 0.111 0.159 0.152 0.116 20 S 0.149 0.384 0.057 0.176 0.128 0.045 0.036 0.013 0.007 0.003 0.001 21 G 0.761 0.118 0.026 0.036 0.021 0.012 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 22 E 0.399 0.221 0.080 0.175 0.070 0.030 0.013 0.005 0.003 0.002 0.001 23 L 0.007 0.012 0.015 0.037 0.037 0.092 0.241 0.168 0.191 0.117 0.083 24 H 0.006 0.017 0.050 0.127 0.185 0.213 0.219 0.095 0.051 0.026 0.010 25 E 0.034 0.047 0.527 0.204 0.092 0.051 0.027 0.008 0.005 0.003 0.001 26 K 0.003 0.009 0.072 0.090 0.124 0.190 0.259 0.121 0.079 0.034 0.018 27 L 0.001 0.002 0.011 0.006 0.008 0.013 0.060 0.106 0.212 0.301 0.280 28 V 0.003 0.011 0.126 0.145 0.215 0.167 0.163 0.075 0.048 0.036 0.011 29 G 0.032 0.058 0.364 0.226 0.142 0.067 0.057 0.024 0.017 0.009 0.004 30 M 0.010 0.009 0.012 0.018 0.025 0.057 0.213 0.171 0.228 0.161 0.096 31 G 0.199 0.139 0.036 0.095 0.086 0.073 0.122 0.082 0.087 0.049 0.033 32 F 0.014 0.013 0.016 0.040 0.035 0.054 0.122 0.107 0.209 0.190 0.199 33 V 0.056 0.121 0.042 0.133 0.126 0.122 0.129 0.084 0.085 0.058 0.045 34 P 0.161 0.566 0.032 0.105 0.075 0.021 0.020 0.009 0.005 0.004 0.002 35 G 0.738 0.131 0.008 0.046 0.034 0.016 0.010 0.007 0.004 0.003 0.002 36 E 0.278 0.346 0.034 0.124 0.113 0.044 0.032 0.012 0.008 0.005 0.003 37 E 0.114 0.234 0.031 0.294 0.196 0.052 0.047 0.020 0.009 0.003 0.002 38 I 0.002 0.002 0.002 0.007 0.013 0.042 0.115 0.173 0.234 0.204 0.206 39 E 0.037 0.116 0.129 0.492 0.173 0.034 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 40 I 0.001 0.004 0.008 0.014 0.014 0.028 0.080 0.133 0.234 0.235 0.251 41 V 0.009 0.015 0.029 0.100 0.118 0.098 0.146 0.117 0.138 0.140 0.091 42 Q 0.032 0.072 0.192 0.213 0.157 0.109 0.102 0.047 0.038 0.027 0.011 43 V 0.035 0.045 0.111 0.186 0.165 0.134 0.140 0.072 0.054 0.037 0.021 44 A 0.069 0.036 0.035 0.072 0.066 0.094 0.200 0.124 0.151 0.099 0.054 45 P 0.243 0.192 0.067 0.149 0.098 0.071 0.076 0.038 0.032 0.020 0.013 46 L 0.108 0.076 0.042 0.098 0.085 0.113 0.153 0.103 0.095 0.069 0.059 47 G 0.386 0.163 0.043 0.111 0.086 0.062 0.057 0.033 0.028 0.019 0.012 48 D 0.068 0.087 0.031 0.121 0.127 0.133 0.158 0.098 0.083 0.056 0.038 49 P 0.064 0.059 0.038 0.106 0.118 0.135 0.133 0.105 0.097 0.081 0.064 50 I 0.006 0.012 0.014 0.040 0.056 0.118 0.180 0.202 0.152 0.129 0.092 51 V 0.008 0.035 0.047 0.169 0.141 0.135 0.139 0.117 0.095 0.072 0.042 52 C 0.001 0.001 0.003 0.004 0.006 0.011 0.041 0.137 0.211 0.292 0.293 53 K 0.019 0.067 0.075 0.263 0.245 0.108 0.095 0.050 0.037 0.028 0.013 54 I 0.002 0.002 0.005 0.007 0.006 0.015 0.041 0.079 0.189 0.293 0.362 55 G 0.074 0.165 0.066 0.294 0.212 0.079 0.059 0.021 0.016 0.010 0.004 56 N 0.230 0.221 0.061 0.144 0.107 0.055 0.061 0.041 0.040 0.027 0.013 57 R 0.063 0.072 0.029 0.129 0.151 0.161 0.152 0.081 0.076 0.055 0.031 58 N 0.051 0.094 0.054 0.187 0.164 0.132 0.148 0.074 0.055 0.028 0.013 59 I 0.005 0.011 0.021 0.035 0.044 0.062 0.153 0.171 0.199 0.188 0.111 60 T 0.016 0.033 0.077 0.142 0.130 0.100 0.171 0.120 0.100 0.068 0.042 61 L 0.002 0.007 0.025 0.024 0.024 0.042 0.109 0.145 0.216 0.245 0.161 62 R 0.010 0.054 0.097 0.140 0.143 0.129 0.183 0.083 0.075 0.059 0.027 63 K 0.021 0.029 0.065 0.143 0.160 0.194 0.206 0.093 0.048 0.028 0.013 64 R 0.525 0.087 0.165 0.114 0.052 0.021 0.017 0.008 0.005 0.004 0.001 65 E 0.052 0.141 0.081 0.211 0.154 0.120 0.135 0.048 0.034 0.017 0.007 66 A 0.004 0.004 0.010 0.015 0.017 0.047 0.098 0.111 0.225 0.228 0.241 67 D 0.081 0.095 0.327 0.298 0.122 0.047 0.021 0.005 0.003 0.001 0.001 68 L 0.007 0.055 0.172 0.281 0.207 0.153 0.077 0.023 0.015 0.006 0.003 69 I 0.003 0.003 0.007 0.006 0.010 0.019 0.081 0.151 0.213 0.243 0.263 70 E 0.022 0.096 0.127 0.279 0.299 0.083 0.061 0.019 0.009 0.004 0.001 71 V 0.001 0.004 0.041 0.016 0.012 0.019 0.047 0.074 0.207 0.296 0.281 72 E 0.057 0.070 0.111 0.311 0.298 0.058 0.058 0.018 0.010 0.006 0.002 73 V 0.126 0.169 0.090 0.113 0.081 0.083 0.116 0.077 0.071 0.049 0.026 74 V 0.104 0.122 0.047 0.162 0.142 0.156 0.113 0.058 0.044 0.032 0.020 75 G 0.636 0.161 0.047 0.056 0.030 0.021 0.022 0.013 0.008 0.004 0.002