# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 68.6508 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.344 0.084 0.056 0.081 0.075 0.065 0.094 0.078 0.058 0.041 0.024 2 K 0.126 0.205 0.092 0.242 0.144 0.076 0.062 0.027 0.015 0.007 0.004 3 L 0.008 0.007 0.009 0.016 0.030 0.038 0.096 0.149 0.202 0.204 0.242 4 S 0.149 0.141 0.123 0.223 0.174 0.074 0.057 0.031 0.016 0.008 0.004 5 R 0.167 0.141 0.144 0.269 0.139 0.056 0.045 0.021 0.011 0.005 0.003 6 L 0.010 0.007 0.007 0.012 0.020 0.043 0.109 0.119 0.208 0.244 0.220 7 V 0.101 0.394 0.091 0.197 0.107 0.047 0.032 0.014 0.009 0.005 0.003 8 P 0.368 0.211 0.083 0.152 0.083 0.042 0.031 0.016 0.008 0.004 0.002 9 G 0.714 0.129 0.022 0.049 0.028 0.018 0.017 0.010 0.006 0.005 0.003 10 V 0.117 0.157 0.030 0.131 0.108 0.124 0.153 0.088 0.053 0.028 0.011 11 P 0.159 0.166 0.068 0.225 0.169 0.104 0.056 0.029 0.013 0.007 0.004 12 A 0.042 0.015 0.026 0.027 0.039 0.071 0.157 0.166 0.186 0.153 0.120 13 R 0.026 0.124 0.073 0.351 0.216 0.098 0.069 0.026 0.011 0.004 0.002 14 I 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.007 0.021 0.051 0.159 0.266 0.487 15 K 0.028 0.079 0.111 0.290 0.263 0.114 0.062 0.031 0.013 0.007 0.003 16 R 0.051 0.123 0.139 0.276 0.157 0.098 0.079 0.039 0.021 0.012 0.005 17 L 0.010 0.003 0.005 0.010 0.020 0.044 0.109 0.139 0.204 0.200 0.257 18 E 0.210 0.307 0.086 0.212 0.098 0.036 0.028 0.012 0.007 0.003 0.002 19 V 0.023 0.043 0.034 0.050 0.066 0.095 0.160 0.131 0.148 0.139 0.111 20 S 0.229 0.396 0.059 0.136 0.083 0.045 0.030 0.011 0.006 0.003 0.002 21 G 0.815 0.072 0.021 0.043 0.019 0.011 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 22 E 0.479 0.185 0.056 0.147 0.070 0.029 0.019 0.009 0.003 0.002 0.001 23 L 0.004 0.010 0.008 0.020 0.033 0.053 0.122 0.151 0.235 0.215 0.147 24 H 0.006 0.013 0.027 0.088 0.169 0.233 0.228 0.120 0.060 0.040 0.014 25 E 0.012 0.042 0.592 0.205 0.074 0.039 0.019 0.009 0.004 0.003 0.001 26 K 0.004 0.009 0.037 0.094 0.119 0.261 0.284 0.103 0.054 0.026 0.010 27 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.023 0.061 0.188 0.292 0.423 28 V 0.006 0.014 0.058 0.090 0.159 0.180 0.206 0.122 0.085 0.054 0.025 29 G 0.052 0.081 0.339 0.221 0.121 0.067 0.058 0.027 0.017 0.012 0.005 30 M 0.009 0.007 0.011 0.018 0.030 0.081 0.175 0.166 0.205 0.179 0.120 31 G 0.095 0.080 0.024 0.094 0.095 0.092 0.149 0.131 0.114 0.070 0.055 32 F 0.014 0.012 0.019 0.030 0.044 0.051 0.112 0.147 0.181 0.173 0.217 33 V 0.044 0.079 0.056 0.112 0.148 0.125 0.157 0.105 0.075 0.056 0.043 34 P 0.289 0.374 0.050 0.137 0.064 0.032 0.028 0.013 0.007 0.004 0.002 35 G 0.585 0.103 0.017 0.068 0.058 0.044 0.044 0.029 0.022 0.017 0.013 36 E 0.365 0.216 0.037 0.130 0.080 0.059 0.054 0.030 0.017 0.009 0.004 37 E 0.085 0.191 0.057 0.266 0.164 0.101 0.071 0.033 0.018 