# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 68.6508 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.014 0.010 0.178 0.095 0.051 0.002 0.016 0.008 0.001 0.001 0.004 0.005 0.015 0.013 0.145 0.040 0.023 0.037 0.156 0.183 0.003 2 K 0.006 0.008 0.028 0.020 0.200 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.010 0.027 0.079 0.021 0.015 0.159 0.403 0.002 3 L 0.003 0.002 0.021 0.024 0.036 0.001 0.014 0.009 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.015 0.391 0.050 0.355 0.012 0.031 0.025 0.001 4 S 0.007 0.009 0.048 0.067 0.041 0.020 0.318 0.073 0.002 0.001 0.003 0.002 0.012 0.022 0.056 0.020 0.184 0.020 0.024 0.070 0.002 5 R 0.004 0.006 0.013 0.023 0.101 0.014 0.438 0.026 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.010 0.039 0.056 0.132 0.059 0.064 0.001 6 L 0.007 0.009 0.054 0.051 0.118 0.002 0.074 0.007 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.078 0.036 0.119 0.152 0.169 0.111 0.001 7 V 0.006 0.003 0.119 0.095 0.038 0.002 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.007 0.075 0.010 0.170 0.438 0.001 8 P 0.002 0.003 0.013 0.017 0.153 0.001 0.069 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.014 0.514 0.021 0.024 0.149 0.001 9 G 0.003 0.005 0.016 0.020 0.092 0.001 0.647 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.018 0.025 0.080 0.040 0.034 0.001 10 V 0.010 0.006 0.327 0.134 0.028 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.046 0.014 0.026 0.031 0.131 0.226 0.001 11 P 0.024 0.049 0.021 0.018 0.637 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.010 0.008 0.013 0.065 0.017 0.022 0.037 0.048 0.016 12 A 0.167 0.113 0.177 0.096 0.068 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.030 0.020 0.051 0.026 0.111 0.083 0.002 0.005 0.018 0.009 0.013 13 R 0.200 0.210 0.128 0.082 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.020 0.062 0.051 0.116 0.020 0.002 0.002 0.004 0.003 0.028 14 I 0.165 0.137 0.008 0.019 0.125 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.079 0.136 0.121 0.017 0.067 0.001 0.001 0.005 0.002 0.042 15 K 0.175 0.186 0.112 0.077 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.019 0.066 0.068 0.240 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 16 R 0.181 0.206 0.015 0.060 0.213 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.037 0.026 0.072 0.030 0.016 0.095 0.002 0.007 0.011 0.008 0.017 17 L 0.092 0.098 0.063 0.071 0.161 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.009 0.018 0.038 0.062 0.223 0.072 0.019 0.013 0.020 0.026 0.006 18 E 0.040 0.046 0.114 0.147 0.097 0.002 0.021 0.005 0.001 0.001 0.008 0.006 0.031 0.021 0.136 0.084 0.030 0.018 0.071 0.118 0.004 19 V 0.012 0.008 0.038 0.039 0.173 0.001 0.022 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.004 0.059 0.047 0.163 0.050 0.091 0.275 0.001 20 S 0.002 0.003 0.029 0.035 0.047 0.002 0.111 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.049 0.022 0.234 0.068 0.100 0.248 0.001 21 G 0.001 0.001 0.019 0.020 0.023 0.012 0.078 0.142 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.008 0.356 0.094 0.085 0.141 0.001 22 E 0.001 0.001 0.008 0.007 0.014 0.020 0.065 0.424 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.314 0.044 0.035 0.053 0.001 23 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.020 0.003 0.066 0.768 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.077 0.018 0.013 0.018 0.001 24 H 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.003 0.013 0.862 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.088 0.004 0.003 0.008 0.001 25 