# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 68.6508 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.203 0.020 0.013 0.084 0.124 0.125 0.072 0.002 0.001 0.006 0.351 2 K 0.004 0.002 0.001 0.033 0.022 0.039 0.041 0.001 0.001 0.001 0.857 3 L 0.019 0.004 0.002 0.072 0.104 0.340 0.027 0.001 0.001 0.001 0.431 4 S 0.014 0.011 0.001 0.099 0.057 0.153 0.158 0.001 0.001 0.008 0.498 5 R 0.209 0.009 0.005 0.031 0.040 0.095 0.138 0.002 0.001 0.024 0.449 6 L 0.503 0.021 0.033 0.113 0.031 0.113 0.039 0.004 0.001 0.008 0.134 7 V 0.027 0.017 0.007 0.079 0.132 0.071 0.250 0.003 0.001 0.002 0.412 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 9 G 0.033 0.001 0.006 0.052 0.050 0.287 0.125 0.001 0.001 0.016 0.429 10 V 0.928 0.001 0.001 0.002 0.006 0.003 0.018 0.001 0.001 0.003 0.039 11 P 0.002 0.001 0.001 0.018 0.003 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.962 12 A 0.005 0.001 0.001 0.056 0.296 0.544 0.014 0.001 0.001 0.001 0.082 13 R 0.005 0.001 0.001 0.276 0.173 0.238 0.064 0.001 0.001 0.001 0.243 14 I 0.001 0.001 0.001 0.115 0.208 0.538 0.010 0.001 0.001 0.001 0.127 15 K 0.002 0.001 0.001 0.251 0.287 0.390 0.015 0.001 0.001 0.001 0.054 16 R 0.002 0.001 0.001 0.115 0.150 0.310 0.039 0.001 0.001 0.001 0.382 17 L 0.007 0.002 0.001 0.143 0.258 0.376 0.051 0.001 0.001 0.002 0.160 18 E 0.006 0.002 0.001 0.077 0.083 0.163 0.176 0.001 0.001 0.003 0.489 19 V 0.015 0.003 0.001 0.031 0.026 0.039 0.176 0.001 0.001 0.005 0.703 20 S 0.016 0.004 0.001 0.011 0.007 0.018 0.279 0.001 0.001 0.006 0.658 21 G 0.093 0.005 0.001 0.004 0.003 0.007 0.131 0.001 0.001 0.015 0.741 22 E 0.083 0.019 0.002 0.002 0.001 0.002 0.392 0.001 0.001 0.006 0.491 23 L 0.077 0.105 0.002 0.002 0.003 0.005 0.351 0.001 0.001 0.002 0.451 24 H 0.024 0.487 0.003 0.004 0.006 0.014 0.123 0.001 0.001 0.001 0.337 25 E 0.008 0.699 0.001 0.003 0.004 0.007 0.040 0.001 0.001 0.001 0.236 26 K 0.017 0.851 0.001 0.002 0.002 0.003 0.024 0.002 0.001 0.001 0.098 27 L 0.015 0.948 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.009 0.001 0.001 0.019 28 V 0.003 0.984 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 29 G 0.026 0.916 0.003 0.002 0.002 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 0.023 30 M 0.223 0.560 0.016 0.009 0.008 0.009 0.002 0.120 0.001 0.001 0.051 31 G 0.427 0.087 0.049 0.008 0.025 0.031 0.009 0.202 0.001 0.003 0.159 32 F 0.024 0.005 0.843 0.023 0.004 0.010 0.008 0.005 0.001 0.001 0.076 33 V 0.010 0.003 0.011 0.153 0.164 0.080 0.182 0.002 0.001 0.001 0.394 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 35 G 0.015 0.001 0.003 0.197 0.049 0.302 0.104 0.001 0.001 0.012 0.317 36 E 0.816 0.001 0.002 0.013 0.014 0.015 0.041 0.001 0.001 0.018 0.079 37 E 0.024 0.001 0.001 