# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 75.2253 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.107 0.012 0.132 0.051 0.071 0.093 0.014 0.519 2 K 0.020 0.006 0.030 0.026 0.038 0.070 0.004 0.805 3 L 0.031 0.010 0.063 0.030 0.131 0.073 0.003 0.659 4 S 0.043 0.026 0.030 0.060 0.093 0.311 0.008 0.429 5 R 0.288 0.023 0.018 0.024 0.037 0.196 0.031 0.383 6 L 0.418 0.065 0.054 0.034 0.043 0.047 0.029 0.310 7 V 0.086 0.044 0.065 0.105 0.098 0.118 0.012 0.471 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 9 G 0.035 0.012 0.027 0.074 0.213 0.091 0.046 0.502 10 V 0.754 0.001 0.019 0.025 0.019 0.033 0.011 0.139 11 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 12 A 0.012 0.001 0.121 0.235 0.481 0.045 0.001 0.105 13 R 0.073 0.001 0.246 0.252 0.236 0.030 0.003 0.161 14 I 0.008 0.001 0.183 0.225 0.395 0.019 0.001 0.168 15 K 0.002 0.001 0.396 0.305 0.276 0.006 0.001 0.014 16 R 0.002 0.001 0.089 0.208 0.334 0.018 0.001 0.348 17 L 0.004 0.001 0.311 0.123 0.407 0.021 0.002 0.132 18 E 0.006 0.001 0.065 0.154 0.174 0.114 0.002 0.484 19 V 0.019 0.004 0.067 0.055 0.150 0.088 0.004 0.614 20 S 0.011 0.005 0.021 0.012 0.046 0.194 0.003 0.707 21 G 0.069 0.010 0.009 0.006 0.013 0.076 0.009 0.808 22 E 0.086 0.020 0.007 0.004 0.005 0.342 0.007 0.530 23 L 0.127 0.137 0.010 0.007 0.017 0.253 0.010 0.438 24 H 0.052 0.544 0.014 0.009 0.025 0.059 0.006 0.291 25 E 0.016 0.636 0.008 0.006 0.013 0.061 0.005 0.256 26 K 0.036 0.802 0.006 0.005 0.007 0.016 0.006 0.121 27 L 0.025 0.907 0.004 0.004 0.010 0.004 0.005 0.041 28 V 0.019 0.873 0.006 0.006 0.019 0.009 0.009 0.057 29 G 0.044 0.859 0.007 0.005 0.005 0.005 0.013 0.061 30 M 0.183 0.635 0.018 0.014 0.009 0.005 0.074 0.063 31 G 0.795 0.019 0.005 0.007 0.003 0.004 0.104 0.063 32 F 0.031 0.027 0.707 0.031 0.025 0.013 0.028 0.139 33 V 0.031 0.016 0.076 0.143 0.191 0.137 0.011 0.394 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 35 G 0.009 0.005 0.077 0.130 0.188 0.191 0.016 0.384 36 E 0.838 0.001 0.021 0.014 0.014 0.041 0.006 0.065 37 E 0.023 0.001 0.030 0.115 0.090 0.060 0.002 0.681 38 I 0.017 0.001 0.031 0.362 0.518 0.024 0.001 0.048 39 E 0.005 0.001 0.070 0.484 0.397 0.007 0.001 0.038 40 I 0.001 0.001 0.027 0.282 0.529 0.009 0.001 0.152 41 V 0.001 0.001 0.174 0.330 0.478 0.004 0.001 0.013 42 Q 0.001 0.002 0.052 0.401 0.461 0.013 0.001 0.069 43 V 0.004 0.003 0.090 0.101 0.571 0.017 0.004 0.210 44 A 0.016 0.003 0.105 0.190 0.276 0.086 0.004 0.319 45 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 46 L 0.022 0.002 0.020 0.049 0.141 0.137 0.009 0.620 47 G 0.206 0.005 0.020 0.024 0.027 0.068 0.047 0.602 48 D 0.267 0.003 0.029 0.039 0.038 0.127 0.012 0.485 49 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 50 I 0.022 0.002 0.084 0.164 0.365 0.178 0.003 0.182 51 V 0.070 0.005 0.163 0.218 0.323 0.051 0.004 0.167 52 C 0.009 0.008 0.133 0.405 0.347 0.013 0.002 0.083 53 K 0.010 0.006 0.149 0.267 0.390 0.025 0.003 0.151 54 I 0.008 0.007 0.127 0.250 0.383 0.032 0.004 0.191 55 G 0.004 0.003 0.042 0.087 0.157 0.062 0.005 0.638 56 N 0.028 0.003 0.027 0.047 0.078 0.121 0.019 0.678 57 R 0.221 0.004 0.052 0.038 0.053 0.198 0.015 0.418 58 N 0.082 0.006 0.091 0.123 0.155 0.182 0.006 0.354 59 I 0.030 0.018 0.113 0.241 0.351 0.063 0.004 0.181 60 T 0.026 0.026 0.136 0.188 0.393 0.062 0.004 0.164 61 L 0.038 0.041 0.084 0.207 0.313 0.082 0.005 0.231 62 R 0.053 0.079 0.047 0.139 0.299 0.147 0.011 0.225 63 K 0.058 0.099 0.060 0.045 0.216 0.095 0.014 0.413 64 R 0.026 0.088 0.009 0.012 0.033 0.173 0.010 0.648 65 E 0.152 0.151 0.004 0.007 0.017 0.222 0.021 0.425 66 A 0.157 0.552 0.009 0.011 0.019 0.046 0.022 0.185 67 D 0.059 0.701 0.013 0.024 0.024 0.027 0.025 0.127 68 L 0.124 0.400 0.052 0.029 0.038 0.038 0.055 0.263 69 I 0.117 0.358 0.104 0.167 0.110 0.025 0.022 0.097 70 E 0.016 0.057 0.149 0.258 0.245 0.024 0.008 0.244 71 V 0.010 0.022 0.162 0.225 0.280 0.020 0.006 0.276 72 E 0.010 0.008 0.405 0.297 0.181 0.015 0.004 0.080 73 V 0.004 0.007 0.044 0.103 0.103 0.022 0.002 0.715 74 V 0.007 0.008 0.251 0.121 0.334 0.030 0.004 0.245 75 G 0.010 0.005 0.036 0.055 0.084 0.090 0.005 0.715