# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 75.2253 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.060 0.383 0.218 0.012 0.265 0.009 0.008 0.009 0.008 0.017 0.011 2 K 0.182 0.254 0.028 0.002 0.479 0.002 0.004 0.010 0.005 0.006 0.030 3 L 0.298 0.074 0.009 0.010 0.119 0.012 0.012 0.069 0.162 0.034 0.201 4 S 0.010 0.046 0.039 0.050 0.036 0.231 0.323 0.139 0.091 0.027 0.007 5 R 0.103 0.080 0.025 0.009 0.190 0.004 0.017 0.089 0.083 0.362 0.038 6 L 0.121 0.235 0.098 0.010 0.254 0.009 0.013 0.047 0.081 0.093 0.038 7 V 0.043 0.188 0.586 0.017 0.095 0.032 0.015 0.011 0.006 0.003 0.004 8 P 0.012 0.309 0.041 0.022 0.028 0.029 0.286 0.113 0.148 0.007 0.005 9 G 0.012 0.004 0.008 0.026 0.005 0.009 0.007 0.007 0.012 0.749 0.162 10 V 0.020 0.614 0.129 0.004 0.197 0.004 0.007 0.004 0.003 0.009 0.008 11 P 0.419 0.066 0.006 0.004 0.257 0.016 0.026 0.005 0.008 0.024 0.168 12 A 0.131 0.229 0.031 0.008 0.576 0.006 0.004 0.001 0.001 0.003 0.010 13 R 0.192 0.062 0.003 0.001 0.731 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 14 I 0.664 0.025 0.002 0.001 0.194 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.109 15 K 0.096 0.189 0.065 0.025 0.391 0.122 0.047 0.006 0.007 0.014 0.038 16 R 0.328 0.064 0.010 0.003 0.555 0.001 0.002 0.001 0.002 0.010 0.023 17 L 0.219 0.203 0.020 0.009 0.422 0.009 0.006 0.005 0.006 0.019 0.082 18 E 0.179 0.172 0.182 0.043 0.225 0.051 0.063 0.014 0.006 0.018 0.047 19 V 0.080 0.182 0.148 0.090 0.120 0.046 0.044 0.111 0.081 0.051 0.049 20 S 0.018 0.083 0.049 0.192 0.035 0.123 0.050 0.205 0.137 0.094 0.013 21 G 0.011 0.017 0.023 0.034 0.015 0.021 0.026 0.375 0.208 0.246 0.024 22 E 0.013 0.047 0.019 0.003 0.026 0.003 0.013 0.716 0.096 0.054 0.011 23 L 0.014 0.029 0.008 0.001 0.018 0.002 0.005 0.758 0.117 0.039 0.008 24 H 0.003 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.883 0.097 0.003 0.001 25 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.937 0.051 0.002 0.001 26 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.950 0.035 0.003 0.001 27 L 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.010 0.888 0.085 0.006 0.001 28 V 0.002 0.020 0.004 0.002 0.006 0.005 0.035 0.763 0.155 0.008 0.001 29 G 0.017 0.005 0.005 0.003 0.010 0.009 0.103 0.468 0.120 0.189 0.072 30 M 0.007 0.674 0.204 0.004 0.059 0.004 0.019 0.009 0.007 0.010 0.003 31 G 0.090 0.048 0.019 0.015 0.070 0.018 0.023 0.027 0.027 0.387 0.275 32 F 0.118 0.283 0.102 0.031 0.214 0.009 0.015 0.026 0.045 0.098 0.060 33 V 0.037 0.198 0.572 0.035 0.103 0.027 0.007 0.008 0.004 0.003 0.007 34 P 0.018 0.161 0.060 0.042 0.030 0.041 0.252 0.189 0.192 0.007 0.007 35 G 0.028 0.016 0.021 0.029 0.018 0.011 0.014 0.017 0.032 0.681 0.132 36 E 0.025 0.569 0.136 0.010 0.171 0.011 0.017 0.014 0.013 0.020 0.015 37 E 0.354 0.050 0.005 0.002 0.512 0.005 0.014 