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.007 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 26 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.016 0.963 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 27 L 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.001 0.018 0.913 0.017 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 0.003 0.001 0.003 0.001 28 V 0.002 0.003 0.003 0.004 0.004 0.017 0.098 0.705 0.036 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.095 0.004 0.003 0.008 0.001 29 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.043 0.400 0.037 0.190 0.116 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.137 0.047 0.004 0.004 0.001 30 M 0.001 0.002 0.006 0.003 0.022 0.007 0.743 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.059 0.036 0.082 0.001 31 G 0.001 0.001 0.033 0.015 0.021 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.010 0.030 0.482 0.251 0.131 0.001 32 F 0.003 0.003 0.024 0.011 0.252 0.001 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.023 0.080 0.100 0.042 0.247 0.191 0.002 33 V 0.002 0.001 0.253 0.084 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.004 0.007 0.002 0.220 0.359 0.001 34 P 0.001 0.001 0.003 0.006 0.153 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.061 0.666 0.007 0.009 0.074 0.001 35 G 0.002 0.006 0.010 0.015 0.043 0.001 0.827 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.021 0.006 0.021 0.018 0.011 0.001 36 E 0.026 0.012 0.510 0.178 0.031 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.040 0.020 0.010 0.033 0.052 0.051 0.001 37 E 0.044 0.062 0.026 0.026 0.698 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.011 0.002 0.011 0.039 0.005 0.012 0.024 0.017 0.011 38 I 0.231 0.164 0.134 0.106 0.127 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.022 0.017 0.042 0.006 0.059 0.052 0.001 0.004 0.013 0.006 0.008 39 E 0.270 0.210 0.200 0.147 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.009 0.029 0.003 0.053 0.010 0.001 0.002 0.003 0.002 0.007 40 I 0.150 0.179 0.005 0.017 0.288 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.062 0.095 0.036 0.010 0.051 0.001 0.003 0.004 0.001 0.034 41 V 0.183 0.183 0.113 0.083 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.021 0.092 0.034 0.231 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 42 Q 0.224 0.263 0.041 0.115 0.125 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.028 0.019 0.068 0.019 0.024 0.044 0.002 0.002 0.005 0.004 0.016 43 V 0.139 0.135 0.032 0.063 0.288 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.013 0.023 0.033 0.030 0.120 0.048 0.020 0.009 0.012 0.017 0.008 44 A 0.053 0.061 0.152 0.276 0.073 0.001 0.014 0.003 0.001 0.001 0.004 0.006 0.019 0.009 0.080 0.021 0.024 0.010 0.056 0.133 0.002 45 P 0.015 0.013 0.033 0.033 0.443 0.002 0.020 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 0.026 0.158 0.030 0.061 0.135 0.001 46 L 0.007 0.010 0.105 0.104 0.095 0.002 0.247 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.040 0.014 0.160 0.031 0.059 0.118 0.001 47 G 0.009 0.009 0.033 0.029 0.256 0.001 0.194 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.034 0.041 0.086 0.137 0.051 0.115 0.001 48 D 0.019 0.029 0.186 0.154 0.057 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.041 0.021 0.012 0.025 0.139 0.295 0.002 49 P 0.112 0.111 0.058 0.025 0.366 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.010 0.009 0.018 0.020 0.047 0.094 0.058 0.011 0.017 0.024 0.014 50 I 0.247 0.242 0.133 0.089 0.021 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.041 0.024 0.072 0.025 0.052 0.008 