# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 68.6508 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.088 0.023 0.096 0.129 0.146 0.065 0.009 0.443 2 K 0.026 0.006 0.027 0.032 0.053 0.104 0.004 0.749 3 L 0.015 0.009 0.050 0.083 0.111 0.051 0.002 0.679 4 S 0.030 0.023 0.065 0.081 0.120 0.252 0.006 0.423 5 R 0.170 0.016 0.023 0.024 0.032 0.219 0.010 0.506 6 L 0.266 0.064 0.087 0.051 0.105 0.068 0.028 0.330 7 V 0.073 0.017 0.029 0.045 0.045 0.139 0.009 0.643 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 9 G 0.037 0.003 0.044 0.026 0.108 0.087 0.011 0.683 10 V 0.489 0.001 0.024 0.077 0.040 0.078 0.005 0.286 11 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 12 A 0.011 0.001 0.063 0.324 0.451 0.039 0.001 0.110 13 R 0.052 0.001 0.169 0.273 0.258 0.020 0.001 0.226 14 I 0.006 0.002 0.179 0.226 0.369 0.010 0.001 0.208 15 K 0.002 0.001 0.223 0.310 0.423 0.013 0.001 0.028 16 R 0.005 0.001 0.140 0.117 0.266 0.024 0.001 0.446 17 L 0.008 0.002 0.214 0.241 0.363 0.044 0.002 0.126 18 E 0.017 0.003 0.113 0.089 0.159 0.109 0.005 0.504 19 V 0.022 0.005 0.075 0.048 0.114 0.111 0.005 0.620 20 S 0.015 0.005 0.018 0.007 0.024 0.199 0.005 0.727 21 G 0.048 0.005 0.004 0.002 0.005 0.088 0.006 0.842 22 E 0.083 0.021 0.004 0.002 0.003 0.363 0.006 0.518 23 L 0.047 0.138 0.004 0.002 0.005 0.487 0.004 0.311 24 H 0.048 0.589 0.005 0.005 0.018 0.065 0.004 0.265 25 E 0.013 0.869 0.008 0.002 0.004 0.023 0.001 0.080 26 K 0.011 0.915 0.002 0.001 0.002 0.010 0.003 0.056 27 L 0.018 0.965 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 28 V 0.010 0.972 0.003 0.002 0.003 0.001 0.003 0.007 29 G 0.035 0.908 0.003 0.003 0.002 0.002 0.019 0.027 30 M 0.130 0.640 0.010 0.003 0.002 0.003 0.167 0.045 31 G 0.624 0.092 0.040 0.013 0.006 0.006 0.134 0.085 32 F 0.021 0.036 0.512 0.046 0.025 0.023 0.007 0.329 33 V 0.020 0.012 0.118 0.155 0.125 0.139 0.005 0.426 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 35 G 0.011 0.002 0.037 0.025 0.078 0.121 0.005 0.722 36 E 0.682 0.001 0.013 0.040 0.026 0.075 0.008 0.155 37 E 0.029 0.002 0.021 0.036 0.060 0.025 0.001 0.826 38 I 0.005 0.001 0.022 0.364 0.520 0.011 0.001 0.076 39 E 0.008 0.001 0.067 0.436 0.418 0.014 0.001 0.056 40 I 0.002 0.001 0.034 0.379 0.442 0.005 0.001 0.138 41 V 0.001 0.001 0.054 0.385 0.543 0.004 0.001 0.012 42 Q 0.002 0.001 0.035 0.341 0.521 0.008 0.001 0.091 43 V 0.003 0.002 0.047 0.202 0.620 0.009 0.001 0.117 44 A 0.014 0.003 0.067 0.219 0.481 0.041 0.003 0.173 45 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.997 46 L 0.012 0.001 0.020 0.059 0.199 0.053 0.004 0.652 47 G 0.317 0.001 0.013 0.020 0.055 0.059 0.019 0.515 48 D 0.355 0.002 0.031 0.115 0.087 0.098 0.008 0.303 49 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 50 I 0.008 0.001 0.022 0.320 0.524 0.068 0.001 0.056 51 V 0.171 0.003 0.096 0.201 0.284 0.044 0.003 0.197 52 C 0.010 0.002 0.066 0.516 0.365 0.006 0.001 0.035 53 K 0.002 0.002 0.123 0.276 0.448 0.015 0.001 0.134 54 I 0.002 0.001 0.059 0.356 0.492 0.011 0.001 0.080 55 G 0.002 0.002 0.048 0.219 0.544 0.031 0.002 0.153 56 N 0.023 0.004 0.042 0.073 0.173 0.160 0.008 0.517 57 R 0.096 0.008 0.048 0.136 0.215 0.126 0.019 0.351 58 N 0.052 0.013 0.039 0.126 0.210 0.162 0.010 0.387 59 I 0.017 0.013 0.035 0.322 0.338 0.046 0.002 0.226 60 T 0.011 0.049 0.054 0.267 0.469 0.047 0.002 0.101 61 L 0.028 0.094 0.038 0.200 0.401 0.085 0.004 0.149 62 R 0.049 0.183 0.026 0.135 0.369 0.053 0.008 0.177 63 K 0.052 0.215 0.024 0.102 0.211 0.041 0.011 0.343 64 R 0.034 0.161 0.012 0.042 0.069 0.235 0.020 0.427 65 E 0.192 0.223 0.014 0.027 0.061 0.140 0.045 0.299 66 A 0.118 0.378 0.081 0.059 0.101 0.024 0.023 0.216 67 D 0.047 0.285 0.105 0.181 0.122 0.051 0.019 0.191 68 L 0.169 0.130 0.074 0.065 0.096 0.038 0.038 0.390 69 I 0.069 0.075 0.280 0.277 0.213 0.014 0.008 0.064 70 E 0.008 0.021 0.211 0.344 0.284 0.022 0.004 0.106 71 V 0.007 0.008 0.228 0.262 0.315 0.009 0.002 0.170 72 E 0.004 0.005 0.309 0.243 0.318 0.023 0.001 0.098 73 V 0.003 0.001 0.053 0.070 0.173 0.015 0.001 0.684 74 V 0.008 0.004 0.107 0.180 0.465 0.052 0.002 0.182 75 G 0.012 0.002 0.016 0.027 0.069 0.030 0.002 0.841