0.229 0.034 0.039 0.095 0.001 0.001 0.001 0.578 38 I 0.011 0.001 0.001 0.148 0.275 0.438 0.018 0.001 0.001 0.001 0.108 39 E 0.001 0.001 0.001 0.225 0.330 0.319 0.039 0.001 0.001 0.001 0.084 40 I 0.001 0.001 0.001 0.061 0.261 0.548 0.006 0.001 0.001 0.001 0.123 41 V 0.001 0.001 0.001 0.153 0.277 0.526 0.009 0.001 0.001 0.001 0.033 42 Q 0.002 0.001 0.001 0.079 0.219 0.452 0.031 0.001 0.001 0.002 0.214 43 V 0.008 0.002 0.002 0.081 0.144 0.429 0.042 0.001 0.001 0.003 0.288 44 A 0.018 0.002 0.004 0.069 0.229 0.297 0.093 0.001 0.001 0.004 0.283 45 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.984 46 L 0.020 0.001 0.003 0.033 0.030 0.071 0.056 0.001 0.001 0.003 0.782 47 G 0.273 0.001 0.004 0.020 0.025 0.054 0.065 0.001 0.001 0.035 0.522 48 D 0.235 0.002 0.005 0.035 0.114 0.027 0.154 0.001 0.001 0.008 0.419 49 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 50 I 0.001 0.001 0.001 0.041 0.264 0.645 0.023 0.001 0.001 0.001 0.025 51 V 0.020 0.001 0.001 0.054 0.103 0.290 0.031 0.001 0.001 0.004 0.497 52 C 0.007 0.002 0.001 0.154 0.453 0.323 0.007 0.001 0.001 0.001 0.054 53 K 0.001 0.001 0.001 0.056 0.215 0.358 0.016 0.001 0.001 0.001 0.352 54 I 0.001 0.001 0.001 0.064 0.341 0.487 0.018 0.001 0.001 0.001 0.088 55 G 0.004 0.001 0.001 0.051 0.128 0.377 0.059 0.001 0.001 0.002 0.378 56 N 0.006 0.001 0.001 0.041 0.016 0.031 0.126 0.001 0.001 0.003 0.777 57 R 0.357 0.003 0.005 0.017 0.075 0.052 0.139 0.001 0.001 0.016 0.335 58 N 0.060 0.008 0.001 0.031 0.067 0.090 0.239 0.001 0.001 0.006 0.500 59 I 0.030 0.016 0.002 0.025 0.254 0.477 0.076 0.001 0.001 0.003 0.117 60 T 0.013 0.033 0.002 0.030 0.240 0.550 0.046 0.001 0.001 0.001 0.086 61 L 0.008 0.047 0.001 0.028 0.310 0.509 0.023 0.001 0.001 0.001 0.072 62 R 0.020 0.092 0.002 0.024 0.215 0.505 0.025 0.002 0.001 0.001 0.112 63 K 0.042 0.119 0.002 0.035 0.128 0.447 0.024 0.003 0.001 0.002 0.198 64 R 0.058 0.131 0.006 0.019 0.070 0.192 0.083 0.005 0.001 0.003 0.434 65 E 0.227 0.131 0.012 0.020 0.048 0.144 0.090 0.009 0.001 0.004 0.314 66 A 0.240 0.165 0.030 0.031 0.050 0.092 0.034 0.010 0.001 0.005 0.343 67 D 0.109 0.108 0.014 0.052 0.089 0.110 0.054 0.009 0.001 0.003 0.452 68 L 0.152 0.063 0.014 0.067 0.037 0.050 0.042 0.006 0.001 0.002 0.567 69 I 0.114 0.042 0.019 0.281 0.157 0.162 0.024 0.004 0.001 0.001 0.196 70 E 0.004 0.007 0.002 0.307 0.204 0.230 0.031 0.001 0.001 0.001 0.213 71 V 0.004 0.006 0.005 0.376 0.182 0.258 0.014 0.001 0.001 0.001 0.153 72 E 0.003 0.005 0.001 0.486 0.193 0.173 0.025 0.001 0.001 0.001 0.112 73 V 0.002 0.001 0.001 0.075 0.072 0.190 0.018 0.001 0.001 0.001 0.640 74 V 0.006 0.003 0.001 0.261 0.128 0.374 0.048 0.001 0.001 0.002 0.177 75 G 0.012 0.001 0.001 0.063 0.023 0.055 0.079 0.001 0.001 0.004 0.761