# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 75.2253 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.089 0.009 0.004 0.047 0.052 0.066 0.081 0.002 0.001 0.006 0.645 2 K 0.003 0.001 0.001 0.005 0.003 0.006 0.084 0.001 0.001 0.001 0.898 3 L 0.074 0.007 0.002 0.062 0.034 0.091 0.068 0.001 0.001 0.004 0.657 4 S 0.034 0.030 0.001 0.078 0.065 0.060 0.243 0.001 0.001 0.009 0.480 5 R 0.169 0.027 0.002 0.044 0.028 0.058 0.129 0.004 0.001 0.014 0.524 6 L 0.296 0.056 0.006 0.223 0.038 0.075 0.075 0.002 0.001 0.016 0.212 7 V 0.039 0.014 0.003 0.041 0.044 0.035 0.280 0.002 0.001 0.004 0.538 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.997 9 G 0.019 0.003 0.003 0.035 0.087 0.299 0.072 0.001 0.001 0.010 0.472 10 V 0.826 0.001 0.001 0.016 0.024 0.026 0.026 0.001 0.001 0.003 0.077 11 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.977 12 A 0.009 0.001 0.001 0.123 0.318 0.445 0.010 0.001 0.001 0.001 0.093 13 R 0.007 0.001 0.001 0.355 0.235 0.182 0.039 0.001 0.001 0.002 0.177 14 I 0.010 0.001 0.001 0.145 0.268 0.410 0.019 0.001 0.001 0.003 0.142 15 K 0.005 0.001 0.001 0.157 0.325 0.493 0.005 0.001 0.001 0.001 0.014 16 R 0.002 0.001 0.001 0.045 0.163 0.284 0.087 0.001 0.001 0.001 0.418 17 L 0.009 0.002 0.001 0.079 0.290 0.506 0.020 0.001 0.001 0.002 0.092 18 E 0.012 0.004 0.001 0.035 0.147 0.183 0.142 0.001 0.001 0.004 0.471 19 V 0.017 0.005 0.002 0.027 0.098 0.174 0.137 0.001 0.001 0.005 0.533 20 S 0.009 0.005 0.001 0.009 0.013 0.055 0.218 0.001 0.001 0.003 0.687 21 G 0.073 0.008 0.001 0.012 0.006 0.014 0.094 0.001 0.001 0.035 0.758 22 E 0.045 0.024 0.006 0.004 0.003 0.004 0.327 0.001 0.001 0.005 0.580 23 L 0.076 0.140 0.005 0.009 0.008 0.019 0.297 0.001 0.001 0.007 0.438 24 H 0.055 0.573 0.002 0.010 0.003 0.017 0.031 0.002 0.001 0.002 0.306 25 E 0.021 0.769 0.001 0.003 0.004 0.006 0.016 0.002 0.001 0.001 0.176 26 K 0.038 0.820 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.005 0.001 0.001 0.117 27 L 0.029 0.924 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 0.033 28 V 0.014 0.953 0.002 0.002 0.005 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 0.013 29 G 0.040 0.892 0.007 0.002 0.006 0.002 0.003 0.019 0.001 0.001 0.029 30 M 0.179 0.678 0.004 0.005 0.004 0.005 0.005 0.073 0.001 0.001 0.046 31 G 0.301 0.190 0.020 0.017 0.007 0.010 0.006 0.178 0.001 0.013 0.257 32 F 0.078 0.017 0.612 0.044 0.007 0.009 0.058 0.007 0.001 0.003 0.164 33 V 0.064 0.009 0.017 0.122 0.067 0.048 0.355 0.003 0.001 0.004 0.311 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.994 35 G 0.010 0.003 0.002 0.103 0.099 0.219 0.070 0.001 0.001 0.006 0.486 36 E 0.759 0.001 0.001 0.028 0.058 0.055 0.022 0.001 0.001 0.003 0.073 37 E 0.010 0.001 0.001 0.014 0.034 0.035 0.113 