# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 68.6508 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.007 0.039 0.149 0.168 0.121 0.043 0.463 2 K 0.132 0.021 0.031 0.084 0.131 0.095 0.066 0.438 3 L 0.186 0.013 0.021 0.076 0.052 0.071 0.061 0.520 4 S 0.111 0.005 0.025 0.061 0.134 0.091 0.033 0.539 5 R 0.003 0.001 0.027 0.034 0.069 0.125 0.020 0.721 6 L 0.027 0.001 0.030 0.065 0.073 0.102 0.026 0.675 7 V 0.754 0.006 0.005 0.015 0.021 0.025 0.053 0.120 8 P 0.010 0.001 0.015 0.012 0.015 0.141 0.015 0.790 9 G 0.004 0.001 0.015 0.014 0.052 0.131 0.019 0.764 10 V 0.005 0.005 0.138 0.269 0.263 0.073 0.080 0.166 11 P 0.005 0.002 0.130 0.122 0.209 0.074 0.023 0.435 12 A 0.001 0.002 0.229 0.273 0.266 0.037 0.049 0.143 13 R 0.004 0.002 0.311 0.220 0.284 0.030 0.031 0.118 14 I 0.015 0.003 0.176 0.278 0.234 0.041 0.039 0.214 15 K 0.020 0.008 0.220 0.179 0.222 0.048 0.046 0.256 16 R 0.030 0.013 0.162 0.095 0.176 0.078 0.061 0.385 17 L 0.016 0.012 0.102 0.083 0.084 0.106 0.041 0.557 18 E 0.110 0.058 0.043 0.040 0.044 0.104 0.049 0.551 19 V 0.217 0.216 0.011 0.006 0.008 0.059 0.052 0.431 20 S 0.080 0.609 0.003 0.003 0.003 0.032 0.051 0.219 21 G 0.048 0.684 0.005 0.004 0.004 0.025 0.096 0.133 22 E 0.017 0.717 0.007 0.006 0.008 0.019 0.111 0.114 23 L 0.020 0.911 0.002 0.002 0.005 0.005 0.024 0.032 24 H 0.005 0.929 0.002 0.006 0.003 0.003 0.036 0.015 25 E 0.016 0.895 0.004 0.007 0.006 0.005 0.034 0.034 26 K 0.053 0.728 0.012 0.007 0.015 0.008 0.101 0.075 27 L 0.139 0.160 0.142 0.057 0.023 0.049 0.298 0.133 28 V 0.647 0.032 0.011 0.006 0.010 0.023 0.101 0.171 29 G 0.028 0.005 0.013 0.003 0.005 0.071 0.017 0.857 30 M 0.022 0.004 0.043 0.011 0.024 0.124 0.023 0.750 31 G 0.009 0.002 0.053 0.020 0.027 0.195 0.046 0.649 32 F 0.020 0.001 0.017 0.009 0.008 0.104 0.011 0.830 33 V 0.443 0.005 0.033 0.021 0.035 0.065 0.090 0.309 34 P 0.025 0.001 0.036 0.007 0.010 0.113 0.014 0.795 35 G 0.006 0.001 0.014 0.011 0.033 0.102 0.014 0.820 36 E 0.003 0.003 0.173 0.157 0.367 0.067 0.068 0.163 37 E 0.003 0.002 0.179 0.232 0.275 0.054 0.031 0.225 38 I 0.001 0.001 0.063 0.325 0.226 0.049 0.021 0.314 39 E 0.002 0.002 0.270 0.324 0.313 0.016 0.024 0.048 40 I 0.017 0.003 0.076 0.239 0.266 0.036 0.032 0.331 41 V 0.022 0.003 0.173 0.203 0.207 0.053 0.047 0.291 42 Q 0.047 0.005 0.089 0.150 0.301 0.069 0.028 0.309 43 V 0.019 0.002 0.060 0.062 0.081 0.084 0.028 0.665 44 A 0.267 0.005 0.029 0.049 0.046 0.066 0.062 0.476 45 P 0.379 0.002 0.011 0.007 0.017 0.065 0.047 0.472 46 L 0.006 0.001 0.023 0.010 0.019 0.138 0.014 0.790 47 G 0.008 0.001 0.004 0.011 0.027 0.122 0.011 0.815 48 D 0.011 0.008 0.057 0.205 0.205 0.135 0.098 0.282 49 P 0.005 0.002 0.095 0.078 0.335 0.084 0.097 0.303 50 I 0.001 0.002 0.110 0.288 0.492 0.014 0.042 0.051 51 V 0.001 0.001 0.160 0.326 0.445 0.012 0.013 0.046 52 C 0.001 0.001 0.175 0.595 0.179 0.007 0.019 0.024 53 K 0.024 0.001 0.124 0.200 0.477 0.022 0.056 0.096 54 I 0.265 0.002 0.111 0.097 0.103 0.095 0.049 0.279 55 G 0.010 0.001 0.006 0.020 0.027 0.133 0.008 0.796 56 N 0.005 0.003 0.003 0.025 0.039 0.139 0.030 0.756 57 R 0.010 0.076 0.032 0.299 0.179 0.069 0.103 0.233 58 N 0.093 0.347 0.028 0.105 0.129 0.039 0.074 0.185 59 I 0.026 0.258 0.021 0.306 0.138 0.036 0.057 0.158 60 T 0.036 0.119 0.036 0.173 0.315 0.044 0.105 0.171 61 L 0.062 0.203 0.031 0.172 0.197 0.043 0.116 0.177 62 R 0.224 0.317 0.010 0.035 0.046 0.037 0.079 0.252 63 K 0.235 0.272 0.006 0.030 0.020 0.049 0.069 0.319 64 R 0.073 0.176 0.012 0.022 0.038 0.069 0.064 0.546 65 E 0.101 0.117 0.034 0.029 0.050 0.098 0.070 0.501 66 A 0.174 0.074 0.019 0.054 0.086 0.075 0.106 0.410 67 D 0.013 0.024 0.077 0.062 0.193 0.115 0.087 0.428 68 L 0.004 0.008 0.095 0.096 0.307 0.087 0.089 0.314 69 I 0.002 0.008 0.158 0.287 0.336 0.035 0.050 0.124 70 E 0.004 0.003 0.249 0.298 0.334 0.020 0.026 0.067 71 V 0.002 0.001 0.128 0.396 0.195 0.033 0.053 0.192 72 E 0.020 0.001 0.182 0.275 0.317 0.028 0.049 0.127 73 V 0.283 0.002 0.052 0.050 0.096 0.061 0.026 0.430 74 V 0.017 0.001 0.022 0.051 0.068 0.108 0.014 0.720 75 G 0.015 0.001 0.004 0.026 0.045 0.097 0.010 0.801