# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 68.6508 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.007 0.005 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.334 0.023 0.133 0.473 2 K 0.435 0.092 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.049 0.096 0.061 0.248 3 L 0.685 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.093 0.023 0.110 4 S 0.076 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.039 0.141 0.689 5 R 0.011 0.001 0.003 0.001 0.032 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 0.030 0.126 0.669 6 L 0.037 0.001 0.011 0.001 0.026 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 0.041 0.165 0.589 7 V 0.719 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.061 0.036 0.145 8 P 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.026 0.156 0.771 9 G 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.012 0.179 0.759 10 V 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.460 0.066 0.064 0.297 11 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.032 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.432 0.027 0.080 0.385 12 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.041 0.007 0.004 0.002 0.749 0.015 0.028 0.147 13 R 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.031 0.016 0.009 0.798 0.046 0.013 0.065 14 I 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.560 0.044 0.039 0.332 15 K 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.790 0.019 0.026 0.151 16 R 0.017 0.006 0.001 0.001 0.004 0.022 0.023 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.441 0.057 0.082 0.337 17 L 0.012 0.009 0.002 0.001 0.020 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.395 0.080 0.070 0.381 18 E 0.060 0.030 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.232 0.044 0.093 0.531 19 V 0.131 0.124 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.056 0.084 0.547 20 S 0.045 0.352 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.042 0.068 0.473 21 G 0.035 0.623 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.028 0.044 0.248 22 E 0.021 0.685 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.094 0.033 0.128 23 L 0.018 0.862 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.035 0.009 0.056 24 H 0.027 0.879 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.004 0.033 0.007 0.035 25 E 0.028 0.721 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.001 0.010 0.106 0.013 0.088 26 K 0.077 0.650 0.038 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.026 0.098 0.025 0.077 27 L 0.064 0.081 0.368 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.353 0.018 0.096 28 V 0.564 0.041 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.046 0.045 0.267 29 G 0.113 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.032 0.062 0.763 30 M 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.015 0.204 0.736 31 G 0.009 0.005 0.006 0.002 0.019 0.018 0.004 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.076 0.148 0.575 32 F 0.006 0.001 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.019 0.104 0.795 33 V 0.467 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.117 0.114 0.036 0.254 34 P 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.054 0.129 0.705 35 G 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.015 0.119 0.738 36 E 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.664 0.058 0.037 0.204 37 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.512 0.025 0.082 0.343 38 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 0.003 0.002 0.001 0.852 0.008 0.017 0.092 39 E 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 0.042 0.025 0.015 0.775 0.039 0.014 0.063 40 I 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.764 0.042 0.022 0.154 41 V 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.609 0.034 0.033 0.303 42 Q 0.010 0.005 0.001 0.001 0.008 0.026 0.022 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.611 0.047 0.061 0.197 43 V 0.017 0.002 0.002 0.001 0.009 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.062 0.071 0.699 44 A 0.187 0.005 0.005 0.002 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.189 0.102 0.072 0.412 45 P 0.123 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.040 0.091 0.700 46 L 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.018 0.124 0.757 47 G 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.023 0.137 0.758 48 D 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.015 0.019 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.293 0.086 0.115 0.433 49 P 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.019 0.003 0.008 0.004 0.004 0.003 0.175 0.048 0.108 0.596 50 I 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 0.017 0.020 0.010 0.792 0.045 0.016 0.069 51 V 0.011 0.002 0.001 0.001 0.005 0.051 0.054 0.010 0.003 0.002 0.001 0.002 0.019 0.027 0.038 0.019 0.359 0.105 0.044 0.245 52 C 0.001 0.001 0.003 0.001 0.474 0.099 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.334 0.027 0.009 0.029 53 K 0.068 0.001 0.002 0.001 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.561 0.075 0.040 0.220 54 I 0.464 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.214 0.092 0.050 0.176 55 G 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.015 0.200 0.742 56 N 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.203 0.039 0.149 0.599 57 R 0.003 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.638 0.081 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.046 0.036 0.119 58 N 0.020 0.063 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.170 0.043 0.006 0.009 0.002 0.001 0.002 0.244 0.101 0.047 0.225 59 I 0.016 0.062 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.003 0.520 0.076 0.017 0.004 0.097 0.031 0.021 0.126 60 T 0.019 0.077 0.004 0.001 0.003 0.007 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.151 0.247 0.033 0.149 0.041 0.046 0.180 61 L 0.036 0.102 0.009 0.002 0.006 0.004 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.006 0.240 0.102 0.068 0.396 62 R 0.267 0.293 0.005 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.066 0.058 0.221 63 K 0.116 0.183 0.014 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.058 0.115 0.428 64 R 0.085 0.103 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.066 0.122 0.529 65 E 0.144 0.083 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.145 0.069 0.121 0.409 66 A 0.055 0.018 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.130 0.079 0.162 0.525 67 D 0.009 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.008 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.516 0.028 0.077 0.331 68 L 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.452 0.034 0.074 0.406 69 I 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.003 0.771 0.015 0.027 0.161 70 E 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.006 0.014 0.812 0.026 0.019 0.080 71 V 0.002 0.005 0.003 0.001 0.029 0.015 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.548 0.050 0.035 0.287 72 E 0.049 0.007 0.006 0.002 0.035 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.645 0.087 0.026 0.127 73 V 0.168 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.163 0.059 0.064 0.532 74 V 0.031 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.028 0.082 0.788 75 G 0.026 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.032 0.108 0.761