0.001 0.001 0.001 0.792 38 I 0.019 0.001 0.001 0.085 0.306 0.420 0.020 0.001 0.001 0.001 0.146 39 E 0.006 0.001 0.001 0.180 0.418 0.331 0.017 0.001 0.001 0.001 0.046 40 I 0.002 0.001 0.001 0.077 0.271 0.290 0.035 0.001 0.001 0.001 0.324 41 V 0.002 0.001 0.001 0.248 0.242 0.490 0.003 0.001 0.001 0.002 0.013 42 Q 0.003 0.002 0.001 0.128 0.322 0.388 0.030 0.001 0.001 0.001 0.127 43 V 0.003 0.003 0.001 0.114 0.156 0.415 0.026 0.001 0.001 0.002 0.279 44 A 0.020 0.002 0.001 0.151 0.220 0.401 0.038 0.001 0.001 0.003 0.164 45 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.979 46 L 0.015 0.002 0.001 0.025 0.075 0.200 0.061 0.001 0.001 0.003 0.620 47 G 0.112 0.004 0.001 0.028 0.038 0.062 0.064 0.001 0.001 0.031 0.658 48 D 0.364 0.002 0.004 0.015 0.038 0.037 0.102 0.001 0.001 0.006 0.431 49 P 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.022 0.001 0.001 0.001 0.964 50 I 0.010 0.001 0.001 0.092 0.285 0.365 0.117 0.001 0.001 0.003 0.126 51 V 0.031 0.002 0.001 0.163 0.162 0.329 0.062 0.001 0.001 0.003 0.247 52 C 0.009 0.003 0.001 0.175 0.316 0.429 0.010 0.001 0.001 0.001 0.055 53 K 0.003 0.006 0.001 0.149 0.394 0.314 0.020 0.001 0.001 0.001 0.112 54 I 0.001 0.004 0.001 0.049 0.353 0.514 0.010 0.001 0.001 0.001 0.068 55 G 0.005 0.005 0.001 0.053 0.163 0.373 0.099 0.001 0.001 0.004 0.297 56 N 0.061 0.003 0.002 0.031 0.040 0.064 0.155 0.001 0.001 0.014 0.629 57 R 0.204 0.010 0.005 0.036 0.106 0.167 0.142 0.001 0.001 0.007 0.322 58 N 0.059 0.014 0.004 0.042 0.102 0.148 0.155 0.001 0.001 0.009 0.465 59 I 0.038 0.018 0.004 0.047 0.206 0.330 0.064 0.001 0.001 0.004 0.289 60 T 0.023 0.055 0.002 0.053 0.223 0.339 0.088 0.001 0.001 0.004 0.212 61 L 0.035 0.105 0.001 0.041 0.225 0.334 0.060 0.001 0.001 0.004 0.193 62 R 0.027 0.195 0.002 0.026 0.124 0.272 0.104 0.003 0.001 0.003 0.244 63 K 0.076 0.149 0.004 0.030 0.065 0.161 0.046 0.004 0.001 0.004 0.461 64 R 0.033 0.104 0.008 0.010 0.039 0.067 0.101 0.004 0.001 0.004 0.631 65 E 0.136 0.163 0.013 0.018 0.039 0.065 0.133 0.005 0.001 0.008 0.420 66 A 0.151 0.367 0.010 0.025 0.053 0.087 0.025 0.006 0.001 0.005 0.271 67 D 0.088 0.329 0.007 0.027 0.137 0.141 0.057 0.007 0.001 0.006 0.202 68 L 0.413 0.136 0.010 0.031 0.042 0.057 0.063 0.011 0.001 0.006 0.231 69 I 0.230 0.136 0.015 0.090 0.206 0.201 0.026 0.009 0.001 0.003 0.085 70 E 0.022 0.026 0.011 0.186 0.271 0.251 0.040 0.003 0.001 0.002 0.188 71 V 0.006 0.012 0.011 0.198 0.222 0.334 0.017 0.001 0.001 0.001 0.197 72 E 0.005 0.003 0.001 0.206 0.269 0.468 0.010 0.001 0.001 0.001 0.038 73 V 0.001 0.002 0.001 0.025 0.029 0.045 0.032 0.001 0.001 0.001 0.866 74 V 0.007 0.003 0.001 0.150 0.147 0.507 0.023 0.001 0.001 0.002 0.161 75 G 0.018 0.002 0.001 0.034 0.027 0.042 0.100 0.001 0.001 0.004 0.772