0.001 0.002 0.002 0.001 0.031 51 V 0.301 0.370 0.006 0.006 0.064 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.032 0.082 0.037 0.006 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 52 C 0.371 0.362 0.049 0.057 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.025 0.060 0.016 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 53 K 0.324 0.415 0.004 0.014 0.136 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.017 0.040 0.011 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 54 I 0.332 0.258 0.062 0.150 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.018 0.037 0.010 0.059 0.008 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 55 G 0.143 0.156 0.048 0.076 0.258 0.001 0.013 0.003 0.001 0.001 0.009 0.011 0.038 0.022 0.058 0.038 0.067 0.013 0.009 0.026 0.008 56 N 0.095 0.093 0.074 0.091 0.157 0.005 0.146 0.010 0.003 0.001 0.016 0.011 0.023 0.006 0.046 0.033 0.029 0.070 0.040 0.044 0.006 57 R 0.070 0.069 0.122 0.081 0.133 0.003 0.040 0.032 0.002 0.001 0.007 0.007 0.021 0.011 0.078 0.033 0.089 0.080 0.047 0.068 0.007 58 N 0.082 0.120 0.106 0.095 0.164 0.006 0.019 0.089 0.002 0.001 0.021 0.010 0.034 0.010 0.044 0.027 0.047 0.029 0.039 0.045 0.010 59 I 0.131 0.171 0.043 0.050 0.110 0.010 0.026 0.204 0.002 0.001 0.018 0.014 0.043 0.016 0.035 0.015 0.060 0.014 0.012 0.012 0.013 60 T 0.106 0.184 0.041 0.074 0.077 0.009 0.022 0.272 0.006 0.002 0.027 0.016 0.038 0.018 0.035 0.017 0.024 0.011 0.009 0.007 0.007 61 L 0.098 0.144 0.028 0.044 0.104 0.006 0.035 0.296 0.006 0.002 0.008 0.011 0.033 0.022 0.030 0.019 0.068 0.010 0.010 0.017 0.008 62 R 0.045 0.087 0.028 0.048 0.097 0.006 0.045 0.407 0.017 0.005 0.006 0.006 0.010 0.007 0.024 0.011 0.058 0.024 0.022 0.041 0.002 63 K 0.023 0.024 0.026 0.039 0.068 0.009 0.052 0.233 0.026 0.007 0.001 0.002 0.004 0.002 0.024 0.007 0.361 0.024 0.025 0.039 0.001 64 R 0.010 0.016 0.017 0.015 0.051 0.013 0.103 0.516 0.012 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.004 0.139 0.022 0.017 0.051 0.001 65 E 0.007 0.010 0.013 0.019 0.056 0.017 0.147 0.368 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 0.200 0.060 0.026 0.035 0.001 66 A 0.022 0.051 0.025 0.022 0.336 0.003 0.120 0.171 0.013 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.018 0.095 0.038 0.023 0.043 0.001 67 D 0.062 0.077 0.127 0.093 0.077 0.022 0.133 0.165 0.010 0.005 0.003 0.002 0.008 0.004 0.046 0.015 0.083 0.020 0.013 0.030 0.004 68 L 0.108 0.319 0.020 0.052 0.210 0.004 0.072 0.027 0.009 0.005 0.007 0.007 0.019 0.018 0.015 0.020 0.019 0.022 0.012 0.009 0.025 69 I 0.235 0.261 0.044 0.024 0.162 0.001 0.015 0.007 0.001 0.001 0.019 0.015 0.026 0.024 0.033 0.099 0.003 0.005 0.007 0.007 0.013 70 E 0.172 0.230 0.220 0.150 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.013 0.031 0.023 0.079 0.004 0.001 0.002 0.003 0.002 0.035 71 V 0.170 0.143 0.003 0.004 0.353 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.045 0.044 0.078 0.025 0.003 0.061 0.001 0.002 0.004 0.002 0.058 72 E 0.094 0.088 0.384 0.216 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.012 0.027 0.009 0.137 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 73 V 0.032 0.035 0.002 0.009 0.661 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 0.017 0.006 0.002 0.188 0.002 0.006 0.012 0.004 0.006 74 V 0.024 0.026 0.144 0.157 0.021 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.012 0.010 0.502 0.014 0.018 0.005 0.023 0.028 0.001 75 G 0.014 0.017 0.021 0.040 0.320 0.002 0.042 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.011 0.007 0.038 0.167 0.064 0.053 0.061 0.132 0.002