# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 75.2253 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.031 0.461 0.291 0.027 0.094 0.020 0.020 0.004 0.049 0.004 0.001 2 K 0.058 0.115 0.681 0.014 0.018 0.077 0.003 0.001 0.028 0.001 0.004 3 L 0.474 0.088 0.320 0.045 0.015 0.039 0.002 0.001 0.008 0.002 0.006 4 S 0.601 0.109 0.061 0.146 0.057 0.007 0.007 0.002 0.006 0.004 0.001 5 R 0.209 0.143 0.121 0.239 0.080 0.040 0.119 0.022 0.017 0.008 0.002 6 L 0.111 0.247 0.450 0.101 0.013 0.031 0.017 0.002 0.026 0.002 0.001 7 V 0.012 0.321 0.410 0.002 0.022 0.007 0.001 0.001 0.223 0.001 0.001 8 P 0.058 0.002 0.847 0.010 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.074 9 G 0.006 0.002 0.012 0.006 0.023 0.004 0.023 0.891 0.002 0.030 0.001 10 V 0.007 0.238 0.668 0.003 0.033 0.005 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 11 P 0.055 0.007 0.810 0.010 0.001 0.016 0.002 0.001 0.002 0.001 0.095 12 A 0.011 0.711 0.085 0.011 0.160 0.005 0.002 0.003 0.011 0.001 0.001 13 R 0.006 0.834 0.108 0.003 0.036 0.008 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 14 I 0.007 0.393 0.490 0.005 0.007 0.064 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 15 K 0.051 0.693 0.102 0.030 0.091 0.019 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 16 R 0.020 0.443 0.094 0.052 0.247 0.049 0.034 0.006 0.053 0.003 0.001 17 L 0.017 0.771 0.145 0.010 0.034 0.011 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 18 E 0.079 0.340 0.346 0.034 0.051 0.104 0.007 0.001 0.036 0.002 0.001 19 V 0.144 0.449 0.197 0.049 0.089 0.043 0.004 0.001 0.019 0.004 0.001 20 S 0.339 0.046 0.211 0.202 0.038 0.059 0.075 0.002 0.021 0.004 0.003 21 G 0.385 0.009 0.041 0.028 0.068 0.008 0.080 0.258 0.004 0.118 0.001 22 E 0.815 0.022 0.088 0.034 0.008 0.024 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 23 L 0.909 0.017 0.026 0.029 0.003 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 24 H 0.979 0.005 0.006 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.990 0.001 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 K 0.984 0.002 0.002 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 L 0.958 0.004 0.006 0.023 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 28 V 0.960 0.003 0.012 0.019 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 29 G 0.884 0.005 0.008 0.087 0.002 0.004 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 30 M 0.290 0.011 0.038 0.637 0.004 0.002 0.014 0.001 0.003 0.001 0.001 31 G 0.068 0.007 0.041 0.043 0.042 0.003 0.211 0.433 0.002 0.150 0.001 32 F 0.094 0.178 0.511 0.108 0.019 0.040 0.023 0.002 0.021 0.002 0.001 33 V 0.003 0.561 0.308 0.002 0.036 0.005 0.001 0.001 0.084 0.001 0.001 34 P 0.037 0.002 0.883 0.009 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 35 G 0.016 0.014 0.052 0.012 0.064 0.007 0.029 0.730 0.008 0.067 0.001 36 E 0.053 0.373 0.437 0.040 0.069 0.011 0.003 0.001 0.010 0.001 0.003 37 E 0.022 0.363 0.479 0.037 0.024 0.037 0.012 0.002 0.017 0.001 0.007 38 I 0.002 0.849 0.104 0.002 0.030 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 39 E 0.009 0.608 0.272 0.004 0.041 0.040 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 40 I 0.014 0.480 0.418 0.007 0.018 0.038 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 41 V 0.044 0.707 0.135 0.014 0.046 0.027 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 42 Q 0.053 0.557 0.147 0.034 0.116 0.056 0.008 0.001 0.025 0.001 0.001 43 V 0.046 0.737 0.087 0.031 0.067 0.019 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 44 A 0.014 0.190 0.401 0.002 0.062 0.022 0.004 0.001 0.302 0.003 0.001 45 P 0.213 0.006 0.704 0.016 0.001 0.019 0.002 0.001 0.003 0.001 0.036 46 L 0.215 0.104 0.258 0.327 0.029 0.011 0.038 0.005 0.009 0.003 0.001 47 G 0.014 0.006 0.024 0.017 0.070 0.005 0.043 0.621 0.003 0.196 0.001 48 D 0.003 0.204 0.472 0.005 0.065 0.008 0.010 0.001 0.228 0.004 0.001 49 P 0.057 0.003 0.844 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 50 I 0.046 0.650 0.198 0.039 0.042 0.010 0.002 0.004 0.009 0.001 0.001 51 V 0.006 0.781 0.168 0.007 0.016 0.010 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 52 C 0.002 0.877 0.071 0.001 0.033 0.005 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 53 K 0.006 0.750 0.147 0.002 0.033 0.037 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 54 I 0.034 0.292 0.469 0.033 0.024 0.084 0.003 0.001 0.057 0.001 0.002 55 G 0.093 0.026 0.053 0.062 0.134 0.013 0.096 0.256 0.004 0.262 0.001 56 N 0.013 0.034 0.028 0.351 0.054 0.025 0.432 0.041 0.012 0.009 0.001 57 R 0.031 0.578 0.229 0.072 0.039 0.009 0.024 0.002 0.012 0.002 0.001 58 N 0.082 0.454 0.279 0.032 0.063 0.062 0.008 0.001 0.016 0.001 0.002 59 I 0.050 0.715 0.138 0.016 0.046 0.023 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 60 T 0.096 0.622 0.133 0.016 0.054 0.048 0.003 0.001 0.029 0.001 0.001 61 L 0.156 0.436 0.201 0.035 0.083 0.055 0.005 0.001 0.028 0.001 0.001 62 R 0.218 0.406 0.175 0.037 0.092 0.043 0.007 0.001 0.019 0.003 0.001 63 K 0.647 0.098 0.136 0.044 0.025 0.029 0.007 0.001 0.011 0.001 0.001 64 R 0.604 0.069 0.073 0.107 0.054 0.027 0.041 0.009 0.012 0.004 0.001 65 E 0.315 0.123 0.055 0.350 0.052 0.028 0.058 0.004 0.012 0.002 0.001 66 A 0.317 0.246 0.215 0.061 0.063 0.032 0.019 0.004 0.040 0.003 0.001 67 D 0.508 0.105 0.173 0.142 0.020 0.023 0.017 0.002 0.006 0.001 0.003 68 L 0.084 0.413 0.157 0.229 0.049 0.020 0.026 0.002 0.018 0.001 0.001 69 I 0.006 0.795 0.155 0.006 0.027 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 70 E 0.022 0.369 0.490 0.007 0.017 0.061 0.006 0.001 0.025 0.001 0.002 71 V 0.007 0.759 0.170 0.006 0.024 0.018 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 72 E 0.030 0.525 0.286 0.007 0.061 0.048 0.002 0.001 0.040 0.001 0.001 73 V 0.099 0.276 0.413 0.025 0.030 0.112 0.006 0.001 0.034 0.001 0.003 74 V 0.154 0.327 0.237 0.161 0.046 0.035 0.010 0.001 0.026 0.001 0.001 75 G 0.077 0.039 0.093 0.035 0.250 0.017 0.068 0.147 0.012 0.262 0.001