0.005 0.005 0.010 0.038 38 I 0.261 0.113 0.009 0.005 0.568 0.005 0.004 0.003 0.002 0.003 0.026 39 E 0.190 0.109 0.009 0.002 0.657 0.005 0.007 0.003 0.001 0.002 0.015 40 I 0.453 0.053 0.004 0.001 0.457 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 41 V 0.225 0.147 0.021 0.012 0.424 0.025 0.015 0.008 0.007 0.016 0.100 42 Q 0.227 0.135 0.042 0.010 0.491 0.008 0.014 0.007 0.006 0.015 0.045 43 V 0.173 0.166 0.042 0.027 0.239 0.021 0.024 0.022 0.043 0.160 0.082 44 A 0.063 0.325 0.289 0.033 0.187 0.017 0.021 0.021 0.020 0.012 0.012 45 P 0.121 0.116 0.134 0.051 0.127 0.056 0.090 0.109 0.112 0.040 0.042 46 L 0.040 0.153 0.060 0.088 0.065 0.070 0.213 0.108 0.138 0.047 0.018 47 G 0.029 0.019 0.041 0.155 0.016 0.064 0.029 0.020 0.040 0.490 0.096 48 D 0.047 0.405 0.247 0.015 0.218 0.005 0.009 0.007 0.007 0.024 0.016 49 P 0.321 0.157 0.014 0.005 0.338 0.013 0.025 0.017 0.025 0.022 0.062 50 I 0.154 0.154 0.017 0.010 0.539 0.022 0.052 0.009 0.009 0.011 0.023 51 V 0.298 0.037 0.002 0.001 0.639 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 52 C 0.175 0.114 0.015 0.001 0.683 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 53 K 0.391 0.080 0.007 0.002 0.453 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.061 54 I 0.232 0.121 0.050 0.124 0.150 0.040 0.017 0.007 0.009 0.036 0.215 55 G 0.008 0.027 0.054 0.586 0.011 0.171 0.094 0.015 0.011 0.017 0.006 56 N 0.090 0.053 0.062 0.117 0.086 0.023 0.016 0.026 0.052 0.363 0.112 57 R 0.103 0.255 0.084 0.019 0.226 0.039 0.026 0.061 0.061 0.082 0.046 58 N 0.165 0.184 0.029 0.007 0.395 0.015 0.042 0.048 0.038 0.036 0.041 59 I 0.293 0.100 0.011 0.003 0.511 0.005 0.007 0.022 0.017 0.008 0.025 60 T 0.228 0.132 0.016 0.007 0.385 0.021 0.038 0.081 0.018 0.020 0.053 61 L 0.235 0.144 0.035 0.017 0.311 0.018 0.021 0.062 0.025 0.049 0.084 62 R 0.088 0.344 0.128 0.029 0.198 0.017 0.017 0.065 0.021 0.052 0.041 63 K 0.049 0.052 0.016 0.008 0.085 0.012 0.021 0.368 0.296 0.072 0.022 64 R 0.015 0.048 0.028 0.007 0.033 0.020 0.058 0.546 0.199 0.038 0.007 65 E 0.044 0.027 0.008 0.004 0.041 0.005 0.030 0.498 0.137 0.177 0.030 66 A 0.161 0.050 0.010 0.008 0.124 0.014 0.025 0.335 0.140 0.074 0.060 67 D 0.022 0.047 0.018 0.017 0.056 0.072 0.112 0.463 0.124 0.059 0.011 68 L 0.262 0.042 0.010 0.007 0.263 0.006 0.030 0.164 0.062 0.101 0.053 69 I 0.090 0.229 0.049 0.008 0.487 0.014 0.022 0.052 0.018 0.015 0.015 70 E 0.282 0.105 0.015 0.003 0.484 0.005 0.012 0.020 0.007 0.012 0.055 71 V 0.267 0.184 0.021 0.006 0.385 0.005 0.006 0.025 0.021 0.018 0.061 72 E 0.123 0.212 0.071 0.011 0.429 0.021 0.045 0.040 0.011 0.011 0.027 73 V 0.426 0.088 0.026 0.009 0.255 0.009 0.023 0.040 0.020 0.025 0.079 74 V 0.068 0.161 0.064 0.192 0.121 0.114 0.076 0.051 0.033 0.069 0.051 75 G 0.039 0.067 0.129 0.454 0.052 0.084 0.038 0.038 0.025 0.048 0.025