0.009 0.005 38 I 0.004 0.002 0.003 0.003 0.007 0.020 0.055 0.084 0.211 0.246 0.364 39 E 0.040 0.168 0.140 0.378 0.185 0.053 0.021 0.008 0.004 0.002 0.001 40 I 0.003 0.003 0.014 0.013 0.022 0.030 0.073 0.124 0.207 0.233 0.277 41 V 0.012 0.020 0.026 0.101 0.150 0.149 0.169 0.143 0.102 0.076 0.051 42 Q 0.072 0.092 0.136 0.206 0.127 0.099 0.109 0.067 0.051 0.031 0.012 43 V 0.040 0.053 0.079 0.156 0.146 0.160 0.150 0.088 0.058 0.042 0.028 44 A 0.049 0.047 0.038 0.073 0.075 0.088 0.157 0.143 0.145 0.108 0.077 45 P 0.221 0.192 0.073 0.139 0.099 0.073 0.080 0.049 0.034 0.024 0.015 46 L 0.085 0.065 0.046 0.105 0.112 0.105 0.142 0.108 0.101 0.070 0.061 47 G 0.452 0.153 0.043 0.105 0.071 0.047 0.050 0.032 0.022 0.015 0.009 48 D 0.033 0.051 0.028 0.101 0.113 0.133 0.189 0.126 0.109 0.070 0.047 49 P 0.032 0.038 0.028 0.086 0.118 0.119 0.140 0.137 0.119 0.102 0.081 50 I 0.009 0.013 0.015 0.037 0.052 0.081 0.170 0.175 0.197 0.156 0.095 51 V 0.016 0.036 0.039 0.169 0.177 0.139 0.156 0.103 0.079 0.050 0.036 52 C 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.007 0.024 0.053 0.185 0.278 0.446 53 K 0.019 0.061 0.057 0.280 0.279 0.116 0.093 0.048 0.026 0.012 0.009 54 I 0.002 0.003 0.006 0.005 0.009 0.014 0.042 0.073 0.184 0.272 0.390 55 G 0.044 0.106 0.056 0.241 0.232 0.133 0.095 0.043 0.026 0.014 0.010 56 N 0.250 0.161 0.076 0.145 0.087 0.075 0.082 0.047 0.039 0.027 0.013 57 R 0.048 0.055 0.034 0.120 0.131 0.164 0.186 0.107 0.079 0.048 0.028 58 N 0.058 0.111 0.053 0.162 0.135 0.130 0.153 0.085 0.061 0.036 0.017 59 I 0.006 0.006 0.013 0.018 0.027 0.062 0.127 0.131 0.215 0.201 0.195 60 T 0.019 0.036 0.064 0.133 0.155 0.140 0.180 0.107 0.080 0.047 0.040 61 L 0.002 0.001 0.007 0.006 0.013 0.020 0.059 0.109 0.218 0.258 0.308 62 R 0.005 0.041 0.079 0.128 0.157 0.139 0.181 0.110 0.077 0.055 0.029 63 K 0.026 0.035 0.104 0.164 0.170 0.175 0.175 0.072 0.048 0.022 0.010 64 R 0.455 0.134 0.172 0.128 0.055 0.026 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 65 E 0.029 0.084 0.089 0.200 0.170 0.125 0.176 0.075 0.032 0.014 0.006 66 A 0.014 0.008 0.021 0.021 0.040 0.061 0.140 0.160 0.179 0.204 0.152 67 D 0.024 0.118 0.503 0.208 0.085 0.038 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 68 L 0.013 0.034 0.290 0.206 0.178 0.116 0.090 0.042 0.018 0.009 0.005 69 I 0.012 0.006 0.018 0.011 0.019 0.040 0.114 0.161 0.215 0.206 0.199 70 E 0.041 0.149 0.182 0.320 0.174 0.061 0.042 0.018 0.008 0.003 0.002 71 V 0.007 0.002 0.021 0.010 0.022 0.023 0.090 0.171 0.176 0.207 0.272 72 E 0.083 0.158 0.269 0.263 0.130 0.049 0.026 0.010 0.006 0.003 0.002 73 V 0.065 0.104 0.119 0.135 0.119 0.118 0.173 0.084 0.046 0.024 0.012 74 V 0.148 0.139 0.099 0.161 0.135 0.095 0.090 0.060 0.036 0.022 0.015 75 G 0.545 0.194 0.060 0.081 0.039 0.025 0.029 0.013 0.008 0.004 0.002